genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24355414--24355507	19	4.8	19	90	5	152	37	10	15	36	1.83
24355414--24355514	40	2.7	38	88	8	152	37	9	16	35	1.82
24355446--24355530	21	4.0	22	79	14	81	37	7	16	38	1.76
24355496--24355540	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
24356531--24356555	9	2.8	9	100	0	50	24	0	8	68	1.16
24356831--24357021	98	1.9	98	94	0	337	28	10	24	36	1.88
24380179--24380268	23	4.1	23	71	11	98	45	6	26	21	1.76
24380198--24380281	42	2.0	42	92	0	141	45	8	21	25	1.79
24384718--24384807	23	4.1	23	71	11	98	45	6	26	21	1.76
24384737--24384820	42	2.0	42	92	0	141	45	8	21	25	1.79
24390437--24390477	14	2.8	14	85	7	55	75	0	2	21	0.92
24394788--24394820	8	4.2	8	88	3	50	39	3	12	45	1.57
24400105--24400172	29	2.3	31	80	9	81	25	17	20	36	1.94
24402538--24402631	45	2.1	45	91	0	152	43	10	4	41	1.59
24405283--24405346	31	2.1	31	93	0	110	25	25	18	31	1.98
24408888--24408925	18	2.0	19	85	10	51	65	0	0	34	0.93
24410388--24410441	23	2.3	23	84	6	65	27	31	14	25	1.95
24411783--24411836	23	2.3	23	81	6	65	33	18	14	33	1.92
24411963--24412007	19	2.4	19	85	7	65	64	4	0	31	1.13
24412731--24412763	15	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
24413467--24413499	14	2.3	15	94	5	59	24	0	0	75	0.80
24421106--24421191	21	4.0	23	80	11	110	37	24	22	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24421106--24421192	44	2.0	41	86	6	120	36	24	21	17	1.94
24427527--24427551	6	4.2	6	100	0	50	16	48	20	16	1.82
24432655--24432875	43	5.2	42	83	5	250	29	31	18	20	1.96
24432651--24432832	43	4.3	43	88	4	260	30	32	17	19	1.95
24439088--24439117	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24443637--24443679	17	2.5	17	88	0	68	16	30	30	23	1.96
24444791--24444818	14	2.0	14	100	0	56	21	7	21	50	1.72
24445347--24445371	13	1.9	13	100	0	50	20	0	32	48	1.50
24446795--24446851	28	2.0	28	100	0	114	24	17	29	28	1.97
24447487--24447560	3	24.3	3	88	2	103	33	4	1	60	1.24
24452589--24452613	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
24467741--24467773	17	1.9	17	93	0	57	36	18	18	27	1.94
24471923--24472257	43	7.8	43	77	10	206	40	23	12	22	1.89
24471923--24472257	86	3.9	86	75	9	292	40	23	12	22	1.89
24471944--24472261	128	2.5	129	80	8	360	41	23	13	22	1.88
24472195--24472335	72	2.0	71	83	5	176	41	20	16	21	1.90
24476239--24476331	35	2.6	35	89	1	141	44	35	9	10	1.72
24477624--24477800	35	5.2	35	75	9	159	33	2	29	33	1.72
24477712--24477839	35	3.7	35	79	0	103	32	5	29	32	1.80
24477624--24477803	100	1.8	100	81	4	229	33	2	29	33	1.72
24488783--24488952	60	2.9	59	79	6	175	47	18	13	20	1.82
24489656--24489701	24	1.9	24	91	8	76	52	8	17	21	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24497430--24497490	26	2.3	26	83	5	70	13	26	22	37	1.91
24501286--24501382	42	2.3	42	89	3	151	15	26	36	21	1.93
24502165--24502189	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24502457--24502497	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
24505951--24506269	88	3.6	88	89	0	496	27	26	25	20	1.99
24507792--24508118	174	1.9	174	82	5	410	27	24	24	24	2.00
24510080--24510113	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
24510430--24510460	16	2.0	16	93	6	55	25	6	3	64	1.33
24514269--24514311	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
24530590--24530626	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
24540828--24541211	30	12.9	30	91	2	528	33	9	16	40	1.81
24540828--24541211	90	4.3	90	91	0	583	33	9	16	40	1.81
24545847--24545906	19	3.2	18	79	9	66	33	3	1	61	1.22
24547812--24548091	152	1.8	152	82	1	355	30	14	18	36	1.91
24557103--24557151	14	3.2	14	76	18	53	51	8	8	32	1.61
24557241--24557304	27	2.4	26	89	2	92	39	4	6	50	1.49
24557386--24557462	38	2.0	38	90	9	122	49	7	15	27	1.72
24565096--24565129	15	2.3	15	90	10	52	38	5	17	38	1.74
24567319--24567429	27	4.1	27	82	4	134	25	23	9	41	1.85
24568869--24568921	25	2.2	24	82	3	61	18	20	20	39	1.92
24568966--24569054	45	1.9	47	84	8	121	23	20	15	40	1.91
24569521--24569560	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24569544--24569583	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
24569529--24569595	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
24569523--24569599	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
24572521--24572571	18	2.8	18	69	0	57	41	3	41	13	1.63
24581490--24581546	28	2.2	25	81	15	62	64	0	15	19	1.28
24586060--24586100	18	2.3	18	84	12	50	19	14	4	60	1.51
24586051--24586105	17	3.2	17	75	14	58	23	14	5	56	1.59
24591581--24591659	22	3.6	22	85	0	113	31	26	15	26	1.95
24593055--24593220	24	6.8	24	69	17	74	37	19	22	19	1.94
24600368--24600427	25	2.4	25	100	0	120	6	68	0	25	1.14
24604802--24604835	15	2.1	16	89	10	52	52	8	0	38	1.33
24605797--24605844	25	1.9	25	100	0	96	41	4	0	54	1.20
24608551--24608889	178	1.9	177	87	3	493	24	11	19	43	1.84
24614873--24614898	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
24617547--24617694	78	1.9	78	82	9	187	57	6	2	33	1.37
24620337--24620381	22	2.0	23	87	12	67	66	2	0	31	1.04
24620616--24620656	20	2.0	20	85	0	55	63	0	2	34	1.08
24620612--24620657	15	3.1	15	81	15	60	65	0	2	32	1.05
24623024--24623072	24	2.0	24	88	0	71	36	16	28	18	1.92
24624253--24624448	51	3.9	51	80	4	227	25	18	27	29	1.98
24624452--24624538	45	1.9	45	90	0	138	24	17	24	34	1.96
24628950--24628981	15	2.1	16	88	11	50	15	9	6	68	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24632170--24632214	17	2.8	17	80	10	58	53	2	20	24	1.57
24633025--24633062	19	2.0	20	89	5	60	55	13	2	28	1.51
24632979--24633123	71	2.0	71	92	2	238	53	8	5	31	1.55
24639541--24639605	16	4.1	16	91	0	112	36	7	35	20	1.81
24639586--24639681	44	2.2	45	86	5	133	32	4	27	36	1.76
24639838--24639872	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24639991--24640029	16	2.4	16	100	0	78	41	12	0	46	1.42
24648049--24648130	41	2.0	41	97	0	155	37	10	17	34	1.85
24652364--24652423	16	3.5	17	81	4	59	63	6	3	26	1.35
24654338--24654397	16	3.6	17	79	16	63	33	0	0	66	0.92
24660487--24660528	22	2.0	21	85	4	57	66	4	0	28	1.12
24668225--24668255	6	5.2	6	100	0	62	51	0	0	48	1.00
24668925--24668972	20	2.4	20	82	6	62	27	20	14	37	1.92
24669234--24669272	19	2.1	19	100	0	78	25	0	35	38	1.56
24669363--24669387	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
24675119--24675156	15	2.5	15	87	12	51	39	0	2	57	1.12
24675260--24675302	21	2.1	21	91	4	70	32	4	11	51	1.59
24677820--24677884	16	4.5	14	80	16	62	66	0	4	29	1.12
24692937--24692961	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
24695312--24695385	17	4.4	17	71	6	60	32	6	13	47	1.69
24699388--24699482	48	2.0	48	95	0	172	42	14	21	22	1.89
24709052--24709088	15	2.4	16	95	4	67	72	5	2	18	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24711614--24711644	13	2.4	13	94	0	53	19	22	9	48	1.78
24723411--24723442	16	2.0	16	100	0	64	25	25	12	37	1.91
24728619--24728731	19	5.8	19	91	4	190	37	15	9	38	1.80
24728619--24728730	40	2.8	40	97	2	210	37	14	9	38	1.79
24728612--24728731	59	2.1	56	90	6	188	37	15	9	38	1.79
24729026--24729070	18	2.5	18	85	0	54	44	11	0	44	1.39
24732613--24732809	105	1.9	104	81	4	243	32	17	24	25	1.96
24734102--24734180	11	6.9	11	70	23	56	65	6	0	27	1.16
24734653--24734684	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24741709--24741738	16	1.9	15	93	6	51	40	0	10	50	1.36

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