genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25963803--25964238	44	9.7	44	74	7	338	32	18	19	28	1.96
25963802--25964212	89	4.5	89	82	6	461	33	17	20	28	1.95
25963692--25964192	179	2.7	180	80	9	478	33	17	19	29	1.95
25963704--25964212	44	10.9	49	70	14	175	33	17	20	28	1.95
25970761--25970940	91	2.0	91	95	0	324	35	23	7	33	1.83
25982080--25982115	18	2.1	16	90	10	54	19	0	11	69	1.18
25982915--25982973	29	2.1	27	81	9	66	23	11	18	45	1.83
25984489--25984520	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
25985746--25986148	125	3.2	124	90	4	625	31	22	15	30	1.95
25986151--25986307	52	3.0	52	94	0	269	35	28	10	25	1.89
25995394--25995443	21	2.4	22	80	16	61	58	0	4	38	1.17
25995505--25995624	10	12.2	10	66	13	52	40	2	1	55	1.23
25995563--25995624	20	3.2	19	79	9	72	46	1	0	51	1.10
25995586--25995633	21	2.3	21	78	7	53	41	2	2	54	1.24
25997635--25997730	10	9.9	9	70	15	50	33	4	3	59	1.32
25999262--25999454	41	4.7	41	96	0	359	20	29	20	29	1.98
25999266--25999482	41	5.3	41	92	2	328	22	27	20	29	1.98
26001248--26001272	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
26002836--26002905	22	3.2	22	68	8	61	18	25	15	40	1.90
26002851--26002952	22	4.6	22	74	4	80	20	26	17	35	1.95
26002836--26002928	44	2.1	44	83	0	123	20	25	16	37	1.93
26007222--26007273	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26008207--26008256	25	2.0	25	100	0	100	20	24	20	36	1.95
26011479--26011530	24	2.2	24	92	0	86	36	5	9	48	1.60
26012634--26012662	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
26014592--26014660	11	6.3	11	80	9	79	20	36	0	43	1.52
26014584--26014656	22	3.3	21	81	11	67	23	32	0	43	1.54
26014584--26014672	33	2.8	32	80	10	92	22	33	1	42	1.61
26022875--26022912	3	12.7	3	100	0	76	0	34	0	65	0.93
26051991--26052040	22	2.2	24	82	13	61	44	12	2	42	1.53
26052922--26052963	15	2.6	17	81	11	61	35	7	0	57	1.26
26060924--26061019	44	2.2	44	81	3	104	27	18	28	26	1.98
26062505--26062551	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
26063949--26063985	15	2.4	16	82	17	51	56	2	0	40	1.13
26065683--26065767	22	3.9	21	79	3	98	15	28	16	40	1.89
26065659--26065767	44	2.5	43	79	4	110	16	27	14	41	1.87
26070998--26071049	22	2.4	22	79	17	63	28	1	7	61	1.34
26072891--26072933	16	2.6	17	82	14	54	27	2	2	67	1.15
26076843--26076918	23	3.3	23	73	14	84	47	21	10	21	1.80
26076813--26076932	44	2.6	46	90	3	181	45	18	15	20	1.85
26079029--26079105	38	2.0	38	97	0	145	49	3	16	29	1.64
26083808--26083878	37	1.9	37	82	0	88	15	21	25	38	1.92
26085284--26085507	114	2.0	114	93	0	385	37	14	16	31	1.89
26086698--26086771	24	3.0	25	84	5	107	43	4	25	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26094738--26094797	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
26098247--26098357	21	5.3	21	73	7	64	16	21	17	45	1.86
26114236--26114269	3	11.0	3	93	6	59	0	0	67	32	0.91
26119104--26119155	21	2.4	22	83	3	61	46	26	7	19	1.77
26126667--26126730	34	2.0	34	84	9	89	39	9	0	51	1.34
26126695--26126743	24	2.0	25	96	4	91	36	8	0	55	1.30
26126707--26126772	23	2.8	24	79	6	62	40	7	0	51	1.30
26141981--26142039	17	3.7	16	76	15	59	50	1	5	42	1.34
26144928--26144968	19	2.2	18	91	4	64	58	0	7	34	1.26
26146193--26146251	29	2.0	29	83	6	75	35	35	8	20	1.83
26149838--26150259	125	3.4	125	87	2	650	28	17	23	29	1.97
26153469--26153519	25	2.0	25	92	0	84	43	13	0	43	1.44
26153493--26153579	44	2.0	45	93	4	151	54	10	0	35	1.35
26153441--26153569	68	1.9	70	93	3	226	51	11	0	36	1.38
26155849--26155946	51	1.9	51	85	8	137	46	3	23	26	1.66
26155908--26155962	22	2.4	23	85	8	78	43	1	29	25	1.65
26155908--26155961	12	4.8	12	80	13	69	42	1	29	25	1.66
26157978--26158042	27	2.4	27	87	7	87	38	9	1	50	1.44
26158114--26158192	27	2.9	27	92	0	131	29	21	32	16	1.95
26158211--26158257	18	2.6	19	83	6	53	53	0	10	36	1.36
26158226--26158266	19	2.1	19	86	4	55	53	0	9	36	1.34
26158474--26158544	37	1.9	37	97	0	133	49	0	9	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26158474--26158548	18	4.1	19	83	6	102	52	0	9	38	1.34
26158763--26158831	19	3.7	19	78	5	88	52	0	8	39	1.33
26158763--26158840	19	4.1	19	78	5	59	51	0	10	38	1.36
26158211--26158902	283	2.4	282	93	3	1181	44	8	14	32	1.76
26158906--26158984	27	2.9	27	88	0	122	15	31	21	31	1.94
26159057--26159108	25	2.0	26	88	11	79	53	0	11	34	1.37
26159812--26159857	24	2.0	23	83	12	58	54	8	0	36	1.32
26160730--26160771	18	2.3	18	80	8	50	59	9	0	30	1.29
26160968--26161010	11	3.9	11	81	0	50	72	11	2	13	1.22
26163759--26163797	20	2.0	20	89	0	60	20	10	0	69	1.17
26166739--26166777	3	13.3	3	89	5	62	64	0	33	2	1.08
26167098--26167125	3	9.3	3	100	0	56	0	0	32	67	0.91
26169556--26169596	20	2.0	20	100	0	82	63	17	4	14	1.47
26171893--26171962	35	2.0	35	82	0	86	40	31	15	12	1.85
26172965--26173003	18	2.2	18	100	0	78	28	15	5	51	1.64
26173214--26173243	7	4.3	7	95	0	51	50	0	0	50	1.00
26188948--26189046	23	4.3	23	92	0	153	20	20	27	32	1.97
26190685--26190843	62	2.6	62	87	2	221	23	25	29	21	1.99
26190686--26190868	62	3.0	62	82	1	215	25	25	26	22	2.00
26208046--26208122	33	2.3	32	80	6	82	33	18	22	25	1.96
26210200--26210404	43	4.8	43	85	4	254	29	26	19	24	1.98
26210433--26210478	24	2.0	23	83	12	58	41	0	4	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26213983--26214182	41	4.9	40	81	8	224	30	24	20	25	1.99
26213982--26214186	82	2.5	82	88	3	288	29	25	20	24	1.99
26214222--26214316	39	2.4	39	82	3	111	20	17	18	43	1.89
26222071--26222141	14	5.0	15	79	8	69	53	11	11	23	1.69
26231360--26231417	27	2.1	27	84	6	73	17	18	20	43	1.89
26234931--26234979	22	2.2	22	78	7	55	67	2	2	28	1.13
26235218--26235255	20	1.9	20	89	10	60	47	10	15	26	1.78
26245820--26246036	27	8.0	27	78	11	176	20	18	20	40	1.92
26245833--26246059	54	4.2	54	80	5	219	20	18	19	41	1.91
26245834--26246059	81	2.8	81	78	2	238	20	18	19	41	1.90
26245832--26246059	27	8.5	26	75	10	138	20	18	19	41	1.91
26246749--26246790	12	3.5	12	78	12	50	21	40	0	38	1.53
26246744--26246790	24	1.9	25	91	4	78	25	36	0	38	1.56
26247369--26247415	17	2.8	17	78	12	51	17	17	29	36	1.92
26257414--26257456	22	2.0	22	90	9	70	37	6	11	44	1.68
26266313--26266505	50	3.8	50	87	0	269	24	21	32	21	1.98
26268818--26268848	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
26270197--26270257	23	2.6	23	75	12	61	16	1	8	73	1.14
26270191--26270254	6	10.8	6	81	3	58	15	3	6	75	1.14
26270191--26270253	29	2.1	30	83	13	78	14	3	6	76	1.11
26272634--26272881	50	4.8	50	85	3	280	26	20	29	23	1.99
26272700--26272920	50	4.4	50	85	1	194	27	21	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26277278--26277320	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
26277458--26277500	18	2.4	19	76	11	54	69	4	2	23	1.18
26279759--26279808	20	2.5	20	90	0	73	36	12	30	22	1.90
26285772--26286325	70	7.9	70	82	0	586	29	25	18	25	1.98
26286477--26286517	17	2.3	18	83	8	57	31	9	19	39	1.84
26289529--26289583	25	2.2	26	78	12	62	60	12	5	21	1.53
26295854--26295891	3	12.7	3	94	0	58	26	34	0	39	1.57
26305270--26305318	4	12.0	4	79	12	55	44	0	4	51	1.20
26305249--26305308	25	2.4	23	84	15	68	38	0	5	56	1.21
26305262--26305299	15	2.5	15	95	4	67	39	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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