genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14698278--14698320	21	2.1	21	91	4	70	39	0	6	53	1.28
14706001--14706075	26	2.9	25	86	5	96	45	12	12	30	1.77
14706071--14706413	173	2.0	173	95	0	623	40	12	19	27	1.87
14708427--14708637	40	5.3	40	82	2	210	45	25	14	14	1.82
14711216--14711274	16	3.7	16	71	13	50	49	1	1	47	1.21
14715158--14715190	17	1.9	17	93	0	57	54	9	0	36	1.32
14716502--14716535	3	11.3	3	93	0	59	0	35	0	64	0.94
14734671--14734732	29	2.2	28	77	5	72	38	1	3	56	1.25
14737071--14737255	64	2.9	64	85	0	253	37	21	20	21	1.95
14737966--14738006	20	2.0	20	95	0	73	39	12	14	34	1.84
14742208--14742246	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
14756492--14756559	25	2.7	25	90	0	109	32	25	20	22	1.98
14758274--14758325	23	2.3	23	89	0	77	40	21	9	28	1.84
14762442--14762484	18	2.5	17	85	10	61	62	0	0	37	0.95
14762726--14762762	16	2.4	16	95	4	67	40	13	0	45	1.43
14762790--14762833	21	2.1	21	82	0	52	54	11	2	31	1.48
14767139--14767172	5	6.8	5	100	0	68	82	0	0	17	0.67
14769356--14769422	34	1.9	35	93	3	118	32	8	11	46	1.72
14771458--14771519	31	2.0	32	84	15	85	37	1	3	58	1.24
14772940--14772970	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
14773472--14773516	22	2.0	22	82	0	54	33	13	13	40	1.83
14774857--14774966	4	27.5	4	100	0	220	50	25	0	24	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14783858--14783895	16	2.4	16	90	0	58	52	0	2	44	1.14
14788617--14788808	21	9.2	21	67	5	84	42	16	23	17	1.89
14788617--14788771	42	3.7	42	89	1	213	42	17	23	16	1.88
14792352--14792383	5	6.4	5	96	0	55	15	0	3	81	0.82
14793522--14793556	18	2.0	18	94	5	63	11	31	45	11	1.76
14795528--14795795	41	6.5	42	87	3	307	26	23	20	29	1.99
14803043--14803226	42	4.4	42	88	4	257	27	21	19	31	1.97
14803000--14803226	84	2.7	84	85	8	286	27	22	19	31	1.98
14803396--14803426	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
14805230--14805274	18	2.5	18	79	10	56	40	2	17	40	1.62
14811346--14811381	19	1.9	19	88	5	56	38	2	5	52	1.39
14825408--14825482	32	2.3	32	81	0	87	20	20	22	37	1.94
14826205--14826237	3	11.3	3	93	6	59	0	33	0	66	0.92
14842652--14842697	19	2.3	20	85	3	58	45	0	4	50	1.21
14842669--14842712	18	2.3	20	84	7	56	43	0	4	52	1.22
14849276--14849337	31	2.0	31	100	0	124	51	22	6	19	1.69
14849588--14849620	9	3.5	10	88	12	52	45	0	42	12	1.41
14851204--14851384	34	5.3	34	89	0	263	33	16	18	32	1.93
14851542--14851589	15	3.2	15	78	0	51	27	22	20	29	1.99
14858428--14858479	3	17.3	3	80	7	61	34	0	38	26	1.57
14859916--14859986	24	3.0	22	72	11	70	53	1	0	45	1.09
14859948--14860028	29	2.8	28	77	18	71	59	1	1	38	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14859948--14860016	30	2.3	31	80	12	81	57	1	1	39	1.16
14860071--14860104	11	3.2	11	87	4	52	20	8	0	70	1.13
14861429--14861482	17	3.1	17	84	5	72	70	7	0	22	1.12
14861438--14861495	18	3.1	19	80	12	57	68	5	0	25	1.10
14864401--14864442	18	2.3	18	95	0	75	38	4	14	42	1.66
14864587--14864681	44	2.1	45	79	9	106	26	18	22	32	1.97
14867825--14867995	26	6.5	26	81	11	177	36	21	18	24	1.95
14868716--14868762	23	2.0	24	91	4	78	36	17	2	44	1.60
14875352--14875438	26	3.3	25	76	17	79	40	19	16	24	1.91
14875598--14875656	27	2.2	27	81	6	66	22	23	18	35	1.96
14875425--14876212	394	2.0	394	96	0	1452	23	14	25	35	1.94
14876218--14876278	28	2.2	28	81	0	68	27	22	26	22	1.99
14878508--14878554	21	2.2	21	84	0	58	44	19	34	2	1.62
14879812--14879870	31	1.9	32	86	6	86	30	0	5	64	1.15
14882897--14882951	27	2.0	27	89	6	85	50	7	12	29	1.67
14892495--14892561	32	2.1	32	100	0	134	28	20	8	41	1.83
14907656--14907838	94	1.9	94	89	0	285	30	20	14	34	1.92
14907531--14908196	224	3.0	223	80	4	814	31	18	13	36	1.90
14907838--14908049	99	2.1	99	88	0	307	28	16	15	39	1.89
14907977--14908178	63	3.2	63	68	13	169	32	18	12	36	1.89
14907937--14908425	130	3.8	130	84	4	648	31	17	14	36	1.90
14914295--14914321	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14916298--14916351	29	1.9	28	85	7	74	55	12	5	25	1.59
14916825--14916850	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14917602--14917647	15	2.9	16	84	12	60	34	4	0	60	1.16
14918833--14918872	20	2.0	20	86	13	57	65	5	0	30	1.14
14923035--14923073	12	3.2	12	92	0	51	2	35	17	43	1.63
14923059--14923106	21	2.3	21	88	0	69	2	43	18	35	1.62
14928575--14928673	16	5.9	17	76	13	73	28	3	21	47	1.65
14928575--14928682	9	12.6	9	75	16	86	28	2	21	47	1.65
14928749--14928810	12	5.5	11	87	11	74	29	1	16	53	1.52
14928756--14928810	12	4.8	12	88	4	78	29	1	16	52	1.54
14928749--14928817	24	3.0	24	87	8	92	27	1	17	53	1.52
14928769--14928942	24	7.9	22	68	22	84	31	2	20	46	1.63
14928948--14929010	19	3.3	19	73	8	65	53	1	0	44	1.10
14928954--14929010	17	3.1	17	76	16	60	56	1	0	42	1.10
14928950--14929013	21	3.3	20	74	22	66	56	1	0	42	1.09
14929011--14929091	9	9.0	9	67	15	51	38	1	18	41	1.58
14929048--14929096	18	2.9	17	85	8	64	42	2	18	36	1.62
14932483--14932879	115	3.5	115	81	4	489	30	21	18	29	1.97
14932466--14932887	229	1.8	229	89	2	668	30	21	18	29	1.97
14932525--14932892	114	3.2	112	80	6	423	30	22	17	29	1.96
14935368--14935409	20	2.1	20	90	0	66	59	2	4	33	1.31
14935409--14935595	30	6.1	30	74	13	157	42	10	1	45	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14935385--14935459	37	2.0	37	84	0	96	46	8	2	42	1.47
14935649--14935702	25	2.1	26	83	10	67	51	14	1	31	1.53
14935679--14935744	16	3.8	16	72	18	60	48	18	0	33	1.48
14935667--14935738	37	1.9	37	97	0	135	48	18	0	33	1.48
14935704--14936121	25	16.5	25	71	16	149	45	18	3	31	1.67
14935409--14935703	155	1.9	152	82	7	359	44	11	2	42	1.51
14935839--14936117	41	6.4	41	75	14	211	48	17	3	29	1.66
14935881--14936088	114	1.8	114	92	0	353	47	18	5	28	1.70
14935782--14936091	16	19.1	16	66	19	92	47	19	4	29	1.68
14941615--14941659	21	2.1	21	87	0	63	31	13	48	6	1.68
14942019--14942255	43	5.5	43	80	3	262	28	19	28	23	1.98
14942032--14942259	86	2.7	86	83	6	293	29	20	28	21	1.98
14945843--14945913	36	2.0	36	97	0	133	36	7	9	46	1.64
14945879--14950848	709	7.0	709	93	1	8282	35	16	14	34	1.89
14950133--14950201	34	2.0	34	91	0	111	33	8	10	47	1.68
14959252--14959313	14	4.8	13	80	13	56	77	1	16	4	1.02
14960388--14960445	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
14960900--14960956	11	5.0	11	72	8	51	61	0	7	31	1.23
14961034--14961079	25	1.9	24	86	8	67	69	2	4	23	1.17
14962508--14963497	50	19.8	50	72	1	710	23	20	21	34	1.97
14962508--14963515	100	10.1	100	90	0	1518	23	20	21	33	1.97
14963504--14963599	44	2.2	44	83	3	113	31	19	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14963705--14963911	44	4.7	44	80	2	254	28	28	16	25	1.97
14963702--14963911	88	2.4	88	91	3	368	29	28	16	25	1.97
14965331--14965423	48	1.9	49	84	2	125	16	20	16	47	1.83
14966271--14966320	12	4.3	12	85	7	59	12	8	6	74	1.22
14966271--14966308	17	2.2	17	90	0	58	10	10	2	76	1.12
14966271--14966320	6	8.7	6	86	6	50	12	8	6	74	1.22
14966311--14966374	25	2.5	25	84	2	83	9	3	9	78	1.07
14966271--14966338	18	3.9	17	76	5	57	10	8	4	76	1.14
14966299--14966361	18	3.5	17	76	6	54	9	3	9	77	1.09
14967123--14967181	25	2.3	25	82	8	66	59	5	13	22	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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