genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  2  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
502452--502489	14	2.5	15	87	8	51	13	2	5	78	1.02
505036--505851	458	1.8	433	83	8	1053	38	21	11	28	1.88
505444--505851	210	1.9	211	91	1	667	38	21	11	28	1.88
505936--506348	185	2.2	191	89	4	633	36	20	14	28	1.91
508051--508075	10	2.5	10	100	0	50	60	0	8	32	1.26
510655--510708	5	10.8	5	93	0	81	42	33	0	24	1.55
514360--514387	14	2.0	14	100	0	56	21	0	7	71	1.09
518896--518942	24	2.0	24	84	8	62	53	6	0	40	1.27
520758--520872	48	2.4	48	94	0	194	26	51	11	10	1.70
525112--525144	17	1.9	17	93	0	57	33	0	3	63	1.10
527068--527094	14	1.9	14	100	0	54	44	3	7	44	1.49
541253--541298	9	5.2	9	84	5	58	41	28	8	21	1.83
545131--545155	12	2.1	12	100	0	50	0	0	16	84	0.63
545475--546031	199	2.8	197	83	5	665	28	23	9	38	1.86
560361--560394	3	11.3	3	100	0	68	0	32	32	35	1.58
564883--564946	18	3.5	18	72	10	58	40	0	0	59	0.97
564881--564947	30	2.2	31	78	2	73	41	0	0	58	0.98
572026--572396	130	2.9	128	82	5	451	28	14	13	43	1.82
575048--575081	14	2.5	13	85	4	50	70	0	0	29	0.87
579866--579914	16	3.1	16	84	0	62	53	22	6	18	1.66
590770--590821	24	2.2	24	89	0	77	55	5	1	36	1.35
603075--603102	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
604222--604252	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
604495--604658	86	1.9	86	91	0	265	26	10	22	40	1.87
606118--606156	21	1.9	20	94	5	69	56	5	12	25	1.57
608361--608389	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
608588--608624	19	1.9	19	100	0	74	48	8	10	32	1.67
611440--611562	61	2.0	63	84	6	162	39	14	2	43	1.59
615801--615851	3	17.0	3	95	0	93	33	1	33	31	1.69
620141--620190	20	2.5	21	83	9	68	64	4	0	32	1.12
620300--620373	25	2.8	26	79	8	78	41	0	9	48	1.35
625011--625056	19	2.5	19	82	6	60	63	0	0	36	0.95
627455--627512	29	1.9	31	89	6	93	34	0	12	53	1.38
627355--627548	95	2.0	95	87	0	280	37	8	10	43	1.70
628640--628680	15	2.7	16	88	11	68	31	0	0	68	0.90
631139--631168	14	2.1	14	93	0	51	76	0	0	23	0.78
642367--642679	126	2.4	126	81	3	374	48	15	10	25	1.76
644652--644703	24	2.3	22	86	6	68	65	0	7	26	1.20
646487--646522	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
647561--647594	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
651610--651643	17	2.1	16	88	5	50	55	0	5	38	1.24
656954--657158	102	2.0	101	95	0	365	32	14	17	36	1.90
658077--658104	11	2.5	11	100	0	56	28	10	32	28	1.90
666681--666731	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
667454--667504	26	2.0	26	84	7	68	60	1	5	31	1.31
667856--667900	22	2.1	22	88	12	67	57	13	2	26	1.48
676502--676928	85	5.0	84	79	7	391	36	20	10	32	1.86
676502--676846	85	4.1	84	83	3	401	35	21	10	32	1.87
676501--676928	169	2.5	171	82	7	487	36	20	10	32	1.86
677995--678027	17	2.1	17	88	11	52	30	0	9	60	1.27
679266--679393	45	2.8	45	86	0	175	41	18	17	21	1.90
686339--686407	31	2.2	31	82	5	77	52	15	8	23	1.71
689377--689428	24	2.2	24	100	0	104	26	11	25	36	1.90
693606--693639	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
697976--698005	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
706548--706665	53	2.2	53	100	0	236	44	6	5	42	1.55
709010--709067	22	2.6	22	80	0	71	43	3	1	51	1.28
709628--709670	23	1.9	22	90	4	68	34	6	0	58	1.25
714105--714160	29	1.9	29	88	0	85	41	10	10	37	1.75
715994--716071	11	7.4	11	76	17	85	55	0	2	42	1.13
715974--716091	40	2.9	39	88	7	164	57	0	1	40	1.09
716056--716101	17	2.7	17	82	0	56	63	0	0	36	0.95
731682--731748	29	2.3	28	80	12	73	29	8	7	53	1.59
751380--751435	29	1.9	29	82	7	69	41	12	7	39	1.70
754269--754321	28	1.9	27	96	3	97	32	0	1	66	1.03
756076--756123	2	24.0	2	95	0	87	47	0	2	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759557--759610	26	2.0	26	82	3	63	42	1	9	46	1.46
769437--769531	16	5.9	16	74	9	59	28	3	14	53	1.56
771037--771101	27	2.4	27	81	0	85	29	21	30	18	1.97
771356--771385	14	2.2	13	94	5	51	0	10	0	90	0.47
776085--776139	23	2.4	23	87	6	76	41	14	14	29	1.85
776144--776195	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
776080--776195	59	2.0	59	92	0	196	44	11	14	29	1.80
776246--776277	9	3.6	9	95	0	55	75	9	3	12	1.16
780638--780692	23	2.4	23	87	6	76	41	14	14	29	1.85
780697--780748	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
780633--780748	59	2.0	59	92	0	196	44	11	14	29	1.80
780799--780830	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
793726--793769	21	2.1	21	100	0	88	31	0	0	68	0.90
793733--793778	21	2.2	21	88	0	65	34	0	0	65	0.93
794748--795178	196	2.2	195	80	4	456	31	16	10	42	1.81
812258--812300	20	2.0	21	83	16	54	67	4	9	18	1.36
815627--815675	23	2.1	23	100	0	98	20	14	16	48	1.80
818245--818289	17	2.7	17	89	3	65	71	0	28	0	0.87
818224--818289	25	2.7	25	81	11	66	69	3	27	0	1.03
819104--819228	40	3.2	40	75	14	134	25	16	23	34	1.95
827367--827400	7	4.6	7	86	13	50	41	0	0	58	0.98
827367--827400	16	2.2	16	90	10	54	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827367--827412	22	2.0	23	84	12	60	39	2	0	58	1.10
835221--835262	9	5.0	9	77	16	54	66	0	0	33	0.92
847365--847410	16	2.9	16	78	15	51	69	0	2	28	1.00
863280--863309	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
864187--864229	23	1.9	22	85	4	59	30	11	16	41	1.83
867186--867214	14	2.1	14	93	6	51	55	34	0	10	1.34
869265--869310	2	22.5	2	95	4	83	50	0	2	47	1.13
872382--872423	14	2.7	15	82	17	50	21	11	0	66	1.23
879031--879077	16	2.6	18	77	19	53	59	6	0	34	1.23
883195--883224	6	5.0	6	100	0	60	0	16	0	83	0.65
883502--883939	50	8.9	51	67	12	180	30	20	16	31	1.95
883622--883836	44	4.6	44	66	14	133	32	20	16	30	1.95
883504--883977	145	3.3	145	90	0	707	30	21	16	31	1.95
883893--884079	95	2.0	92	85	5	250	29	18	16	35	1.93
884027--884962	44	21.2	44	79	4	791	27	19	17	35	1.95
884044--884961	88	10.4	88	84	3	1062	27	19	17	34	1.95
888061--888106	23	2.1	21	84	11	58	21	2	17	58	1.49
896970--896998	14	2.0	15	93	6	51	17	27	0	55	1.42
897457--897494	18	2.1	18	95	0	67	57	0	0	42	0.98
908829--908862	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
910002--910042	22	1.9	22	90	5	66	56	0	0	43	0.99
911152--911200	24	2.0	24	96	0	89	36	6	8	48	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917084--917125	16	2.5	17	78	21	61	54	14	16	14	1.71
918910--918935	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
920642--920686	23	2.0	23	90	0	72	33	8	17	40	1.81
921334--921391	25	2.3	25	96	0	107	18	22	18	39	1.92
921356--921438	22	3.6	22	73	16	71	16	20	16	45	1.85
922981--923006	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
928133--928302	51	3.3	49	84	7	223	22	15	18	42	1.89
928135--928340	102	2.0	103	81	6	240	25	15	18	41	1.89
931102--931126	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
936298--936336	19	2.1	19	85	9	53	30	0	20	48	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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