genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  65  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19019710--19019826	45	2.3	52	72	25	131	22	19	12	45	1.84
19019723--19019817	45	2.1	45	96	0	172	21	18	15	44	1.87
19019732--19019827	45	2.1	45	90	0	147	23	18	14	42	1.88
19022929--19023151	43	5.2	42	84	5	268	27	30	18	24	1.98
19022929--19023151	86	2.6	85	86	5	297	27	30	18	24	1.98
19023416--19023500	43	2.0	43	88	0	125	45	11	7	35	1.68
19027649--19027689	21	1.9	22	85	5	57	41	39	0	19	1.52
19027690--19027733	14	3.1	14	81	12	54	36	34	0	29	1.58
19027931--19028017	15	5.9	15	72	12	56	35	44	0	19	1.51
19027931--19027964	8	4.6	7	86	13	50	32	50	0	17	1.47
19028271--19028773	114	4.4	114	90	1	704	27	26	23	22	2.00
19028271--19028773	229	2.2	228	88	2	724	27	26	23	22	2.00
19028684--19028864	91	2.0	91	87	2	265	23	27	25	23	2.00
19029283--19029323	15	2.7	15	85	11	57	17	0	7	75	1.02
19038758--19038869	40	2.8	40	86	1	154	41	20	17	20	1.91
19038761--19038884	40	3.1	40	82	6	137	39	20	17	22	1.92
19038934--19039082	41	3.7	40	86	7	201	25	18	25	30	1.98
19039493--19039536	14	3.1	14	83	3	52	29	2	31	36	1.70
19039672--19039765	7	13.4	7	82	0	116	14	0	52	32	1.43
19039672--19039752	28	2.9	28	98	0	153	13	0	53	33	1.40
19039878--19039931	7	7.6	7	85	2	72	18	0	51	29	1.46
19039878--19039931	21	2.5	21	87	3	81	18	0	51	29	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19040515--19040741	113	2.0	115	90	4	361	41	14	11	31	1.82
19041241--19041266	11	2.4	11	100	0	52	0	7	7	84	0.77
19043929--19044050	43	2.9	43	78	9	144	28	13	27	30	1.95
19046048--19046098	3	17.0	3	95	0	93	35	33	0	31	1.58
19047774--19047817	23	1.9	23	95	0	79	38	20	18	22	1.93
19048655--19048754	30	3.5	30	73	13	111	44	16	5	35	1.69
19048684--19048784	5	20.2	5	78	4	69	40	18	5	34	1.75
19048659--19048750	25	3.5	25	70	18	78	44	15	5	34	1.69
19048684--19048784	30	3.4	30	77	0	103	40	18	5	34	1.75
19052956--19052985	7	4.3	7	100	0	60	26	0	26	46	1.53
19055200--19055429	27	8.5	27	75	7	180	18	26	19	35	1.95
19055224--19055429	81	2.5	81	92	1	324	19	26	18	34	1.96
19056457--19056661	114	1.8	114	94	1	322	28	24	13	33	1.93
19074657--19074976	159	2.0	159	93	0	550	33	18	14	34	1.91
19075332--19075367	16	2.2	17	90	5	56	44	8	0	47	1.33
19075493--19075526	14	2.3	15	90	5	52	47	0	0	52	1.00
19077409--19077523	43	2.7	43	76	10	117	31	28	15	24	1.96
19082710--19082763	25	2.2	25	83	3	65	44	20	9	25	1.81
19082723--19082774	25	2.1	25	96	0	95	30	28	7	32	1.85
19083121--19083158	18	2.1	18	85	9	51	52	31	0	15	1.43
19083121--19083158	17	2.2	18	85	4	51	52	31	0	15	1.43
19090329--19090490	83	2.0	83	94	0	288	37	15	22	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19094682--19094724	20	2.2	20	83	8	52	2	20	0	76	0.89
19095255--19095383	40	3.2	40	81	4	136	32	17	25	24	1.97
19095273--19095401	40	3.2	40	78	7	129	32	20	24	22	1.98
19095272--19095387	40	3.0	39	81	7	137	33	18	23	25	1.96
19095442--19095776	41	8.2	41	88	4	471	17	20	32	30	1.95
19095980--19096027	22	2.2	21	77	3	51	18	0	33	47	1.49
19096065--19096104	20	2.0	21	90	5	64	20	0	27	52	1.46
19096367--19096407	21	2.0	20	90	4	64	21	2	39	36	1.67
19096905--19096955	23	2.2	23	89	6	77	37	5	0	56	1.23
19096898--19096946	23	2.1	23	96	0	89	36	8	0	55	1.30
19097949--19097979	14	2.2	14	100	0	62	32	9	12	45	1.75
19099582--19099834	43	5.9	43	83	6	291	21	17	31	29	1.96
19099585--19099834	86	2.9	85	86	2	340	21	18	31	29	1.97
19100756--19100922	43	3.9	44	74	10	132	29	26	18	25	1.98
19104066--19104103	18	2.1	18	95	0	67	34	5	13	47	1.65
19104958--19104990	13	2.5	13	86	13	50	0	24	6	69	1.10
19104958--19105002	14	3.3	14	82	17	51	2	22	6	68	1.24
19107427--19107753	165	2.0	161	82	7	401	38	14	13	34	1.84
19122998--19123070	11	6.7	10	80	13	74	21	30	0	47	1.51
19122998--19123070	22	3.3	21	88	9	110	21	30	0	47	1.51
19124233--19124261	7	4.1	7	100	0	58	27	0	13	58	1.36
19124789--19124847	30	2.0	30	82	0	73	32	40	16	10	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19124908--19124950	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
19125358--19125577	61	3.7	61	75	13	242	42	5	5	46	1.49
19126392--19127036	320	2.0	320	95	0	1157	30	19	17	31	1.95
19128175--19128455	125	2.2	125	91	1	447	29	21	17	32	1.96
19128508--19128806	96	3.1	98	86	3	401	40	17	3	39	1.64
19128833--19128882	7	7.3	7	73	13	50	44	40	2	14	1.56
19134388--19134438	24	2.1	24	88	0	75	47	1	11	39	1.52
19141760--19141785	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
19150113--19150169	28	2.0	28	100	0	114	49	14	3	33	1.60
19150603--19150655	27	2.0	27	100	0	106	43	18	18	18	1.88
19150981--19151026	18	2.5	19	79	10	51	34	6	2	56	1.37
19153487--19153513	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
19156516--19156544	14	2.0	15	93	6	51	34	44	0	20	1.52
19156513--19156557	22	2.0	22	91	0	72	35	40	0	24	1.56
19156854--19156905	7	7.3	7	77	12	52	46	34	0	19	1.50
19156856--19156908	16	3.6	15	82	10	56	49	32	0	18	1.48
19160612--19160648	7	5.3	7	96	0	65	37	2	29	29	1.71
19160619--19160896	51	5.5	50	90	1	403	32	14	24	28	1.94
19168489--19168515	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
19170466--19171022	113	4.9	113	84	4	674	25	24	22	26	2.00
19172599--19172630	7	4.6	7	100	0	64	40	0	31	28	1.57
19172601--19172738	51	2.7	50	90	1	222	32	13	24	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19179622--19179912	46	6.6	45	89	8	456	31	15	23	29	1.95
19179728--19179855	38	3.2	38	65	26	100	32	14	22	30	1.94
19179622--19179912	91	3.3	90	90	7	481	31	15	23	29	1.95
19179709--19179876	84	2.0	84	100	0	336	32	15	22	29	1.95
19182571--19182627	27	2.1	27	83	0	69	66	1	5	26	1.22
19182863--19182950	44	2.0	44	93	0	149	36	9	7	46	1.65
19183273--19183353	31	2.6	31	80	3	92	27	18	17	37	1.93
19185404--19185432	15	1.9	15	100	0	58	44	0	34	20	1.52
19188346--19188385	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
19188369--19188408	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
19188354--19188420	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
19188472--19188533	24	2.7	22	76	13	63	43	3	1	51	1.27
19188486--19188513	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
19188704--19188847	72	2.0	72	91	0	234	45	18	7	27	1.77
19189786--19189854	35	1.9	36	97	2	131	52	18	2	26	1.60
19189822--19189891	27	2.5	28	81	6	81	52	21	2	22	1.60
19191266--19191327	26	2.3	26	83	2	79	43	11	9	35	1.73
19191280--19191333	26	2.1	26	92	0	90	40	11	12	35	1.79
19191653--19191687	14	2.6	13	86	8	52	45	0	0	54	0.99
19191675--19191728	24	2.4	22	90	6	81	51	0	9	38	1.34
19192340--19192366	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
19194124--19194156	12	2.8	12	95	0	57	54	6	39	0	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19194375--19194402	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
19199210--19199242	5	6.6	5	100	0	66	21	0	60	18	1.36
19199701--19199749	20	2.4	20	77	12	55	55	6	2	36	1.37
19202561--19202601	18	2.4	17	88	8	57	36	2	0	60	1.10
19202561--19202602	9	5.0	8	81	18	50	35	2	0	61	1.09
19202561--19202602	16	2.5	17	88	7	59	35	2	0	61	1.09
19203886--19203917	15	2.1	15	100	0	64	34	12	34	18	1.89
19207367--19207416	19	2.7	18	81	6	64	66	0	0	34	0.92
19207367--19207415	10	5.2	9	76	9	53	67	0	0	32	0.91
19207406--19207439	16	2.1	16	88	5	50	58	0	0	41	0.98

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