genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26906955--26907102	9	16.6	9	77	6	149	36	0	16	47	1.47
26906928--26907102	18	9.8	18	76	7	151	36	0	16	47	1.46
26906928--26907104	54	3.3	54	94	0	311	36	0	15	47	1.46
26907155--26907180	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
26907159--26907205	14	3.4	14	82	8	53	29	12	0	57	1.36
26908430--26908483	27	2.0	28	92	3	92	55	3	1	38	1.28
26911132--26911174	18	2.4	18	88	7	61	46	6	16	30	1.73
26929633--26929692	31	1.9	32	83	10	79	56	5	20	18	1.59
26955078--26955111	17	2.0	17	88	0	50	38	2	2	55	1.30
26955159--26955211	18	3.0	17	91	5	79	39	1	1	56	1.21
26954858--26955177	117	2.7	119	94	2	581	41	1	5	52	1.33
26955447--26955499	16	3.3	15	87	10	70	24	32	3	39	1.73
26955454--26955500	16	2.9	16	90	0	76	25	34	2	38	1.68
26955733--26955784	26	2.0	26	85	7	70	40	3	3	51	1.38
26956089--26956126	20	2.0	20	89	5	60	68	5	0	26	1.11
26956084--26956140	19	3.1	18	76	14	53	68	3	0	28	1.06
26956727--26956991	72	3.7	72	80	2	230	45	15	7	32	1.73
26956759--26956991	72	3.3	71	81	3	252	45	13	8	33	1.73
26957490--26957534	23	2.0	23	100	0	90	42	8	22	26	1.83
26959268--26959351	37	2.3	37	93	0	141	41	9	33	15	1.79
26967525--26967557	10	3.3	10	95	0	57	63	0	0	36	0.95
26967547--26967594	18	2.7	18	80	3	62	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26968787--26968831	22	2.0	23	91	4	74	60	6	20	13	1.55
26968777--26968835	22	3.0	20	77	18	52	61	6	22	10	1.51
26982347--26982375	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
26982463--26982538	2	39.5	2	77	7	68	50	2	3	43	1.34
26984790--26984839	26	2.0	25	84	7	66	40	6	16	38	1.73
26987688--26987775	28	2.8	32	75	19	87	26	21	26	26	2.00
26987715--26987777	28	2.2	28	97	0	117	28	19	25	26	1.98
26987856--26987936	26	3.1	26	81	0	108	35	25	19	18	1.95
26988170--26988412	27	9.1	26	90	3	324	17	18	23	40	1.91
26988182--26988412	80	2.9	79	91	3	354	16	18	24	40	1.91
26993133--26993190	28	2.0	28	86	3	80	25	24	13	36	1.92
26994982--26995011	16	1.9	15	93	6	51	26	10	16	46	1.78
26995403--26995478	20	3.7	20	74	6	71	42	26	19	11	1.86
26995445--26995617	42	4.1	42	89	0	220	49	21	13	15	1.78
26995487--26995555	20	3.3	20	68	7	57	47	23	14	14	1.81
26995445--26995617	84	2.1	84	88	0	256	49	21	13	15	1.78
26995469--26995617	22	7.0	22	69	9	112	49	22	12	15	1.78
26995615--26995675	24	2.5	24	91	0	104	39	16	22	21	1.92
27008649--27008690	19	2.2	19	87	12	59	45	0	2	52	1.13
27008786--27008812	7	3.9	7	100	0	54	29	11	0	59	1.32
27016587--27016629	17	2.5	17	88	0	59	16	23	13	46	1.83
27024588--27024666	37	2.1	38	83	2	97	39	12	3	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27025170--27025288	61	2.0	61	96	0	220	44	16	5	33	1.70
27025576--27025604	4	7.2	4	100	0	58	51	0	0	48	1.00
27028514--27028551	16	2.3	17	86	4	51	39	0	13	47	1.42
27033258--27033316	30	2.0	30	100	0	118	27	18	16	37	1.93
27040416--27040593	50	3.6	50	90	1	268	25	19	30	24	1.98
27046751--27047042	50	5.9	50	86	1	354	28	21	28	20	1.98
27058617--27058726	40	2.8	39	81	10	109	33	8	20	38	1.82
27058926--27059082	45	3.5	45	85	5	210	21	19	19	39	1.93
27058938--27059068	44	2.9	44	88	5	185	22	19	19	38	1.93
27072698--27072753	28	2.0	28	96	0	103	41	16	25	17	1.89
27072772--27072912	68	2.1	68	97	0	264	32	12	17	36	1.88
27074489--27074590	37	2.7	37	83	7	118	47	0	2	50	1.16
27074564--27074596	11	3.0	11	91	8	50	42	0	0	57	0.98
27074748--27074800	16	3.3	16	94	0	88	22	32	5	39	1.78
27075396--27075457	32	1.9	32	83	6	81	37	1	4	56	1.30
27097866--27097924	17	3.4	17	76	4	55	69	0	27	3	1.04
27097945--27097984	19	2.2	19	86	8	57	62	0	32	5	1.17
27098017--27098072	25	2.1	27	84	12	73	41	5	1	51	1.35
27098076--27098117	20	2.1	20	82	8	50	30	2	2	64	1.19
27098098--27098184	8	10.9	8	73	17	74	34	3	1	60	1.21
27117180--27117335	25	6.2	25	73	14	76	21	15	26	36	1.93
27117147--27117285	50	2.8	50	81	4	154	22	17	24	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27117202--27117350	75	2.0	75	84	5	194	24	15	25	34	1.94
27117245--27117350	25	4.2	25	75	9	90	26	13	27	33	1.93
27118878--27118906	11	2.6	11	100	0	58	65	6	17	10	1.44
27119310--27119363	21	2.6	21	93	0	99	11	25	29	33	1.91
27121971--27122008	19	2.0	19	94	0	67	31	18	23	26	1.97
27133034--27133073	10	3.8	10	84	12	53	62	2	0	35	1.09
27136664--27136705	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
27136769--27136827	30	2.0	30	83	6	75	47	11	8	32	1.70
27151862--27151920	25	2.4	25	91	0	91	32	18	23	25	1.97
27151904--27151951	25	1.9	25	83	8	62	39	18	18	22	1.92
27153793--27153834	21	2.0	22	81	13	52	11	7	4	76	1.15
27156512--27156713	50	4.0	50	93	0	341	18	31	23	26	1.97
27156809--27156838	13	2.3	13	94	0	51	50	13	3	33	1.58
27161413--27161453	20	2.0	20	95	0	73	29	21	0	48	1.50
27163985--27164040	27	2.1	27	100	0	112	41	26	0	32	1.56
27164413--27164562	39	3.8	39	84	0	165	34	22	29	14	1.93
27164485--27164549	20	3.3	20	72	12	62	26	16	40	16	1.90
27164475--27164533	20	3.1	18	75	13	64	32	23	35	8	1.85
27168719--27168750	16	2.0	16	100	0	64	50	0	25	25	1.50
27168801--27168892	37	2.5	36	80	15	107	46	1	21	30	1.58
27173647--27173752	39	2.7	39	88	0	149	34	18	28	17	1.94
27173661--27173752	20	4.7	20	73	9	82	33	19	29	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27187612--27187679	27	2.6	27	88	9	104	33	20	26	19	1.96
27187628--27187703	26	2.9	26	86	2	89	30	21	23	25	1.99
27187696--27187781	24	3.6	24	78	4	84	25	6	22	45	1.77
27187972--27188110	32	4.3	32	77	0	143	22	23	19	35	1.96
27187956--27188110	64	2.4	64	89	2	213	21	22	19	36	1.95
27188335--27188396	28	2.2	28	85	0	88	25	22	22	29	1.99
27214685--27214775	30	3.0	30	90	0	128	28	15	19	36	1.92
27217620--27217674	22	2.5	22	75	0	56	52	3	3	40	1.36
27222871--27222955	19	4.6	19	77	10	70	63	2	2	31	1.20
27222871--27222919	18	2.7	18	87	6	64	65	2	4	28	1.22
27223179--27223261	39	2.2	38	84	6	105	31	2	3	62	1.25
27223179--27223263	38	2.2	37	82	12	100	31	2	3	62	1.25
27223217--27223282	29	2.2	30	84	7	82	36	1	1	60	1.15
27223242--27223315	19	3.7	19	70	13	60	27	4	0	68	1.07
27223336--27223540	95	2.2	94	80	6	236	32	7	19	40	1.80
27224349--27224418	22	3.2	21	88	8	95	32	27	2	37	1.72
27224390--27224448	30	2.0	30	93	0	100	30	35	1	32	1.68
27224369--27224470	52	2.0	51	84	5	134	33	31	1	33	1.69
27224420--27224461	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
27224517--27224568	23	2.4	22	80	6	61	38	0	0	61	0.96
27224665--27224698	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
27227030--27227297	125	2.1	125	87	1	385	32	22	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27229545--27229574	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
27234253--27234284	15	2.1	15	100	0	64	43	31	12	12	1.80
27235943--27236096	74	2.1	74	96	0	281	30	7	25	36	1.83
27238263--27238379	45	2.6	45	86	0	153	42	12	20	23	1.87
27248456--27248498	21	2.0	22	90	9	70	46	0	4	48	1.22
27251729--27251785	23	2.5	22	75	8	60	33	24	19	22	1.97
27251787--27251870	23	3.7	23	80	3	89	35	14	14	35	1.86
27251850--27251985	36	3.8	36	88	2	168	37	19	12	30	1.89
27251850--27252019	36	4.9	36	83	5	154	37	19	12	30	1.89
27252134--27252190	24	2.4	24	85	5	71	33	22	21	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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