genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2501403--2501466	20	3.4	20	75	14	57	64	0	1	34	1.03
2501405--2501500	28	3.5	25	71	20	59	58	0	2	39	1.10
2501456--2501544	44	2.0	44	95	0	160	49	0	6	43	1.29
2501779--2501810	14	2.4	14	94	5	57	59	0	0	40	0.97
2502289--2502315	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2511533--2511588	24	2.3	23	82	8	67	64	5	3	26	1.32
2511543--2511589	24	1.9	25	95	4	87	65	0	4	29	1.11
2514781--2514819	18	2.2	17	86	13	53	30	0	23	46	1.53
2515046--2515166	23	5.3	23	90	0	152	22	21	24	31	1.98
2517724--2517763	18	2.2	18	86	0	53	55	5	0	40	1.22
2528948--2528991	2	21.5	2	95	4	79	50	2	0	47	1.13
2539366--2539409	21	2.1	21	86	0	61	29	9	34	27	1.87
2539928--2539952	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
2542636--2542675	6	6.2	6	86	13	53	77	2	20	0	0.88
2544363--2544421	31	1.9	31	82	6	75	22	8	11	57	1.61
2544949--2544987	19	2.0	20	85	10	53	46	0	0	53	1.00
2555606--2555664	29	2.0	29	81	12	68	32	5	15	47	1.67
2560009--2560067	27	2.2	27	84	6	75	25	27	28	18	1.98
2560710--2560768	19	3.2	19	82	4	84	49	0	13	37	1.43
2561444--2561504	26	2.2	28	88	5	90	50	0	9	39	1.35
2569597--2569640	21	2.1	21	82	0	52	15	4	9	70	1.30
2569682--2569719	16	2.4	16	83	12	51	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2570890--2570943	24	2.3	23	81	9	65	37	5	5	51	1.49
2571507--2571543	17	2.1	18	90	5	58	43	5	2	48	1.40
2577867--2578166	149	2.0	149	90	0	474	39	18	15	26	1.90
2578896--2579161	53	5.0	53	96	0	478	38	18	16	26	1.92
2586798--2586849	19	2.8	19	82	2	70	65	0	7	26	1.20
2587562--2587587	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2587610--2587649	21	2.0	21	90	5	64	42	5	0	52	1.23
2587965--2588232	125	2.2	124	93	0	446	31	24	16	27	1.96
2588721--2588758	20	1.9	20	94	0	67	31	28	10	28	1.90
2589237--2589351	60	1.9	60	91	3	187	38	10	18	33	1.85
2589498--2589642	65	2.2	65	97	0	272	44	19	11	24	1.83
2591760--2591813	2	27.0	2	96	0	99	50	1	0	48	1.11
2600959--2600997	17	2.2	18	86	9	53	33	2	2	61	1.23
2601568--2601608	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2605549--2605573	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2605882--2606990	150	7.4	149	85	6	1429	51	7	9	31	1.61
2607321--2607345	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
2615027--2615191	39	4.2	39	85	4	217	21	27	25	24	1.99
2615030--2615191	78	2.1	78	89	2	245	21	27	25	24	1.99
2617455--2618070	205	3.0	205	97	0	1142	38	17	15	28	1.90
2623674--2623740	25	2.7	25	73	0	71	22	28	20	28	1.99
2626451--2626486	17	2.1	17	100	0	72	52	11	5	30	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2627999--2628100	49	2.1	49	100	0	204	51	11	9	26	1.69
2632990--2633139	42	3.6	41	90	1	219	42	16	24	16	1.89
2632990--2633126	21	6.5	21	64	0	76	41	17	24	16	1.89
2633032--2633141	21	5.2	21	62	8	62	44	17	21	16	1.86
2639716--2639758	10	4.4	10	80	14	54	79	2	0	18	0.85
2639728--2639759	6	5.3	6	100	0	64	84	0	0	15	0.63
2639721--2639765	18	2.4	18	82	17	65	82	4	0	13	0.82
2646539--2646661	60	2.0	61	96	1	230	31	11	3	53	1.52
2646565--2646655	27	3.1	27	64	27	69	30	8	3	57	1.46
2659532--2659743	106	2.0	106	99	0	415	26	9	12	50	1.71
2659886--2659952	27	2.5	28	85	4	93	56	16	13	13	1.67
2661641--2661698	29	2.0	29	90	6	91	25	6	25	41	1.80
2665426--2665525	45	2.2	45	81	8	107	52	2	15	31	1.54
2665543--2665581	10	3.8	10	86	3	51	48	0	2	48	1.15
2672362--2672500	21	6.6	22	71	12	87	21	17	15	46	1.84
2672399--2672528	42	3.1	42	76	4	111	18	16	16	47	1.83
2673707--2673751	24	2.0	24	86	8	67	42	17	4	35	1.70
2681642--2681918	46	6.0	46	94	0	464	35	9	25	29	1.87
2684068--2684121	2	29.0	2	85	14	80	53	0	0	46	1.00
2684829--2684857	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
2685150--2685253	22	4.4	23	80	7	86	16	24	19	40	1.91
2685186--2685253	22	3.1	22	84	0	91	14	25	19	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2685691--2686041	175	2.0	175	96	1	641	35	10	16	37	1.83
2688286--2688315	7	4.3	7	100	0	60	13	0	43	43	1.43
2692394--2692427	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2693798--2693849	25	2.1	26	82	7	63	59	3	0	36	1.16
2697599--2697628	13	2.2	13	94	5	51	86	0	13	0	0.57
2699833--2699875	24	1.9	21	86	13	59	39	2	2	55	1.25
2700210--2700254	20	2.2	20	96	0	81	37	13	15	33	1.86
2701013--2701053	21	2.0	21	85	0	55	46	2	0	51	1.14
2716527--2716579	24	2.3	24	81	9	67	50	0	3	45	1.19
2735094--2735133	20	2.0	20	90	9	64	45	2	22	30	1.66
2739857--2739896	15	2.7	15	85	11	55	65	5	0	30	1.14
2739862--2739898	15	2.4	16	95	4	67	67	5	0	27	1.12
2741416--2741449	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2743477--2743511	17	2.1	17	88	0	52	71	0	0	28	0.86
2750484--2750515	16	2.0	16	93	0	55	65	0	0	34	0.93
2759747--2759826	26	3.2	25	72	16	76	45	3	2	48	1.33
2766969--2767152	94	2.0	94	92	0	305	45	17	23	13	1.84
2771788--2771882	24	3.9	24	69	13	68	24	18	18	37	1.94
2772866--2773302	199	2.2	199	89	1	653	25	22	23	28	1.99
2778651--2778708	25	2.3	25	87	0	80	39	20	25	13	1.90
2779049--2779105	11	5.4	10	76	23	55	42	15	0	42	1.47
2779049--2779115	11	6.4	10	77	8	53	41	17	0	40	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2779049--2779120	21	3.4	21	86	3	92	41	19	0	38	1.52
2779605--2779633	11	2.6	11	100	0	58	51	0	20	27	1.47
2780637--2780701	32	2.0	32	93	0	112	58	3	13	24	1.50
2783712--2784248	106	5.1	99	79	12	499	30	15	13	40	1.86
2783712--2784221	205	2.4	207	87	6	676	31	15	14	39	1.87
2783713--2784248	105	5.1	103	83	7	645	30	15	13	40	1.86
2802592--2802644	24	2.2	24	86	0	70	54	9	3	32	1.50
2804437--2804477	8	5.1	8	100	0	82	48	39	12	0	1.41
2810400--2810443	17	2.6	17	82	7	54	61	13	15	9	1.56
2814565--2814597	17	2.0	17	88	5	50	63	6	0	30	1.18
2818715--2818833	50	2.4	51	89	1	177	35	10	24	29	1.89
2820307--2820331	12	2.1	12	100	0	50	52	8	8	32	1.60
2827555--2827605	18	2.7	20	77	20	63	19	0	3	76	0.94
2828585--2828657	26	2.9	25	81	16	89	72	0	5	21	1.04
2828593--2828656	4	15.5	4	78	18	53	73	0	4	21	1.01
2828593--2828649	22	2.6	22	79	17	66	73	0	5	21	1.02
2828593--2828657	17	3.9	16	75	16	69	73	0	4	21	1.00
2833722--2833748	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2835809--2835843	17	2.0	18	88	5	54	22	0	2	74	0.95
2845540--2845645	54	2.0	54	89	7	166	17	27	13	41	1.87
2847933--2847979	10	4.8	10	76	12	53	27	4	0	68	1.08
2847955--2848004	24	2.0	24	88	3	73	30	4	0	66	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2850414--2850497	42	2.0	42	95	2	152	42	9	1	46	1.44
2850428--2850492	20	3.2	20	67	30	55	44	9	1	44	1.45
2859301--2859328	8	3.5	8	100	0	56	10	0	10	78	0.96
2860936--2861014	36	2.2	35	80	10	88	50	2	2	44	1.29
2861319--2861350	10	3.2	10	95	0	55	18	0	6	75	1.01
2861370--2861420	24	2.1	24	81	0	57	31	1	1	64	1.15
2862573--2862651	40	1.9	41	82	10	99	34	10	7	48	1.65
2864634--2864708	31	2.4	31	80	8	89	37	8	9	45	1.66
2873418--2873458	16	2.5	17	84	7	50	60	4	19	14	1.51
2876570--2876595	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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