genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  66  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19222626--19222674	24	2.2	21	85	10	62	59	4	18	18	1.53
19224265--19224308	22	2.0	22	100	0	88	18	13	40	27	1.88
19228949--19229054	42	2.5	41	86	3	149	32	46	3	17	1.66
19231767--19232086	153	2.1	151	82	4	387	54	14	0	30	1.47
19243657--19243708	19	3.1	17	81	10	54	65	1	1	30	1.14
19244068--19244092	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
19244012--19244102	29	3.1	29	70	10	71	31	3	2	62	1.23
19246024--19246049	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19246450--19246474	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19246506--19246691	41	4.5	41	91	1	284	24	27	18	28	1.98
19248398--19248422	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
19248427--19248451	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
19248451--19248482	16	2.0	16	93	0	55	28	0	0	71	0.86
19248418--19248541	40	3.1	39	86	8	169	33	4	0	62	1.14
19249486--19249529	19	2.2	21	84	8	56	52	4	9	34	1.54
19249486--19249529	21	2.1	21	83	8	54	52	4	9	34	1.54
19249651--19249681	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
19251354--19251780	97	4.4	97	93	0	710	23	21	23	31	1.98
19251501--19251753	48	5.2	48	68	9	199	24	22	24	29	1.99
19251404--19251773	48	7.6	48	65	8	176	23	22	23	30	1.99
19265456--19265491	5	7.2	5	87	12	56	77	0	2	19	0.88
19274280--19274466	43	4.3	43	80	4	189	27	28	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19279108--19279208	47	2.1	47	90	3	159	46	0	6	46	1.29
19279711--19279748	14	2.7	15	88	12	62	42	31	0	26	1.56
19280024--19280067	17	2.7	17	89	6	65	43	27	0	29	1.55
19294212--19294239	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19299424--19299461	13	2.8	14	80	19	53	68	5	5	21	1.29
19314869--19314906	13	2.8	14	80	19	53	65	5	7	21	1.38
19321614--19321905	108	2.6	109	87	4	417	22	1	15	60	1.40
19322655--19322918	112	2.4	110	86	6	365	23	1	15	60	1.42
19322602--19322912	100	3.0	99	77	16	269	25	0	14	59	1.42
19322913--19322954	21	2.0	21	90	9	68	26	4	9	59	1.48
19325023--19325085	33	1.9	33	87	6	92	14	41	17	26	1.88
19327201--19327249	26	1.9	25	84	12	64	59	8	2	30	1.38
19327348--19327383	17	2.2	17	95	5	65	5	25	0	69	1.10
19327697--19327721	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19329670--19329708	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
19332505--19332557	26	2.0	26	100	0	106	47	18	15	18	1.83
19338604--19338655	24	2.2	24	100	0	104	38	3	11	46	1.59
19340187--19340247	29	2.1	29	81	6	70	31	29	4	34	1.79
19341722--19341764	23	2.0	22	86	9	61	46	16	2	34	1.60
19347022--19347240	115	1.9	115	80	1	260	36	23	15	23	1.94
19359348--19359387	20	2.0	20	100	0	80	25	30	5	40	1.77
19360287--19360325	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19360430--19360458	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
19360545--19360620	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
19375380--19375430	24	2.1	24	85	0	66	19	19	25	35	1.95
19379698--19379723	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
19390000--19390150	53	3.0	52	83	9	188	25	23	13	37	1.92
19400532--19400602	32	2.3	31	83	11	83	52	2	4	40	1.36
19409610--19409641	16	2.0	16	93	0	55	53	12	15	18	1.73
19409791--19409835	22	2.0	22	83	8	56	15	4	17	62	1.49
19411903--19411944	18	2.6	16	79	17	50	35	0	7	57	1.26
19416426--19416473	22	2.2	22	85	3	62	50	8	4	37	1.52
19418146--19418180	15	2.3	15	95	0	61	28	28	11	31	1.92
19418313--19418365	7	7.6	7	78	16	56	28	9	0	62	1.26
19418318--19418369	21	2.4	21	87	3	68	32	7	0	59	1.26
19422311--19422369	27	2.2	28	81	9	77	45	30	0	23	1.53
19422893--19422936	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
19423508--19423578	5	14.6	5	75	16	69	59	0	1	39	1.06
19423507--19423578	29	2.4	29	80	13	76	58	0	1	40	1.07
19428016--19428053	19	2.0	19	100	0	76	57	10	10	21	1.61
19431865--19431889	11	2.3	11	100	0	50	48	8	20	24	1.76
19432091--19432226	43	3.2	43	88	6	206	18	35	30	15	1.92
19432980--19433005	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19436192--19436226	18	2.0	18	88	5	54	34	11	5	48	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19448236--19448280	22	2.1	21	84	8	56	31	0	8	60	1.28
19448255--19448292	14	2.7	14	91	0	58	28	0	7	63	1.23
19448802--19448878	31	2.6	29	82	11	93	64	3	1	29	1.19
19448805--19448914	21	5.5	21	75	10	88	61	3	2	31	1.27
19448802--19448898	29	3.3	28	75	13	79	62	3	2	31	1.22
19448805--19448914	39	2.7	38	80	9	103	61	3	2	31	1.27
19449385--19449430	10	4.5	11	81	13	62	41	2	0	56	1.11
19450009--19450045	4	9.2	4	93	0	65	24	2	27	45	1.66
19456855--19456880	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
19459648--19459680	15	2.2	15	94	0	57	27	15	15	42	1.86
19459765--19459824	16	3.8	16	82	10	70	36	16	10	36	1.82
19459765--19459813	15	3.1	15	80	13	55	34	14	12	38	1.83
19468366--19468408	22	1.9	22	81	13	52	53	6	9	30	1.59
19478508--19478620	25	4.5	25	81	10	124	25	24	18	30	1.98
19486260--19486699	50	8.8	51	67	10	129	25	25	20	29	1.99
19486308--19486747	50	8.8	49	67	7	251	25	23	20	30	1.98
19486234--19486747	100	5.1	100	92	1	809	25	24	20	30	1.98
19486234--19486745	199	2.6	199	92	1	821	25	24	20	30	1.98
19492527--19492703	92	1.9	92	97	0	336	53	6	9	30	1.60
19492531--19492724	92	2.2	91	91	3	286	53	7	8	29	1.60
19507103--19507148	24	1.9	24	81	0	56	34	6	15	43	1.72
19508157--19508213	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19508608--19508652	21	2.1	21	84	8	56	42	6	4	46	1.50
19509249--19509287	18	2.1	19	85	4	53	41	0	0	58	0.98
19509632--19509698	9	7.4	9	83	6	91	40	20	11	26	1.88
19509632--19509698	27	2.5	27	92	0	107	40	20	11	26	1.88
19509718--19509760	6	6.7	6	82	10	50	20	4	16	58	1.56
19509801--19509844	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
19513740--19513788	19	2.8	17	79	14	55	42	0	30	26	1.55
19518756--19518887	64	2.1	64	97	0	246	30	21	15	32	1.95
19535176--19535222	11	4.3	11	83	0	58	61	6	8	23	1.48
19548377--19548410	18	1.9	17	94	5	59	50	0	2	47	1.16
19558360--19558434	37	2.1	36	82	12	91	34	16	22	26	1.95
19558667--19558768	37	2.8	37	82	5	109	34	10	23	31	1.89
19558696--19558833	71	1.9	71	82	0	168	34	10	23	31	1.88
19560530--19560777	124	2.0	124	99	0	487	36	16	22	24	1.94
19561851--19561881	7	4.4	7	100	0	62	12	0	70	16	1.16
19562738--19562843	22	4.8	22	89	0	158	31	14	26	28	1.95
19574299--19574344	23	2.0	23	95	0	83	45	4	19	30	1.70
19578344--19578387	12	3.7	12	82	17	56	25	36	2	36	1.69
19580085--19580135	15	3.5	15	71	15	52	49	13	13	23	1.78
19582751--19582865	32	3.6	32	81	10	146	37	9	11	41	1.74
19583049--19583090	18	2.2	20	83	12	52	54	2	16	26	1.54
19587390--19587436	19	2.5	20	75	10	53	59	6	0	34	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19587399--19587464	18	3.6	18	73	16	64	65	3	0	31	1.08
19587431--19587471	20	2.0	20	86	9	57	73	4	0	21	1.02
19589217--19589308	45	2.0	47	91	4	152	35	19	11	32	1.88
19600867--19600895	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
19603572--19603614	10	4.3	10	93	0	50	51	9	0	39	1.34
19603566--19603614	4	12.2	4	91	0	53	51	10	0	38	1.36
19603566--19603612	14	3.4	14	90	0	67	51	10	0	38	1.37
19605587--19605611	12	2.1	12	100	0	50	16	24	8	52	1.70
19605728--19605778	23	2.2	23	85	0	66	33	11	19	35	1.88
19605920--19605965	24	1.9	24	86	0	65	47	4	0	47	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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