genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  53  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15846508--15846594	25	3.5	25	74	12	90	37	20	26	14	1.92
15846519--15846587	24	2.8	24	80	10	86	36	23	28	11	1.90
15846531--15846667	74	1.9	73	81	4	168	34	22	25	17	1.96
15855843--15855876	17	2.0	17	88	0	50	50	11	20	17	1.77
15856465--15856489	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
15856840--15856942	41	2.5	41	85	0	125	26	20	27	26	1.99
15859600--15859754	46	3.4	46	90	3	231	29	24	7	38	1.83
15859600--15859782	46	4.0	45	87	4	224	30	25	7	37	1.83
15861818--15861886	30	2.3	30	85	7	86	30	18	5	44	1.73
15865844--15865907	21	3.0	20	84	8	83	14	23	15	46	1.82
15869142--15869205	23	2.7	23	76	11	67	46	3	4	45	1.39
15885949--15886187	44	5.4	44	76	7	162	30	20	20	27	1.98
15886219--15886325	40	2.7	40	83	1	115	28	20	19	30	1.97
15886093--15886498	177	2.3	177	87	1	571	32	18	18	30	1.95
15888302--15888357	28	2.1	26	86	6	76	39	1	1	57	1.20
15910077--15910121	6	7.5	6	94	0	81	15	35	0	48	1.45
15916279--15916377	37	2.7	37	79	0	108	24	15	9	51	1.72
15917393--15917428	3	12.7	3	88	11	58	33	0	0	66	0.92
15918448--15918585	43	3.2	43	90	0	213	28	31	18	21	1.97
15923016--15923065	14	3.6	14	86	0	64	32	48	0	20	1.50
15924061--15924088	13	2.2	13	100	0	56	7	28	28	35	1.84
15924021--15924129	53	2.0	54	94	5	195	22	29	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15924205--15924323	40	3.0	39	77	12	127	23	16	21	38	1.93
15927380--15927466	44	2.0	44	100	0	174	37	18	11	32	1.86
15928436--15928534	53	1.9	52	89	6	157	33	6	3	57	1.38
15928476--15928519	20	2.2	20	84	8	54	34	6	0	59	1.24
15929897--15929934	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
15930083--15930123	20	2.0	20	86	9	57	60	2	2	34	1.23
15930083--15930121	14	2.8	14	88	7	53	58	2	2	35	1.25
15937447--15937474	5	5.6	5	100	0	56	42	0	0	57	0.99
15938418--15938552	25	5.6	25	81	10	124	19	23	19	37	1.94
15938418--15938552	50	2.8	48	81	11	145	19	23	19	37	1.94
15945628--15945680	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
15948099--15948177	38	2.1	38	100	0	158	25	10	11	53	1.68
15950267--15950304	20	1.9	20	94	0	67	36	0	0	63	0.95
15950237--15950306	17	4.2	15	72	22	59	35	1	0	62	1.04
15950534--15950592	16	3.7	16	90	0	91	30	28	0	40	1.57
15950526--15950592	32	2.1	32	88	5	100	32	26	1	38	1.66
15953124--15953163	21	2.0	20	90	5	62	25	20	12	42	1.86
15955603--15955685	34	2.5	32	75	21	82	34	4	6	54	1.46
15956320--15956646	114	2.9	112	84	4	404	25	23	24	26	2.00
15956546--15956720	74	2.4	73	90	0	260	27	22	24	26	2.00
15956432--15956834	188	2.1	187	87	0	572	26	23	24	26	2.00
15956619--15957330	114	6.2	114	91	0	1095	25	22	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15956320--15956926	302	2.0	300	87	0	883	25	23	24	26	2.00
15957262--15957339	41	1.9	41	89	0	120	23	20	25	30	1.98
15957566--15957613	22	2.2	21	77	3	51	20	0	33	45	1.52
15957607--15957655	21	2.3	22	82	10	57	24	2	36	36	1.67
15957648--15957703	28	2.0	29	92	3	96	16	0	33	50	1.45
15957648--15957705	7	8.3	7	83	7	64	17	0	34	48	1.47
15957786--15957826	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
15957797--15957905	14	7.8	14	67	17	57	24	0	39	34	1.62
15957817--15957883	22	3.1	22	82	6	84	25	0	38	35	1.56
15957822--15957891	22	3.2	21	82	9	79	25	1	40	32	1.65
15961787--15961925	43	3.2	43	90	4	235	20	19	29	30	1.97
15962245--15962297	25	2.1	25	82	10	63	43	3	7	45	1.50
15962686--15962731	23	2.0	23	95	0	83	41	8	0	50	1.33
15962801--15962870	27	2.6	27	90	4	106	27	27	30	15	1.96
15962911--15963070	18	9.1	18	70	22	83	68	0	30	1	0.97
15962935--15963094	44	3.7	44	79	17	174	70	0	29	0	0.93
15963857--15963902	24	1.9	24	95	0	83	43	8	0	47	1.34
15963912--15963998	46	1.9	46	81	6	106	41	4	22	31	1.74
15965917--15965942	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
15966005--15966043	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
15971262--15971286	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
15972067--15972237	41	4.2	41	94	0	288	30	21	26	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15972039--15972237	41	4.9	41	91	0	272	31	20	25	22	1.98
15976971--15977007	2	19.0	2	88	5	58	51	0	0	48	1.00
15979359--15979397	16	2.4	16	82	0	51	46	0	5	48	1.24
15984067--15984152	34	2.5	34	92	1	136	31	12	18	37	1.89
15984067--15984183	34	3.4	34	83	8	114	31	14	17	35	1.90
15984195--15984401	44	4.7	43	71	6	146	29	19	19	31	1.96
15984196--15984400	15	13.9	15	70	3	137	29	19	19	31	1.96
15986591--15986632	17	2.5	17	80	0	57	54	2	0	42	1.13
15986550--15986641	27	3.6	26	73	12	68	60	4	1	33	1.23
15989822--15989890	24	2.8	25	91	6	99	31	20	30	17	1.95
15989833--15989890	24	2.4	24	97	0	107	31	20	31	17	1.96
15989833--15990021	24	7.8	24	72	8	96	32	20	28	18	1.96
15989895--15989964	25	2.8	25	77	10	81	31	24	24	20	1.98
15993889--15993931	21	2.2	19	83	8	50	30	9	4	55	1.52
15995104--15995165	14	4.2	15	82	15	76	27	0	3	69	1.04
15995104--15995165	31	2.1	28	88	8	88	27	0	3	69	1.04
15995104--15995167	7	8.6	7	79	17	67	28	0	3	68	1.04
15995253--15995295	22	2.0	22	86	9	61	62	6	2	27	1.33
15996009--15996051	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
15998455--15998517	22	2.9	22	80	0	72	17	25	15	41	1.89
16007024--16007071	24	2.0	25	83	4	62	50	2	6	41	1.39
16008259--16008293	17	1.9	19	88	11	56	14	17	5	62	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16008259--16008292	18	1.9	17	88	5	50	14	17	5	61	1.52
16009093--16009132	21	1.9	21	84	0	53	42	20	7	30	1.79
16012451--16012484	16	2.1	16	88	0	50	64	0	0	35	0.94
16018094--16018140	13	3.6	13	85	8	60	31	0	31	36	1.58
16018096--16018136	19	2.2	19	90	0	64	34	0	29	36	1.58
16018096--16018136	6	6.5	6	83	10	55	34	0	29	36	1.58
16023189--16023285	27	3.6	27	85	0	131	36	26	22	14	1.93
16029368--16029415	23	2.1	23	84	0	60	41	35	4	18	1.70
16035746--16035775	14	2.2	13	94	5	51	83	0	16	0	0.65
16036588--16036622	14	2.3	15	90	9	54	80	0	8	11	0.92
16037862--16038185	50	6.6	49	68	4	179	32	22	20	24	1.98
16037843--16038185	98	3.5	99	90	3	541	32	22	20	24	1.98
16038163--16038208	23	2.0	23	100	0	92	39	21	21	17	1.93
16038192--16038347	48	3.2	48	72	16	158	35	22	18	23	1.95
16038062--16038306	121	2.0	122	90	1	384	34	22	20	22	1.97
16038240--16038413	50	3.5	50	69	12	151	35	21	19	22	1.96
16038188--16038397	98	2.1	98	91	0	330	35	22	20	22	1.96
16038803--16038850	23	2.1	23	84	0	60	41	35	4	18	1.70
16039070--16039115	22	2.0	24	87	8	69	76	6	17	0	1.00
16040088--16040121	18	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
16063009--16063057	15	3.5	14	89	10	66	4	22	0	73	1.00
16063012--16063049	15	2.5	15	100	0	76	5	26	0	68	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16063047--16063080	1	34.0	1	87	0	50	0	5	0	94	0.32
16063044--16063079	8	4.2	9	89	10	58	0	8	0	91	0.41
16063009--16063080	26	2.6	28	80	10	76	2	16	0	80	0.83
16063044--16063078	17	2.1	17	94	5	63	0	8	0	91	0.42
16063009--16063078	20	3.5	20	78	7	63	2	17	0	80	0.84
16064179--16064249	33	2.1	34	89	7	110	39	26	26	7	1.82
16069974--16070046	11	6.5	11	77	13	60	23	26	1	49	1.58
16069974--16070046	22	3.3	22	86	5	94	23	26	1	49	1.58
16069986--16070048	33	1.9	33	87	6	92	23	26	1	47	1.61
16069986--16070083	11	9.3	11	67	12	62	23	27	2	46	1.63

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