genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28671042--28671129	28	3.1	28	74	19	76	0	21	1	77	0.84
28672138--28672180	21	2.0	21	100	0	86	53	13	18	13	1.73
28672258--28672713	79	5.8	78	82	7	462	34	19	17	28	1.94
28679622--28679663	19	2.2	20	86	4	59	40	7	7	45	1.59
28679729--28679939	17	11.3	18	72	16	128	46	9	11	32	1.72
28679726--28679870	36	4.0	36	79	8	159	44	8	11	35	1.73
28679726--28679878	38	4.1	37	80	9	170	43	8	11	36	1.72
28679743--28679887	74	2.0	72	85	8	195	45	8	12	33	1.72
28679852--28680152	98	2.9	106	82	9	252	45	11	13	29	1.78
28680024--28680067	21	2.1	21	91	4	72	34	9	13	43	1.76
28680025--28680094	18	3.8	17	79	11	68	40	12	14	32	1.84
28679960--28680184	98	2.4	93	89	10	334	43	13	13	29	1.83
28680045--28680094	17	2.8	18	78	6	66	42	14	14	30	1.84
28680114--28680227	18	6.8	18	71	18	86	37	12	14	35	1.83
28680152--28680232	17	4.6	17	75	6	63	40	11	11	37	1.76
28680123--28680181	30	2.0	30	90	3	93	38	11	13	35	1.82
28680162--28680229	35	1.9	35	91	5	111	38	11	13	36	1.81
28680284--28680332	17	2.9	16	82	11	62	46	10	14	28	1.77
28681080--28681162	6	13.3	6	76	12	78	0	20	1	78	0.82
28681077--28681156	28	2.8	28	81	9	99	0	18	1	80	0.79
28681080--28681165	20	4.4	19	78	17	79	0	20	1	77	0.83
28681096--28681155	31	2.0	28	84	9	75	0	20	1	78	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28681082--28681162	16	5.1	16	76	19	71	0	20	1	77	0.83
28681079--28681161	26	3.0	27	76	22	82	0	20	1	78	0.82
28684839--28684984	36	4.1	35	81	8	154	71	12	5	10	1.28
28684839--28684989	6	25.7	6	83	4	130	72	11	5	10	1.27
28686477--28686512	14	2.6	14	91	8	56	80	0	5	13	0.88
28688314--28688435	45	2.8	45	81	6	135	29	19	18	32	1.95
28688425--28688695	44	6.2	43	75	9	192	28	24	18	27	1.98
28688883--28689102	88	2.5	88	96	0	395	18	24	29	27	1.98
28688883--28689098	44	4.9	45	65	6	154	18	24	29	27	1.98
28690699--28690742	17	2.6	17	96	0	79	6	18	9	65	1.42
28699785--28700578	128	6.2	128	89	1	1198	30	19	24	25	1.98
28699785--28700578	255	3.1	255	89	2	1236	30	19	24	25	1.98
28699785--28700584	383	2.1	383	89	1	1228	31	19	24	25	1.98
28700766--28700884	44	2.7	45	73	3	125	27	21	26	24	1.99
28700852--28700964	44	2.6	44	84	2	138	26	17	24	30	1.97
28701946--28701983	15	2.4	16	86	4	51	7	10	2	78	1.04
28702604--28702628	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
28702659--28702713	23	2.4	23	77	14	60	25	3	3	67	1.23
28712479--28712517	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
28712743--28712841	23	4.3	23	93	0	171	23	21	25	30	1.99
28719040--28719138	23	4.3	23	92	0	171	23	21	25	30	1.99
28722737--28722800	14	4.9	14	71	11	55	18	6	32	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28722740--28722822	38	2.2	38	84	4	114	22	6	30	40	1.78
28724675--28725181	217	2.3	217	92	0	818	29	20	22	27	1.98
28724673--28725186	44	11.8	44	68	16	182	29	20	22	27	1.98
28726614--28726657	23	2.0	22	90	4	70	22	2	4	70	1.17
28726649--28726700	19	2.8	18	77	5	59	28	1	3	65	1.21
28732357--28732421	15	4.1	15	79	14	69	72	1	1	24	1.02
28732372--28732428	25	2.2	26	85	14	75	75	1	0	22	0.90
28736861--28736921	30	2.0	30	93	0	104	27	19	16	36	1.93
28743924--28743967	19	2.5	17	82	13	54	45	0	22	31	1.53
28744333--28744369	9	4.1	9	89	0	56	32	8	13	45	1.73
28744883--28745066	42	4.5	42	89	4	277	37	2	0	59	1.12
28744943--28745045	14	7.5	14	68	23	67	37	2	0	59	1.13
28744958--28744992	17	2.0	18	94	5	63	42	0	0	57	0.99
28744944--28745009	31	2.1	30	83	10	80	36	3	0	60	1.12
28744882--28745066	82	2.2	81	89	6	275	37	2	0	59	1.12
28745006--28745066	31	2.0	30	84	12	79	40	1	0	57	1.08
28751506--28751639	68	2.0	68	83	5	173	41	3	6	48	1.47
28752555--28752605	16	3.2	16	74	17	52	43	0	3	52	1.19
28756945--28756993	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
28761320--28761352	17	1.9	17	88	11	50	24	6	9	60	1.49
28765895--28765970	21	3.7	21	73	11	68	50	2	3	43	1.34
28767579--28767628	21	2.4	21	80	16	59	50	4	0	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28772385--28772425	20	2.0	20	100	0	82	29	24	14	31	1.95
28776884--28776916	16	2.0	17	88	5	50	51	6	0	42	1.26
28777790--28777833	2	22.5	2	95	4	81	52	0	0	47	1.00
28778412--28778468	28	2.0	28	96	0	105	28	5	10	56	1.55
28778944--28778984	22	1.9	22	95	5	75	41	0	9	48	1.36
28779103--28779174	22	3.3	22	94	0	117	30	16	27	25	1.97
28779399--28779572	69	2.5	69	85	5	226	42	6	16	33	1.75
28781819--28781987	69	2.5	69	86	2	225	42	6	17	34	1.75
28781864--28782233	165	2.3	165	82	9	445	38	7	15	37	1.76
28783821--28783879	12	4.9	12	76	0	55	8	6	57	27	1.53
28783806--28783880	24	3.1	24	75	7	80	6	10	56	26	1.58
28784577--28784621	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
28790937--28790980	22	2.0	22	90	0	70	34	15	20	29	1.94
28806399--28806444	25	2.0	25	87	12	71	47	17	2	32	1.60
28809832--28809864	16	2.1	16	100	0	66	24	36	12	27	1.91
28821240--28821283	12	3.7	12	82	8	54	75	2	4	18	1.09
28821220--28821281	31	2.0	31	90	0	97	67	1	8	22	1.25
28822520--28822868	44	7.9	44	78	4	281	31	19	16	33	1.94
28830943--28830992	19	2.6	20	78	15	52	44	8	18	30	1.78
28834735--28834771	12	3.1	12	88	0	56	78	2	0	18	0.87
28836198--28836248	23	2.1	25	82	13	63	1	21	7	68	1.25
28839543--28839575	16	1.9	17	88	11	50	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28849212--28849264	25	2.1	25	96	0	97	7	9	43	39	1.65
28850216--28850250	18	1.9	18	88	0	52	8	17	0	74	1.06
28850904--28851022	63	1.9	63	85	0	166	26	21	27	24	1.99
28855277--28855313	19	1.9	19	89	10	58	54	0	2	43	1.14
28859591--28859649	31	1.9	31	89	0	91	38	8	15	37	1.78
28877905--28878059	50	3.1	51	70	11	140	27	23	23	25	2.00
28877930--28878084	50	3.1	50	71	9	145	29	21	23	25	1.99
28877876--28878084	99	2.1	100	84	3	278	30	22	23	24	1.99
28878092--28878346	44	5.9	44	72	12	179	30	20	21	27	1.98
28880034--28880075	23	1.9	22	90	9	68	21	4	9	64	1.42
28882931--28882987	18	2.9	18	79	10	60	35	14	17	33	1.90
28883022--28883079	20	2.9	20	81	0	71	32	8	12	46	1.71
28887918--28887981	17	3.6	17	72	15	58	28	12	12	46	1.78
28887910--28887980	36	2.0	36	94	0	124	26	12	14	46	1.80
28887909--28887965	19	3.1	19	71	19	66	26	12	15	45	1.82
28905207--28905232	8	3.2	8	100	0	52	0	23	0	76	0.78
28905206--28905244	16	2.5	15	84	12	51	0	25	0	74	0.82
28905262--28905314	3	17.7	3	92	0	88	35	1	0	62	1.06
28916113--28916181	29	2.4	29	85	0	93	31	18	23	26	1.97
28926017--28927296	132	9.7	131	87	2	1738	27	23	17	30	1.97
28927397--28928903	132	11.4	132	87	1	2153	27	23	18	30	1.98
28929004--28929346	132	2.6	131	86	4	483	26	23	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28929681--28935577	132	44.5	132	72	3	2719	25	21	16	28	1.93
28930168--28930365	44	4.5	44	67	14	120	27	25	16	30	1.96
28931121--28932167	263	4.0	263	88	0	1529	26	24	18	31	1.97
28932465--28932661	44	4.5	44	67	14	136	27	26	16	28	1.97
28935702--28936133	131	3.3	132	79	4	489	28	22	16	32	1.96
28949589--28951315	132	13.1	132	85	2	2229	27	22	18	30	1.97
28952294--28952881	132	4.5	131	89	3	833	27	23	17	31	1.97
28952469--28952665	44	4.5	44	66	14	127	26	25	18	29	1.98
28952648--28953070	220	1.9	220	89	0	657	26	21	18	32	1.97
28952779--28952967	88	2.1	88	86	1	272	25	22	17	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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