genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7834860--7834917	29	2.0	29	96	0	107	53	0	15	31	1.42
7835576--7835607	14	2.1	16	88	11	50	34	0	0	65	0.93
7852532--7852569	15	2.5	15	100	0	76	7	26	21	44	1.79
7858508--7858559	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
7858430--7858795	120	3.0	120	99	0	723	42	2	6	49	1.41
7858628--7858679	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
7858757--7858798	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7858748--7858789	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
7858732--7859048	157	2.0	157	91	0	517	46	5	4	42	1.48
7859171--7859206	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
7868095--7868137	14	3.0	15	80	13	54	62	0	0	37	0.95
7868103--7868148	13	3.4	14	76	14	51	67	2	0	30	1.03
7871234--7871265	13	2.5	13	89	0	55	34	25	9	31	1.87
7873134--7873337	54	3.8	54	84	0	228	31	21	17	29	1.96
7877476--7877530	16	3.4	16	72	20	51	36	0	1	61	1.06
7885000--7885057	14	4.1	14	70	22	50	58	0	0	41	0.98
7902757--7902816	4	15.0	4	96	0	111	48	25	1	25	1.61
7904314--7904345	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
7907043--7907340	43	7.0	43	86	1	393	23	26	18	30	1.98
7907043--7907340	85	3.5	86	85	1	402	23	26	18	30	1.98
7907043--7907340	128	2.3	128	86	1	391	23	26	18	30	1.98
7908295--7908334	21	1.9	21	100	0	80	67	0	15	17	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7910373--7910553	81	2.2	81	91	0	290	42	31	1	24	1.64
7915690--7915724	17	2.1	17	94	0	61	45	28	2	22	1.67
7921429--7921477	20	2.4	21	82	6	64	57	0	2	40	1.10
7922279--7922311	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
7927047--7927123	3	24.0	3	80	15	59	29	2	1	66	1.13
7928212--7928244	7	4.7	7	85	14	50	72	0	15	12	1.12
7928552--7928591	19	2.1	19	86	9	55	12	15	5	67	1.38
7931050--7931095	19	2.4	18	82	10	56	23	19	8	47	1.77
7932990--7933029	19	2.1	19	86	9	55	12	15	5	67	1.38
7933945--7933979	7	5.0	7	86	13	54	68	0	17	14	1.21
7935314--7935944	266	2.4	264	88	2	883	28	20	23	26	1.99
7935314--7935944	132	4.8	132	87	4	840	28	20	23	26	1.99
7936019--7936136	45	2.7	44	82	5	148	30	14	23	31	1.94
7935972--7936136	89	1.9	89	81	7	201	30	15	23	29	1.96
7935940--7936122	44	4.1	44	76	3	179	30	15	25	28	1.96
7937688--7937756	19	3.6	19	79	14	79	28	2	1	66	1.14
7937688--7937756	3	22.7	3	77	14	70	28	2	1	66	1.14
7938583--7938615	7	4.7	7	85	14	50	72	0	15	12	1.12
7942724--7942755	16	2.0	16	93	0	55	18	15	18	46	1.84
7945158--7945205	20	2.3	20	85	3	69	35	20	12	31	1.90
7945218--7945310	34	2.7	34	75	12	82	30	6	20	43	1.77
7950070--7950095	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7950336--7951157	75	10.8	73	80	9	726	33	20	17	27	1.95
7950336--7951157	225	3.6	222	79	10	836	33	20	17	27	1.95
7959372--7959533	19	8.7	19	70	19	101	43	9	8	38	1.67
7959372--7959483	18	6.2	18	70	19	63	41	8	9	39	1.70
7959375--7959520	35	4.1	34	75	15	109	43	10	8	37	1.69
7959387--7959479	36	2.6	37	84	8	120	45	9	10	34	1.72
7959485--7959520	17	2.1	17	94	0	63	47	11	2	38	1.54
7959446--7959543	20	5.0	20	77	16	89	41	10	7	40	1.66
7959569--7959757	18	10.6	18	68	15	106	44	8	13	33	1.74
7959661--7959777	17	6.7	17	69	8	65	45	10	11	32	1.75
7959569--7959752	35	5.1	35	75	14	144	43	8	13	34	1.75
7959873--7959919	17	2.7	17	71	15	51	42	8	12	36	1.74
7960547--7960629	10	8.2	10	73	21	66	0	25	1	73	0.90
7960556--7960608	17	2.9	19	76	18	60	0	26	0	73	0.83
7960554--7960629	7	11.1	7	72	16	61	0	25	1	73	0.91
7960554--7960633	13	6.0	13	73	13	65	0	25	1	73	0.90
7960553--7960601	17	3.0	16	79	5	62	0	28	0	71	0.86
7960656--7960713	30	2.0	29	86	3	80	50	6	18	24	1.72
7960920--7960954	14	2.5	14	90	0	52	74	0	0	25	0.82
7962316--7962601	101	2.8	101	94	1	475	23	17	26	31	1.97
7962323--7962601	51	5.5	50	80	5	267	24	17	27	31	1.97
7962523--7962603	26	3.2	26	66	22	71	22	14	28	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7962611--7962822	43	5.0	43	80	9	265	23	18	25	33	1.97
7962611--7962822	85	2.5	85	96	0	381	23	18	25	33	1.97
7965810--7965893	29	2.9	29	83	1	87	23	21	5	48	1.72
7966480--7966540	23	2.6	23	80	12	63	72	0	27	0	0.85
7966494--7966540	16	2.9	17	81	6	62	70	0	29	0	0.88
7966479--7966520	11	3.7	11	81	12	50	73	0	26	0	0.83
7967380--7967423	18	2.4	19	81	11	56	38	6	6	47	1.57
7967339--7967544	17	11.5	18	71	16	142	33	13	9	44	1.76
7967445--7967580	56	2.5	55	83	7	161	32	11	9	46	1.73
7967622--7967657	17	2.1	18	89	5	56	36	5	11	47	1.63
7970690--7970727	19	2.0	19	85	10	51	44	2	0	52	1.14
7980211--7980314	15	6.9	15	91	0	145	9	12	53	24	1.68
7984999--7985081	23	3.4	24	75	12	80	67	0	1	31	0.98
7985002--7985055	21	2.7	19	83	10	72	70	0	0	29	0.88
7984998--7985098	25	4.1	24	73	17	73	67	0	0	31	0.98
7984996--7985102	27	3.9	28	70	20	84	68	0	0	30	0.96
7985286--7985326	22	1.9	21	85	14	57	56	7	2	34	1.40
8011228--8011261	15	2.3	15	94	0	59	41	26	5	26	1.78
8014946--8015194	50	4.8	50	85	4	300	20	28	23	27	1.99
8014945--8015194	100	2.4	104	88	5	355	20	28	23	27	1.99
8015289--8015320	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
8018672--8018715	23	1.9	23	85	0	61	27	15	4	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8018706--8018876	76	2.2	76	86	1	234	33	10	8	46	1.69
8018697--8018876	77	2.4	77	84	0	236	34	10	8	46	1.69
8018754--8018901	76	1.9	76	86	0	206	34	11	7	46	1.68
8023702--8023741	20	2.0	21	85	5	55	50	0	2	47	1.14
8025381--8025427	19	2.3	21	79	17	55	40	6	25	27	1.80
8034519--8034566	22	2.3	21	85	7	62	35	6	0	58	1.23
8034514--8034566	21	2.5	20	82	8	61	37	5	0	56	1.23
8036237--8036273	18	2.1	18	89	0	56	29	13	5	51	1.63
8056407--8056455	18	2.6	19	83	6	64	32	2	4	61	1.26
8059583--8059634	25	2.0	27	81	7	63	50	0	1	48	1.12
8059609--8059699	27	3.4	27	67	19	73	56	2	1	40	1.19
8060830--8060911	31	2.7	29	81	5	92	35	2	10	51	1.51
8061048--8061108	32	1.9	32	82	0	77	39	14	9	36	1.80
8064671--8064733	31	2.0	31	84	6	83	26	12	9	50	1.71
8064754--8064821	34	2.0	33	94	2	118	33	14	7	44	1.73
8074981--8075006	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
8083252--8083279	12	2.3	12	100	0	56	21	28	0	50	1.49
8084491--8084516	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
8086410--8086459	25	2.0	25	100	0	100	44	12	12	32	1.78
8086838--8087139	37	7.7	40	79	16	230	36	14	20	28	1.92
8086876--8087139	37	6.9	37	83	9	316	37	14	20	28	1.92
8086838--8087104	82	3.4	82	82	9	345	35	14	21	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8088098--8088132	18	1.9	18	94	0	61	28	28	0	42	1.56
8092051--8092280	96	2.4	96	79	5	241	39	17	3	39	1.67
8092380--8092427	15	3.1	15	77	11	51	54	31	0	14	1.41
8096321--8096369	25	2.0	25	92	8	82	57	4	0	38	1.18
8099092--8099145	19	2.8	20	77	8	58	38	0	0	61	0.96
8100040--8100083	17	2.5	19	75	20	51	15	15	2	65	1.36
8102464--8102497	15	2.3	15	100	0	68	26	0	11	61	1.30
8106120--8106177	29	2.1	27	84	12	73	48	6	1	43	1.40
8128491--8128564	30	2.4	31	82	10	82	37	6	8	47	1.60
8139834--8139859	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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