genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6986183--6986262	34	2.3	34	80	8	90	40	11	7	41	1.69
6986112--6986274	17	9.1	17	67	15	69	33	12	10	43	1.77
6986237--6986274	20	1.9	20	100	0	76	36	10	10	42	1.74
6986719--6986778	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
6986864--6986894	16	1.9	16	93	0	53	29	29	0	41	1.56
6989502--6989643	77	1.9	75	86	5	205	59	19	6	14	1.57
6990890--6990923	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
6993365--6993390	5	5.2	5	100	0	52	61	19	0	19	1.35
6993089--6993585	250	2.0	245	97	1	940	35	19	17	28	1.94
6993375--6993671	151	2.0	151	97	0	567	27	24	19	28	1.99
7001111--7001343	111	2.1	111	98	0	448	28	18	11	41	1.86
7001859--7001888	14	2.1	14	100	0	60	23	0	6	70	1.11
7006320--7006404	30	2.7	31	85	5	109	38	2	3	55	1.30
7006351--7006420	30	2.4	31	83	7	83	37	1	8	52	1.41
7006943--7006985	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
7007089--7007119	9	3.4	9	90	0	53	25	9	22	41	1.84
7008736--7008763	13	2.2	13	100	0	56	42	0	7	50	1.30
7011645--7011751	47	2.3	47	80	3	126	31	7	14	45	1.73
7013972--7014005	9	3.9	9	84	7	52	67	8	0	23	1.18
7013964--7014003	17	2.4	17	86	0	53	72	5	0	22	1.04
7013973--7014005	17	1.9	17	93	0	57	66	9	0	24	1.20
7024789--7024822	8	4.2	8	92	0	50	79	2	2	14	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7026078--7026142	2	33.0	2	81	3	69	43	3	4	49	1.39
7026278--7026329	16	3.3	16	81	7	54	11	1	9	76	1.09
7029516--7029584	36	1.9	36	96	0	129	28	24	17	28	1.97
7030857--7030886	15	1.9	16	93	6	53	33	3	0	63	1.11
7034310--7034400	43	2.1	43	85	2	121	34	12	9	43	1.75
7038892--7038928	18	2.0	18	89	5	56	62	0	8	29	1.24
7044030--7044076	18	2.6	18	80	6	51	51	2	0	46	1.13
7044342--7044379	20	1.9	20	88	0	58	34	5	7	52	1.53
7056687--7056752	11	6.4	11	75	21	54	60	0	3	36	1.12
7056654--7056782	39	3.1	39	87	8	159	61	0	2	36	1.09
7056719--7056791	30	2.5	29	85	14	89	60	0	2	36	1.11
7068561--7068619	23	2.6	23	75	17	61	37	18	23	20	1.94
7075985--7076023	12	3.2	12	85	7	60	51	5	33	10	1.58
7086348--7086460	60	1.9	60	82	10	142	60	1	2	35	1.21
7090925--7091005	21	3.7	21	80	16	94	28	3	4	62	1.33
7093130--7093160	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7098074--7098110	18	2.0	19	85	15	51	62	2	2	32	1.23
7099581--7099608	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7107830--7107890	30	2.0	30	83	3	77	44	0	36	19	1.51
7109157--7109208	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
7110456--7110540	2	41.0	2	77	9	73	45	5	2	45	1.40
7110843--7110955	41	2.8	41	84	0	127	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7110883--7110962	41	2.0	41	92	0	133	27	23	20	28	1.99
7115836--7116017	50	3.5	50	77	7	150	28	20	26	24	1.99
7115997--7116118	49	2.5	49	100	0	244	35	19	20	24	1.96
7121481--7121532	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
7122800--7122836	17	2.2	17	90	0	56	78	0	5	16	0.93
7123082--7123192	3	37.3	3	71	15	70	63	4	4	27	1.33
7124460--7124511	24	2.2	24	85	0	68	38	3	9	48	1.54
7130123--7130162	20	2.1	19	86	13	55	72	17	7	2	1.19
7131442--7131484	22	1.9	23	90	4	70	11	20	23	44	1.84
7131643--7131787	43	3.4	43	84	5	177	19	20	24	35	1.95
7131643--7131807	86	1.9	86	81	4	199	22	21	23	32	1.98
7131775--7131981	89	2.4	89	83	8	246	29	29	18	22	1.97
7131775--7131980	43	4.7	43	82	8	238	30	29	18	21	1.97
7132285--7132396	21	5.3	21	81	0	116	4	41	17	36	1.70
7132373--7132511	65	2.1	66	88	6	203	15	25	17	41	1.88
7138105--7138138	16	2.1	16	94	0	59	32	0	14	52	1.42
7138119--7138174	25	2.2	25	83	0	67	35	5	14	44	1.68
7138176--7138373	9	22.7	9	65	16	60	38	3	14	43	1.61
7138218--7138296	34	2.3	34	80	0	86	41	1	13	43	1.53
7138296--7138375	31	2.5	31	81	6	97	36	3	12	47	1.59
7138311--7138394	31	2.7	31	78	14	100	36	4	9	48	1.57
7138878--7138930	24	2.2	24	96	0	97	49	3	3	43	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7140403--7140440	17	2.2	17	90	0	58	39	10	36	13	1.79
7140680--7140747	33	2.1	33	94	0	118	35	29	2	32	1.73
7140969--7141007	16	2.6	15	84	11	53	35	5	35	23	1.77
7140983--7141039	23	2.4	22	80	13	60	36	1	42	19	1.62
7141002--7141055	23	2.3	23	84	6	65	38	1	38	20	1.63
7143143--7143419	42	6.7	41	86	0	167	33	26	26	14	1.94
7143180--7143419	42	5.8	41	88	1	327	32	27	25	14	1.95
7143468--7143594	40	3.2	39	76	5	112	18	25	21	35	1.95
7167670--7167716	20	2.4	19	86	6	67	38	8	23	29	1.84
7169449--7169496	22	2.2	22	88	0	69	72	12	6	8	1.26
7173375--7173436	28	2.3	27	83	5	79	37	6	8	48	1.59
7173374--7173450	27	2.7	27	82	8	82	35	9	10	45	1.70
7173717--7173837	47	2.5	49	82	4	147	35	6	21	36	1.80
7182009--7182049	22	2.0	20	85	9	55	48	0	4	46	1.23
7190365--7190447	25	3.5	24	82	9	91	40	8	18	32	1.80
7191394--7191432	16	2.4	16	100	0	78	38	0	12	48	1.42
7196125--7196154	11	2.9	10	90	9	51	0	23	0	76	0.78
7199514--7199544	3	10.3	3	100	0	62	35	32	0	32	1.58
7203445--7203511	34	1.9	35	84	3	91	32	10	10	46	1.72
7204859--7204928	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
7206986--7207011	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
7232959--7233021	27	2.5	26	82	7	76	34	0	1	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7232971--7233021	9	5.8	9	76	19	54	37	0	1	60	1.08
7232969--7233021	17	3.1	17	81	10	56	37	0	1	60	1.08
7232969--7233029	27	2.3	26	86	8	79	39	0	1	59	1.08
7249191--7249217	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7249254--7249316	21	2.9	24	77	18	66	34	6	4	53	1.47
7249254--7249314	22	2.9	21	75	18	63	34	6	4	54	1.48
7251277--7251326	16	3.1	16	75	16	50	42	2	0	56	1.11
7268770--7268826	20	2.8	20	84	7	71	31	7	21	40	1.80
7269259--7269324	33	2.0	33	90	3	105	56	7	3	33	1.43
7273150--7273220	29	2.4	29	81	6	81	28	4	11	56	1.53
7275948--7276020	26	2.8	26	87	0	92	38	12	19	30	1.88
7278215--7278269	24	2.3	24	81	6	67	40	32	0	27	1.57
7290762--7290952	97	2.0	96	84	1	247	32	21	10	34	1.89
7296566--7296609	6	7.3	6	81	0	52	36	0	40	22	1.54
7301122--7301175	3	18.0	3	82	0	63	37	3	33	25	1.74
7301971--7302004	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
7302130--7302170	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
7304257--7304312	28	2.0	29	92	3	96	69	3	1	25	1.14
7304256--7304313	9	6.4	8	78	21	53	70	3	1	24	1.12
7306681--7306772	13	6.9	13	71	18	73	34	21	4	39	1.73
7306681--7306786	40	2.7	40	95	2	187	33	20	3	41	1.70
7306764--7306794	14	2.2	14	94	0	53	25	9	0	64	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7317746--7317794	19	2.4	19	86	10	62	48	2	0	48	1.12
7320055--7320105	26	2.0	26	82	14	63	58	0	19	21	1.39
7323655--7323710	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92
7324125--7324165	2	20.5	2	89	0	64	46	0	4	48	1.23
7328068--7328097	15	1.9	16	93	6	53	16	3	20	60	1.50
7329139--7329209	35	2.0	36	91	2	117	32	18	21	28	1.96
7331410--7331452	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
7331726--7331771	18	2.6	17	80	19	51	21	32	0	45	1.52
7335628--7335665	18	2.1	18	85	9	51	65	7	15	10	1.45
7336444--7336473	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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