genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  72  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21147263--21147455	98	2.0	98	93	0	332	26	10	25	36	1.88
21151944--21151985	8	5.8	8	88	11	56	88	11	0	0	0.53
21151942--21151990	14	3.5	13	86	13	71	87	10	0	2	0.62
21151942--21151990	20	2.5	19	90	9	80	87	10	0	2	0.62
21154353--21154414	7	8.7	7	75	16	56	38	38	3	19	1.68
21154496--21154546	14	3.7	14	73	5	50	45	35	0	19	1.51
21154663--21154796	19	6.8	19	90	3	187	38	9	14	38	1.79
21154663--21154803	40	3.7	38	84	9	187	38	9	14	38	1.78
21154663--21154819	61	2.6	60	83	13	207	37	8	14	39	1.77
21155305--21155336	13	2.4	14	85	15	50	15	0	6	78	0.95
21155551--21155600	25	2.0	26	92	4	84	30	8	4	58	1.45
21156268--21156435	84	2.0	84	95	0	300	27	10	27	34	1.90
21156940--21156980	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
21157348--21157503	41	3.8	39	79	5	150	33	25	20	20	1.97
21157348--21157503	82	1.9	81	81	5	188	33	25	20	20	1.97
21157560--21157676	40	3.0	38	75	7	117	25	20	17	35	1.95
21158095--21158119	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21159542--21159586	19	2.4	19	96	3	83	28	15	8	46	1.76
21160228--21160254	6	4.5	6	100	0	54	33	18	14	33	1.92
21164910--21164985	3	25.0	3	86	7	109	63	1	2	32	1.17
21172233--21172362	54	2.4	54	89	1	206	32	18	23	25	1.97
21174237--21174284	21	2.3	21	92	0	78	54	22	2	20	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21174712--21174759	18	2.7	17	78	9	60	39	16	2	41	1.60
21180236--21180297	30	2.1	30	93	0	106	24	1	14	59	1.44
21187890--21187929	17	2.4	17	87	4	55	55	0	7	37	1.29
21188720--21188810	30	3.0	31	71	9	78	25	19	7	47	1.76
21188742--21188799	31	1.9	30	85	3	80	25	20	10	43	1.84
21194134--21194273	46	3.0	46	92	2	228	36	7	25	30	1.84
21197112--21197160	27	1.9	26	84	12	66	28	32	14	24	1.94
21197465--21197622	69	2.3	69	84	2	201	27	17	23	31	1.97
21197573--21197672	52	1.9	52	83	0	128	25	19	24	32	1.98
21197625--21197910	69	4.1	69	79	1	286	27	19	20	32	1.97
21209136--21209204	37	1.9	36	88	8	106	21	15	2	59	1.50
21209267--21209326	30	2.0	29	87	3	84	51	0	1	46	1.10
21216546--21216621	37	2.1	37	100	0	152	46	5	19	28	1.72
21217295--21217433	73	1.9	73	85	5	192	20	20	22	36	1.95
21217267--21217447	73	2.5	72	75	6	184	18	21	22	37	1.94
21217442--21217497	25	2.2	25	87	0	76	28	33	12	25	1.92
21221820--21221850	16	1.9	16	93	0	53	32	3	6	58	1.40
21226203--21226228	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
21231522--21231574	25	2.0	25	82	7	61	69	3	1	24	1.15
21234183--21234546	113	3.2	113	89	2	561	24	22	26	26	2.00
21234183--21234554	114	3.3	114	89	0	570	25	22	26	26	2.00
21234799--21234829	15	2.1	15	93	0	53	19	0	45	35	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21235750--21235779	15	2.0	15	100	0	60	60	0	0	40	0.97
21235939--21236041	53	1.9	53	100	0	206	54	9	4	31	1.54
21235992--21236185	107	1.8	107	90	0	316	47	11	12	27	1.76
21236233--21236280	25	1.9	25	100	0	96	68	6	0	25	1.12
21239077--21239424	23	15.3	23	75	13	254	29	6	24	39	1.81
21239079--21239424	46	7.6	46	73	10	282	29	6	23	39	1.81
21239079--21239387	136	2.3	137	94	1	541	29	6	23	39	1.81
21239207--21239419	114	1.9	114	92	2	356	30	6	23	39	1.80
21239125--21239348	68	3.3	68	75	9	258	29	5	23	41	1.78
21239206--21239424	91	2.4	91	79	9	241	29	6	24	39	1.81
21240346--21240575	43	5.3	43	88	3	311	20	20	33	26	1.97
21240326--21240575	129	1.9	129	86	1	349	20	19	33	27	1.96
21240980--21241009	15	2.0	15	100	0	60	26	13	20	40	1.89
21241372--21241402	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
21242943--21243138	88	2.2	87	81	3	214	25	23	23	27	2.00
21243102--21243793	132	5.2	132	89	0	1028	25	23	20	30	1.98
21243433--21243614	44	4.1	44	67	13	113	27	23	18	30	1.98
21243454--21243659	44	4.7	44	69	11	143	27	22	19	30	1.98
21245331--21245466	50	2.7	50	86	1	182	18	30	24	26	1.98
21247913--21248001	41	2.2	41	87	0	133	23	26	19	30	1.98
21247932--21248014	41	2.0	41	90	0	130	24	27	19	28	1.98
21247936--21248029	41	2.3	41	84	0	116	25	26	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21249792--21249816	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
21255583--21255875	50	5.8	50	88	0	397	19	30	23	26	1.98
21269618--21269657	12	3.5	11	86	10	53	62	0	2	35	1.09
21269623--21269661	12	3.2	12	92	7	62	66	0	0	33	0.92
21269708--21269806	49	2.0	49	100	0	198	46	12	18	23	1.82
21269991--21270031	17	2.4	18	76	12	50	39	19	24	17	1.92
21274644--21274707	33	1.9	33	90	0	101	32	9	15	42	1.79
21276809--21276902	43	2.2	43	90	0	143	30	28	15	24	1.96
21279157--21279203	21	2.3	21	88	3	69	48	0	8	42	1.33
21279086--21279513	122	3.5	120	89	4	671	46	2	8	42	1.49
21279398--21279592	100	2.0	100	94	0	345	45	0	7	46	1.35
21280707--21281113	125	3.3	125	85	1	539	29	22	15	32	1.94
21281920--21281991	18	3.9	18	69	7	54	55	0	2	41	1.14
21282587--21282623	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
21282847--21282930	7	12.1	7	80	2	80	45	33	1	20	1.59
21282847--21282942	14	7.0	13	79	10	77	46	32	1	19	1.57
21282846--21282942	28	3.5	28	75	9	92	46	31	1	20	1.58
21282847--21282962	21	5.7	20	73	9	90	46	31	0	20	1.57
21282847--21282942	7	14.0	6	80	12	66	46	32	1	19	1.57
21284863--21284905	23	2.0	23	86	9	63	51	0	2	46	1.13
21285675--21285728	27	2.0	27	100	0	108	48	7	11	33	1.67
21285970--21286020	25	2.0	25	96	0	93	43	23	7	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21289956--21290001	23	2.0	23	91	0	74	34	10	15	39	1.82
21290892--21290953	32	1.9	32	83	0	79	62	3	1	32	1.20
21290910--21291059	40	3.7	40	86	9	189	62	0	3	34	1.12
21290968--21291033	31	2.1	31	83	10	82	65	0	3	31	1.08
21299985--21300017	16	2.1	16	88	11	50	48	0	0	51	1.00
21304285--21304310	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
21305319--21305387	30	2.2	32	82	12	90	56	0	0	43	0.99
21305319--21305379	31	2.0	30	87	6	86	57	0	0	42	0.98
21307436--21307618	58	3.2	57	77	6	165	36	2	13	47	1.57
21307726--21307827	40	2.5	39	82	10	116	33	20	12	33	1.90
21307807--21307904	38	2.5	39	85	4	137	42	19	6	31	1.75
21308440--21308639	80	2.5	81	84	4	233	35	15	14	35	1.87
21323039--21323134	46	2.1	46	98	0	183	37	15	19	27	1.92
21323180--21323257	39	2.0	39	92	0	129	26	24	17	30	1.97
21325902--21325967	29	2.3	29	78	0	78	19	28	28	22	1.98
21327769--21327825	23	2.5	24	86	13	77	47	0	1	50	1.11
21334132--21334163	15	2.0	17	88	11	50	65	0	0	34	0.93
21338339--21338368	10	2.8	11	90	10	53	76	6	6	10	1.15
21339027--21339056	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
21341825--21341945	57	2.1	57	85	0	170	49	12	6	31	1.66
21342490--21342528	20	2.0	20	85	5	53	58	7	5	28	1.47
21343058--21343114	24	2.4	24	96	0	105	21	22	8	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21343058--21343124	24	2.9	23	86	6	57	20	20	8	49	1.76
21345918--21345944	13	2.1	13	100	0	54	77	7	0	14	0.97
21346060--21346092	17	1.9	17	88	11	50	78	6	0	15	0.93
21346046--21346100	28	2.0	28	85	0	74	74	3	3	18	1.11
21359071--21359255	51	3.6	51	78	5	205	25	18	26	29	1.98
21359073--21359256	101	1.8	101	91	3	289	26	18	25	29	1.98
21366795--21366830	17	2.1	17	89	0	54	47	0	2	50	1.15
21369887--21370124	19	11.9	19	68	24	134	31	0	13	54	1.43
21369912--21370113	80	2.5	80	92	3	334	31	0	13	55	1.38
21370420--21370456	16	2.4	16	90	4	58	32	2	5	59	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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