genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  62  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18247177--18247843	127	5.3	127	94	0	1145	26	22	22	28	1.99
18247392--18247931	44	12.6	44	71	14	285	25	22	22	29	1.99
18249106--18249209	5	20.8	5	80	16	94	0	18	0	80	0.76
18249113--18249198	4	20.8	4	84	14	72	1	18	0	80	0.78
18249106--18249210	35	3.1	35	83	12	141	1	18	0	80	0.81
18249105--18249209	39	2.7	40	87	8	139	1	18	0	80	0.81
18252728--18252789	25	2.5	25	84	7	74	64	3	14	17	1.41
18252747--18252801	25	2.2	25	90	0	83	63	9	10	16	1.51
18256206--18256311	51	2.1	51	100	0	212	18	30	11	39	1.86
18260177--18260213	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
18260247--18260283	15	2.3	17	86	9	51	72	8	2	16	1.19
18262173--18262221	25	1.9	26	91	4	82	59	8	16	16	1.60
18263028--18263078	16	3.2	16	85	0	75	27	23	5	43	1.77
18263971--18264049	15	5.1	15	69	20	56	44	0	2	53	1.14
18265242--18265267	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
18267317--18267350	11	3.0	11	95	4	59	17	35	0	47	1.48
18267315--18267390	22	3.4	22	79	16	77	25	30	0	44	1.54
18269223--18269257	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
18269729--18269866	25	5.7	25	74	13	137	42	0	13	43	1.48
18269675--18269856	45	4.0	44	77	17	199	40	0	12	46	1.46
18269685--18269866	95	1.9	94	94	1	319	41	0	12	45	1.46
18269862--18270090	23	9.6	23	75	20	156	45	27	0	26	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18269882--18270207	29	12.0	29	75	22	213	46	25	0	28	1.53
18269936--18270013	22	3.6	22	98	1	149	47	26	0	25	1.52
18269936--18270023	43	2.1	41	91	8	142	46	26	0	27	1.53
18270068--18270142	37	2.0	37	97	0	141	44	22	0	33	1.53
18270039--18270207	66	2.7	64	88	9	242	46	23	0	30	1.53
18270329--18270445	43	2.8	41	76	14	130	46	24	0	28	1.59
18270333--18270435	20	4.9	21	75	16	88	46	25	0	28	1.53
18270381--18270437	22	2.7	22	91	5	91	47	29	0	22	1.52
18270447--18270667	116	1.9	116	96	0	406	38	10	8	42	1.70
18270655--18270696	18	2.4	17	84	7	57	45	7	2	45	1.44
18273707--18274183	126	3.8	126	93	0	798	31	22	16	28	1.96
18274276--18274377	42	2.4	42	88	0	150	26	28	26	18	1.98
18275436--18275529	47	2.0	47	100	0	188	23	36	17	23	1.95
18281805--18281851	22	2.1	22	81	14	53	70	8	21	0	1.14
18282466--18282512	24	2.0	23	84	12	60	51	4	14	29	1.62
18287347--18287385	13	3.0	13	88	7	53	53	5	17	23	1.63
18287581--18287609	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
18289384--18289439	26	2.2	26	90	0	85	44	10	16	28	1.80
18292972--18293023	22	2.6	20	76	11	54	63	3	1	30	1.23
18295022--18295074	23	2.3	23	96	0	97	39	9	11	39	1.74
18299696--18299744	22	2.3	22	86	6	66	24	22	14	38	1.91
18304326--18304449	57	2.2	58	83	4	162	14	21	9	54	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18306917--18307062	41	3.6	40	78	9	136	24	19	27	28	1.99
18313359--18313400	13	3.2	13	86	3	57	35	16	2	45	1.61
18314614--18314657	22	2.0	22	86	8	63	52	2	2	43	1.26
18316083--18316120	20	1.9	20	88	0	58	31	5	10	52	1.58
18325115--18325164	25	2.0	25	96	0	91	40	16	6	38	1.73
18328621--18328735	31	3.7	31	95	1	203	36	16	14	32	1.89
18330327--18330461	18	8.0	17	69	19	86	39	0	2	57	1.19
18330264--18330446	41	4.6	40	68	22	109	40	1	4	53	1.28
18330608--18330709	44	2.4	41	72	17	100	35	29	4	30	1.79
18330621--18330709	44	2.0	46	88	4	137	37	28	5	29	1.80
18330695--18330747	16	3.3	16	89	0	79	22	32	3	41	1.72
18332174--18332201	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
18341677--18341706	16	1.9	15	93	6	51	6	26	53	13	1.64
18341984--18342046	30	2.1	30	93	0	108	55	15	3	25	1.55
18342076--18342118	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
18351776--18351841	35	1.9	35	96	3	125	22	18	10	48	1.78
18352267--18352322	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
18360693--18360748	20	2.9	19	77	15	62	50	0	1	48	1.11
18372763--18372799	18	2.0	20	89	10	60	67	2	0	29	1.04
18372815--18372840	8	3.2	8	100	0	52	53	0	11	34	1.37
18374986--18375014	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
18377669--18377702	6	5.7	6	100	0	68	32	0	14	52	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18377650--18377700	18	2.8	18	84	0	57	31	3	15	49	1.63
18378603--18378648	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
18383734--18383788	18	2.9	19	76	10	60	3	14	5	76	1.10
18383726--18383784	26	2.2	26	87	9	82	5	16	6	71	1.26
18383752--18383788	16	2.2	18	85	9	51	2	13	5	78	1.03
18384624--18385060	214	2.0	215	88	2	653	27	25	19	28	1.99
18384495--18385038	44	12.6	44	69	9	197	27	25	18	28	1.98
18385030--18385773	128	5.8	128	91	0	1184	24	23	20	31	1.98
18386967--18386999	16	2.0	17	88	5	50	18	18	0	63	1.31
18393851--18393896	24	1.9	24	86	8	67	28	0	10	60	1.30
18394280--18394311	16	2.0	16	100	0	64	0	25	56	18	1.42
18395935--18395968	10	3.4	10	83	0	50	14	0	8	76	1.01
18396240--18396269	14	2.1	15	93	6	53	50	16	0	33	1.46
18396847--18396873	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
18401858--18401897	17	2.2	19	86	8	57	32	0	0	67	0.91
18404212--18404287	31	2.5	31	82	0	98	40	6	7	44	1.59
18405926--18405950	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
18411257--18411326	21	3.1	22	80	12	72	78	4	8	8	1.08
18411238--18411344	27	4.1	27	66	20	64	72	7	8	11	1.27
18413506--18413771	43	6.2	43	90	1	365	34	21	22	21	1.97
18413509--18413780	128	2.1	128	86	2	366	34	21	22	21	1.97
18413918--18414251	44	7.1	44	69	17	190	32	18	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18413900--18414079	98	1.8	98	84	2	245	31	19	20	28	1.97
18413896--18414414	142	3.7	141	87	5	716	32	18	21	28	1.96
18414042--18414221	98	1.8	98	81	2	227	32	19	20	27	1.97
18414418--18414537	44	2.7	44	79	7	136	27	22	26	23	1.99
18415205--18415229	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
18416536--18416560	13	1.9	13	100	0	50	24	4	16	56	1.57
18422513--18422625	35	3.1	34	65	20	86	59	1	7	30	1.36
18422445--18422720	73	3.8	72	87	4	376	61	2	7	28	1.35
18422695--18422728	4	8.5	4	100	0	68	76	0	0	23	0.79
18424423--18424463	21	2.0	21	90	9	66	14	0	9	75	1.04
18424660--18424892	95	2.4	96	86	0	315	31	18	15	34	1.92
18424730--18425118	45	8.5	45	77	9	358	30	19	16	33	1.94
18424756--18425118	137	2.7	139	85	5	492	29	19	16	34	1.94
18428484--18428539	15	3.5	17	79	16	57	64	7	3	25	1.35
18429648--18429680	15	2.1	16	88	5	50	9	9	0	81	0.87
18429701--18429725	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
18430344--18430458	41	2.7	43	80	9	128	27	20	20	30	1.98
18430473--18430650	89	2.0	89	88	0	266	27	25	17	29	1.98
18430525--18430817	44	6.7	43	75	9	179	29	22	17	30	1.97
18430888--18431368	182	2.6	182	79	5	411	28	20	19	31	1.97
18431241--18431408	44	3.8	43	77	8	140	28	23	18	29	1.98
18431241--18431403	89	1.8	88	81	1	200	27	23	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18432280--18432334	7	9.0	6	79	16	60	1	20	0	78	0.85
18432280--18432333	24	2.2	24	83	6	65	1	20	0	77	0.86
18432280--18432334	13	4.5	13	82	13	64	1	20	0	78	0.85
18437247--18437276	15	1.9	16	93	6	53	60	6	6	26	1.47
18438389--18438416	14	2.0	14	100	0	56	14	7	0	78	0.95
18444958--18444986	4	7.2	4	100	0	58	51	0	0	48	1.00
18445079--18445132	28	2.0	27	88	3	81	22	11	1	64	1.35
18445078--18445138	28	2.2	28	82	5	79	21	11	1	65	1.33
18445434--18445492	3	19.7	3	100	0	118	32	0	0	67	0.91
18448603--18448637	17	1.9	19	88	11	56	2	20	0	77	0.90

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