genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  64  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18714232--18714293	6	10.2	6	83	1	70	16	19	0	64	1.29
18714232--18714280	18	2.7	18	93	3	80	16	16	0	67	1.24
18715564--18715617	26	2.1	26	92	0	90	33	11	18	37	1.86
18715627--18715891	27	9.9	27	74	15	151	27	24	16	30	1.97
18715612--18715908	54	5.5	54	71	12	198	28	24	17	29	1.97
18715693--18715752	26	2.3	26	82	0	75	30	16	18	35	1.93
18715769--18715828	29	2.1	29	87	6	86	31	28	16	23	1.96
18718970--18719062	42	2.2	42	84	3	125	25	18	19	36	1.94
18719452--18719511	21	2.9	21	89	0	93	5	43	16	35	1.70
18724977--18725059	27	3.1	27	98	0	157	33	0	13	53	1.40
18724977--18725050	9	8.2	9	87	0	103	33	0	14	51	1.43
18725267--18725493	16	14.7	15	68	25	102	38	2	12	45	1.56
18725252--18725493	93	2.6	93	91	3	398	37	2	13	46	1.58
18725302--18725464	53	3.3	51	68	24	143	36	3	12	47	1.59
18725355--18725410	9	6.8	9	73	19	59	35	0	16	48	1.46
18725355--18725443	43	2.1	43	85	6	121	38	1	12	48	1.48
18727380--18727413	15	2.3	15	89	0	50	55	35	0	8	1.31
18728161--18729002	229	3.7	226	80	5	869	25	21	21	31	1.98
18736198--18736237	17	2.3	17	95	4	71	45	5	5	45	1.47
18741602--18741693	40	2.3	41	86	1	123	13	21	28	36	1.91
18741729--18741940	110	1.9	109	85	2	291	22	21	26	29	1.99
18744878--18744903	10	2.6	10	100	0	52	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18748000--18748043	9	4.9	9	81	10	54	43	0	31	25	1.55
18758024--18758126	38	2.7	37	80	14	111	63	2	0	33	1.10
18758063--18758128	28	2.3	30	86	5	91	66	3	0	30	1.06
18758011--18758115	9	11.6	9	72	13	72	64	2	0	31	1.14
18758025--18758138	20	5.9	19	75	12	72	62	2	1	33	1.19
18769260--18769291	15	2.1	15	94	0	55	65	6	9	18	1.42
18773497--18773534	5	8.0	5	85	8	53	44	0	0	55	0.99
18784411--18784454	16	2.8	16	78	0	52	56	9	6	27	1.55
18791264--18791409	41	3.6	41	88	1	195	25	27	21	26	1.99
18798516--18798661	41	3.6	41	88	1	195	25	27	21	26	1.99
18799296--18799341	19	2.5	18	85	3	65	43	17	2	36	1.61
18799422--18799474	12	4.2	12	77	13	52	43	7	3	45	1.50
18815713--18815765	13	4.1	13	85	9	81	37	24	7	30	1.83
18815702--18815757	26	2.2	26	87	6	78	35	21	5	37	1.76
18824098--18824246	64	2.3	64	96	0	271	38	19	11	30	1.87
18824635--18824696	14	4.4	14	77	0	52	33	19	12	33	1.90
18824623--18824696	28	2.7	28	83	6	89	35	20	13	31	1.91
18826737--18826791	27	2.0	27	100	0	110	32	7	7	52	1.56
18826737--18826782	15	3.3	15	70	17	53	36	8	4	50	1.53
18829947--18829982	18	2.0	18	100	0	72	55	5	11	27	1.57
18834153--18834216	24	2.7	24	95	0	110	43	7	23	25	1.80
18834297--18834386	21	4.3	21	72	9	60	15	22	16	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18837351--18837390	19	2.1	19	85	0	53	12	10	10	67	1.42
18838231--18838276	24	1.9	24	86	0	65	63	0	0	36	0.95
18839056--18839107	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
18839369--18839477	31	3.6	31	68	21	86	42	0	19	38	1.51
18840164--18840202	20	2.0	21	90	10	64	33	0	0	66	0.92
18840383--18840458	31	2.5	31	80	4	91	46	13	15	25	1.82
18845471--18845510	21	1.9	21	90	10	64	22	25	27	25	2.00
18848227--18848291	28	2.3	28	97	0	121	46	10	10	32	1.73
18848761--18848799	19	1.9	19	85	10	51	66	0	2	30	1.05
18860121--18860173	16	3.3	16	87	10	65	62	1	18	16	1.42
18866137--18866331	62	3.1	62	77	5	171	27	30	19	23	1.98
18869937--18869984	25	1.9	25	86	0	69	47	4	22	25	1.69
18872672--18872710	7	5.6	7	100	0	78	30	41	0	28	1.57
18875436--18875518	34	2.5	33	85	11	109	24	22	22	30	1.99
18886907--18886996	34	2.6	34	81	12	103	48	1	4	45	1.29
18887038--18887096	4	14.0	4	82	7	64	74	3	22	0	0.96
18887038--18887096	26	2.3	25	88	2	82	74	3	22	0	0.96
18892013--18892057	18	2.4	19	81	3	56	13	11	0	75	1.05
18892845--18892912	28	2.4	27	81	13	75	33	1	1	63	1.13
18893284--18893314	15	2.1	15	93	0	53	19	9	6	64	1.45
18893372--18893690	109	3.0	108	87	1	435	31	16	17	33	1.93
18900435--18900595	83	1.9	83	96	0	295	26	21	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18902487--18902532	16	2.8	17	77	9	51	34	4	10	50	1.57
18903205--18903245	16	2.5	17	84	4	57	29	0	2	68	1.03
18904793--18904879	41	2.1	41	91	0	138	43	12	16	27	1.84
18914529--18914600	35	2.1	35	97	0	135	13	12	19	54	1.71
18914751--18914796	19	2.4	19	82	10	58	60	4	0	34	1.16
18914751--18914804	11	5.5	10	75	16	51	62	3	0	33	1.12
18915610--18915815	94	2.2	92	88	1	295	38	13	5	42	1.68
18920252--18920293	20	2.1	20	86	0	57	30	16	14	38	1.89
18924020--18924063	23	1.9	23	90	0	70	27	15	20	36	1.93
18928382--18928416	15	2.3	15	95	0	61	31	8	17	42	1.79
18930365--18930451	28	3.0	28	91	6	147	28	24	24	22	1.99
18930812--18931090	27	10.3	27	85	5	251	20	19	16	43	1.88
18930815--18931090	54	5.1	54	85	5	360	20	19	16	43	1.88
18930815--18931079	81	3.3	80	88	2	370	20	19	16	43	1.88
18938135--18938159	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
18939283--18939440	43	3.6	44	80	10	191	25	17	26	31	1.97
18950434--18950485	24	2.2	24	82	6	61	40	3	0	55	1.18
18956608--18956648	12	3.7	12	75	18	52	63	7	21	7	1.45
18956609--18956651	21	2.0	21	100	0	86	62	9	18	9	1.51
18956890--18956921	12	2.7	12	90	0	55	56	0	0	43	0.99
18958260--18958320	30	2.0	30	90	6	97	34	6	8	50	1.58
18958744--18958785	19	2.2	19	83	8	50	73	2	2	21	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18958906--18958957	21	2.6	19	77	14	59	17	13	1	67	1.32
18981093--18981276	43	4.3	43	84	6	223	29	31	16	22	1.96
18981274--18981317	17	2.6	17	85	0	52	47	4	0	47	1.22
18981532--18981622	43	2.1	43	87	2	130	43	9	10	35	1.73
18982412--18982478	25	2.7	25	83	0	71	25	2	22	49	1.64
18982383--18982496	41	2.7	41	80	2	120	30	1	21	46	1.61
18982434--18982523	18	4.9	18	74	14	67	33	3	20	43	1.68
18982486--18982510	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
18982383--18982498	9	13.8	9	72	13	86	31	1	20	46	1.61
18982518--18982573	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
18982575--18982639	12	5.5	12	73	15	55	27	0	15	56	1.39
18982576--18982631	8	7.8	8	83	16	70	26	0	12	60	1.32
18982589--18982642	27	1.9	27	88	7	72	31	1	12	53	1.50
18982568--18982693	31	4.2	29	76	14	98	34	1	13	50	1.51
18984374--18984417	13	3.2	13	77	22	54	52	4	0	43	1.22
18984350--18984430	24	3.2	24	80	13	99	44	8	1	45	1.42
18984350--18984433	28	3.2	26	77	12	82	42	8	1	47	1.41
18990673--18990708	11	3.2	11	96	4	63	38	16	27	16	1.90
18993420--18993552	21	6.3	21	67	3	70	45	16	21	17	1.86
18993395--18993487	43	2.2	43	82	1	116	45	19	20	15	1.86
19001103--19001163	21	2.9	21	73	7	61	44	16	21	18	1.87
19001103--19001204	42	2.4	42	86	0	132	46	15	19	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19004929--19005004	31	2.5	31	85	6	102	19	23	15	40	1.90
19004929--19005013	31	2.8	29	77	15	82	22	22	15	40	1.91
19006647--19006685	14	2.8	13	85	11	51	28	30	15	25	1.96
19007658--19007788	43	3.1	42	87	2	181	32	21	19	25	1.97
19007665--19007850	43	4.3	41	79	6	176	32	22	19	25	1.97
19007663--19007850	86	2.2	85	81	7	211	32	22	19	25	1.97
19008234--19008319	21	4.1	21	93	0	136	3	44	19	32	1.68
19009270--19009729	115	4.0	113	88	4	629	27	25	22	25	2.00
19012033--19012059	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
19014755--19014815	26	2.3	26	83	11	70	62	9	1	26	1.36

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