genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  79  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22880249--22880441	50	3.8	50	83	0	233	21	30	22	26	1.99
22881724--22881780	11	5.4	11	87	6	73	21	0	5	73	1.02
22881727--22881778	25	2.1	25	89	7	79	19	0	5	75	1.01
22881723--22881778	14	4.1	15	76	21	61	19	0	5	75	1.00
22883433--22883529	6	16.7	6	77	6	65	11	3	8	77	1.10
22883513--22883577	26	2.5	26	78	14	71	20	6	4	69	1.28
22887905--22887966	20	2.8	20	77	20	54	33	8	0	58	1.28
22888324--22888349	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
22891773--22891838	25	2.6	25	88	9	89	21	15	4	59	1.54
22892557--22892595	20	2.0	20	84	0	51	71	7	7	12	1.29
22894538--22894770	88	2.7	88	84	0	306	27	24	24	23	2.00
22896386--22896427	3	14.0	3	80	9	50	30	2	2	64	1.19
22896777--22896802	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
22900170--22900272	48	2.1	49	89	1	154	30	8	10	50	1.67
22901670--22901893	120	1.9	120	95	0	403	42	2	4	50	1.34
22901678--22901868	61	3.2	61	71	11	194	42	2	4	49	1.37
22902046--22902090	16	2.7	17	89	6	58	24	35	2	37	1.68
22902053--22902090	16	2.4	16	95	0	67	26	34	2	36	1.71
22909163--22909197	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
22909223--22909270	10	4.9	10	76	2	53	25	6	2	66	1.26
22912302--22912344	9	4.7	9	94	2	68	34	0	6	58	1.25
22913811--22913902	37	2.5	37	82	8	116	32	22	1	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22913811--22913903	36	2.5	35	81	13	107	32	23	1	43	1.61
22914595--22914624	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65
22914588--22914629	19	2.2	20	86	4	59	2	19	0	78	0.86
22914685--22914719	17	2.0	18	88	5	54	14	8	5	71	1.29
22914674--22914731	22	2.8	20	80	15	55	13	8	3	74	1.19
22915440--22915499	25	2.4	26	89	8	90	43	15	3	38	1.63
22915606--22915633	11	2.5	11	100	0	56	42	0	0	57	0.99
22927165--22927330	38	4.7	37	70	24	144	44	1	4	49	1.31
22927474--22927508	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22927664--22927760	45	2.2	44	87	5	133	35	29	4	30	1.76
22927740--22927804	16	4.1	16	95	0	121	20	36	4	38	1.73
22928007--22928082	6	12.7	6	95	0	134	34	2	15	47	1.60
22929379--22929513	61	2.2	61	86	0	189	46	6	3	42	1.47
22929387--22929489	31	3.4	30	74	8	91	48	4	4	41	1.46
22941347--22941464	59	2.0	58	96	1	218	39	3	7	49	1.48
22941838--22942102	112	2.4	112	86	0	386	31	15	12	40	1.85
22942083--22942175	46	2.0	46	100	0	186	27	12	12	46	1.79
22942477--22942617	67	2.1	67	89	0	210	36	17	5	39	1.74
22942810--22942839	13	2.2	14	94	5	53	26	0	0	73	0.84
22944002--22944051	20	2.8	17	77	16	55	20	2	8	70	1.23
22944009--22944055	20	2.5	19	80	10	60	23	2	4	70	1.16
22944002--22944051	18	2.7	18	80	14	57	20	2	8	70	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22946310--22946369	15	4.1	15	82	4	86	25	15	25	35	1.94
22946312--22946371	29	2.1	29	90	0	93	23	15	28	33	1.94
22946416--22946560	68	2.1	67	83	3	175	36	13	17	32	1.89
22946406--22946538	22	6.0	22	70	6	88	38	15	15	30	1.89
22946438--22946578	67	2.1	68	80	4	151	38	12	16	32	1.86
22951702--22951751	19	2.6	19	93	0	91	16	34	34	16	1.90
22960725--22960785	19	3.1	19	81	9	70	50	0	1	47	1.10
22962620--22962794	72	2.4	73	79	8	196	54	12	8	24	1.66
22963216--22963281	18	3.7	18	95	0	114	39	13	13	33	1.84
22964169--22964551	117	3.4	117	90	7	651	35	9	6	48	1.62
22966492--22966581	25	3.6	25	90	0	135	48	24	23	3	1.66
22966482--22966520	19	2.1	19	95	0	69	51	23	25	0	1.49
22966576--22966613	19	2.0	19	89	0	58	52	15	26	5	1.64
22967372--22967411	18	2.2	18	86	8	55	32	0	7	60	1.25
22967370--22967412	19	2.3	18	84	4	59	32	0	6	60	1.23
22973980--22974013	17	2.0	17	88	0	50	44	14	2	38	1.61
22978573--22978615	19	2.3	19	95	0	77	46	23	2	27	1.64
22982838--22982871	18	1.9	17	88	5	50	29	14	38	17	1.90
22983002--22983084	15	5.5	15	97	0	148	20	22	34	21	1.96
22983419--22983453	11	3.3	11	88	4	54	68	22	0	8	1.16
22984674--22984719	7	6.7	7	90	5	67	78	0	0	21	0.76
22984673--22984717	6	7.0	6	87	9	54	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22986534--22986573	21	2.0	20	85	14	55	42	0	0	57	0.98
22987096--22987253	78	2.0	78	98	0	307	38	7	17	36	1.78
22991129--22991160	14	2.3	14	100	0	64	37	6	12	43	1.68
22997746--22997872	41	3.1	41	94	0	218	46	17	9	26	1.78
23004514--23004557	18	2.5	17	82	7	52	72	9	18	0	1.10
23008834--23009001	41	4.1	41	93	0	291	26	10	17	45	1.80
23020047--23020163	41	2.9	41	96	0	216	28	10	18	42	1.83
23020221--23020316	48	2.0	48	95	0	174	41	20	16	20	1.90
23025346--23025441	48	2.0	48	89	0	147	40	20	17	20	1.91
23028372--23028412	21	2.0	21	85	0	55	51	17	12	19	1.76
23028707--23028742	16	2.2	16	90	5	54	30	13	19	36	1.91
23031691--23031763	31	2.4	31	85	0	92	38	15	30	16	1.89
23041443--23041487	23	2.0	23	95	0	81	62	22	2	13	1.42
23041793--23041856	19	3.3	19	82	2	74	32	0	3	64	1.10
23042326--23042392	28	2.4	28	92	0	107	22	4	13	59	1.52
23052062--23052122	25	2.4	25	80	0	68	29	16	13	40	1.86
23054990--23055028	21	1.9	21	84	5	53	51	0	7	41	1.31
23057355--23057402	6	8.0	6	95	0	87	66	0	14	18	1.25
23062391--23062437	24	1.9	24	86	4	67	34	0	36	29	1.58
23063923--23063973	14	3.4	14	73	23	50	58	7	17	15	1.60
23066956--23067275	44	7.4	44	67	15	139	26	19	22	31	1.98
23066881--23067362	129	3.7	129	88	1	691	27	19	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23079614--23079671	15	3.9	14	77	18	55	58	6	3	31	1.41
23079858--23079890	17	2.1	16	88	11	50	51	0	12	36	1.39
23081213--23081291	27	3.0	26	83	9	88	39	20	17	22	1.92
23083111--23083155	23	2.0	22	86	4	63	68	4	8	17	1.32
23083101--23083159	27	2.2	26	81	3	64	72	3	8	15	1.21
23091277--23091393	33	3.6	32	71	17	98	74	5	1	17	1.11
23091277--23091369	6	15.7	6	70	19	63	77	5	1	16	1.01
23091283--23091360	28	2.9	27	84	9	88	76	5	1	16	1.02
23091278--23091370	28	3.2	28	75	15	82	76	5	1	17	1.03
23091285--23091378	22	4.3	22	70	22	72	74	6	1	18	1.09
23096102--23099775	624	5.9	624	93	0	6179	37	10	17	34	1.83
23104128--23105264	566	2.0	566	93	0	1952	38	9	17	34	1.83
23104694--23108169	623	5.5	624	87	1	4961	36	10	16	33	1.83
23126031--23126055	12	2.1	12	100	0	50	48	24	0	28	1.52
23126992--23127049	22	2.8	21	84	5	73	10	27	22	39	1.86
23140967--23141216	27	9.3	27	86	0	329	42	22	16	19	1.90
23192344--23192400	15	3.8	15	86	6	80	8	28	26	36	1.86
23263424--23263469	16	2.8	17	83	6	58	13	15	19	52	1.75
23278711--23278763	22	2.3	23	81	15	65	22	11	15	50	1.75
23290074--23290126	26	2.0	26	100	0	106	15	32	22	30	1.94
23298628--23298658	14	2.2	14	94	0	53	35	32	9	22	1.87
23307882--23307920	2	19.0	2	89	5	60	51	0	2	46	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23410925--23410961	19	1.9	19	88	0	56	29	18	27	24	1.98
23443507--23443564	26	2.3	26	90	3	91	18	24	1	55	1.52
23460891--23460939	24	2.0	24	84	0	62	28	40	14	16	1.87
23482437--23482470	18	1.9	17	88	5	50	8	20	17	52	1.71
23537405--23537477	36	2.0	36	100	0	146	15	24	13	46	1.82
23586458--23586493	17	2.1	17	89	0	54	2	30	5	61	1.33
23625460--23625506	21	2.2	21	100	0	94	19	17	14	48	1.81
23652910--23652951	11	4.0	11	81	6	52	40	0	0	59	0.97
23678668--23678697	15	2.0	15	100	0	60	26	13	0	60	1.34
23691544--23691585	19	2.2	19	87	8	59	11	7	0	80	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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