genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  26  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8555488--8555517	7	4.3	7	91	0	51	26	3	0	70	1.03
8555597--8555640	22	2.0	22	86	8	63	31	9	2	56	1.43
8567497--8567948	44	10.3	44	82	3	563	27	15	26	30	1.96
8567506--8567987	263	1.8	264	87	2	718	28	15	26	29	1.96
8568729--8568762	9	3.7	9	84	7	50	20	2	2	73	1.09
8569808--8569837	7	4.3	7	91	0	51	26	3	0	70	1.03
8569917--8569960	22	2.0	22	86	8	63	31	9	2	56	1.43
8570853--8570886	15	2.3	15	94	0	59	29	5	0	64	1.17
8572724--8572790	31	2.1	32	83	2	82	41	13	11	32	1.81
8580799--8580941	25	5.8	25	80	1	144	32	18	27	21	1.97
8582091--8582265	13	13.2	13	69	10	77	38	20	2	39	1.65
8582080--8582229	40	3.8	40	78	3	158	38	19	2	40	1.63
8582194--8582243	14	3.6	14	74	15	50	30	18	4	48	1.66
8582091--8582264	27	6.5	27	68	9	81	37	20	2	39	1.65
8582388--8582416	14	2.1	14	100	0	58	27	24	6	41	1.80
8582390--8582561	40	4.3	40	82	0	191	37	19	3	38	1.69
8582392--8582553	80	2.0	80	85	0	216	37	20	3	38	1.70
8587325--8587392	20	3.5	18	73	13	55	39	5	0	54	1.25
8587364--8587418	18	3.1	18	78	5	58	32	7	0	60	1.24
8589068--8589109	19	2.3	19	91	4	68	73	7	7	11	1.23
8590239--8590271	12	2.8	12	86	13	50	24	3	0	72	0.98
8606180--8606221	2	21.0	2	95	0	75	47	2	0	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8606695--8606752	29	2.0	30	86	3	82	50	12	1	36	1.50
8608007--8608094	3	29.7	3	95	2	160	32	0	1	65	1.00
8619217--8619248	9	3.6	9	100	0	64	90	0	0	9	0.45
8620464--8620854	45	8.7	45	78	2	381	31	17	23	26	1.97
8620464--8620845	90	4.2	90	86	2	493	31	18	24	26	1.97
8620881--8621034	44	3.5	44	81	1	166	35	17	20	26	1.94
8625286--8625324	18	2.2	18	100	0	78	38	20	12	28	1.89
8627260--8627310	27	1.9	27	84	11	70	60	15	15	7	1.56
8629061--8629121	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
8629173--8629361	59	3.2	58	70	19	181	42	4	4	48	1.42
8629162--8629435	120	2.3	120	97	1	514	43	3	4	47	1.41
8629232--8629422	61	3.2	61	68	11	194	43	3	6	46	1.46
8639131--8639182	26	2.0	26	88	0	77	44	1	3	50	1.31
8640727--8640771	17	2.6	17	85	3	54	62	2	2	33	1.20
8640938--8640968	16	2.0	16	93	6	55	70	9	0	19	1.14
8641003--8641145	10	14.6	10	66	20	52	27	9	0	62	1.30
8641093--8641148	19	3.0	20	75	17	57	25	8	1	64	1.32
8645620--8645713	37	2.5	35	79	14	91	30	23	2	43	1.65
8646922--8646973	3	17.3	3	88	7	79	63	1	0	34	1.06
8649419--8649455	18	2.1	18	100	0	74	32	10	21	35	1.88
8655212--8655254	19	2.3	19	84	8	52	72	11	2	13	1.22
8659601--8659648	24	2.0	25	87	4	71	52	0	10	37	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8659683--8659757	28	2.5	30	78	6	73	44	1	5	49	1.33
8659754--8659786	15	2.3	15	94	5	59	51	0	0	48	1.00
8666518--8666573	27	2.1	27	93	0	94	64	3	19	12	1.42
8671201--8671232	16	1.9	17	93	6	57	81	3	15	0	0.82
8671986--8672054	3	22.7	3	77	2	66	37	4	1	56	1.28
8677091--8677148	11	5.2	11	75	19	57	81	0	17	1	0.78
8677091--8677148	16	3.5	16	81	13	64	81	0	17	1	0.78
8677089--8677150	24	2.7	23	78	14	65	80	0	17	1	0.79
8677437--8677596	49	3.3	47	67	19	123	27	16	8	46	1.77
8677433--8677716	97	2.9	97	89	1	399	27	16	8	47	1.76
8678670--8679642	128	7.6	128	92	0	1556	31	21	21	24	1.98
8678886--8679531	84	7.6	84	67	15	225	31	21	20	25	1.98
8678709--8679632	44	21.7	44	64	15	255	31	22	21	25	1.98
8680403--8680434	16	1.9	17	93	6	57	81	3	15	0	0.82
8681185--8681263	3	25.7	3	78	5	68	39	3	1	55	1.26
8683559--8683612	28	1.9	28	88	0	81	22	46	7	24	1.77
8684042--8684096	25	2.2	26	83	3	67	70	3	18	7	1.25
8684226--8684266	19	2.2	19	86	8	57	41	2	0	56	1.13
8686352--8686398	19	2.6	17	78	21	51	61	8	2	27	1.36
8704480--8704505	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8710585--8710616	12	2.7	12	90	0	55	40	9	0	50	1.35
8724466--8724500	17	2.1	17	88	0	52	25	0	2	71	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8724977--8725010	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8728039--8728150	43	2.6	43	80	4	127	23	18	25	32	1.97
8728178--8728761	44	13.3	44	78	8	546	30	26	14	27	1.95
8728178--8728692	175	2.9	174	84	4	520	30	26	14	28	1.95
8728156--8728768	219	2.8	216	82	6	569	30	26	14	28	1.95
8742490--8742524	17	2.1	17	88	0	52	25	0	2	71	1.00
8746036--8746140	43	2.4	43	79	4	122	24	19	24	31	1.98
8747609--8747636	13	2.2	13	100	0	56	32	0	7	60	1.24
8749434--8749487	25	2.1	26	83	10	67	51	7	5	35	1.53
8753811--8753877	29	2.3	29	77	10	75	58	8	2	29	1.44
8753985--8754592	106	5.8	106	83	10	704	29	15	14	39	1.88
8754171--8754610	105	4.1	106	80	11	422	30	14	14	40	1.86
8754882--8754907	5	5.2	5	100	0	52	42	0	57	0	0.98
8761570--8761642	28	2.6	29	82	12	107	27	17	13	41	1.88
8761885--8761954	31	2.3	31	84	0	86	37	11	15	35	1.84
8776762--8776799	19	2.0	19	100	0	76	47	15	5	31	1.68
8782595--8782633	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
8782952--8783026	23	3.3	23	96	0	132	17	21	28	33	1.96
8799993--8800017	4	6.2	4	100	0	50	24	24	28	24	2.00
8805971--8806017	23	2.0	23	100	0	94	48	4	8	38	1.53
8807274--8807299	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
8809894--8809954	9	6.8	9	81	7	61	26	0	3	70	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8813921--8814222	158	1.9	153	93	4	480	22	24	13	39	1.90
8815556--8815596	21	2.0	21	85	9	57	31	0	7	60	1.24
8826962--8826992	15	2.0	16	93	6	55	16	0	12	70	1.16
8829504--8829544	2	20.5	2	100	0	82	0	0	48	51	1.00
8840408--8840476	31	2.3	31	82	7	88	39	2	0	57	1.13
8842002--8842028	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8843198--8843251	19	2.8	19	97	0	99	37	7	16	38	1.77
8843198--8843277	19	3.9	21	88	8	96	37	6	16	40	1.74
8843240--8843284	22	2.0	23	86	4	65	35	4	13	46	1.63
8843211--8843287	19	3.7	23	83	10	69	37	3	15	42	1.65
8843458--8843502	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
8843969--8844007	18	2.2	17	90	4	60	48	0	0	51	1.00
8843975--8844008	12	2.7	13	81	9	52	52	0	0	47	1.00
8848604--8848628	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
8849851--8850306	88	5.2	88	86	1	639	29	26	22	21	1.99
8849851--8850302	175	2.6	176	86	2	658	29	26	22	21	1.99
8850817--8850937	43	2.8	44	86	7	167	26	18	27	28	1.98
8851301--8851806	44	11.7	43	68	14	200	29	20	22	26	1.99
8851286--8851677	215	1.8	215	91	2	653	28	19	23	27	1.99
8851645--8851756	45	2.5	45	89	0	161	28	26	21	23	1.99
8852319--8852371	19	2.8	19	94	0	97	37	9	15	37	1.79
8852307--8852378	36	2.0	35	82	15	85	38	9	15	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8852578--8852622	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
8852850--8852886	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
8852925--8852975	23	2.3	22	83	6	66	29	3	9	56	1.49
8854430--8854459	13	2.3	13	94	0	51	73	0	3	23	0.98
8854510--8854553	20	2.1	22	87	8	65	47	2	4	45	1.35
8860179--8860235	26	2.2	26	84	6	71	31	5	3	59	1.36
8860180--8860242	26	2.5	25	77	10	65	33	4	3	58	1.35
8860287--8860403	59	2.0	58	86	1	162	39	11	11	37	1.78
8873935--8873972	11	3.5	11	85	0	58	52	0	0	47	1.00
8876502--8876550	25	2.0	25	100	0	98	38	20	4	36	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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