genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  76  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22193537--22193813	123	2.3	122	88	3	405	31	23	23	22	1.99
22193853--22193976	40	3.1	39	75	10	101	18	19	20	41	1.91
22193994--22194019	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
22198484--22198513	7	4.3	7	91	0	51	46	0	26	26	1.53
22198824--22198862	2	19.5	2	94	0	69	48	0	48	2	1.15
22201476--22201509	5	6.8	5	100	0	68	0	17	0	82	0.67
22201768--22201822	22	2.5	22	90	0	83	41	5	0	52	1.24
22202324--22202460	70	1.9	71	88	4	206	29	21	18	30	1.97
22203484--22203515	16	2.0	16	93	0	55	34	25	9	31	1.87
22214133--22214169	18	2.0	19	89	5	58	43	2	10	43	1.53
22216014--22216070	20	2.9	19	89	10	80	64	0	3	31	1.10
22220415--22220467	22	2.4	22	87	0	70	20	0	32	47	1.51
22223302--22223420	42	2.8	42	89	0	166	17	23	16	42	1.89
22223319--22223390	21	3.4	21	70	0	63	15	26	15	43	1.86
22225507--22225639	44	3.0	43	72	10	122	31	15	24	28	1.95
22225467--22225679	91	2.3	91	86	3	295	31	15	23	30	1.95
22225776--22225925	38	3.9	38	87	1	194	35	16	17	30	1.92
22228415--22228448	15	2.3	15	89	0	50	29	5	5	58	1.45
22228709--22228739	14	2.3	13	94	5	53	3	12	0	83	0.75
22229009--22229038	16	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
22230686--22230735	2	25.5	2	89	4	75	52	2	0	46	1.12
22230946--22231121	41	4.3	41	89	0	253	27	17	28	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22237993--22238047	2	28.5	2	85	7	78	50	1	0	47	1.11
22238258--22238433	41	4.3	41	89	0	235	28	16	28	26	1.97
22247609--22247653	20	2.2	20	88	0	63	31	6	15	46	1.72
22252549--22252579	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
22253518--22253607	22	4.1	22	86	0	135	37	16	27	17	1.92
22253908--22253934	10	2.7	10	100	0	54	18	7	0	74	1.05
22254710--22254745	13	2.8	13	86	0	54	63	0	0	36	0.94
22258696--22258720	13	1.9	13	100	0	50	32	8	8	52	1.60
22260113--22260163	22	2.4	21	80	3	66	47	1	9	41	1.48
22261683--22261774	44	2.1	44	83	2	112	27	26	16	30	1.97
22261834--22262327	44	11.2	44	65	8	180	26	23	19	30	1.98
22261766--22262433	132	5.1	132	89	0	1021	26	24	18	30	1.98
22262427--22262896	50	9.4	50	70	2	343	26	24	19	29	1.98
22262443--22262911	100	4.7	100	93	0	742	27	24	20	28	1.99
22264159--22264193	7	5.0	7	86	13	54	14	17	0	68	1.21
22264159--22264193	13	2.5	15	86	13	56	14	17	0	68	1.21
22267123--22267149	13	2.1	13	100	0	54	44	25	7	22	1.79
22269180--22269243	34	1.9	33	81	6	76	45	3	10	40	1.55
22269364--22269414	22	2.4	21	80	3	66	47	1	9	41	1.48
22276330--22276362	16	2.0	17	88	5	50	45	0	9	45	1.35
22276734--22276767	16	2.1	16	94	0	59	14	11	32	41	1.82
22277648--22277678	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22277732--22277768	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
22277982--22278041	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
22279431--22279456	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
22279567--22279681	44	2.6	45	88	2	169	44	16	15	23	1.86
22279567--22279719	45	3.4	45	85	3	184	44	16	16	22	1.86
22281510--22281584	34	2.2	34	83	4	98	37	22	6	33	1.80
22285450--22285524	34	2.2	34	92	4	125	40	28	4	28	1.74
22290443--22290480	19	2.0	19	85	10	51	47	5	0	47	1.24
22295141--22295183	20	2.2	20	87	8	61	34	0	2	62	1.08
22295111--22295181	13	5.8	13	66	24	55	40	0	1	57	1.07
22295134--22295183	15	3.4	15	74	23	52	36	0	2	62	1.07
22295962--22296051	37	2.4	36	80	8	101	43	1	22	33	1.61
22298343--22298477	40	3.4	39	78	11	134	36	20	22	20	1.95
22298517--22298758	41	5.9	41	87	2	335	21	22	24	31	1.98
22298514--22298766	82	3.1	82	90	1	382	20	23	25	31	1.98
22298517--22298758	123	2.0	123	89	1	369	21	22	24	31	1.98
22299280--22299306	13	2.1	13	100	0	54	40	0	7	51	1.30
22299603--22299674	33	2.2	33	87	0	99	18	4	43	34	1.69
22302222--22302248	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
22302815--22302841	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
22304062--22304356	43	6.9	43	90	1	414	22	18	31	27	1.97
22308186--22308344	48	3.6	42	79	7	147	30	24	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22308266--22308367	48	2.1	48	94	1	179	35	22	11	30	1.90
22308355--22308438	32	2.7	32	83	3	109	45	17	7	29	1.75
22310706--22310854	42	3.6	41	77	8	122	22	16	25	35	1.94
22311163--22311198	18	1.9	19	88	5	56	36	0	13	50	1.43
22313817--22313858	21	2.0	21	90	9	68	26	9	4	59	1.48
22317721--22317784	21	3.3	21	79	20	93	54	0	4	40	1.21
22317752--22317834	13	6.9	12	75	18	59	50	0	2	46	1.14
22317788--22317842	26	2.1	26	86	6	76	41	0	3	54	1.18
22317799--22317842	13	3.4	13	78	12	54	36	0	4	59	1.18
22317815--22317872	19	3.0	20	69	25	61	39	0	6	53	1.28
22317876--22317908	11	3.0	11	91	8	50	57	0	0	42	0.98
22317935--22318021	38	2.3	39	80	9	99	52	4	0	42	1.21
22318046--22318070	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
22318390--22318415	12	2.2	12	100	0	52	23	7	11	57	1.59
22318364--22318509	67	2.2	67	82	1	175	34	9	7	47	1.64
22318454--22318483	12	2.5	12	94	0	51	20	6	13	60	1.55
22318390--22318538	67	2.2	67	95	0	271	29	10	7	53	1.62
22323830--22323854	6	4.2	6	100	0	50	32	0	68	0	0.90
22323816--22324018	88	2.3	89	91	2	320	23	7	44	23	1.79
22333647--22334086	126	3.5	125	85	3	548	29	17	23	29	1.97
22337184--22337787	22	28.0	21	82	6	588	25	0	30	43	1.60
22337184--22337787	43	14.0	41	82	7	607	25	0	30	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22337187--22337787	65	9.3	64	82	3	693	25	0	30	43	1.60
22339877--22339925	5	9.8	5	84	8	64	81	14	0	4	0.83
22339877--22339916	21	1.9	21	94	0	71	82	15	0	2	0.77
22348636--22348661	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
22353221--22353341	57	2.1	57	83	6	147	23	17	8	50	1.73
22355005--22355104	52	2.0	51	87	11	147	35	14	16	35	1.88
22356443--22356477	16	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
22362448--22362519	25	2.9	25	74	12	67	37	15	6	40	1.74
22373318--22373413	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
22378003--22378079	36	2.1	36	88	4	111	41	27	14	16	1.87
22384698--22384803	53	2.0	53	92	0	176	33	7	22	35	1.83
22395175--22395215	15	2.6	15	88	7	55	31	2	0	65	1.05
22397752--22397826	4	18.8	4	78	5	62	72	4	1	22	1.10
22398310--22398336	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
22398431--22398488	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
22398444--22398541	19	4.8	19	85	9	106	38	16	8	36	1.78
22398478--22398540	21	3.1	21	90	9	112	38	14	9	38	1.78
22398853--22398964	45	2.5	45	77	5	113	25	21	24	28	1.99
22399156--22399437	84	3.3	84	70	8	253	29	23	19	27	1.98
22399070--22399531	173	2.7	172	86	6	551	28	23	19	28	1.98
22398975--22399869	217	4.1	216	79	8	713	28	22	19	29	1.98
22399244--22399573	89	3.8	88	70	18	276	27	23	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22399160--22399533	173	2.2	173	92	1	626	28	22	20	28	1.99
22398896--22399830	44	21.6	43	68	14	329	27	22	20	29	1.98
22399288--22399937	217	3.0	214	83	5	756	27	22	20	29	1.98
22399074--22399893	390	2.1	388	82	5	870	28	22	20	29	1.98
22399861--22400269	132	3.1	132	90	0	638	26	24	19	29	1.99
22401535--22401580	22	2.2	22	84	7	60	4	13	0	82	0.81
22401540--22401581	9	4.6	9	80	13	50	4	11	0	83	0.79
22407002--22407040	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
22407216--22407273	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
22407245--22407297	19	3.0	17	81	10	70	37	16	7	37	1.78

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