genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  40  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12447410--12447461	17	3.1	17	94	0	95	40	9	0	50	1.35
12447795--12447856	19	3.2	19	76	13	72	50	14	16	19	1.79
12447993--12448019	13	2.1	13	100	0	54	59	0	40	0	0.98
12448282--12448358	14	5.0	15	71	20	52	35	9	14	41	1.77
12450692--12450745	27	2.0	27	100	0	108	29	18	14	37	1.91
12452357--12452393	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
12458982--12459158	46	3.8	46	90	0	291	38	9	22	29	1.85
12462993--12463042	5	10.2	5	95	4	93	42	0	0	58	0.98
12466686--12466738	23	2.3	23	93	0	88	15	13	7	64	1.49
12473006--12473592	293	2.0	293	98	0	1138	27	17	19	35	1.94
12478954--12478987	17	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
12478955--12479011	30	1.9	30	86	13	82	38	1	3	56	1.27
12478976--12479010	17	2.0	18	94	5	63	40	0	2	57	1.14
12479774--12479816	6	7.2	6	100	0	86	51	0	0	48	1.00
12479774--12479821	18	2.7	18	93	3	71	54	0	0	45	0.99
12480167--12480310	72	2.0	72	93	1	245	41	13	10	34	1.78
12486587--12486626	21	1.9	21	94	0	71	52	0	15	32	1.43
12491011--12491052	17	2.4	17	88	8	57	73	2	0	23	0.94
12491013--12491066	24	2.2	24	84	9	74	74	1	1	22	1.02
12491301--12491348	22	2.2	22	85	3	62	31	0	4	64	1.12
12491290--12491381	33	2.8	33	72	18	91	34	0	3	61	1.12
12492256--12492301	10	4.7	10	84	13	60	78	0	6	15	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12492256--12492307	10	5.3	11	80	17	53	76	0	7	15	0.99
12492248--12492336	29	3.1	29	82	4	83	71	1	5	21	1.12
12492265--12492301	18	2.0	18	94	5	65	81	0	5	13	0.86
12492276--12492373	19	5.2	19	71	10	58	66	1	4	28	1.17
12492293--12492386	29	3.3	27	77	12	91	61	2	5	30	1.30
12497069--12497098	14	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
12497011--12497246	91	2.6	91	96	0	429	46	3	3	46	1.37
12497088--12497228	44	3.1	44	71	16	153	46	3	3	46	1.37
12497805--12497846	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
12498289--12498344	18	2.9	19	71	7	51	35	1	0	62	1.06
12498319--12498375	22	2.6	23	75	8	55	29	3	0	66	1.08
12498380--12498551	86	2.0	86	80	7	197	37	10	16	36	1.83
12501102--12501184	33	2.5	33	82	0	94	46	22	7	22	1.76
12503780--12503834	18	3.1	17	77	10	56	41	23	7	27	1.80
12503780--12503829	9	5.6	9	75	15	50	42	20	8	30	1.80
12503959--12504012	18	2.9	18	86	2	72	11	1	46	40	1.50
12504385--12504593	114	1.8	114	89	0	328	31	11	25	30	1.92
12505402--12505435	17	2.1	17	88	5	52	50	0	17	32	1.47
12506304--12506400	42	2.3	42	94	0	167	36	9	27	26	1.87
12510873--12510916	23	2.0	22	86	4	61	38	18	11	31	1.86
12517244--12517281	2	19.0	2	94	0	67	47	2	0	50	1.15
12517502--12517651	41	3.6	41	94	0	246	28	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12521241--12521330	44	2.0	44	86	0	126	46	2	10	41	1.49
12521612--12521664	28	1.9	28	92	3	90	69	0	1	28	0.99
12523430--12523479	26	1.9	26	88	8	75	30	8	20	42	1.80
12538931--12538967	18	2.0	20	89	10	60	43	0	5	51	1.24
12539744--12539777	18	1.9	17	88	5	50	35	11	0	52	1.38
12544855--12544899	11	4.1	11	80	11	56	73	0	2	24	0.95
12547368--12547414	17	2.8	17	76	20	53	31	2	10	55	1.46
12555695--12555719	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
12560255--12560488	82	2.9	82	81	6	271	40	11	12	35	1.81
12560443--12560643	78	2.6	77	82	3	233	38	11	14	35	1.83
12560458--12560644	77	2.4	78	80	3	216	38	11	13	35	1.82
12565954--12565999	22	2.1	22	83	0	56	10	15	0	73	1.08
12572339--12572365	7	3.9	7	100	0	54	74	11	14	0	1.08
12572999--12573032	17	1.9	18	94	5	61	32	38	29	0	1.58
12573574--12573622	15	3.2	15	85	8	55	30	0	20	48	1.50
12573863--12574297	47	9.4	47	89	3	634	32	11	14	40	1.83
12573894--12574259	182	2.0	183	95	0	662	33	11	14	40	1.82
12574034--12574095	20	3.0	20	65	17	54	33	11	12	41	1.79
12574253--12574297	21	2.1	22	87	4	65	28	13	15	42	1.85
12574615--12574665	2	25.5	2	95	0	93	47	0	1	50	1.12
12582126--12582256	42	3.1	41	85	4	190	11	23	18	46	1.81
12582132--12582241	21	5.2	21	66	8	71	11	23	18	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12582144--12582250	21	5.1	21	69	4	72	13	24	17	44	1.84
12589292--12589391	42	2.4	41	77	15	98	20	20	14	46	1.84
12589310--12589475	42	4.0	42	75	6	111	17	21	14	46	1.83
12591671--12591733	27	2.3	27	86	0	81	12	22	23	41	1.88
12591831--12591917	45	1.9	45	83	0	111	25	19	13	41	1.88
12601222--12601263	21	2.0	21	85	0	57	35	0	26	38	1.57
12601741--12601793	25	2.2	24	86	3	70	16	26	24	32	1.97
12602408--12602442	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
12608540--12608604	4	15.5	4	77	17	62	21	4	0	73	1.00
12610228--12610262	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
12611276--12611337	22	2.7	22	87	5	79	46	1	1	50	1.20
12611311--12611368	16	3.6	16	92	0	98	46	3	5	44	1.42
12611412--12611595	93	2.0	93	96	0	341	39	4	7	48	1.51
12611637--12611662	10	2.6	10	100	0	52	50	11	0	38	1.39
12613941--12614249	43	7.1	43	78	5	253	26	28	19	25	1.99
12613961--12614249	86	3.3	85	78	8	287	26	28	19	25	1.98
12622335--12622403	31	2.2	31	84	0	93	47	7	17	27	1.73
12629307--12629376	32	2.2	32	86	0	95	12	2	22	61	1.45
12631297--12631424	61	2.1	60	86	4	177	33	16	17	32	1.93
12632117--12632199	3	27.7	3	97	0	157	32	0	1	66	1.00
12634691--12634985	42	7.0	42	84	6	341	31	21	22	24	1.98
12634689--12634985	85	3.5	85	84	7	356	31	21	22	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12635434--12635498	21	3.1	21	90	0	94	1	43	21	33	1.62
12636975--12637014	15	2.7	15	88	3	55	47	37	0	15	1.45
12636965--12637031	22	3.1	21	77	10	64	44	43	0	11	1.41
12637365--12637868	207	2.4	205	81	5	564	26	22	18	31	1.97
12637834--12637941	55	2.0	55	86	0	153	25	20	17	37	1.94
12637886--12638143	113	2.3	113	80	2	286	27	21	17	34	1.95
12638731--12638768	20	2.0	20	89	5	60	52	7	0	39	1.31
12638744--12638794	26	1.9	27	84	4	68	49	3	0	47	1.20
12638767--12638809	21	2.1	20	91	4	68	60	2	0	37	1.10
12638767--12638809	20	2.1	21	86	4	61	60	2	0	37	1.10
12644752--12644790	18	2.0	20	85	9	55	56	5	0	38	1.22
12647422--12647484	13	4.8	13	76	0	63	31	4	25	38	1.77
12647422--12647484	26	2.4	26	78	0	72	31	4	25	38	1.77
12654683--12654734	18	3.1	17	81	10	70	50	13	9	26	1.72
12655480--12655707	43	5.3	43	86	0	287	27	32	17	22	1.96
12655674--12655840	85	2.0	85	89	1	255	41	17	6	34	1.75
12655824--12655867	22	1.9	22	86	9	61	38	0	4	56	1.20
12658416--12658440	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
12658868--12658894	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
12660839--12660928	41	2.2	41	87	0	126	32	25	21	21	1.98
12660864--12660996	68	2.0	68	83	3	169	30	29	24	15	1.96
12660932--12661068	41	3.3	41	83	4	168	27	32	24	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12666212--12666450	41	5.9	41	75	7	236	15	23	23	36	1.94
12666212--12666450	81	2.9	81	91	1	372	15	23	23	36	1.94
12666212--12666493	41	6.9	40	72	9	180	16	23	23	36	1.94
12668923--12668959	10	3.7	10	92	0	65	43	0	13	43	1.44
12669621--12669657	10	3.7	10	92	0	65	43	0	13	43	1.44
12669725--12669776	27	1.9	27	88	0	77	40	0	9	50	1.35
12670989--12671025	11	3.4	11	100	0	74	37	0	8	54	1.30
12672616--12672794	34	5.0	34	72	22	141	48	10	1	40	1.45
12672653--12672698	22	2.1	22	95	0	83	47	10	0	41	1.38
12672619--12672788	56	3.0	56	97	0	313	47	10	1	40	1.46

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