genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8885371--8885409	16	2.5	15	84	12	51	53	2	0	43	1.14
8886054--8886443	166	2.3	166	90	0	611	31	23	22	23	1.99
8886934--8886970	14	2.7	14	88	12	51	13	0	32	54	1.40
8887000--8887059	22	2.8	22	78	12	70	18	6	43	31	1.76
8887171--8887233	28	2.2	28	80	5	74	28	3	25	42	1.70
8887304--8887352	21	2.3	21	79	6	55	24	0	24	51	1.49
8887798--8887992	79	2.4	83	83	5	245	29	17	21	31	1.96
8890786--8890913	19	6.2	20	74	14	116	42	2	2	52	1.27
8890919--8891000	12	6.3	13	76	16	64	50	17	0	32	1.46
8890974--8891246	9	31.4	9	72	17	170	46	19	1	32	1.59
8890977--8891027	12	4.6	11	76	16	52	47	13	0	39	1.43
8890979--8891058	32	2.4	33	81	12	101	46	15	0	38	1.46
8891047--8891246	25	8.0	24	80	7	202	47	20	2	30	1.62
8893818--8893862	21	2.1	21	91	0	72	33	17	46	2	1.61
8893779--8893944	87	1.9	87	93	0	287	39	18	29	13	1.88
8893904--8893954	21	2.4	21	81	9	59	37	17	39	5	1.74
8894336--8894375	20	2.0	20	90	0	62	32	15	22	30	1.94
8894368--8894467	43	2.3	43	92	0	164	26	22	26	26	2.00
8894732--8894758	11	2.5	11	100	0	54	40	0	0	59	0.98
8894809--8894872	32	2.0	32	84	6	85	57	1	0	40	1.08
8896421--8896453	17	1.9	17	93	0	57	54	0	9	36	1.32
8896740--8896789	20	2.5	20	87	3	66	44	2	0	54	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8899695--8899757	29	2.2	29	88	5	92	30	3	17	49	1.62
8899831--8899877	25	1.9	25	86	4	69	53	2	0	44	1.12
8899994--8900034	19	2.2	19	86	0	55	63	2	2	31	1.20
8906725--8906757	17	1.9	17	93	0	57	78	6	0	15	0.93
8912171--8912362	15	12.7	15	75	2	150	31	25	19	23	1.98
8912171--8912362	45	4.2	45	77	2	177	31	25	19	23	1.98
8912326--8912359	16	2.1	16	88	0	50	44	23	11	20	1.84
8914391--8914471	30	2.7	30	86	0	99	19	29	27	23	1.98
8914405--8914457	17	3.4	17	65	20	51	20	26	28	24	1.99
8919832--8919899	30	2.3	30	89	0	109	23	32	25	19	1.97
8922820--8922860	18	2.2	20	86	8	59	19	0	14	65	1.26
8924685--8924721	3	12.3	3	100	0	74	32	32	0	35	1.58
8924923--8925143	15	14.7	15	74	3	176	28	22	22	26	1.99
8924923--8925142	30	7.3	30	78	3	210	28	22	22	26	1.99
8927688--8928076	46	8.6	45	92	2	611	33	15	22	28	1.94
8927688--8928076	91	4.3	91	92	2	615	33	15	22	28	1.94
8927688--8928076	136	2.9	136	93	1	665	33	15	22	28	1.94
8932303--8932422	62	2.0	61	93	1	204	22	16	26	34	1.95
8934629--8934653	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
8934618--8934700	41	2.0	42	84	9	109	65	0	1	33	1.01
8939914--8940037	22	5.6	22	73	7	108	44	17	21	16	1.87
8939912--8940037	44	2.9	44	82	0	153	44	17	22	15	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8949064--8949115	23	2.3	22	81	12	61	55	5	3	34	1.42
8952294--8952353	26	2.3	26	97	2	113	30	6	3	60	1.39
8953575--8953603	15	2.0	15	93	6	51	27	3	27	41	1.72
8972604--8972843	128	1.9	128	81	6	299	28	23	17	30	1.97
8972593--8973214	45	14.0	45	78	4	487	27	24	17	30	1.97
8972562--8973214	135	4.9	134	80	5	566	27	23	17	30	1.97
8985077--8985109	15	2.1	16	94	5	59	45	0	12	42	1.41
8985139--8985172	18	1.9	18	94	5	61	55	5	8	29	1.54
8986216--8986258	18	2.4	18	80	0	59	6	20	48	23	1.73
8988926--8988967	20	2.1	20	100	0	84	47	19	9	23	1.78
8989213--8989288	9	8.4	9	89	0	98	39	22	11	26	1.88
8989213--8989288	27	2.8	27	87	0	116	39	22	11	26	1.88
8989391--8989434	18	2.4	18	92	0	70	15	2	40	40	1.60
8993448--8993489	21	2.0	22	86	13	61	42	2	2	52	1.27
8995938--8996099	40	4.1	40	89	0	247	39	26	17	16	1.91
8995938--8996091	79	1.9	79	90	2	247	38	27	16	16	1.91
9004237--9004289	21	2.7	19	75	13	54	26	0	3	69	1.05
9013645--9013677	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
9018026--9018060	17	2.0	18	88	5	54	40	8	0	51	1.33
9018296--9018349	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
9024844--9025585	128	5.8	128	92	0	1184	32	19	22	25	1.98
9025577--9025890	44	7.2	44	66	15	134	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9026001--9026338	44	7.8	44	67	13	137	27	18	25	29	1.98
9025575--9026333	217	3.5	216	88	3	1133	28	18	25	28	1.98
9026775--9026822	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
9028740--9028773	17	1.9	18	88	5	52	44	0	0	55	0.99
9029319--9029351	16	2.0	17	88	5	50	66	0	0	33	0.92
9037593--9037629	18	2.1	18	89	0	56	40	2	2	54	1.29
9038088--9038375	96	3.0	98	93	2	453	40	1	17	39	1.60
9039217--9039340	41	3.0	40	84	5	160	21	24	25	28	1.99
9044450--9044507	10	5.6	11	74	13	52	31	0	3	65	1.09
9044450--9044576	46	2.9	44	76	16	115	27	1	6	64	1.27
9055861--9055913	21	2.5	21	81	9	54	67	1	7	22	1.25
9057642--9057731	44	2.0	44	82	0	108	32	17	13	36	1.89
9057677--9057782	51	2.1	51	89	0	158	28	16	17	36	1.93
9057669--9057992	44	7.2	44	77	8	305	29	18	17	33	1.94
9057669--9057994	89	3.6	89	81	5	327	30	18	17	33	1.94
9062642--9062796	78	1.9	78	85	8	213	16	29	10	43	1.81
9064713--9064757	20	2.2	20	96	0	81	8	26	31	33	1.87
9067694--9067879	48	3.8	48	74	9	142	32	23	26	18	1.97
9067711--9067883	26	7.0	26	74	10	96	33	23	25	17	1.96
9070570--9070815	101	2.4	101	91	0	393	28	23	15	32	1.95
9070665--9070807	33	4.3	33	68	7	90	27	23	16	32	1.96
9072764--9072816	19	2.7	19	78	18	56	41	5	20	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9074561--9074610	21	2.4	21	90	3	75	26	18	22	34	1.96
9077021--9077052	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
9079017--9079051	18	1.9	18	88	0	52	17	2	0	80	0.84
9093930--9094023	47	2.0	47	97	0	179	39	21	11	27	1.88
9097244--9097311	29	2.4	27	79	15	75	33	2	7	55	1.42
9101427--9101535	44	2.6	41	74	17	98	44	0	4	50	1.29
9101460--9101523	28	2.4	28	86	5	87	43	0	0	56	0.99
9101758--9101863	44	2.5	41	75	18	126	37	30	2	29	1.72
9101775--9101865	44	2.0	46	89	4	141	40	29	3	26	1.72
9101845--9101882	16	2.4	16	90	0	67	26	34	2	36	1.71
9103730--9103775	23	2.0	23	83	8	58	43	0	8	47	1.34
9105236--9105518	141	2.0	142	96	0	523	39	10	12	36	1.78
9106197--9106242	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
9106695--9106726	15	2.1	15	94	0	55	3	31	21	43	1.68
9111825--9111857	4	8.2	4	93	0	57	24	0	3	72	0.98
9111827--9111858	16	2.0	16	100	0	64	25	0	6	68	1.12
9112492--9112523	14	2.1	16	88	11	50	21	53	9	15	1.70
9113585--9113668	3	28.0	3	95	0	123	34	4	0	60	1.18
9115553--9115589	19	1.9	19	88	0	56	21	8	43	27	1.80
9115624--9116038	230	1.8	230	96	1	769	44	17	13	24	1.85
9118758--9118831	31	2.4	31	81	0	85	37	4	22	35	1.74
9125405--9125488	26	3.3	27	77	8	86	32	21	28	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9125978--9126009	5	6.2	5	92	7	55	40	18	0	40	1.51
9131095--9131119	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
9137067--9137108	21	2.0	21	85	0	57	28	7	45	19	1.76
9137044--9137114	27	2.6	27	75	4	63	29	5	46	18	1.72
9152748--9152907	21	7.7	21	73	1	88	41	18	20	19	1.91
9152742--9152877	42	3.2	42	82	0	164	41	19	21	17	1.90
9160456--9160485	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
9160421--9160545	66	1.9	66	100	0	250	34	8	12	45	1.70
9160909--9160952	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
9165333--9165423	44	2.1	44	89	0	137	47	13	10	28	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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