genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  22  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7336764--7336800	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
7337054--7337137	42	2.0	42	81	9	100	20	4	7	67	1.33
7337266--7337653	108	3.6	107	90	3	546	30	16	19	33	1.94
7337266--7337680	218	1.9	216	84	5	559	30	16	19	33	1.94
7338288--7338476	45	4.3	44	81	9	226	40	19	19	21	1.91
7338337--7338503	39	4.2	39	83	5	174	39	20	19	19	1.93
7342641--7342666	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7344187--7344229	20	2.2	20	86	0	59	55	11	2	30	1.48
7345697--7345749	26	2.0	26	82	10	63	28	15	7	49	1.71
7354999--7355183	90	2.0	91	85	5	250	23	17	16	42	1.88
7358107--7358150	22	2.0	22	100	0	88	18	9	18	54	1.69
7358672--7358739	28	2.4	28	80	12	75	57	2	1	38	1.23
7361282--7361329	17	2.7	18	78	12	55	25	10	14	50	1.74
7365387--7365670	107	2.6	105	86	3	370	32	18	18	30	1.95
7371158--7371246	45	2.0	45	84	4	117	13	31	12	42	1.81
7377717--7377821	55	1.9	55	96	0	192	48	6	7	37	1.58
7388156--7388215	22	2.9	22	76	9	56	41	1	1	55	1.20
7388342--7388461	60	2.0	60	96	0	222	50	8	17	24	1.73
7389075--7389123	18	2.6	19	78	18	57	22	2	2	73	1.04
7389074--7389123	22	2.3	22	83	10	66	22	2	2	74	1.03
7405782--7405821	21	1.9	21	89	0	62	25	20	17	37	1.94
7409696--7409764	27	2.6	27	78	0	84	20	23	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7415262--7415306	22	2.0	22	82	0	54	28	4	4	62	1.34
7417003--7417030	12	2.3	12	100	0	56	14	7	0	78	0.95
7417777--7417810	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
7418035--7418067	14	2.4	14	94	0	57	45	12	0	42	1.41
7420983--7421042	30	2.0	31	83	9	79	41	0	40	18	1.50
7422022--7422067	24	1.9	24	86	8	67	60	6	2	30	1.34
7423149--7423216	29	2.3	30	85	7	86	36	13	0	50	1.42
7423907--7423936	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
7424592--7424635	22	1.9	24	81	9	56	22	6	9	61	1.50
7428890--7429238	153	2.3	147	83	9	438	29	8	7	55	1.56
7430509--7430540	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7431940--7431974	14	2.5	14	90	0	52	17	2	60	20	1.49
7432022--7432068	15	3.1	15	87	6	67	36	0	46	17	1.48
7432022--7432068	8	6.1	8	80	9	62	36	0	46	17	1.48
7432022--7432068	23	2.0	23	88	8	69	36	0	46	17	1.48
7432438--7432562	63	2.0	64	90	1	198	43	12	23	21	1.86
7432350--7432658	167	1.8	168	87	4	464	37	13	21	28	1.91
7434067--7434170	51	2.0	51	94	0	181	41	20	19	19	1.91
7435154--7435197	20	2.2	20	88	8	63	0	31	4	63	1.14
7437084--7437499	105	4.1	102	74	13	344	26	18	15	39	1.91
7439905--7439973	24	2.8	24	77	2	75	34	4	7	53	1.48
7440181--7440256	30	2.5	31	89	6	118	32	3	6	56	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7441792--7441845	24	2.2	25	83	9	67	42	9	0	48	1.35
7446696--7446944	50	4.8	50	88	5	338	21	30	22	25	1.99
7449841--7449960	63	1.9	63	98	0	231	35	18	23	22	1.95
7449477--7450260	416	1.9	416	97	0	1487	36	18	23	21	1.95
7456634--7456849	108	2.0	108	82	1	263	25	16	10	48	1.77
7460131--7461335	132	9.1	132	92	0	1824	30	17	24	28	1.97
7462032--7462059	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7462911--7462975	23	2.9	23	78	15	73	38	7	0	53	1.30
7462901--7462975	25	3.3	23	75	19	68	36	6	1	56	1.34
7462921--7462973	24	2.4	23	81	12	58	35	7	0	56	1.28
7467492--7467518	14	1.9	14	100	0	54	22	3	0	74	0.98
7468283--7468369	3	28.0	3	76	15	79	32	3	2	62	1.25
7469701--7469726	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
7469841--7469911	33	2.2	33	89	5	108	50	5	16	26	1.67
7470720--7470803	39	2.2	39	82	6	100	21	22	17	38	1.94
7471351--7471383	7	4.7	7	100	0	66	30	42	0	27	1.56
7471351--7471409	21	2.8	21	84	5	66	33	44	0	22	1.53
7471513--7471545	15	2.3	15	94	5	59	33	33	0	33	1.58
7471810--7472041	41	5.7	41	88	2	340	31	25	21	22	1.98
7473268--7473301	11	3.1	11	91	0	59	17	32	2	47	1.63
7473264--7473320	22	2.6	21	82	17	64	21	28	1	49	1.59
7473457--7473535	40	2.0	40	82	9	99	22	31	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7473781--7473814	11	3.1	11	91	0	59	32	11	0	55	1.36
7476388--7476412	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
7476588--7476726	42	3.3	41	78	5	143	43	18	21	15	1.87
7483062--7483108	21	2.2	21	85	7	60	68	8	0	23	1.17
7484439--7484934	265	1.9	264	81	6	610	36	10	14	38	1.80
7492647--7492701	23	2.4	23	87	0	83	52	0	20	27	1.46
7492882--7492937	29	1.9	29	85	0	76	30	16	8	44	1.78
7494334--7494359	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
7512393--7512442	21	2.4	21	83	10	66	60	0	4	36	1.16
7512431--7512500	28	2.5	28	86	9	99	64	0	5	30	1.17
7512432--7512494	19	3.4	19	76	18	62	63	0	4	31	1.15
7512479--7512541	27	2.3	27	78	13	74	61	1	12	23	1.39
7512496--7512550	29	2.0	27	89	7	83	56	3	16	23	1.56
7512557--7512606	20	2.5	20	83	3	64	68	6	2	24	1.23
7514036--7514140	29	3.7	30	86	10	116	40	10	0	47	1.44
7514036--7514133	28	3.5	28	91	5	146	38	11	1	48	1.46
7514195--7514272	27	2.9	27	83	5	97	28	23	29	19	1.98
7514345--7514420	19	4.1	18	81	5	89	36	9	1	52	1.42
7514350--7514420	37	1.9	37	94	0	124	39	9	1	49	1.45
7514702--7514740	19	2.1	19	85	4	53	35	7	0	56	1.28
7515043--7515113	37	1.9	37	97	0	133	49	0	9	40	1.36
7515043--7515117	18	4.1	19	84	6	102	52	0	9	38	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7515049--7515125	19	4.1	19	84	3	93	51	0	10	37	1.36
7515191--7515268	27	2.9	26	83	7	95	19	29	23	28	1.98
7515330--7515407	28	2.8	28	88	5	113	56	1	7	34	1.36
7515330--7515428	29	3.5	29	87	5	132	50	2	10	37	1.48
7515949--7515982	12	2.8	12	86	0	50	20	61	0	17	1.34
7516577--7516605	13	2.2	13	100	0	58	31	20	20	27	1.98
7516676--7516722	13	3.6	13	86	8	60	72	2	0	25	0.96
7516673--7516721	22	2.2	22	86	10	73	73	2	0	24	0.94
7517009--7517208	100	2.0	100	98	0	382	36	8	17	37	1.80
7518801--7519467	62	10.9	60	72	11	388	28	8	20	42	1.82
7518801--7519487	31	22.4	30	68	13	267	28	9	20	42	1.82
7518807--7519487	183	3.7	183	94	0	1121	28	8	20	42	1.82
7520082--7520132	13	3.9	13	77	10	59	37	0	1	60	1.08
7520347--7520377	13	2.4	13	94	0	53	74	0	25	0	0.82
7523717--7523759	7	6.0	7	81	13	52	65	0	18	16	1.28
7523721--7523767	13	3.5	13	78	16	51	63	0	19	17	1.30
7525041--7525881	44	18.9	45	72	6	558	30	18	24	26	1.98
7525041--7525892	89	9.6	89	88	2	1203	30	18	24	26	1.98
7525039--7525892	354	2.4	357	90	0	1338	30	18	24	26	1.98
7525869--7526316	44	10.2	44	64	14	145	29	18	25	26	1.98
7525871--7526646	132	5.9	132	91	0	1205	29	18	24	27	1.98
7525940--7526385	44	10.1	43	64	18	132	27	19	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7528561--7528585	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7532472--7532580	41	2.6	41	91	1	164	24	22	28	24	1.99
7540205--7540313	41	2.6	41	92	1	173	24	22	28	23	2.00
7541229--7541262	17	2.0	17	94	0	59	38	11	14	35	1.83
7542301--7542413	41	2.7	41	82	4	120	29	16	26	27	1.97
7542293--7542440	43	3.5	43	74	10	126	31	16	25	27	1.96
7543038--7543063	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
7554254--7554304	25	2.0	25	85	7	68	39	5	15	39	1.72
7556113--7556188	20	4.0	19	73	20	61	60	2	1	35	1.19
7557555--7557596	16	2.9	15	82	10	52	52	0	2	45	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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