genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21962257--21962341	17	5.1	17	81	1	91	34	7	16	42	1.75
21963385--21963418	15	2.3	15	89	0	50	73	2	2	20	1.09
21980850--21981048	109	1.8	109	86	0	290	28	15	19	36	1.93
21981068--21981499	100	4.3	96	80	5	371	29	20	17	32	1.96
21986205--21986229	7	3.6	7	100	0	50	12	16	0	72	1.13
21992681--21992712	9	3.6	9	91	0	55	56	3	0	40	1.15
21994027--21994078	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
21995853--21995899	24	2.0	24	82	0	58	61	29	2	6	1.32
21998110--21998300	94	2.0	94	97	0	364	34	6	19	39	1.78
22007928--22007967	18	2.2	18	100	0	80	47	10	17	25	1.78
22020992--22021194	3	68.7	3	82	2	250	0	38	0	60	1.04
22022681--22022724	20	2.3	19	81	14	54	20	18	13	47	1.82
22024258--22024292	18	1.9	18	88	0	52	22	2	5	68	1.24
22028647--22028672	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
22029631--22029876	125	2.0	125	91	3	397	28	16	23	31	1.96
22031142--22031660	28	19.7	28	82	11	618	32	0	19	47	1.54
22031142--22031655	51	9.8	51	85	7	683	32	0	19	47	1.53
22033019--22033058	20	2.0	20	85	9	55	55	10	0	35	1.34
22033806--22033839	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
22034018--22034119	22	4.6	22	82	8	118	38	0	26	34	1.63
22034312--22034412	42	2.4	42	96	0	184	16	30	29	22	1.96
22036725--22036778	27	2.0	27	96	3	101	31	24	25	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22037699--22037757	28	2.1	28	87	0	82	49	8	10	32	1.67
22039153--22039192	17	2.2	19	86	8	57	80	5	2	12	0.98
22039223--22039263	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
22039527--22039553	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
22039679--22039733	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
22041139--22041629	100	4.9	100	91	1	734	21	25	23	29	1.99
22041158--22041626	50	9.4	50	70	3	316	21	26	23	28	1.99
22043146--22043188	16	2.9	15	83	12	54	13	13	2	69	1.28
22043696--22043747	23	2.3	23	86	6	70	1	7	5	84	0.84
22043707--22043747	13	3.2	13	86	13	50	2	7	4	85	0.81
22043696--22043758	22	3.0	21	82	13	67	1	9	4	84	0.84
22043726--22043758	13	2.6	13	90	4	50	0	15	0	84	0.61
22048252--22048298	21	2.2	21	100	0	94	36	12	17	34	1.87
22049709--22049758	19	2.6	21	78	18	63	58	2	2	38	1.21
22049707--22049737	13	2.3	14	94	5	55	61	0	0	38	0.96
22049710--22049756	17	2.6	19	83	6	62	59	2	2	36	1.21
22050053--22050164	3	40.3	3	80	18	136	62	0	0	36	1.02
22050051--22050163	25	4.1	25	87	10	136	61	0	0	37	1.02
22053834--22053867	18	2.0	17	88	11	52	8	17	0	73	1.08
22053826--22053881	24	2.3	25	78	9	62	12	16	1	69	1.27
22057094--22057230	37	3.7	36	79	11	152	25	21	15	37	1.93
22063815--22063897	39	2.1	40	90	4	132	38	0	7	54	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22067474--22067529	20	2.8	20	86	5	69	46	1	5	46	1.36
22067847--22067908	28	2.2	28	82	2	72	67	4	8	19	1.34
22071115--22071176	15	4.6	12	73	21	52	72	0	25	1	0.94
22071554--22071596	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
22071355--22071579	76	2.9	78	76	8	226	35	5	8	50	1.56
22074518--22075068	161	3.5	159	90	2	869	27	10	8	54	1.63
22075217--22075267	27	2.0	25	82	17	61	58	9	3	27	1.47
22075435--22075505	30	2.4	29	86	4	106	1	33	0	64	1.02
22075462--22075504	20	2.2	20	91	0	68	2	32	0	65	1.06
22081277--22081301	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22081362--22081437	39	2.0	37	84	5	98	50	1	3	44	1.29
22082772--22082824	16	3.3	16	94	0	97	37	5	33	22	1.78
22082806--22082898	44	2.1	46	93	4	163	27	4	31	36	1.76
22082806--22082911	39	2.5	44	85	11	141	29	3	32	34	1.75
22083057--22083109	18	3.0	17	91	5	79	56	1	1	39	1.21
22083091--22083406	120	2.6	120	97	1	589	51	3	2	42	1.32
22083091--22083393	59	5.1	60	75	9	305	51	3	2	41	1.33
22083277--22083315	18	2.2	18	90	0	60	56	0	2	41	1.13
22089914--22089940	13	2.1	13	100	0	54	37	18	14	29	1.91
22091139--22091191	15	3.6	15	74	5	54	26	7	11	54	1.62
22100368--22100677	132	2.3	132	91	0	503	26	25	19	28	1.99
22110634--22110689	19	3.1	18	75	14	53	66	7	0	26	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22111091--22111150	19	3.0	20	80	9	61	41	3	1	53	1.27
22120375--22120399	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
22121302--22121417	43	2.7	43	74	15	123	25	19	27	27	1.99
22129186--22129210	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22134057--22134108	21	2.4	22	80	3	61	51	1	3	42	1.31
22134229--22134253	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
22137467--22137663	98	2.0	98	93	0	340	36	24	11	28	1.90
22137941--22137974	15	2.3	15	94	0	59	55	11	8	23	1.63
22139114--22139210	21	4.7	21	91	5	162	37	14	10	38	1.80
22139107--22139210	40	2.6	41	92	6	169	36	15	9	38	1.80
22139488--22140197	44	16.1	45	77	4	664	29	26	15	28	1.96
22139488--22140195	131	5.4	132	94	1	1231	29	26	15	27	1.96
22139488--22140195	264	2.7	264	94	0	1256	29	26	15	27	1.96
22140199--22140497	44	6.9	44	72	13	185	27	23	20	29	1.98
22140293--22140448	84	1.8	84	81	9	192	28	23	20	26	1.99
22140464--22141526	132	8.1	132	92	0	1725	24	25	19	29	1.99
22140590--22141457	44	19.8	44	63	15	208	24	25	19	29	1.99
22142782--22142814	12	3.0	11	91	8	50	0	18	0	81	0.68
22147738--22147784	26	1.9	25	83	12	62	72	0	6	21	1.07
22148101--22148157	21	2.7	21	94	0	96	36	10	10	42	1.74
22148853--22148885	15	2.1	16	88	5	50	54	3	12	30	1.52
22159598--22159688	21	4.3	21	84	0	92	12	21	18	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22162303--22162342	3	13.7	3	84	5	55	30	2	0	67	1.04
22164254--22164332	41	1.9	42	82	7	99	29	18	21	30	1.97
22167886--22167951	15	4.3	15	74	14	55	22	3	0	74	0.96
22167884--22167951	22	3.0	23	79	12	70	22	2	0	75	0.94
22167972--22168005	17	1.9	18	88	5	52	20	5	0	73	1.04
22168112--22168158	24	2.0	23	83	4	58	31	4	0	63	1.13
22171649--22171815	60	2.8	60	88	3	185	37	20	19	22	1.94
22171718--22171809	20	4.6	20	71	5	87	36	18	21	22	1.95
22171671--22171841	60	2.8	60	90	1	236	35	19	21	22	1.96
22175665--22175791	63	2.0	63	98	0	245	25	18	14	40	1.89
22176976--22177050	37	2.0	39	84	5	100	40	1	2	56	1.22
22177704--22177742	6	6.3	6	94	5	69	48	2	0	48	1.15
22178757--22178798	22	1.9	22	85	9	59	9	21	23	45	1.81
22178870--22178966	43	2.3	43	81	3	115	20	17	27	34	1.95
22178975--22179083	42	2.6	43	91	1	175	32	24	16	26	1.96
22178975--22179102	42	3.0	42	86	7	170	34	24	17	24	1.96
22183816--22183914	47	2.1	48	92	1	164	46	0	7	46	1.30
22183899--22183952	19	2.8	18	78	10	54	20	3	5	70	1.23
22183900--22183952	25	2.1	26	82	3	63	18	3	5	71	1.21
22184235--22184297	22	3.0	22	75	6	60	30	36	4	28	1.78
22184268--22184336	14	4.9	14	77	8	59	34	42	0	23	1.54
22184268--22184325	7	8.1	7	76	3	53	32	46	0	20	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22184467--22184599	7	18.6	7	73	11	56	45	31	0	21	1.57
22184831--22185332	114	4.4	113	88	3	754	27	25	22	24	2.00
22184818--22185332	229	2.3	227	89	2	789	27	25	21	24	2.00
22186934--22186976	22	2.0	22	85	0	59	11	18	25	44	1.84
22187049--22187210	42	3.8	42	85	4	137	33	27	16	22	1.95
22187068--22187294	42	5.4	42	85	5	253	33	30	15	20	1.94
22188490--22188543	24	2.3	24	80	3	65	46	18	14	20	1.84
22190861--22190885	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22192049--22192298	132	1.9	134	96	2	468	36	7	6	49	1.56
22193537--22193813	41	6.8	41	85	4	364	31	23	23	22	1.99

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