genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  95  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28394451--28394584	68	2.0	69	86	4	191	41	2	5	50	1.39
28407496--28407541	8	5.5	8	85	10	65	67	2	0	30	1.03
28407496--28407553	9	6.7	9	88	2	75	65	1	1	31	1.13
28408536--28408569	16	2.1	17	88	5	52	55	2	2	38	1.30
28413500--28413552	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
28415317--28415383	32	2.1	31	83	8	82	43	1	13	41	1.53
28416002--28416137	40	3.4	40	87	0	182	18	25	20	36	1.95
28416002--28416157	80	2.0	80	81	2	188	17	24	20	37	1.94
28427988--28428013	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28429967--28430009	4	10.8	4	80	9	52	27	0	0	72	0.85
28430170--28430219	21	2.4	21	83	3	57	16	6	10	68	1.38
28430323--28430359	15	2.5	15	90	0	56	48	0	2	48	1.15
28440607--28440665	27	2.2	27	100	0	118	37	6	23	32	1.81
28441221--28441275	27	2.0	27	96	0	101	32	25	10	30	1.90
28446999--28447056	30	2.0	29	96	3	107	34	10	17	37	1.84
28465360--28465507	62	2.4	62	81	5	174	22	21	28	27	1.99
28465360--28465534	62	2.8	61	75	12	151	23	21	29	25	1.99
28467984--28468142	46	3.5	46	96	0	282	32	16	20	30	1.95
28468121--28468164	22	2.0	22	95	0	79	27	20	18	34	1.96
28468075--28468210	68	2.0	68	98	0	263	30	18	20	30	1.96
28468143--28468269	46	2.8	46	95	2	222	31	17	23	27	1.97
28468029--28468252	114	2.0	114	97	0	421	31	17	20	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28468630--28468659	11	2.7	11	94	0	51	56	6	23	13	1.60
28469992--28470018	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28484331--28484494	81	2.0	81	95	0	292	33	15	15	35	1.89
28487107--28487148	9	4.7	9	82	5	50	66	0	0	33	0.92
28487109--28487148	17	2.3	18	86	4	55	67	0	0	32	0.91
28488271--28488308	15	2.4	17	86	8	53	76	2	0	21	0.91
28488286--28488341	29	1.9	29	89	7	87	69	1	1	26	1.08
28488688--28488750	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
28488867--28488950	44	1.9	44	95	0	150	25	11	13	50	1.75
28488878--28488949	22	3.2	23	66	15	60	27	13	9	48	1.74
28494610--28494839	39	5.9	39	89	0	334	13	33	20	33	1.91
28504568--28504630	19	3.3	19	70	16	67	12	36	19	31	1.89
28504432--28504660	39	5.9	39	86	1	244	16	32	18	32	1.93
28511186--28511328	27	5.3	27	79	1	153	44	18	15	21	1.86
28511186--28511323	53	2.6	54	84	1	179	45	17	14	22	1.84
28511519--28511616	26	3.8	26	76	0	97	16	15	24	43	1.86
28511732--28511872	30	4.8	29	79	6	124	24	22	21	31	1.99
28511732--28511864	60	2.3	57	82	3	149	24	21	21	33	1.97
28513778--28513820	21	2.0	21	100	0	86	39	13	27	18	1.89
28518617--28518751	27	5.0	27	84	1	155	43	20	14	20	1.87
28518617--28518751	53	2.5	54	82	1	173	43	20	14	20	1.87
28518878--28518950	26	2.8	26	85	0	101	20	21	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28518879--28518960	26	3.2	26	81	6	94	18	21	21	37	1.94
28518936--28518981	20	2.3	20	84	0	56	10	19	26	43	1.84
28519121--28519254	30	4.6	30	84	2	166	23	26	23	26	2.00
28520051--28520087	18	2.0	19	85	15	51	43	5	18	32	1.73
28526941--28527257	40	7.9	40	77	5	264	18	27	17	35	1.94
28526941--28527170	121	1.9	120	88	0	343	18	27	18	35	1.94
28527967--28528030	30	2.1	30	85	0	83	26	26	31	15	1.96
28530698--28530769	23	3.1	23	75	0	72	16	19	20	43	1.89
28533787--28533850	25	2.6	25	87	0	83	28	21	20	29	1.98
28543031--28543089	23	2.5	22	77	15	57	10	3	11	74	1.18
28547620--28547825	27	7.6	27	81	0	169	40	18	8	32	1.81
28547620--28547825	54	3.8	54	78	7	211	40	18	8	32	1.81
28547622--28547826	81	2.5	80	77	4	205	40	18	8	32	1.80
28547827--28547916	27	3.3	27	85	0	135	36	20	18	24	1.95
28548236--28548295	22	2.7	22	81	0	75	20	21	23	35	1.96
28550298--28550344	17	2.7	18	83	9	62	51	8	14	25	1.71
28555890--28555938	20	2.5	20	90	3	73	40	8	10	40	1.69
28558394--28558555	23	7.0	23	79	5	148	33	6	4	54	1.47
28558394--28558558	47	3.6	45	77	10	156	33	6	4	55	1.46
28558395--28558552	70	2.3	70	80	5	169	34	6	5	54	1.48
28558724--28558750	14	1.9	14	100	0	54	22	11	7	59	1.56
28558829--28558859	14	2.2	14	94	0	53	38	3	0	58	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28566073--28566299	51	4.5	51	83	8	291	29	18	25	27	1.98
28566206--28566762	193	2.9	192	84	3	699	28	17	23	29	1.97
28568159--28568250	23	4.0	22	75	15	71	38	4	3	54	1.37
28568205--28568285	23	3.5	24	84	3	103	30	3	7	58	1.43
28568174--28568286	47	2.4	46	80	4	120	32	4	6	56	1.44
28568244--28568294	23	2.2	23	85	3	66	25	7	9	56	1.58
28574122--28574170	18	2.7	17	77	22	55	40	12	0	46	1.41
28584667--28584737	20	3.5	20	86	3	99	46	7	9	36	1.64
28588677--28588771	49	1.9	49	91	4	156	35	10	20	33	1.87
28590248--28590287	21	1.9	21	89	0	62	45	15	27	12	1.82
28594706--28594754	3	16.3	3	100	0	98	32	0	34	32	1.58
28609560--28609612	20	2.6	21	85	11	74	39	7	15	37	1.75
28617031--28617081	24	2.2	23	89	3	75	19	0	3	76	0.94
28617032--28617083	14	3.5	14	80	14	59	21	0	3	75	0.97
28617030--28617088	23	2.5	24	83	8	68	23	0	5	71	1.06
28619529--28619585	23	2.5	23	94	0	96	15	28	8	47	1.75
28619588--28619705	62	1.9	61	89	3	184	9	20	14	55	1.66
28621164--28621216	16	3.3	16	91	0	88	37	3	33	24	1.74
28621202--28621293	44	2.0	46	91	4	152	29	4	29	36	1.77
28621198--28621303	44	2.5	41	77	18	126	30	3	30	35	1.75
28621450--28621502	18	3.0	17	91	5	79	56	1	1	39	1.21
28632463--28632489	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28637499--28637531	13	2.5	13	95	5	57	3	15	0	81	0.80
28640807--28640869	20	3.1	20	84	6	74	33	3	0	63	1.10
28640813--28640868	26	2.2	25	80	3	58	35	3	0	60	1.14
28641506--28641971	140	3.3	139	91	1	700	25	22	22	30	1.99
28641835--28642088	126	2.0	126	89	3	386	27	19	20	31	1.97
28644202--28644238	13	2.9	13	96	4	67	40	8	0	51	1.32
28644341--28644902	36	15.5	36	83	7	579	25	22	15	36	1.94
28644341--28644902	74	7.8	72	79	8	563	25	22	15	36	1.94
28644349--28644904	147	3.8	144	78	10	566	25	22	15	37	1.93
28644341--28644902	110	5.2	108	79	8	572	25	22	15	36	1.94
28649400--28649456	30	1.9	30	89	3	89	40	3	24	31	1.72
28653471--28653497	14	1.9	14	100	0	54	29	0	7	62	1.22
28653597--28653889	50	5.8	50	93	0	496	25	22	31	20	1.98
28660130--28660245	36	3.1	38	81	9	141	23	26	16	33	1.95
28668243--28668403	3	53.0	3	80	15	163	29	3	2	65	1.21
28669572--28669613	20	2.1	20	90	0	66	42	7	4	45	1.52
28669678--28669789	17	6.3	17	71	12	82	41	9	11	36	1.75
28669662--28669810	37	3.9	37	79	7	167	42	9	12	35	1.75
28669673--28669811	76	1.9	74	86	4	199	41	8	10	38	1.71
28669838--28669888	17	3.0	17	86	8	68	49	11	13	25	1.76
28669855--28669952	47	2.2	44	81	5	115	44	14	14	26	1.83
28669795--28670110	106	3.0	105	85	5	327	46	12	13	27	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28670008--28670052	17	2.6	18	78	7	65	48	15	13	22	1.79
28669869--28670110	106	2.3	106	92	3	400	44	13	13	29	1.81
28670081--28670139	30	2.0	30	90	3	93	38	11	13	35	1.82
28670072--28670184	17	6.8	18	72	18	93	36	12	15	36	1.85
28670246--28670290	17	2.6	17	80	13	56	48	11	15	24	1.77
28671043--28671126	6	14.3	6	70	18	61	0	21	1	77	0.84
28671042--28671120	29	2.7	31	82	9	103	0	20	1	78	0.82
28671042--28671118	30	2.6	30	87	4	102	0	20	1	77	0.83
28671079--28671124	13	3.8	13	77	13	53	0	26	0	73	0.83
28671044--28671123	23	3.5	21	77	20	72	0	21	1	77	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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