genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22407229--22407286	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
22411471--22411547	25	3.0	25	69	1	64	48	11	5	35	1.62
22424597--22424676	28	3.1	28	66	26	86	62	2	25	10	1.39
22424630--22424660	10	3.1	10	100	0	62	61	0	29	9	1.28
22425329--22425378	21	2.4	20	75	24	50	40	12	16	32	1.84
22425533--22425571	18	2.2	18	86	9	53	25	20	15	38	1.92
22435544--22435578	16	2.2	16	89	0	52	60	17	0	22	1.37
22435995--22436032	19	2.0	19	94	0	67	65	0	28	5	1.14
22439100--22439174	37	2.1	36	82	12	91	53	2	2	41	1.29
22440723--22440794	25	2.9	25	85	0	90	31	19	27	20	1.97
22448169--22448236	25	2.8	25	81	2	75	35	14	29	20	1.93
22449171--22449221	22	2.3	22	100	0	102	41	15	0	43	1.47
22453943--22453967	10	2.5	10	100	0	50	8	8	44	40	1.63
22465366--22465417	22	2.3	22	87	9	70	53	9	11	25	1.67
22465425--22465468	16	2.8	16	89	0	70	40	0	11	47	1.39
22466315--22466378	31	2.1	31	100	0	128	21	6	23	48	1.73
22467438--22467486	18	2.8	18	81	9	57	14	28	38	18	1.90
22467630--22467678	26	2.0	23	84	11	62	28	4	16	51	1.63
22481066--22481111	10	4.5	11	84	15	55	56	0	0	43	0.99
22486138--22486192	17	3.2	17	69	19	51	20	34	27	18	1.95
22491863--22491908	24	2.0	23	82	4	56	10	0	28	60	1.30
22493474--22493524	24	2.1	24	88	0	75	39	3	3	52	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22495249--22495306	15	3.9	15	76	13	57	34	3	0	62	1.12
22496799--22496847	25	2.0	25	84	8	64	61	0	0	38	0.96
22496813--22496863	15	3.4	14	75	21	50	64	0	0	35	0.94
22500711--22500754	20	2.2	20	87	0	61	63	0	6	29	1.20
22511118--22511242	51	2.5	51	82	1	153	21	29	23	25	1.99
22515739--22515777	20	1.9	21	89	5	62	64	2	0	33	1.08
22516444--22516483	21	1.9	21	85	10	55	50	10	2	37	1.50
22518185--22518227	19	2.5	17	79	17	52	44	4	2	48	1.36
22519003--22519030	13	2.2	13	100	0	56	39	0	0	60	0.97
22519354--22519388	18	1.9	18	88	0	52	45	0	2	51	1.16
22519514--22519576	28	2.2	28	83	5	74	39	1	1	57	1.18
22519893--22519923	5	6.2	5	92	0	53	19	3	0	77	0.90
22521566--22521681	15	7.3	15	70	11	79	56	13	28	0	1.43
22521560--22521705	33	4.5	33	76	10	149	56	12	30	0	1.41
22521603--22521658	18	3.3	18	70	14	55	57	10	30	1	1.43
22521543--22521705	48	3.4	48	76	9	163	55	12	31	0	1.41
22524930--22525002	19	3.8	19	96	0	137	36	9	16	36	1.81
22524920--22525009	38	2.4	36	87	10	137	38	10	15	35	1.81
22530241--22530279	11	3.2	12	85	10	53	79	0	20	0	0.73
22530239--22530286	24	2.0	25	87	4	71	77	0	22	0	0.78
22530241--22530292	6	8.3	6	85	10	61	76	0	23	0	0.78
22530243--22530294	17	3.1	16	83	10	59	75	0	25	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22530247--22530294	11	4.2	12	85	15	66	75	0	25	0	0.81
22530248--22530292	13	3.5	13	91	8	67	77	0	22	0	0.76
22530250--22530292	20	2.2	20	92	8	72	76	0	23	0	0.78
22531547--22531752	88	2.3	88	90	3	299	26	17	26	29	1.97
22531547--22531727	44	4.1	44	94	2	319	25	18	25	30	1.98
22532101--22532494	217	1.8	217	93	0	680	29	19	23	27	1.98
22532462--22532584	45	2.7	45	92	0	192	27	24	25	22	2.00
22532118--22532585	44	10.7	45	71	13	241	29	20	22	27	1.99
22533134--22533187	19	2.8	19	91	0	90	37	11	16	35	1.84
22533134--22533210	42	1.9	40	84	10	104	36	9	16	37	1.81
22535527--22535608	29	2.9	29	88	1	130	67	8	2	21	1.30
22539745--22539979	50	4.7	50	80	4	235	28	20	27	23	1.99
22539748--22539979	100	2.3	99	82	2	259	28	20	27	23	1.99
22543592--22543631	10	3.9	10	83	3	53	5	40	0	55	1.22
22543591--22543639	20	2.4	21	83	6	66	4	38	0	57	1.18
22544301--22544578	27	10.4	27	82	8	320	40	17	16	25	1.90
22544314--22544640	54	6.1	55	82	8	338	42	18	14	24	1.88
22544314--22544640	107	3.0	106	84	6	394	42	18	14	24	1.88
22544301--22544655	80	4.4	79	78	8	274	42	18	15	23	1.88
22544301--22544640	27	12.7	26	80	7	198	42	18	15	24	1.88
22544891--22544947	26	2.2	26	87	0	87	14	22	24	38	1.91
22545059--22545167	30	3.7	29	73	6	85	22	24	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22552178--22552535	27	13.3	27	73	9	239	42	18	17	21	1.89
22552191--22552535	54	6.4	52	77	8	275	42	18	17	22	1.89
22552178--22552535	81	4.4	81	82	4	332	42	18	17	21	1.89
22552710--22552809	26	3.8	26	81	5	105	18	20	20	42	1.90
22552710--22552809	52	1.9	52	82	8	123	18	20	20	42	1.90
22558451--22558572	36	3.4	36	82	2	138	40	35	11	12	1.79
22562205--22562240	10	3.5	10	92	3	54	58	0	0	41	0.98
22567133--22567186	28	1.9	28	85	7	74	51	14	11	22	1.73
22568613--22568650	17	2.2	17	86	9	51	50	15	5	28	1.66
22568667--22568713	17	2.8	17	87	6	60	44	14	6	34	1.71
22569374--22569412	18	2.2	18	85	0	51	41	17	10	30	1.83
22570003--22570078	29	2.7	28	71	18	68	43	19	3	32	1.70
22576352--22576461	45	2.4	45	86	0	130	46	18	16	19	1.84
22576435--22576558	45	2.8	45	81	0	149	41	17	20	20	1.91
22576564--22576653	45	2.0	45	84	2	119	44	17	20	17	1.87
22579394--22579764	105	3.6	104	92	1	602	19	19	30	30	1.97
22595453--22595557	36	2.9	36	97	0	192	37	11	20	30	1.88
22595477--22595542	21	3.5	20	63	25	52	34	12	19	33	1.89
22595521--22595646	46	2.8	46	93	3	213	32	16	23	27	1.96
22597069--22597287	37	6.0	37	95	2	381	24	21	16	37	1.93
22597251--22597407	46	3.3	46	83	10	215	27	21	14	36	1.92
22597298--22597618	46	6.2	52	84	9	369	27	22	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22597340--22597466	59	2.2	58	92	2	209	25	23	12	37	1.90
22597251--22597624	98	3.7	97	80	13	443	28	22	14	35	1.93
22600266--22600418	49	3.1	49	97	0	279	30	30	15	23	1.95
22604885--22604924	16	2.5	16	87	0	62	40	7	22	30	1.81
22605090--22605206	55	2.1	55	82	4	137	52	4	0	42	1.20
22608519--22608589	3	23.7	3	100	0	142	32	0	0	67	0.91
22610018--22610154	33	4.2	33	80	0	141	16	17	18	47	1.83
22615228--22615329	51	2.0	51	88	3	152	28	23	13	34	1.93
22615415--22615627	42	5.0	42	76	8	207	33	22	17	25	1.96
22631171--22631220	16	2.8	18	72	22	52	36	4	6	54	1.44
22635654--22635892	72	3.3	72	90	1	365	54	15	6	23	1.63
22639950--22639984	16	2.2	16	89	0	52	71	0	0	28	0.86
22651288--22651347	18	3.2	18	78	7	66	66	3	0	30	1.07
22652479--22652531	25	2.1	25	82	0	61	69	0	7	22	1.13
22652640--22652721	43	1.9	43	82	9	105	54	2	8	34	1.44
22652750--22652791	3	14.0	3	89	0	66	61	0	4	33	1.17
22653152--22653233	22	3.7	22	86	0	119	28	15	26	29	1.96
22653914--22653982	28	2.3	31	78	12	81	10	0	36	53	1.35
22654397--22654812	50	8.4	50	73	7	296	23	20	23	31	1.98
22654530--22654880	100	3.5	100	89	2	503	22	21	23	32	1.98
22654890--22655423	128	4.2	128	91	1	865	26	20	21	32	1.98
22654910--22655412	44	11.7	43	65	16	161	26	20	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22655383--22655500	44	2.7	44	71	17	100	24	23	22	28	1.99
22655873--22655929	24	2.4	24	79	5	71	28	22	15	33	1.95
22656778--22656850	11	6.5	11	75	16	69	8	10	0	80	0.89
22656775--22656854	14	5.8	13	77	14	63	8	11	0	80	0.92
22657282--22657320	17	2.3	17	91	8	62	2	0	7	89	0.56
22657282--22657321	16	2.4	17	91	4	64	2	0	10	87	0.63
22660061--22660107	19	2.5	20	86	6	62	42	8	21	27	1.81
22662299--22662371	37	2.0	37	86	10	105	63	1	4	31	1.22
22662539--22662604	3	22.0	3	90	0	105	62	0	4	33	1.16
22663731--22663799	28	2.3	31	75	12	72	11	0	34	53	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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