genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24741730--24741764	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24741680--24741905	119	1.9	122	93	2	395	42	1	6	50	1.38
24742051--24742139	45	2.0	45	86	2	126	34	29	4	31	1.77
24742117--24742186	16	4.4	16	96	0	104	32	35	0	31	1.58
24745452--24745520	29	2.4	29	82	4	77	49	11	7	31	1.66
24749551--24749587	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
24750511--24750548	20	1.9	20	100	0	76	31	5	31	31	1.80
24751856--24751889	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
24752755--24752839	37	2.4	34	79	11	89	30	5	1	62	1.26
24752734--24752916	9	19.0	10	68	21	63	29	4	1	65	1.19
24752781--24752877	50	1.9	51	81	12	119	28	6	0	64	1.17
24752843--24753006	38	4.4	37	73	8	111	32	2	1	63	1.18
24752734--24752999	19	13.9	19	67	16	86	31	3	1	62	1.22
24752924--24752991	29	2.3	29	82	5	75	39	2	1	55	1.24
24753792--24754133	189	1.8	185	89	3	542	33	10	14	41	1.81
24759105--24759140	17	2.1	17	94	0	63	36	13	5	44	1.68
24775729--24775776	16	3.0	16	90	0	78	37	2	35	25	1.68
24775764--24775854	44	2.0	46	85	8	125	31	5	29	32	1.80
24779275--24779324	24	2.1	24	96	0	91	2	10	18	70	1.25
24779651--24779723	33	2.2	33	82	2	94	16	10	5	67	1.39
24783884--24783927	19	2.3	18	85	11	61	56	4	2	36	1.32
24787603--24787668	29	2.3	29	97	0	123	37	15	6	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24790583--24790624	21	2.0	21	95	0	75	40	21	23	14	1.90
24792545--24792766	27	8.2	28	87	2	262	41	19	16	22	1.90
24792545--24792766	81	2.7	81	82	6	306	41	19	16	22	1.90
24793114--24793194	27	2.9	28	85	3	110	23	24	24	27	2.00
24794990--24795082	27	3.4	27	76	2	89	24	30	10	34	1.90
24795906--24795950	23	1.9	24	86	4	65	26	48	2	22	1.62
24796525--24796553	13	2.2	13	100	0	58	27	34	0	37	1.57
24801520--24801544	13	1.9	13	100	0	50	8	16	4	72	1.24
24802889--24803023	69	2.0	69	88	4	202	41	3	5	49	1.43
24804282--24804796	194	2.7	194	79	4	560	35	15	17	31	1.91
24808887--24808937	24	2.2	24	86	10	70	58	1	23	15	1.47
24813369--24813420	23	2.3	23	84	15	65	59	1	23	15	1.46
24813369--24813417	24	2.1	23	85	11	64	59	2	22	16	1.47
24827086--24827158	21	3.4	22	79	7	87	2	30	16	50	1.59
24827086--24827170	21	4.0	22	77	11	72	2	30	15	51	1.56
24829508--24829953	29	15.2	29	90	3	698	50	0	11	38	1.40
24830246--24830326	39	2.1	39	97	0	153	55	8	14	20	1.66
24833896--24833948	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
24836052--24836500	25	18.6	24	74	16	308	44	17	12	24	1.84
24836138--24836507	95	3.8	95	80	8	392	44	17	12	25	1.84
24836057--24836434	47	8.0	46	80	10	308	44	17	12	25	1.84
24836402--24836466	32	2.0	32	100	0	130	47	18	9	24	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24836283--24836507	72	2.9	78	90	5	320	44	18	12	25	1.84
24836438--24836511	22	3.2	22	80	16	96	45	17	12	24	1.82
24837453--24837525	30	2.6	27	80	18	85	31	27	12	28	1.93
24840026--24840059	11	3.1	11	86	0	50	79	11	5	2	1.02
24855449--24855494	22	2.1	22	91	0	74	36	17	26	19	1.94
24864087--24864335	50	4.8	50	88	3	336	26	22	29	21	1.99
24867479--24867734	138	1.9	138	84	1	352	34	22	20	22	1.96
24871415--24871451	10	3.7	10	88	0	56	54	5	0	40	1.24
24872383--24872417	16	2.2	16	94	0	61	37	0	31	31	1.58
24872596--24872740	56	2.5	56	82	16	186	51	2	1	44	1.24
24872599--24872670	19	3.9	17	73	16	56	50	2	0	47	1.15
24872596--24872756	63	2.7	61	86	10	210	52	3	1	43	1.25
24872850--24872884	16	2.2	16	90	5	54	37	17	2	42	1.64
24873037--24873079	18	2.3	18	84	4	59	53	2	4	39	1.34
24880617--24880641	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24880971--24881004	8	4.2	8	88	0	50	8	0	11	79	0.94
24881695--24881737	21	2.0	22	81	4	52	48	11	2	37	1.52
24886854--24886924	31	2.3	31	85	2	90	43	12	11	32	1.78
24891636--24891668	16	2.1	16	94	0	57	12	21	3	63	1.41
24891881--24892073	50	3.9	50	80	2	183	22	28	21	27	1.99
24893908--24893995	30	3.0	30	96	1	160	20	34	13	31	1.92
24895266--24895367	46	2.2	47	89	1	152	23	30	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24900870--24900912	21	2.0	21	81	0	50	25	44	4	25	1.73
24913661--24913756	43	2.2	43	83	1	120	41	19	16	21	1.90
24913673--24913775	43	2.4	43	85	3	136	43	17	21	17	1.88
24919489--24919584	24	4.0	24	76	9	72	54	0	1	44	1.07
24919523--24919604	24	3.4	24	81	3	76	51	1	0	47	1.08
24924721--24924808	44	2.0	44	90	0	140	36	18	18	27	1.94
24927590--24928327	290	2.5	291	80	4	747	27	19	26	26	1.99
24930931--24931390	44	10.7	44	69	9	284	25	19	22	32	1.97
24930842--24931268	85	5.0	85	72	8	308	25	19	23	31	1.98
24930929--24931396	129	3.6	129	88	0	693	25	19	23	32	1.97
24931664--24931721	24	2.4	24	91	0	89	29	24	12	34	1.91
24937230--24937372	50	2.8	51	86	8	211	26	15	28	29	1.96
24937378--24937476	46	2.2	43	81	12	110	24	19	24	32	1.97
24937577--24937657	38	2.1	39	84	4	103	45	2	20	30	1.64
24944961--24944995	16	2.2	16	94	0	61	45	28	14	11	1.79
24946727--24946764	20	1.9	20	84	10	51	60	2	5	31	1.33
24946953--24947005	3	16.7	3	81	11	61	64	0	5	30	1.17
24947025--24947064	18	2.2	18	86	0	53	57	5	7	30	1.48
24950757--24950908	23	6.8	22	84	5	189	25	0	26	48	1.51
24950767--24950910	45	3.2	43	81	9	164	25	0	25	49	1.51
24952046--24952071	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
24952241--24952278	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24953162--24953219	20	2.8	20	94	5	98	60	0	0	39	0.97
24953162--24953217	10	5.4	10	73	14	51	58	0	0	41	0.98
24953275--24953329	11	4.9	11	75	20	60	41	1	30	25	1.66
24953275--24953329	22	2.5	22	83	16	69	41	1	30	25	1.66
24956743--24956797	24	2.3	24	90	6	85	65	0	1	32	1.03
24956736--24956783	13	3.8	13	75	10	55	62	2	2	33	1.18
24957154--24957199	25	1.9	23	86	8	65	60	2	0	36	1.09
24957520--24957559	21	1.9	21	89	0	62	30	15	22	32	1.94
24959175--24959215	2	20.5	2	94	0	73	48	2	0	48	1.14
24970532--24971275	4	186.0	4	88	0	860	41	26	6	25	1.80
24981898--24981959	10	6.3	10	76	10	65	64	1	3	30	1.19
24981897--24981959	19	3.3	19	76	12	74	63	1	3	31	1.19
24981871--24981969	38	2.6	38	84	7	121	59	2	5	33	1.30
24982510--24982574	28	2.3	29	81	5	87	33	0	3	63	1.10
24982857--24983048	106	1.8	104	86	2	240	30	13	16	39	1.87
24985028--24985095	34	2.0	34	100	0	136	35	17	11	35	1.87
24986014--24986043	7	4.3	7	95	0	51	23	3	0	73	0.98
24986333--24986372	18	2.2	19	86	13	57	22	5	2	70	1.19
24987892--24987955	9	6.8	9	77	10	65	81	1	3	14	0.89
24988712--24988746	18	2.0	17	88	5	52	77	0	2	20	0.90
24989074--24989133	26	2.3	26	100	0	120	18	16	21	43	1.88
24989361--24989646	44	6.5	45	73	13	218	27	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24989445--24989735	89	3.3	88	74	14	308	26	24	20	28	1.99
24989353--24989736	177	2.2	177	91	0	608	26	23	20	29	1.99
24989445--24989736	44	6.6	46	72	12	193	26	23	20	28	1.99
24997057--24997101	20	2.2	20	84	8	54	28	13	4	53	1.59
24999384--24999425	19	2.2	19	95	0	75	47	21	0	30	1.51
24999492--24999529	19	2.0	19	85	10	51	50	0	7	42	1.31
25000538--25000726	78	2.4	78	89	0	297	49	10	8	31	1.67
25007229--25007309	39	2.1	39	100	0	162	19	14	9	55	1.67
25007699--25007993	62	4.7	62	91	0	464	19	46	6	27	1.73
25009762--25009844	21	3.9	21	90	3	112	56	16	26	0	1.41

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