genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  97  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28952519--28953206	352	2.0	352	92	0	1142	26	22	18	31	1.97
28952868--28954376	132	11.4	132	86	1	2076	27	22	18	31	1.97
28952380--28953369	484	2.0	484	89	2	1524	27	22	17	32	1.97
28954505--28954941	132	3.3	130	80	4	464	28	21	17	32	1.96
28955046--28956270	132	9.3	132	85	1	1562	27	23	17	31	1.97
28956375--28957204	132	6.3	131	90	1	1198	27	23	18	30	1.97
28957786--28958261	132	3.6	131	83	2	616	26	26	17	30	1.97
28958241--28958279	18	2.2	18	100	0	78	28	33	5	33	1.79
28958303--28958940	132	4.8	132	89	1	965	27	24	17	31	1.97
28957982--28958560	321	1.8	321	86	2	840	27	25	16	30	1.97
28957851--28958714	453	1.9	453	86	2	1234	27	25	16	30	1.97
28959050--28959385	132	2.5	132	87	1	467	28	22	18	30	1.97
28959619--28959991	132	2.8	131	88	1	514	29	23	16	31	1.96
28960944--28961816	132	6.6	132	89	1	1241	28	22	17	31	1.97
28961917--28962762	132	6.4	131	82	1	992	27	22	17	31	1.97
28961918--28962761	396	2.1	397	84	1	1109	27	22	17	31	1.97
28962658--28962845	88	2.1	88	87	4	263	28	21	18	32	1.96
28962549--28962982	221	2.0	220	88	2	647	27	23	17	31	1.97
28962747--28963461	132	5.4	131	87	4	947	27	22	17	31	1.97
28962281--28963246	485	2.0	484	85	2	1314	28	21	17	31	1.97
28962421--28963114	353	2.0	352	86	3	975	27	23	17	31	1.97
28962118--28963380	617	2.0	617	85	3	1691	27	22	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28965028--28965636	44	13.9	44	63	16	183	26	23	18	30	1.98
28964870--28965718	132	6.4	132	89	2	1269	26	23	18	30	1.98
28966964--28967261	132	2.3	132	84	0	389	26	26	16	30	1.97
28967167--28967358	97	2.0	97	88	0	285	25	25	19	29	1.99
28967031--28967493	229	2.0	229	88	0	683	26	24	17	30	1.97
28967288--28967752	44	10.6	44	65	12	184	26	25	16	31	1.97
28967260--28967968	132	5.4	132	91	1	1145	26	24	18	30	1.98
28967863--28968056	88	2.2	89	85	1	266	27	24	20	28	1.99
28967729--28968194	220	2.1	219	89	2	722	27	24	19	29	1.98
28967951--28968341	132	3.0	131	86	3	525	28	24	18	29	1.98
28969553--28970261	44	15.9	44	63	15	197	27	23	17	30	1.97
28969551--28970261	132	5.3	132	95	2	1215	27	23	17	30	1.97
28972095--28972291	44	4.5	44	69	12	143	27	25	17	29	1.98
28972478--28972685	44	4.7	44	67	16	133	25	25	18	29	1.98
28973157--28973346	44	4.3	43	67	15	111	25	24	19	30	1.98
28971975--28973414	132	10.9	132	89	2	2162	27	23	18	31	1.97
28973853--28974560	132	5.3	132	85	4	927	27	23	17	31	1.97
28977333--28978754	132	10.8	132	86	2	1923	27	23	17	31	1.97
28977326--28978754	396	3.6	395	91	2	2174	27	23	17	31	1.97
28979830--28980395	132	4.3	131	83	0	673	27	23	17	31	1.97
28980291--28980477	88	2.1	88	90	2	286	26	22	18	31	1.97
28980159--28980615	220	2.1	219	88	2	675	26	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28980379--28980631	132	1.9	132	91	3	411	27	24	18	29	1.98
28981808--28982245	132	3.3	131	87	3	594	28	22	17	31	1.96
28982141--28982345	100	2.0	100	86	0	284	26	24	15	33	1.95
28981876--28982608	363	2.0	364	90	0	1135	27	24	16	31	1.96
28982240--28983108	132	6.6	132	88	1	1170	27	23	18	30	1.97
28983822--28985053	132	9.3	132	88	2	1638	27	23	17	30	1.97
28985406--28993069	132	58.2	132	83	2	8880	26	23	17	30	1.96
28993215--28993582	132	2.8	131	78	1	412	26	23	18	31	1.97
28998371--28998985	132	4.7	132	85	2	815	28	23	17	31	1.97
28998868--28999076	88	2.4	88	80	3	233	28	24	16	30	1.97
28998748--28999205	220	2.1	220	89	0	702	27	24	18	29	1.98
28998617--28999337	352	2.0	352	88	2	1074	27	23	18	30	1.97
28998968--29000484	132	11.5	132	86	2	2019	27	23	18	30	1.97
28999188--28999384	44	4.5	44	68	16	147	26	23	18	30	1.98
28998883--28999340	88	5.2	87	67	13	215	28	23	18	30	1.97
28998486--28999469	484	2.0	484	87	0	1405	27	22	18	31	1.97
28998375--28999588	616	2.0	616	87	1	1781	28	23	17	30	1.97
28999968--29000175	44	4.8	42	67	15	127	24	25	19	30	1.98
28999970--29000199	43	5.3	42	67	16	112	25	24	18	30	1.98
29001687--29002275	132	4.5	132	90	3	943	25	23	18	31	1.97
29003311--29003632	132	2.4	132	82	2	360	27	23	16	31	1.96
29003990--29004854	132	6.6	132	85	3	1197	25	23	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29005490--29006053	132	4.3	132	90	1	855	26	21	19	32	1.97
29006240--29006612	132	2.8	132	86	2	543	26	22	19	31	1.97
29007289--29007397	44	2.5	44	89	0	164	26	25	15	32	1.96
29007337--29008354	132	7.8	133	85	3	1352	27	23	18	31	1.97
29007031--29007661	308	2.0	309	85	3	851	27	22	18	32	1.97
29007337--29008354	392	2.6	394	87	2	1435	27	23	18	31	1.97
29009083--29009809	132	5.5	132	92	0	1177	26	23	18	32	1.97
29009181--29009782	44	13.7	44	64	14	159	26	24	18	31	1.97
29009934--29010339	132	3.1	132	92	0	704	27	24	16	31	1.96
29010153--29010342	44	4.3	44	64	13	122	25	26	17	30	1.97
29010959--29011147	103	1.8	103	86	0	270	28	22	17	31	1.97
29011055--29011955	132	6.8	132	86	0	1185	27	22	18	31	1.97
29011057--29011943	395	2.2	396	86	1	1276	27	22	18	31	1.97
29022017--29025312	132	24.9	132	85	3	3734	26	23	18	31	1.97
29024227--29025128	220	4.1	219	72	9	796	26	23	18	31	1.97
29024362--29024558	88	2.2	88	84	1	252	25	20	18	35	1.96
29024653--29024908	44	5.9	43	72	13	148	25	28	15	30	1.96
29024781--29024908	44	3.0	44	87	6	165	25	30	15	28	1.96
29024648--29024905	87	3.0	84	68	15	220	25	28	15	30	1.96
29024648--29025040	174	2.2	176	87	4	555	26	26	16	30	1.97
29024453--29025304	438	1.9	440	85	2	1187	26	23	18	31	1.97
29029166--29029296	65	2.0	65	88	5	194	45	16	18	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29035196--29035224	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
29035912--29035955	19	2.4	19	80	3	54	56	11	2	29	1.46
29036889--29036922	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
29038917--29039315	30	13.2	30	84	1	474	30	10	15	43	1.80
29038917--29039315	90	4.4	90	89	1	582	30	10	15	43	1.80
29045876--29046240	30	12.2	30	86	1	466	30	10	16	42	1.83
29045876--29046230	90	3.9	90	90	0	532	30	10	16	42	1.83
29050872--29051111	119	2.0	119	97	0	453	28	25	20	25	1.99
29056358--29056479	57	2.1	57	96	0	226	48	16	1	33	1.56
29063018--29063702	114	6.0	114	92	0	1095	23	21	26	28	1.99
29064251--29064284	14	2.3	15	85	5	52	35	0	29	35	1.58
29064307--29064371	14	4.6	14	76	0	58	23	0	40	36	1.55
29064385--29064709	89	3.7	89	78	11	351	27	1	27	43	1.65
29064395--29064709	83	3.6	86	85	10	340	27	1	26	43	1.65
29064811--29064854	22	2.0	22	86	8	63	79	0	0	20	0.73
29064821--29064855	11	3.3	10	88	11	52	85	0	0	14	0.59
29064819--29064863	13	3.5	12	82	14	54	82	2	0	15	0.77
29064822--29064855	17	1.9	17	94	5	59	85	0	0	14	0.60
29064822--29064864	18	2.4	18	88	7	61	81	2	0	16	0.79
29064850--29064948	47	2.1	48	81	5	112	45	9	3	42	1.51
29065318--29065362	18	2.5	18	96	0	81	20	6	28	44	1.76
29066250--29066287	19	2.0	19	94	0	67	44	5	0	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29066333--29066387	26	2.1	24	83	12	65	32	7	0	60	1.24
29066548--29066579	16	2.0	16	100	0	64	31	18	31	18	1.95
29076866--29076897	17	1.9	17	93	6	57	62	12	6	18	1.50
29086730--29086997	43	6.3	43	85	0	331	27	31	17	22	1.97
29090113--29090140	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
29090376--29090420	20	2.3	20	88	11	67	24	0	48	26	1.51
29091878--29092074	98	2.0	98	90	0	313	30	10	22	36	1.88
29092229--29092282	27	2.0	27	100	0	108	37	18	7	37	1.79
29095421--29096635	637	1.9	631	89	3	1891	44	12	16	26	1.83
29098594--29098816	94	2.4	94	88	3	324	37	7	21	32	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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