genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  23  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7561545--7561704	59	2.7	59	78	2	162	26	14	14	44	1.83
7566695--7566731	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
7568865--7568917	28	1.9	27	88	3	79	30	3	0	66	1.10
7568968--7569011	21	2.1	21	86	0	61	18	20	22	38	1.93
7572186--7572376	50	3.9	50	84	1	242	27	21	28	22	1.99
7592535--7592574	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
7592638--7592680	9	5.0	9	88	11	72	32	0	11	55	1.36
7592635--7592680	16	2.8	16	86	6	65	34	0	10	54	1.36
7592822--7592847	9	2.9	9	100	0	52	57	7	0	34	1.27
7594244--7594290	23	2.0	24	91	4	78	55	2	0	42	1.12
7596763--7596805	10	4.4	9	80	13	50	67	6	0	25	1.15
7596762--7596807	20	2.3	20	88	0	65	67	6	0	26	1.15
7596802--7596842	20	2.0	21	85	4	57	63	4	4	26	1.35
7596956--7596981	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7602237--7602552	160	2.0	160	92	0	524	32	13	19	34	1.91
7604002--7604031	2	15.0	2	92	0	51	3	0	46	50	1.18
7604005--7604034	14	2.1	14	100	0	60	6	0	43	50	1.28
7610136--7610171	12	3.1	12	88	4	56	66	11	0	22	1.22
7610396--7610436	19	2.2	19	86	0	55	36	19	2	41	1.65
7621743--7621778	17	2.1	17	100	0	72	11	11	11	66	1.45
7622491--7622612	23	5.5	22	84	9	103	18	8	24	48	1.75
7622517--7622612	23	4.2	23	92	5	151	18	8	25	47	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7629261--7629351	45	2.0	44	87	2	128	34	28	5	31	1.80
7629330--7629362	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
7632115--7632140	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
7636666--7636777	44	2.5	44	88	5	156	52	4	19	23	1.64
7637776--7638229	105	4.5	103	84	7	590	26	18	15	39	1.90
7637776--7638222	204	2.2	202	87	3	639	27	17	15	39	1.90
7638215--7638246	16	2.0	16	100	0	64	0	18	0	81	0.70
7639389--7639455	32	2.1	33	83	8	84	20	10	1	67	1.29
7646815--7646857	14	2.6	17	86	13	56	46	0	2	51	1.13
7648519--7648551	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
7650998--7651068	32	2.2	32	92	0	115	45	8	14	32	1.74
7655963--7656016	27	2.0	27	100	0	108	22	18	40	18	1.91
7662938--7662976	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
7663676--7663727	6	8.7	6	91	0	59	26	9	15	48	1.76
7663678--7663724	18	2.6	18	86	6	69	23	10	17	48	1.77
7668460--7668496	16	2.5	15	87	12	51	54	0	5	40	1.24
7673196--7673230	17	2.1	17	88	0	52	34	0	0	65	0.93
7673214--7673257	10	4.3	11	86	11	58	47	0	0	52	1.00
7676686--7676800	7	15.9	7	87	7	167	43	43	0	13	1.43
7676686--7676800	29	4.0	28	85	8	167	43	43	0	13	1.43
7678057--7678081	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
7678637--7678690	24	2.2	25	83	6	65	25	5	0	68	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7683442--7683549	43	2.4	45	84	6	139	23	2	15	58	1.51
7684350--7684407	29	2.0	30	83	10	75	37	1	22	37	1.65
7684607--7684636	14	2.2	13	94	5	51	0	53	0	46	1.00
7687228--7687279	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
7687245--7687291	24	2.0	24	87	8	69	40	6	8	44	1.60
7688081--7688129	19	2.8	17	79	14	55	42	0	30	26	1.55
7688430--7688466	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
7688520--7688550	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
7691463--7691501	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
7691747--7691821	23	3.3	23	83	7	107	22	20	25	32	1.98
7695391--7695423	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
7711056--7711117	26	2.3	26	88	2	88	67	8	9	14	1.40
7715833--7715897	28	2.3	28	94	0	112	47	6	12	33	1.66
7717430--7717455	12	2.2	12	100	0	52	26	0	0	73	0.84
7722005--7722034	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
7722765--7722794	14	2.1	14	93	0	51	10	26	26	36	1.88
7723084--7723109	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
7723819--7723876	29	2.0	29	82	3	71	43	1	34	20	1.62
7726754--7726870	51	2.3	51	83	2	146	20	29	24	24	1.99
7731578--7731604	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
7733672--7733766	45	2.1	44	88	1	136	34	27	5	32	1.79
7733745--7733782	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7735349--7735396	23	2.0	24	84	4	62	56	20	0	22	1.43
7735583--7735679	43	2.3	43	90	3	151	18	17	30	32	1.94
7739934--7740015	41	2.0	42	83	9	107	34	23	12	30	1.91
7741485--7741559	31	2.4	32	84	2	98	38	38	1	21	1.62
7741831--7741884	22	2.5	21	79	8	63	44	37	3	14	1.63
7741831--7741884	7	7.4	7	75	8	54	44	37	3	14	1.63
7741864--7741945	31	2.8	29	71	8	76	37	40	1	20	1.61
7742170--7742441	113	2.4	113	84	5	352	29	26	21	22	1.99
7742170--7742463	114	2.6	110	82	6	347	28	26	22	22	1.99
7742406--7742583	87	2.0	87	85	7	236	23	25	24	25	2.00
7747119--7747178	25	2.4	25	81	15	70	63	1	3	31	1.20
7750999--7751036	13	3.0	13	92	3	60	65	5	23	5	1.34
7751755--7751839	21	4.0	22	80	9	104	16	23	24	35	1.95
7752545--7752591	17	2.8	17	93	0	76	40	10	14	34	1.81
7753538--7753825	127	2.3	126	92	4	474	34	22	21	21	1.97
7753538--7753825	42	6.8	42	90	5	465	34	22	21	21	1.97
7753538--7753889	169	2.1	168	83	5	449	34	22	20	22	1.97
7759773--7759822	13	3.8	13	82	12	57	42	2	12	44	1.53
7759853--7760005	74	2.1	74	100	0	306	49	3	7	39	1.49
7759853--7759998	34	4.0	37	78	13	160	49	4	6	39	1.49
7759872--7759998	38	3.4	37	80	13	170	49	3	6	40	1.44
7760023--7760071	20	2.5	20	86	6	64	51	2	2	44	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7760009--7760066	18	3.1	19	79	13	59	51	1	3	43	1.28
7760118--7760256	67	2.1	67	93	2	235	44	13	5	35	1.68
7760321--7760353	16	2.1	16	94	0	57	51	9	12	27	1.69
7762646--7762686	7	5.9	7	91	0	64	43	51	0	4	1.23
7762645--7762695	21	2.4	21	93	3	84	43	49	0	7	1.32
7763463--7763500	20	1.9	20	89	10	60	50	0	2	47	1.15
7763686--7763721	18	2.0	18	89	10	56	69	5	0	25	1.10
7763690--7763729	18	2.2	19	86	4	55	70	5	0	25	1.08
7763824--7764383	114	4.9	113	76	8	467	26	23	18	30	1.98
7772147--7772171	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
7774343--7774382	20	2.0	21	85	14	57	27	12	2	57	1.48
7780561--7780636	38	2.0	38	84	0	98	27	18	15	38	1.91
7783910--7783952	22	1.9	23	85	4	61	58	2	2	37	1.24
7784449--7784488	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
7784457--7784523	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
7784472--7784511	20	2.0	20	85	0	53	30	10	10	50	1.69
7788799--7788841	18	2.4	18	100	0	86	0	41	0	58	0.98
7788801--7788841	6	6.8	6	91	0	64	0	43	0	56	0.99
7789523--7789585	31	2.1	31	85	8	85	46	20	12	20	1.83
7803691--7803788	29	3.4	29	65	10	67	40	15	11	32	1.82
7806781--7806860	30	2.6	31	82	3	92	37	11	11	40	1.77
7814931--7814993	31	2.0	31	84	6	83	47	1	12	38	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7815124--7815156	3	10.7	3	93	6	57	66	0	0	33	0.92
7815124--7815154	16	1.9	16	100	0	62	67	0	0	32	0.91
7829123--7829170	24	2.0	23	84	11	62	62	2	2	33	1.18
7829787--7829899	20	5.9	20	68	13	76	62	9	0	27	1.26
7829885--7829930	24	1.9	24	81	0	56	52	2	4	41	1.33
7830136--7830181	19	2.4	21	75	20	55	36	0	4	58	1.18
7831012--7831070	22	2.5	24	86	8	77	37	0	0	62	0.95
7831012--7831070	23	2.5	25	83	10	79	37	0	0	62	0.95
7831032--7831084	22	2.4	22	83	3	61	37	0	5	56	1.23
7833904--7834006	54	1.9	54	83	0	134	22	28	25	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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