genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21655997--21656040	22	2.0	22	81	0	52	61	6	4	27	1.41
21657552--21657833	132	2.1	132	87	2	397	28	25	17	29	1.97
21657901--21657999	50	2.0	50	87	0	144	26	23	21	29	1.99
21657951--21658093	72	2.0	72	80	5	164	26	20	25	27	1.99
21658033--21658292	50	5.2	50	74	5	222	24	20	23	31	1.98
21658019--21658292	99	2.8	100	87	1	381	24	20	23	31	1.98
21658280--21659709	44	32.5	43	65	14	424	24	23	24	27	2.00
21658291--21659709	88	16.1	88	91	0	2162	24	23	24	27	2.00
21660778--21660823	21	2.2	21	88	0	65	26	32	10	30	1.90
21660912--21660952	10	3.9	10	84	9	55	0	14	0	85	0.60
21660906--21660952	25	1.9	25	86	4	69	0	19	0	80	0.70
21664526--21664737	109	2.0	106	86	2	298	33	17	16	31	1.93
21665025--21665058	18	1.9	18	88	5	52	52	0	14	32	1.42
21666752--21666809	21	2.7	22	84	5	66	34	6	25	32	1.83
21667198--21667256	2	30.0	2	93	3	102	50	0	0	49	1.00
21685842--21685913	18	4.1	18	78	8	69	13	20	33	31	1.92
21685811--21685913	17	5.9	17	71	17	70	18	20	31	30	1.96
21685787--21685913	34	3.7	34	73	12	98	18	20	29	31	1.96
21693508--21693546	19	2.0	18	85	14	51	56	0	2	41	1.13
21695436--21695460	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
21695655--21695697	21	2.0	21	100	0	86	67	0	4	27	1.10
21695658--21695708	11	4.6	11	74	16	52	62	0	3	33	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21695658--21695723	32	2.0	32	88	8	96	63	0	3	33	1.10
21697882--21697951	28	2.6	26	76	8	77	24	14	14	47	1.81
21699043--21699132	45	2.0	45	93	0	153	30	13	32	24	1.93
21700335--21700377	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
21700911--21701002	27	3.2	27	77	16	112	43	34	0	21	1.53
21700912--21701209	33	8.9	33	66	20	165	43	32	1	22	1.60
21700984--21701016	15	2.2	15	94	0	57	48	24	3	24	1.65
21700941--21701209	107	2.6	103	76	9	280	43	32	1	23	1.61
21700977--21701196	107	2.1	107	85	0	296	43	32	1	22	1.62
21701267--21701429	35	4.4	36	67	17	102	46	9	4	39	1.57
21701267--21701317	16	2.8	19	71	17	54	50	9	1	37	1.47
21701250--21701488	112	2.1	111	92	0	397	44	7	7	40	1.60
21701992--21702067	37	2.0	40	87	7	113	36	2	0	60	1.11
21701992--21702067	38	2.0	39	85	12	104	36	2	0	60	1.11
21704025--21704129	44	2.4	44	85	6	135	33	5	11	49	1.62
21705410--21705457	24	2.0	24	87	0	69	29	16	27	27	1.97
21706007--21706056	21	2.3	21	93	3	82	32	6	0	62	1.20
21706007--21706065	21	2.9	20	85	9	68	27	5	0	67	1.11
21710055--21710080	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
21712036--21712080	22	2.0	22	91	0	72	11	15	6	66	1.42
21712997--21713044	7	6.7	7	77	13	53	66	4	16	12	1.39
21714379--21715942	527	3.0	527	93	1	2627	29	18	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21714379--21715944	659	2.4	659	92	1	2588	29	18	23	27	1.98
21714379--21715944	132	11.9	132	91	2	2452	29	18	23	27	1.98
21717592--21717620	15	2.0	15	93	6	51	13	6	0	79	0.93
21719605--21719650	20	2.2	21	88	3	67	8	26	13	52	1.69
21720683--21720741	18	3.2	18	79	13	59	33	0	0	66	0.92
21723921--21724032	25	4.5	25	81	7	113	22	22	25	30	1.99
21723921--21724017	50	1.9	50	87	4	142	21	22	23	31	1.98
21735526--21735586	21	2.9	21	76	9	70	18	27	16	37	1.92
21735474--21735607	42	3.2	42	73	4	126	16	23	16	44	1.87
21737387--21737419	3	11.0	3	93	0	57	69	0	30	0	0.88
21745213--21745257	23	2.0	23	95	0	81	24	4	28	42	1.74
21749917--21749947	16	1.9	16	100	0	62	25	38	6	29	1.81
21749982--21750043	32	1.9	32	90	0	97	24	14	46	14	1.82
21749988--21750042	16	3.4	16	75	9	58	23	14	47	14	1.81
21750102--21750205	16	6.5	16	79	6	86	28	15	43	12	1.83
21749993--21750208	32	6.7	32	73	8	132	30	13	41	14	1.85
21750101--21750208	48	2.3	47	79	7	119	29	15	42	12	1.83
21750208--21750243	16	2.2	16	90	0	54	30	13	38	16	1.88
21750195--21750252	18	3.3	18	74	13	59	27	17	41	13	1.87
21751589--21751699	18	6.2	18	73	22	85	57	0	4	37	1.19
21751577--21751635	9	6.4	9	72	16	50	61	0	5	33	1.18
21751600--21751717	53	2.3	51	84	8	141	55	0	5	38	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21751646--21751700	20	2.8	20	78	10	60	56	0	3	40	1.17
21752005--21752051	22	2.2	22	84	3	60	31	6	2	59	1.34
21752139--21752196	19	3.2	18	81	11	66	31	1	0	67	1.01
21752139--21752201	17	3.6	16	78	17	63	34	1	0	63	1.04
21758749--21758959	40	5.3	40	80	4	219	21	27	17	34	1.95
21758980--21759025	19	2.4	19	81	3	56	15	28	17	39	1.90
21759013--21759092	20	4.1	20	77	3	81	12	26	17	43	1.84
21759943--21759969	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
21767302--21767447	65	2.2	65	97	0	274	40	19	10	30	1.84
21779740--21779791	14	3.6	14	82	12	70	65	0	34	0	0.93
21782580--21782649	26	2.7	26	80	8	88	37	10	18	34	1.84
21784723--21784753	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
21784924--21785098	50	3.5	50	88	0	260	25	24	30	20	1.98
21789563--21789804	50	4.9	50	82	2	238	27	21	29	21	1.99
21790009--21790059	21	2.5	20	87	6	75	56	5	23	13	1.59
21796232--21796424	50	3.9	50	85	0	233	26	21	30	21	1.98
21796241--21796473	50	4.7	49	80	4	175	27	21	29	21	1.99
21796681--21796711	16	1.9	16	93	0	53	51	6	22	19	1.69
21796682--21796727	20	2.3	20	84	0	65	56	2	23	17	1.52
21800516--21800572	24	2.4	24	84	0	69	14	38	7	40	1.73
21800530--21800586	24	2.4	24	84	0	69	15	35	3	45	1.64
21818587--21818629	22	1.9	23	85	4	61	65	11	6	16	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21834168--21834226	29	2.0	30	90	3	93	52	13	3	30	1.57
21835998--21836041	21	2.1	21	83	8	54	34	20	11	34	1.88
21838168--21838283	51	2.3	50	95	1	205	29	25	13	31	1.94
21846091--21846320	42	5.5	42	79	2	205	30	20	17	30	1.96
21846091--21846320	84	2.7	84	81	4	250	30	20	17	30	1.96
21848582--21848618	18	2.1	18	100	0	74	43	21	29	5	1.75
21859548--21859605	29	2.0	30	86	3	82	63	3	5	27	1.31
21861918--21861988	35	2.0	35	100	0	142	32	11	11	45	1.75
21868289--21868352	24	2.7	23	79	9	76	68	1	4	25	1.17
21868298--21868340	17	2.6	16	82	10	59	74	2	2	20	1.04
21869690--21869745	24	2.3	24	84	0	67	32	26	7	33	1.84
21871346--21871395	25	2.0	26	84	4	66	80	4	2	14	0.95
21884920--21885048	67	1.9	67	85	3	179	24	22	18	34	1.96
21884918--21885076	67	2.4	67	81	4	169	25	23	18	33	1.97
21893365--21893434	35	2.0	35	100	0	140	34	11	22	31	1.90
21913788--21913831	6	7.2	6	92	2	52	15	25	0	59	1.37
21913789--21913831	12	3.5	12	87	3	59	16	25	0	58	1.38
21913788--21913830	18	2.3	19	88	4	61	16	25	0	58	1.38
21918011--21918046	16	2.3	15	90	4	54	77	8	0	13	0.98
21921293--21921381	9	9.9	9	91	0	142	43	23	8	23	1.82
21930583--21930623	18	2.3	18	86	0	55	29	24	29	17	1.97
21933098--21933214	62	1.9	59	86	5	162	51	1	4	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21933686--21933725	19	2.1	19	85	0	53	37	2	5	55	1.35
21941355--21941387	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
21943598--21943635	13	2.7	14	88	8	51	21	2	2	73	1.07
21943641--21943679	15	2.5	15	87	4	60	25	0	0	74	0.82
21943649--21943677	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
21943592--21943669	36	2.3	34	80	18	92	23	2	2	71	1.10
21944634--21944694	25	2.4	25	81	5	70	75	0	11	13	1.05
21947611--21947683	32	2.3	32	87	0	101	23	42	19	15	1.88
21957605--21957630	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
21961533--21961619	36	2.4	36	82	3	95	32	9	17	41	1.81

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