genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20689234--20689279	19	2.5	18	86	10	58	45	15	4	34	1.66
20692597--20692636	19	2.1	19	85	0	53	17	2	15	65	1.39
20693100--20693163	32	2.0	32	100	0	128	28	6	25	40	1.79
20701391--20701417	12	2.2	12	100	0	54	7	14	44	33	1.73
20709444--20709487	21	2.0	23	82	13	56	2	0	25	72	0.96
20710510--20711192	93	7.3	94	89	0	845	42	17	12	27	1.85
20710510--20711169	140	4.7	141	88	0	853	42	17	12	27	1.85
20710510--20711192	233	2.9	233	95	0	1186	42	17	12	27	1.85
20711935--20712094	41	3.9	41	86	4	216	34	25	18	21	1.96
20713508--20713536	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
20718719--20719050	47	7.1	47	83	2	429	43	16	12	27	1.84
20718721--20719050	93	3.6	93	84	3	416	43	16	12	27	1.85
20718719--20719050	140	2.4	140	92	1	542	43	16	12	27	1.84
20719826--20719973	41	3.6	41	93	0	242	35	24	18	21	1.95
20719775--20719973	82	2.4	82	84	6	253	35	26	17	20	1.95
20721372--20721400	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
20726432--20726467	18	1.9	19	94	5	65	38	0	0	61	0.96
20730152--20730205	21	2.6	21	78	0	63	38	9	25	25	1.86
20730654--20730687	17	2.0	17	88	0	50	20	8	8	61	1.52
20738398--20738427	15	2.1	15	93	6	53	13	10	0	76	1.01
20741838--20741894	15	3.8	15	76	17	64	33	0	1	64	1.04
20752421--20752459	20	2.0	20	84	0	51	38	2	15	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20753525--20753557	14	2.3	15	89	5	50	66	0	12	21	1.23
20762447--20762482	18	1.9	19	88	5	56	38	0	8	52	1.32
20767020--20767063	21	2.1	21	87	8	63	13	36	0	50	1.42
20767018--20767075	27	2.1	27	84	6	73	13	41	0	44	1.44
20773627--20773726	18	5.5	18	77	3	85	28	16	18	38	1.91
20773613--20773726	38	3.1	37	80	10	133	28	15	18	37	1.92
20773619--20773728	36	2.9	37	78	8	125	28	16	18	37	1.92
20774742--20774787	6	7.7	6	95	0	65	17	23	0	58	1.38
20780085--20780201	11	10.6	11	76	0	81	12	6	17	63	1.50
20780100--20780201	44	2.3	44	98	0	195	14	5	15	63	1.48
20780085--20780176	33	2.8	33	76	0	103	11	7	17	63	1.51
20780153--20780228	36	2.2	33	81	6	80	17	6	14	61	1.53
20783873--20783922	26	2.0	25	88	11	75	48	8	4	40	1.51
20795577--20795625	14	3.2	14	80	13	53	46	2	0	51	1.12
20797782--20797815	14	2.3	15	90	5	52	47	11	5	35	1.65
20797988--20798148	78	2.1	78	100	0	322	41	26	4	27	1.76
20802140--20802180	21	1.9	21	85	5	55	24	12	2	60	1.43
20806243--20806467	49	4.6	49	83	2	229	28	31	14	25	1.95
20810107--20810330	76	2.9	74	84	3	268	23	20	22	33	1.97
20816451--20816629	26	6.8	26	79	8	157	23	13	26	36	1.92
20816435--20816631	52	3.8	52	82	6	211	23	13	25	37	1.92
20820815--20820851	18	2.1	18	90	10	58	40	2	24	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20827674--20827724	25	2.0	25	92	0	84	27	15	23	33	1.95
20850496--20850534	20	2.0	19	85	5	51	33	2	5	58	1.33
20851274--20851360	39	2.2	40	81	6	97	36	2	8	52	1.43
20852112--20852229	56	2.1	56	95	1	209	36	5	21	36	1.78
20853157--20853206	26	1.9	26	100	0	100	28	14	20	38	1.91
20854265--20854300	9	4.0	9	89	10	56	44	0	0	55	0.99
20854266--20854301	10	3.7	10	88	3	56	47	0	0	52	1.00
20854337--20854376	16	2.5	16	84	11	55	72	10	17	0	1.11
20854358--20854394	10	3.9	10	86	10	51	72	2	24	0	0.97
20855409--20855527	48	2.4	49	80	6	125	16	27	22	32	1.96
20855384--20855490	24	4.4	24	81	5	101	15	26	24	33	1.95
20855409--20855539	24	5.4	25	80	8	101	18	28	22	31	1.97
20855409--20855565	24	6.4	25	77	10	78	18	26	21	33	1.96
20858922--20858970	21	2.3	22	82	3	64	34	2	4	59	1.28
20866299--20866339	21	2.0	21	95	0	73	24	24	29	21	1.99
20867975--20868011	18	2.0	19	89	5	58	35	0	29	35	1.58
20868442--20868483	13	3.4	13	75	24	54	40	4	2	52	1.35
20873873--20873899	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
20880967--20880997	14	2.2	14	94	0	53	25	0	29	45	1.54
20889947--20890033	27	3.2	27	90	3	131	42	21	17	18	1.89
20889947--20890161	54	4.2	54	75	14	220	42	21	16	18	1.89
20890012--20890051	17	2.3	18	91	4	64	45	20	15	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20889957--20890104	71	2.1	72	89	1	226	41	20	18	19	1.91
20889985--20890077	44	2.1	44	84	9	118	40	20	18	20	1.91
20890030--20890158	27	4.8	27	84	0	161	44	20	15	19	1.87
20890637--20890702	34	1.9	33	81	6	78	27	21	24	27	1.99
20893725--20893757	14	2.4	14	94	0	57	66	0	18	15	1.25
20896869--20896907	18	2.1	19	85	4	53	20	2	12	64	1.40
20902111--20902205	47	2.0	47	95	0	172	25	10	25	38	1.87
20905212--20905244	17	2.0	17	88	5	50	51	6	0	42	1.26
20907608--20907669	2	31.0	2	96	0	115	51	0	0	48	1.00
20907912--20908026	19	5.6	22	81	9	70	40	16	5	37	1.71
20907948--20908038	19	4.8	19	91	0	155	38	15	7	38	1.76
20907925--20908038	38	2.9	38	90	5	174	39	15	7	37	1.75
20908399--20908448	18	2.8	18	84	3	75	54	2	0	44	1.11
20909791--20909846	27	2.1	27	93	0	94	37	14	17	30	1.90
20910096--20910135	21	1.9	21	85	10	55	32	2	7	57	1.40
20913195--20913259	11	5.8	11	78	8	69	26	30	1	41	1.65
20913199--20913259	22	2.7	22	87	7	88	27	29	1	40	1.66
20913221--20913318	51	1.9	51	83	4	126	27	25	1	45	1.60
20913274--20913310	11	3.2	12	88	7	51	29	18	0	51	1.47
20914465--20914496	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
20915676--20915700	8	3.1	8	100	0	50	60	0	0	40	0.97
20915727--20915776	7	7.3	7	86	4	75	44	38	2	16	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20915727--20915778	20	2.5	20	93	3	86	42	40	1	15	1.58
20915768--20915810	22	2.0	22	90	4	70	46	30	0	23	1.52
20915761--20915832	28	2.6	26	87	10	99	44	33	0	22	1.53
20915737--20915893	83	1.9	84	86	6	230	41	33	1	24	1.63
20915727--20915867	20	6.8	20	72	16	85	41	35	0	21	1.59
20915831--20915906	20	3.6	21	84	5	109	42	31	1	25	1.63
20918961--20919405	126	3.5	126	89	1	624	29	22	17	31	1.96
20919535--20919577	21	2.0	22	86	4	61	51	37	0	11	1.39
20920673--20920703	16	1.9	16	93	0	53	19	22	22	35	1.96
20921492--20921535	21	2.1	21	83	8	54	34	18	20	27	1.96
20922978--20923004	9	3.0	9	100	0	54	44	0	0	55	0.99
20923325--20923484	84	1.9	85	86	10	229	36	18	9	35	1.83
20926982--20927043	22	3.0	22	88	6	85	43	9	12	33	1.76
20927264--20927308	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
20927978--20928007	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
20930201--20930245	18	2.4	18	89	10	65	17	20	15	46	1.84
20931612--20931644	14	2.3	15	89	5	50	30	15	30	24	1.95
20932996--20934281	45	28.9	45	72	6	848	29	17	23	28	1.97
20932987--20934431	88	16.3	88	84	2	1119	29	18	23	28	1.97
20933494--20933710	44	4.9	44	65	4	132	29	17	25	28	1.97
20933798--20934391	89	6.7	87	82	4	294	29	19	23	27	1.98
20934371--20934766	131	3.0	131	90	3	586	30	20	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20935233--20935298	22	3.1	22	91	6	102	40	9	16	33	1.80
20935516--20935560	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
20935582--20935610	15	1.9	15	100	0	58	27	17	0	55	1.42
20935935--20936058	65	1.9	66	81	6	153	33	6	1	58	1.33
20938053--20938088	12	3.0	12	91	0	54	69	0	0	30	0.89
20938094--20938186	21	4.7	20	64	16	50	61	2	9	26	1.39
20938398--20938462	29	2.2	29	83	5	87	32	3	1	63	1.19
20938437--20938474	20	1.9	20	84	10	51	42	0	0	57	0.98
20938632--20938819	93	2.0	93	84	4	245	37	8	19	34	1.82
20953091--20953167	40	1.9	39	82	10	93	32	23	20	23	1.98

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