genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24135623--24136071	44	10.2	44	64	9	191	23	24	20	31	1.98
24135599--24136121	132	4.0	132	94	0	929	23	24	20	30	1.99
24144118--24144163	24	1.9	24	86	0	65	10	26	17	45	1.81
24146754--24146785	11	3.1	11	82	17	50	28	31	12	28	1.93
24148440--24148470	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
24149457--24149545	44	2.0	44	97	0	169	11	21	21	46	1.82
24155755--24155805	22	2.3	22	83	10	59	47	3	11	37	1.59
24182338--24182379	21	2.0	22	85	4	59	14	45	21	19	1.85
24187454--24187520	25	2.6	25	83	9	73	22	13	5	58	1.57
24188288--24188341	12	4.4	12	90	4	81	83	9	0	7	0.82
24188288--24188341	6	8.8	6	93	4	72	83	9	0	7	0.82
24189317--24189360	7	6.3	7	82	17	56	68	0	15	15	1.22
24189317--24189360	21	2.1	21	91	0	70	68	0	15	15	1.22
24190595--24190817	87	2.6	87	84	2	304	30	24	23	21	1.99
24190876--24191393	128	4.0	128	89	0	750	32	20	22	24	1.98
24194301--24194368	4	16.0	4	75	17	57	20	4	5	69	1.28
24197849--24198024	25	7.1	25	72	8	108	39	25	11	23	1.89
24197849--24198024	75	2.4	74	82	2	228	39	25	11	23	1.89
24197957--24198029	24	3.0	25	84	4	78	42	21	10	24	1.85
24204465--24204489	8	3.1	8	100	0	50	40	0	24	36	1.55
24207077--24207253	87	2.0	87	100	0	354	36	7	22	33	1.82
24207904--24207978	36	2.1	36	94	0	132	22	17	18	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24210682--24210722	18	2.4	17	80	19	57	2	24	0	73	0.96
24218181--24218275	48	2.0	48	87	0	136	33	17	23	25	1.96
24218318--24218429	33	3.4	32	75	18	104	39	14	15	31	1.87
24218319--24218558	67	3.6	67	81	5	288	37	14	16	32	1.89
24220057--24220097	20	2.0	21	85	4	57	48	4	4	41	1.46
24223393--24223438	24	2.0	23	83	8	58	43	4	0	52	1.21
24223428--24223476	11	4.5	11	74	20	50	61	0	4	34	1.15
24232903--24232950	21	2.3	23	76	23	61	52	2	0	45	1.12
24236972--24237079	19	4.8	23	67	27	63	42	0	0	55	1.12
24236934--24237066	56	2.3	57	81	12	148	42	0	3	54	1.16
24237024--24237056	11	3.0	11	91	8	50	42	0	0	57	0.98
24237249--24237286	16	2.4	16	90	0	67	26	34	2	36	1.71
24243418--24243611	108	1.8	106	89	4	309	36	17	17	28	1.92
24245978--24246334	44	8.2	44	73	6	212	25	24	19	30	1.98
24246240--24246353	44	2.6	43	74	10	108	25	21	21	31	1.98
24246477--24246701	44	5.2	43	64	19	126	25	24	22	27	2.00
24246473--24246788	87	3.6	87	93	0	515	25	23	23	27	2.00
24246799--24247357	44	12.8	43	69	10	233	28	24	19	27	1.99
24246792--24247358	218	2.6	218	93	0	947	28	24	19	27	1.99
24247345--24247525	100	1.8	100	86	0	263	28	15	20	34	1.94
24247322--24247538	100	2.2	99	78	2	254	27	19	19	33	1.96
24248693--24248759	7	10.0	7	79	20	81	14	13	0	71	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24248711--24248761	15	3.5	15	75	22	54	13	11	0	74	1.07
24253112--24253311	108	1.9	107	89	2	312	35	19	17	28	1.94
24255409--24255498	22	4.5	20	71	22	57	53	2	3	41	1.30
24255451--24255498	22	2.2	21	96	3	87	54	0	4	41	1.20
24258904--24259036	66	2.0	66	91	0	212	32	9	18	39	1.83
24264593--24264617	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
24264593--24264625	13	2.6	13	90	4	50	78	0	3	18	0.87
24264988--24265097	48	2.5	43	84	13	159	55	7	5	31	1.50
24265360--24265449	19	4.7	19	91	0	153	38	15	8	36	1.79
24265960--24266337	45	8.6	45	74	10	264	26	21	21	30	1.98
24266007--24266482	217	2.2	217	85	4	620	26	21	21	31	1.98
24266831--24266952	44	2.8	44	86	7	151	27	24	18	28	1.98
24266952--24267528	88	6.6	88	85	2	739	21	23	26	29	1.99
24266952--24267529	263	2.2	265	87	2	824	21	23	26	29	1.99
24267209--24267436	44	5.2	44	66	8	149	21	23	27	27	1.99
24272193--24272279	19	4.6	19	91	0	147	39	13	9	37	1.77
24272193--24272279	38	2.3	38	97	0	165	39	13	9	37	1.77
24272730--24272902	86	2.0	86	98	0	337	32	10	29	26	1.91
24274595--24274634	20	2.1	19	85	4	53	57	7	10	25	1.57
24276894--24276940	14	3.4	14	77	11	51	70	2	21	6	1.20
24279859--24279908	16	3.1	16	76	2	55	38	2	2	58	1.21
24280638--24280678	19	2.1	20	86	4	57	68	2	2	26	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24284392--24284451	28	2.1	28	90	0	93	26	25	18	30	1.98
24284698--24284734	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
24285796--24285845	23	2.2	23	89	3	75	34	22	10	34	1.87
24287112--24287145	16	2.1	16	100	0	68	55	0	26	17	1.42
24290007--24290039	4	8.2	4	100	0	66	48	27	24	0	1.51
24294795--24294823	15	1.9	15	100	0	58	3	6	34	55	1.44
24294794--24294862	24	3.3	21	84	11	81	14	10	30	44	1.78
24294810--24294865	24	2.3	24	93	6	96	17	8	28	44	1.79
24296113--24296145	11	2.8	12	86	9	50	45	3	0	51	1.16
24298127--24298169	21	2.0	23	81	9	54	32	11	11	44	1.77
24302398--24302435	14	2.8	13	88	7	58	52	2	7	36	1.45
24302672--24302778	35	3.1	35	89	2	162	18	23	15	42	1.89
24302673--24302780	34	3.1	34	90	1	162	18	24	15	41	1.89
24303781--24303883	37	2.8	39	76	16	103	52	4	2	39	1.38
24305926--24305974	23	2.1	23	100	0	98	20	18	8	53	1.70
24311234--24311314	10	8.1	10	74	20	53	46	1	2	49	1.23
24311272--24311317	5	9.4	5	97	2	85	41	0	0	58	0.98
24312340--24312396	22	2.6	23	86	8	82	12	22	19	45	1.83
24319548--24319602	18	2.9	19	78	5	67	61	0	0	38	0.96
24320393--24320458	8	8.0	8	75	6	60	69	1	1	27	1.06
24320393--24320458	17	3.9	17	78	4	62	69	1	1	27	1.06
24324422--24324457	8	4.5	8	92	0	54	16	0	2	80	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24324905--24325041	9	14.6	9	82	8	157	36	31	8	23	1.85
24324904--24325038	20	7.1	19	82	9	152	37	31	8	22	1.85
24324904--24325038	29	4.8	28	86	6	166	37	31	8	22	1.85
24325048--24325108	17	3.4	17	68	12	50	54	11	1	32	1.46
24325042--24325154	37	3.1	37	93	1	183	48	12	4	34	1.61
24325195--24325253	24	2.5	24	94	0	100	30	27	0	42	1.56
24327955--24327990	17	2.1	17	100	0	72	52	5	5	36	1.48
24328196--24328220	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
24328325--24328404	27	3.0	27	100	0	160	60	7	11	21	1.55
24342734--24342765	16	2.0	16	100	0	64	37	6	31	25	1.81
24342751--24342846	45	2.2	44	88	5	140	31	4	28	36	1.76
24343019--24343206	61	3.1	61	73	11	215	52	4	1	42	1.28
24342984--24343206	120	1.9	120	97	0	419	52	4	0	43	1.26
24342976--24343158	59	3.0	60	73	11	203	53	3	0	42	1.21
24343022--24343384	104	3.4	104	73	19	343	52	3	1	43	1.26
24343224--24343261	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
24343004--24343378	120	3.1	121	82	10	375	53	3	1	42	1.24
24343200--24343455	117	2.1	122	92	4	434	52	3	1	42	1.26
24342980--24343427	221	2.0	222	94	2	787	51	3	1	43	1.27
24343453--24343491	20	2.0	20	84	0	51	43	2	12	41	1.56
24344676--24344750	19	3.8	19	89	6	114	38	8	16	37	1.78
24344677--24344739	21	3.1	21	95	4	112	38	9	14	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24344729--24344773	23	2.0	23	86	4	65	40	2	17	40	1.62
24344739--24344783	23	2.0	23	82	4	56	35	2	15	46	1.58
24346085--24346279	98	2.0	98	95	0	354	28	9	25	36	1.88
24348913--24349161	50	4.8	50	84	3	282	20	28	23	27	1.99
24348912--24349162	100	2.4	102	86	7	348	20	28	23	27	1.99
24353012--24353059	1	48.0	1	78	0	51	89	10	0	0	0.48
24353012--24353059	10	4.7	10	87	12	71	89	10	0	0	0.48
24354406--24355185	132	5.9	131	91	3	1232	28	18	23	29	1.98
24354406--24355185	259	3.0	259	92	2	1222	28	18	23	29	1.98
24354408--24355154	391	1.9	391	93	1	1275	28	18	23	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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