genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  85  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25189839--25189938	41	2.4	41	96	0	182	30	16	19	35	1.93
25190327--25190376	21	2.4	21	83	6	66	62	2	0	36	1.07
25191187--25191332	74	2.0	74	87	4	215	39	4	12	43	1.63
25191208--25191327	37	3.2	37	67	4	98	41	5	10	42	1.61
25191294--25191419	63	2.0	64	83	6	159	46	4	11	38	1.61
25194935--25194959	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
25198420--25198462	12	3.5	12	81	6	50	41	18	6	32	1.77
25198899--25199314	200	2.1	202	94	3	741	33	28	6	31	1.81
25202210--25202333	63	2.0	63	83	3	160	28	24	25	21	1.99
25203516--25203551	18	2.1	17	94	5	63	41	0	22	36	1.54
25204121--25204161	20	2.0	20	100	0	82	34	7	24	34	1.83
25213310--25213361	23	2.3	22	77	6	59	59	3	0	36	1.16
25213393--25213545	61	2.6	61	84	7	190	27	18	10	43	1.83
25223373--25223401	6	4.8	6	100	0	58	17	31	0	51	1.45
25223701--25223758	28	2.1	28	93	0	98	36	25	17	20	1.94
25224888--25224927	17	2.3	18	91	4	64	12	22	47	17	1.81
25234842--25234898	19	3.0	19	76	0	60	36	14	7	42	1.72
25236527--25236666	20	7.1	20	69	16	69	39	18	3	38	1.68
25236492--25236639	78	1.9	79	83	6	194	38	18	3	39	1.67
25236797--25236886	36	2.5	37	76	7	96	37	11	6	44	1.66
25250161--25250209	25	2.0	25	95	0	89	28	18	8	44	1.78
25252946--25253314	37	10.0	37	74	8	128	21	22	18	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25252975--25253314	111	3.1	111	86	5	447	21	22	18	37	1.94
25252995--25253314	37	8.6	37	81	1	318	20	24	18	36	1.94
25253495--25253555	22	2.8	22	90	5	88	42	0	21	36	1.53
25262240--25262359	49	2.4	49	91	0	186	40	13	23	23	1.90
25262240--25262395	49	3.2	49	85	1	152	35	14	25	24	1.93
25264951--25264982	17	1.9	16	93	6	55	50	0	0	50	1.00
25265117--25265152	14	2.6	14	91	4	56	55	11	5	27	1.57
25269948--25269978	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
25270940--25271007	35	1.9	35	87	0	100	30	16	22	30	1.95
25303215--25303340	21	5.9	21	84	1	153	3	30	13	53	1.55
25303215--25303340	63	2.0	64	85	3	173	3	30	13	53	1.55
25308385--25308435	21	2.4	21	83	0	66	33	33	5	27	1.81
25312261--25312297	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
25316402--25316443	22	2.0	22	90	4	68	14	14	16	54	1.71
25318804--25318832	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
25319324--25319444	50	2.3	50	80	8	118	34	15	19	29	1.93
25321223--25321355	52	2.5	53	85	6	180	25	28	18	27	1.98
25323891--25323933	22	2.0	22	100	0	86	23	2	27	46	1.64
25327312--25327376	16	4.1	16	82	7	87	38	6	32	23	1.79
25327307--25327369	32	2.0	32	93	0	108	38	4	31	25	1.77
25327584--25327641	16	3.9	15	80	8	57	51	1	0	46	1.11
25327706--25327752	16	3.0	16	78	12	53	48	4	0	46	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25327852--25327886	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25327687--25327996	66	5.2	58	67	19	206	50	5	2	42	1.38
25327589--25328007	120	3.5	120	93	1	705	49	5	2	42	1.38
25328048--25328392	28	11.6	28	65	25	97	47	3	2	46	1.32
25328073--25328195	18	6.8	18	66	15	56	47	2	2	47	1.28
25328023--25328412	91	4.3	91	95	0	690	46	3	3	47	1.35
25331552--25331598	16	2.9	16	100	0	94	25	6	10	57	1.56
25331628--25331723	30	3.2	30	65	24	83	33	9	9	47	1.68
25331796--25331845	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
25342241--25342284	22	2.0	23	86	4	63	45	11	6	36	1.67
25349631--25349700	29	2.3	31	80	9	83	25	8	18	47	1.77
25353029--25353062	17	1.9	18	88	5	52	41	8	14	35	1.77
25354608--25354652	23	2.0	22	95	4	81	71	0	8	20	1.12
25354869--25354908	21	1.9	22	85	10	57	45	10	17	27	1.80
25356633--25356750	44	2.7	44	81	5	123	29	17	17	34	1.94
25356771--25356961	44	4.2	44	68	12	143	26	20	16	36	1.94
25356771--25357062	138	2.1	138	85	1	352	27	20	16	34	1.94
25356696--25356923	94	2.4	94	81	5	264	28	18	16	36	1.92
25356895--25356978	44	1.9	44	87	0	123	26	25	19	29	1.98
25357087--25357196	44	2.5	45	89	2	161	30	17	16	35	1.92
25357173--25357288	50	2.3	50	95	0	187	30	25	14	30	1.95
25361917--25361978	31	2.0	31	96	0	115	30	25	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25366732--25366775	23	1.9	23	100	0	88	68	0	9	22	1.18
25369741--25369765	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
25370011--25370049	19	2.1	19	85	0	51	51	2	2	43	1.29
25370553--25370597	14	3.3	14	81	6	56	48	35	0	15	1.45
25370597--25370682	35	2.5	35	84	3	111	43	24	3	29	1.71
25370903--25370959	27	2.1	28	83	3	71	21	1	33	43	1.63
25371766--25371799	17	2.0	17	88	0	50	32	5	8	52	1.56
25372930--25373013	41	2.0	41	100	0	168	34	21	16	27	1.95
25373917--25373957	6	6.8	6	94	0	64	73	9	0	17	1.09
25378963--25378993	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
25390354--25390384	4	7.8	4	100	0	62	48	0	0	51	1.00
25391620--25391653	15	2.3	15	89	0	50	70	5	5	17	1.28
25391832--25391867	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
25393076--25393125	26	1.9	26	83	0	64	18	20	44	18	1.88
25393523--25393633	44	2.5	44	83	2	143	28	21	22	27	1.99
25393561--25394372	44	18.6	45	68	11	214	27	24	19	27	1.99
25393479--25394464	217	4.5	217	91	0	1576	28	23	19	27	1.99
25406618--25406674	3	19.3	3	96	3	107	68	0	0	31	0.90
25406761--25406812	23	2.2	23	80	10	61	59	3	1	34	1.27
25408628--25408677	26	1.9	26	87	0	73	32	22	10	36	1.87
25409769--25409836	23	2.8	24	77	14	77	14	22	25	38	1.92
25409749--25409836	26	3.6	22	74	17	68	13	23	25	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25409757--25409875	48	2.4	50	79	8	127	15	22	25	36	1.94
25409894--25409941	24	2.0	23	92	4	78	20	20	16	41	1.90
25418746--25418827	36	2.3	36	84	0	101	43	20	8	26	1.80
25418823--25418860	17	2.2	18	85	4	51	50	15	7	26	1.72
25419079--25419179	29	3.5	28	80	10	105	48	17	2	30	1.62
25420720--25420766	16	2.9	16	75	15	51	34	4	0	61	1.15
25428326--25428356	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
25433478--25433518	20	2.0	21	85	4	57	43	2	4	48	1.37
25458871--25458940	36	1.9	36	100	0	140	38	15	17	28	1.90
25462910--25462947	18	2.1	19	85	5	51	23	10	26	39	1.87
25464046--25464083	20	1.9	20	88	0	58	34	5	0	60	1.19
25464207--25464255	19	2.6	20	76	23	61	28	0	2	69	1.00
25466404--25466437	16	2.1	16	88	0	50	11	32	0	55	1.36
25470394--25470436	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
25473064--25473101	20	1.9	20	100	0	76	47	15	5	31	1.68
25473089--25473167	14	5.3	14	72	19	61	40	20	6	32	1.77
25472748--25473130	210	1.9	205	84	6	524	44	14	9	31	1.77
25473239--25473268	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25485666--25485703	16	2.4	16	95	0	67	36	0	26	36	1.57
25485857--25485883	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
25485826--25485971	66	2.3	65	85	8	192	52	0	2	44	1.20
25485973--25486058	10	9.0	10	67	23	51	47	0	2	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25485960--25486062	32	3.2	31	78	16	102	47	0	1	50	1.12
25485971--25486076	34	3.2	33	82	10	144	45	0	1	51	1.18
25531084--25531108	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
25532480--25532531	16	3.2	16	75	5	50	36	3	1	57	1.28
25534274--25534317	10	4.6	10	80	11	56	70	2	2	25	1.10
25534276--25534332	19	3.1	19	80	7	64	68	1	3	26	1.15
25542532--25542573	16	2.6	16	88	11	59	66	0	30	2	1.04
25554125--25554403	155	1.8	155	90	1	452	43	11	5	40	1.62
25560090--25560144	28	1.9	29	85	3	76	40	25	10	23	1.87
25561080--25561122	21	2.0	21	82	8	52	55	4	2	37	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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