genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18449548--18449958	27	15.3	27	77	11	294	43	19	16	20	1.88
18449548--18449958	54	7.7	53	78	11	340	43	19	16	20	1.88
18449548--18449958	81	5.1	80	79	9	399	43	19	16	20	1.88
18450136--18450187	26	2.0	26	92	0	86	11	23	26	38	1.89
18457584--18457621	15	2.6	15	83	4	51	47	0	2	50	1.15
18457725--18457763	17	2.3	17	81	0	51	46	0	10	43	1.37
18458305--18458352	23	2.1	23	92	0	78	31	12	25	31	1.92
18469320--18469391	3	24.0	3	100	0	144	66	0	0	33	0.92
18470688--18470744	27	2.1	27	90	0	87	14	31	14	40	1.85
18470830--18471255	44	9.5	44	72	13	215	28	19	19	32	1.96
18470867--18471208	44	7.6	44	73	11	235	28	19	20	31	1.97
18472014--18472151	44	3.1	44	64	4	107	26	23	20	29	1.99
18472017--18472480	88	5.3	88	88	1	669	29	22	18	28	1.98
18472787--18472847	24	2.5	24	94	0	104	27	24	11	36	1.90
18479290--18479322	17	1.9	17	93	0	57	30	3	6	60	1.36
18479820--18479910	47	1.9	47	88	0	137	28	19	13	38	1.89
18487560--18487654	47	2.0	47	89	2	147	32	23	23	21	1.98
18492009--18492040	15	2.1	15	100	0	64	25	34	12	28	1.92
18499759--18499798	14	2.8	14	84	3	53	57	0	0	42	0.98
18503703--18503784	37	2.2	36	89	2	119	15	13	29	41	1.86
18510592--18510622	15	2.0	15	93	6	53	64	9	19	6	1.45
18510579--18510622	16	2.8	16	83	13	56	68	9	18	4	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18510575--18510661	26	3.4	25	78	7	77	70	4	22	2	1.18
18511573--18511663	38	2.4	36	80	8	85	27	18	26	27	1.98
18517973--18518023	22	2.2	24	82	6	61	17	9	7	64	1.46
18518639--18518670	16	2.0	16	93	0	55	31	0	9	59	1.29
18519788--18519961	68	2.6	68	85	1	197	36	15	22	25	1.94
18530505--18530545	18	2.3	18	91	0	64	7	9	14	68	1.39
18534989--18535216	116	2.0	118	84	10	310	33	9	12	44	1.75
18537051--18537084	7	5.1	7	96	3	54	91	0	8	0	0.43
18544616--18544677	32	1.9	32	83	0	79	43	11	4	40	1.62
18545713--18545747	18	1.9	18	100	0	70	48	5	5	40	1.51
18545762--18545806	15	3.1	14	81	12	56	66	0	0	33	0.92
18545872--18545926	19	3.0	19	81	5	51	50	0	3	45	1.19
18545948--18545991	18	2.2	21	88	11	67	75	11	13	0	1.06
18546660--18546688	14	2.1	14	100	0	58	34	0	27	37	1.57
18546711--18546757	24	1.9	25	86	4	69	48	2	23	25	1.62
18552377--18552421	13	3.6	13	77	19	51	60	2	2	35	1.22
18556426--18556464	14	2.7	14	81	18	53	84	2	0	12	0.72
18557890--18557967	22	3.7	23	78	18	80	37	7	2	52	1.44
18557890--18558044	45	3.6	42	73	19	108	37	9	2	50	1.48
18557952--18558038	24	3.8	23	74	17	90	40	9	2	48	1.48
18558160--18558238	31	2.6	32	77	16	87	39	2	5	53	1.37
18558183--18558224	14	3.1	14	82	3	59	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18564456--18565008	133	4.2	132	89	2	729	27	23	19	29	1.98
18565066--18565224	50	3.2	50	76	0	174	24	26	20	28	1.99
18565066--18565269	100	2.0	100	87	1	293	24	26	21	27	1.99
18573158--18573202	18	2.5	18	82	7	56	55	0	2	42	1.12
18574086--18576211	48	44.2	49	77	6	1561	20	4	49	25	1.68
18574063--18576199	96	22.2	97	81	4	1787	20	4	49	25	1.68
18574665--18574748	21	3.7	21	68	17	60	17	3	55	22	1.57
18575006--18575083	21	3.4	21	67	24	59	17	3	53	24	1.60
18575582--18575659	21	3.4	21	67	24	59	17	3	53	24	1.60
18575816--18575982	21	7.0	24	68	22	109	18	4	52	24	1.63
18574063--18576211	144	14.9	144	82	2	1871	20	4	49	25	1.68
18582049--18582145	40	2.4	40	91	0	149	26	19	24	28	1.99
18582420--18582458	2	19.5	2	89	0	60	43	0	0	56	0.99
18589379--18589422	21	2.1	21	91	0	70	40	2	4	52	1.34
18590284--18590356	32	2.3	31	85	2	92	45	5	4	45	1.45
18593529--18593583	4	14.0	4	76	17	53	23	3	0	72	1.00
18593731--18593773	6	7.2	6	83	0	50	18	2	13	65	1.38
18598875--18598919	22	2.0	22	95	0	81	35	8	11	44	1.71
18599368--18600001	44	13.9	44	73	10	377	35	16	18	29	1.93
18599367--18599654	89	3.2	89	83	3	359	35	15	18	31	1.92
18599372--18599723	134	2.6	133	80	7	324	35	15	18	30	1.92
18599634--18600058	51	8.9	50	72	14	265	35	18	18	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18599634--18600052	95	4.4	95	85	3	504	34	17	18	28	1.94
18599912--18600007	43	2.2	44	85	5	124	35	20	18	25	1.95
18601761--18601815	15	3.5	15	79	13	58	29	7	7	56	1.53
18603879--18603930	26	2.0	26	88	0	77	32	19	25	23	1.97
18606044--18606101	30	1.9	30	89	0	89	20	41	27	10	1.85
18613319--18614356	44	23.2	45	71	8	449	27	19	21	31	1.97
18613319--18614358	45	23.2	44	72	8	549	27	19	21	31	1.97
18613282--18614357	179	6.0	179	92	0	1758	27	19	21	31	1.97
18615183--18615224	17	2.4	16	85	14	57	4	11	0	83	0.79
18621862--18621991	43	3.0	42	80	14	158	22	18	30	29	1.97
18624052--18624091	19	2.1	19	95	0	71	0	45	7	47	1.31
18625771--18625809	18	2.2	18	100	0	78	43	0	10	46	1.37
18625776--18625815	18	2.2	18	90	0	62	50	0	10	40	1.36
18626369--18626444	33	2.3	33	84	6	93	47	15	9	27	1.76
18633269--18633355	30	2.9	30	78	0	93	18	34	24	22	1.96
18636287--18636324	16	2.4	16	91	4	60	52	5	0	42	1.24
18636321--18636348	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
18636207--18636355	62	2.5	60	79	5	165	48	10	5	35	1.59
18636317--18636366	17	3.2	17	81	18	72	52	6	6	36	1.51
18637350--18637404	30	1.9	29	82	10	69	58	9	3	29	1.46
18637445--18637475	9	3.4	9	100	0	62	45	22	32	0	1.53
18639531--18639586	25	2.3	24	79	8	60	39	3	5	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18639537--18639586	25	2.0	24	84	3	64	40	4	6	50	1.46
18639861--18639922	7	8.7	7	79	13	65	35	51	0	12	1.40
18639861--18639933	14	5.1	15	77	11	82	38	46	0	15	1.46
18639864--18639933	28	2.5	28	90	9	108	37	47	0	15	1.46
18639861--18639916	22	2.6	20	86	11	67	35	50	0	14	1.43
18646267--18646300	14	2.5	13	86	9	50	82	0	14	2	0.79
18648347--18648381	5	7.0	5	93	0	61	0	17	0	82	0.66
18661091--18661126	10	3.6	10	92	0	63	36	0	11	52	1.37
18661824--18661865	22	1.9	22	85	0	57	66	11	9	11	1.44
18662253--18662817	292	1.9	292	98	0	1094	43	9	14	31	1.78
18662779--18662857	39	2.0	39	92	0	131	35	8	20	35	1.84
18681896--18681933	17	2.3	17	86	4	51	63	2	0	34	1.09
18682007--18682031	11	2.3	11	100	0	50	52	8	0	40	1.31
18682022--18682065	21	2.0	22	91	4	72	63	4	6	25	1.38
18684308--18684397	38	2.4	38	98	0	171	33	23	15	27	1.95
18684308--18684429	38	3.2	38	87	4	140	34	19	18	27	1.95
18686119--18686205	27	3.2	27	86	0	120	27	17	27	27	1.97
18688425--18688471	13	3.8	13	83	11	71	61	0	17	21	1.34
18688426--18688482	24	2.4	24	100	0	114	59	0	19	21	1.38
18688439--18688486	11	4.2	11	84	10	69	58	0	22	18	1.39
18690816--18690895	37	2.2	37	79	0	88	27	18	18	35	1.95
18691009--18691075	28	2.4	28	85	5	82	40	14	10	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18691031--18691141	28	3.9	29	82	10	99	29	16	14	39	1.88
18691072--18691153	28	2.9	28	85	3	103	25	18	17	39	1.92
18695940--18696018	38	2.1	38	100	0	158	36	15	20	27	1.92
18696372--18696396	12	2.1	12	100	0	50	36	8	8	48	1.62
18701182--18701220	16	2.4	17	91	8	71	5	10	33	51	1.58
18702077--18702197	27	4.5	27	87	2	163	42	19	19	17	1.89
18702371--18702421	26	2.0	26	88	0	75	19	21	21	37	1.95
18709614--18709754	27	5.3	27	87	2	171	45	20	16	17	1.86
18710087--18710150	28	2.3	28	91	2	103	20	25	23	31	1.98
18710082--18710164	28	2.7	31	76	14	91	20	21	24	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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