genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  91  of  187  ( 22383 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27253746--27253822	19	4.0	21	75	16	69	50	0	3	45	1.20
27256300--27256359	31	1.9	31	83	10	77	36	3	5	55	1.38
27259421--27259469	21	2.3	21	85	0	62	32	18	44	4	1.68
27259933--27260225	43	6.9	43	85	4	290	25	22	20	31	1.98
27259934--27260247	128	2.4	128	82	3	346	26	23	20	30	1.98
27259933--27260226	85	3.4	85	84	4	306	25	22	20	31	1.98
27263274--27263298	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
27265674--27265699	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27269991--27270038	17	2.5	20	71	25	50	66	10	8	14	1.43
27277352--27277384	17	1.9	17	88	11	50	30	3	21	45	1.67
27279541--27279589	20	2.5	20	100	0	98	26	22	16	34	1.95
27284022--27284064	19	2.2	20	80	12	54	18	6	0	74	1.04
27289615--27289655	20	2.0	21	86	13	59	36	4	0	58	1.20
27301986--27302545	44	12.8	43	73	11	284	30	19	23	26	1.98
27301904--27302539	89	7.2	89	74	11	399	29	19	24	26	1.98
27301904--27302539	45	14.5	45	74	11	453	29	19	24	26	1.98
27301904--27302551	307	2.1	306	81	6	783	30	19	24	26	1.98
27304026--27304066	20	2.0	21	86	13	59	36	4	0	58	1.20
27308364--27308716	92	3.8	92	73	11	299	33	16	19	30	1.94
27308367--27308713	182	1.9	182	90	0	550	33	17	19	29	1.94
27308685--27308804	44	2.7	44	88	0	159	29	16	21	32	1.95
27308726--27308818	44	2.1	44	85	0	123	32	17	19	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27308362--27309117	45	16.6	45	67	15	234	32	17	19	29	1.95
27308867--27309192	181	1.8	181	92	0	553	32	17	19	30	1.95
27308862--27309173	96	3.4	96	72	10	324	32	17	20	29	1.95
27324893--27324982	44	2.0	44	95	0	162	27	12	12	47	1.76
27327419--27327493	26	2.9	26	79	0	96	34	20	6	38	1.78
27327640--27327677	19	2.1	18	85	14	51	13	23	0	63	1.30
27330198--27330230	16	2.0	16	94	5	57	24	0	3	72	0.98
27330298--27330332	13	2.7	13	81	0	52	25	11	8	54	1.64
27332045--27332103	25	2.4	24	83	5	73	69	6	8	15	1.34
27335235--27335278	17	2.5	18	82	14	56	47	2	0	50	1.13
27339713--27339771	29	2.0	29	83	6	75	47	23	8	20	1.77
27340324--27340433	24	4.6	24	98	0	211	21	15	42	20	1.88
27341395--27341717	22	14.7	22	85	0	432	41	18	12	27	1.86
27341821--27341899	22	3.6	22	84	0	113	41	18	10	29	1.83
27341818--27341902	44	1.9	44	95	0	152	42	18	9	29	1.82
27348315--27348353	18	2.1	19	90	4	62	33	17	0	48	1.48
27348986--27349044	5	12.0	5	76	20	54	55	18	3	22	1.57
27352442--27352530	27	3.3	27	91	0	142	15	32	34	16	1.91
27352585--27352654	4	18.0	4	74	21	53	71	0	27	1	0.94
27352617--27352720	30	3.4	30	81	12	120	64	0	34	0	1.00
27352587--27352688	46	2.3	43	83	11	125	70	0	28	0	0.94
27352805--27352858	28	2.0	27	85	3	72	42	3	9	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27357719--27357763	18	2.5	18	96	0	81	15	51	4	28	1.63
27358485--27358543	3	19.7	3	100	0	118	66	0	0	33	0.92
27361998--27362040	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
27362666--27362709	18	2.4	18	88	0	61	18	9	25	47	1.77
27363220--27363256	16	2.2	17	95	4	67	29	0	13	56	1.37
27364899--27364932	17	2.0	17	94	0	59	14	38	23	23	1.92
27365659--27365719	27	2.3	27	91	0	95	22	34	24	18	1.96
27366884--27366921	19	2.0	19	85	10	51	44	0	0	55	0.99
27374718--27374742	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
27385072--27385149	37	2.1	37	92	0	129	6	47	35	10	1.63
27386061--27386291	44	5.4	43	74	16	187	27	21	22	29	1.99
27386336--27387242	50	18.2	50	70	7	531	23	20	23	31	1.98
27386322--27387059	100	7.4	100	86	1	912	24	19	23	32	1.98
27386322--27387059	301	2.5	301	88	1	1094	24	19	23	32	1.98
27386781--27387242	244	1.9	244	92	0	780	23	20	24	31	1.98
27387299--27387505	87	2.4	87	89	0	306	23	24	22	29	1.99
27387453--27387561	56	1.9	57	94	1	193	21	25	21	32	1.98
27387365--27387647	143	2.0	143	92	1	478	22	24	22	30	1.99
27387510--27387998	87	5.7	87	92	0	813	24	23	22	29	1.99
27387299--27387745	229	2.0	229	90	1	718	23	24	22	29	1.99
27387510--27387998	173	2.8	173	95	0	872	24	23	22	29	1.99
27389043--27389089	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27389174--27389211	16	2.3	17	90	4	60	10	10	0	78	0.95
27395611--27395636	12	2.2	12	100	0	52	92	0	7	0	0.39
27395602--27395637	14	2.5	14	90	4	54	88	0	11	0	0.50
27395602--27395637	15	2.4	15	90	0	54	88	0	11	0	0.50
27396470--27396505	10	3.5	10	92	3	54	61	0	11	27	1.30
27396595--27396640	20	2.3	20	88	7	67	54	2	4	39	1.32
27396953--27397027	36	2.0	38	87	10	109	38	5	0	56	1.22
27396977--27397032	20	2.8	20	81	8	60	39	5	0	55	1.23
27397049--27397083	17	2.1	17	88	0	52	48	2	0	48	1.16
27402682--27402758	38	2.0	38	100	0	154	25	15	15	42	1.86
27406270--27406368	29	3.3	29	71	8	81	45	3	3	48	1.33
27406320--27406406	42	2.1	42	88	0	129	45	3	4	45	1.40
27406241--27406430	103	1.8	103	95	0	344	44	3	4	47	1.40
27413215--27413271	21	2.7	22	80	17	68	49	0	5	45	1.24
27417554--27417596	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
27426453--27426497	24	2.0	22	83	16	56	33	22	6	37	1.80
27430629--27430667	21	1.9	21	89	5	62	25	15	25	33	1.95
27434740--27434808	3	23.0	3	100	0	138	33	0	0	66	0.92
27438130--27438176	24	1.9	25	91	4	78	36	0	2	61	1.08
27438243--27438452	68	3.1	68	92	4	345	45	8	5	40	1.57
27438441--27438482	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
27438456--27438511	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27438780--27438839	27	2.2	27	81	0	75	36	13	21	28	1.91
27440173--27440206	18	1.9	17	88	5	50	38	2	0	58	1.13
27440366--27440403	20	1.9	20	88	0	58	50	5	0	44	1.24
27443119--27443161	22	2.0	22	95	0	77	37	4	23	34	1.76
27450969--27451217	85	2.9	86	82	8	253	28	21	20	29	1.98
27450967--27451222	42	6.0	42	82	4	291	28	21	20	30	1.98
27452629--27452659	7	4.4	7	95	0	53	16	25	0	58	1.38
27463517--27463557	11	3.6	11	84	15	57	70	0	29	0	0.87
27464138--27464188	14	3.5	15	77	15	54	68	1	3	25	1.17
27466067--27466768	162	4.4	157	73	14	604	30	10	8	49	1.68
27466067--27466768	319	2.2	315	93	2	1178	30	10	8	49	1.68
27466067--27466791	157	4.6	153	69	17	421	30	11	8	49	1.67
27467092--27467240	24	6.1	24	68	20	94	0	30	0	69	0.89
27467090--27467241	30	5.0	30	75	18	95	0	30	0	69	0.89
27467141--27467286	44	3.5	44	82	15	195	0	30	0	69	0.89
27467146--27467290	38	3.6	38	78	13	139	0	31	0	68	0.90
27467137--27467289	14	10.3	14	72	17	89	0	30	0	69	0.89
27467222--27467300	24	3.3	22	70	15	59	0	34	0	65	0.93
27468027--27468067	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
27468485--27468510	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
27468576--27468635	18	3.2	19	76	23	56	48	0	0	51	1.00
27470324--27470375	21	2.5	21	83	0	77	13	19	42	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27480657--27480797	21	6.8	21	77	3	133	19	19	16	44	1.87
27480657--27480704	20	2.3	20	85	3	60	22	16	16	43	1.87
27480678--27480826	42	3.6	42	83	4	169	17	20	17	44	1.86
27480691--27480848	21	7.6	21	76	1	77	15	19	19	45	1.85
27485419--27485506	46	1.9	46	86	4	124	38	19	20	21	1.93
27485658--27485709	22	2.4	22	83	0	68	46	19	17	17	1.85
27485712--27485804	32	2.9	32	72	0	87	39	23	17	19	1.92
27485979--27486084	24	4.4	24	90	0	131	45	23	8	22	1.80
27486106--27486345	27	8.9	27	76	6	202	22	18	21	37	1.94
27486110--27486345	54	4.4	54	80	4	226	22	18	21	38	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187