genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  84  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25013084--25013121	15	2.4	16	91	4	60	36	7	0	55	1.29
25027553--25027583	7	4.3	7	92	8	53	51	48	0	0	1.00
25027553--25027588	15	2.5	15	90	4	56	52	44	0	2	1.15
25028933--25028983	2	25.5	2	88	7	77	47	3	0	49	1.20
25028929--25029072	44	3.5	40	74	19	118	40	6	0	52	1.28
25028960--25029114	80	1.9	80	79	7	172	36	7	0	56	1.27
25029056--25029122	34	2.0	34	85	11	93	29	2	0	67	1.06
25029056--25029100	17	2.7	16	83	10	63	35	0	0	64	0.94
25029056--25029108	16	3.2	16	79	10	61	32	1	0	66	1.03
25029087--25029132	24	1.9	24	82	8	58	26	6	0	67	1.15
25040670--25040705	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
25048167--25048274	15	7.1	15	71	14	71	30	20	14	34	1.93
25048254--25048373	34	3.5	34	75	2	107	40	17	15	26	1.89
25048364--25048406	17	2.5	17	88	0	68	25	16	23	34	1.95
25048314--25048466	68	2.2	68	75	0	153	33	16	16	32	1.92
25053760--25053885	43	3.0	42	81	4	137	29	24	15	30	1.95
25069609--25069671	23	2.6	23	82	7	63	19	7	1	71	1.19
25069881--25069929	19	2.4	21	83	10	57	73	6	2	18	1.14
25069882--25069958	28	2.7	28	79	4	82	72	7	1	18	1.15
25069983--25070045	27	2.3	27	94	0	108	9	31	34	23	1.87
25071847--25071912	27	2.4	27	92	0	105	22	36	28	12	1.90
25071966--25072014	19	2.4	21	83	10	57	16	2	8	73	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25072392--25072427	14	2.6	14	91	8	56	22	0	0	77	0.76
25072394--25072439	15	3.0	16	84	6	60	26	0	0	73	0.83
25089865--25089908	13	3.7	12	80	19	56	0	9	6	84	0.79
25089863--25089906	22	2.0	22	90	4	70	0	11	4	84	0.77
25089863--25089925	23	2.8	23	83	7	67	1	12	6	79	0.99
25089897--25089943	18	2.6	17	83	9	67	2	10	10	76	1.10
25090512--25090585	32	2.3	32	95	2	132	44	14	8	32	1.75
25091356--25091385	8	3.6	8	91	8	51	10	36	0	53	1.35
25091353--25091385	17	1.9	17	93	0	57	12	36	0	51	1.39
25091353--25091385	9	3.8	9	92	8	50	12	36	0	51	1.39
25093020--25093077	27	2.1	29	90	6	93	31	34	0	34	1.58
25093963--25094002	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
25099654--25099734	11	7.4	11	85	9	103	23	34	0	41	1.55
25099934--25099999	21	3.3	20	69	26	59	34	3	1	60	1.21
25100935--25100974	7	5.7	7	82	11	55	25	0	20	55	1.44
25100925--25100971	21	2.2	22	96	3	87	23	2	23	51	1.59
25100970--25101001	7	4.6	7	100	0	64	28	0	15	56	1.40
25100963--25101001	14	2.8	15	92	7	57	28	0	15	56	1.40
25100935--25101001	21	3.2	21	83	14	77	26	0	17	55	1.43
25101895--25101935	21	2.0	21	85	0	55	29	39	24	7	1.82
25104107--25104398	126	2.3	126	90	0	467	27	20	21	31	1.98
25104429--25104602	96	1.8	94	83	4	233	39	14	2	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25104590--25104657	21	3.1	21	80	4	55	54	32	0	13	1.39
25105571--25105633	28	2.5	25	81	18	69	47	14	7	30	1.72
25105580--25105634	27	2.0	28	96	3	103	47	18	7	27	1.74
25109534--25109760	47	4.8	47	79	4	251	33	15	24	25	1.95
25109534--25109760	94	2.4	94	83	4	280	33	15	24	25	1.95
25111744--25111773	14	2.1	14	100	0	60	50	0	6	43	1.28
25121874--25121943	9	7.3	9	74	16	52	20	2	0	77	0.90
25121874--25121944	24	3.0	23	79	6	72	19	2	0	77	0.89
25121868--25121961	4	22.8	4	69	23	54	21	3	2	73	1.08
25121915--25121966	21	2.5	21	78	15	54	15	9	1	73	1.18
25122172--25122224	6	8.0	6	78	17	52	20	0	5	73	1.03
25122172--25122224	13	4.0	13	81	13	56	20	0	5	73	1.03
25122172--25122221	21	2.5	20	79	17	59	22	0	6	72	1.07
25122216--25122261	16	2.9	16	81	18	53	26	6	6	60	1.46
25123681--25123724	12	3.8	12	84	3	54	11	2	9	77	1.08
25127440--25127495	27	2.1	27	96	0	103	37	17	12	32	1.88
25131092--25131120	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
25131267--25131402	68	2.0	68	88	2	202	34	20	14	30	1.93
25133735--25133818	40	2.1	40	86	0	114	20	30	16	32	1.95
25133812--25133886	20	3.8	20	74	13	73	20	37	17	25	1.94
25133800--25133893	40	2.3	40	81	0	116	21	34	17	27	1.95
25147736--25147766	10	3.1	10	95	0	53	77	0	0	22	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25147734--25147788	16	3.3	15	79	18	56	76	0	0	23	0.79
25147734--25147797	18	3.8	17	76	13	60	75	0	0	25	0.81
25148005--25148069	26	2.5	26	89	2	94	32	1	0	66	1.01
25148013--25148080	26	2.6	26	86	4	84	25	1	2	70	1.09
25148005--25148080	26	2.9	26	86	3	82	28	1	2	67	1.12
25148574--25148612	20	2.0	20	85	10	53	41	2	5	51	1.38
25148901--25148948	23	2.1	23	84	7	62	56	0	2	41	1.11
25149618--25149659	17	2.5	17	80	0	57	14	47	21	16	1.82
25150095--25150151	30	1.9	29	86	10	80	35	0	26	38	1.57
25150571--25150653	3	27.7	3	87	0	121	34	2	1	61	1.17
25150729--25150797	14	4.4	16	77	15	72	39	4	0	56	1.19
25151109--25151512	110	3.7	108	87	3	571	30	15	19	34	1.93
25151109--25151512	219	1.9	217	88	4	616	30	15	19	34	1.93
25154964--25155003	9	4.3	9	87	6	62	82	7	0	10	0.84
25154963--25155003	19	2.2	19	95	0	73	82	7	0	9	0.83
25157071--25157745	88	7.7	88	92	0	1041	25	22	25	26	2.00
25157856--25157971	46	2.6	44	82	5	126	31	20	19	28	1.97
25157790--25158227	175	2.5	175	92	0	725	31	18	20	28	1.97
25158072--25158518	129	3.5	129	93	0	705	30	18	21	29	1.97
25157900--25158436	44	12.4	43	69	10	306	31	19	21	28	1.97
25159526--25159582	30	1.9	30	86	10	82	35	0	26	38	1.57
25159986--25160097	3	37.7	3	89	5	174	33	2	0	63	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25160173--25160241	14	4.4	16	77	15	72	39	4	0	56	1.19
25160555--25160958	110	3.7	109	89	2	600	29	14	19	35	1.92
25160555--25160958	219	1.9	217	89	3	641	29	14	19	35	1.92
25165586--25165620	17	2.0	18	88	5	54	14	0	11	74	1.08
25166040--25166163	51	2.4	51	95	0	221	30	21	12	34	1.91
25165910--25166261	44	7.7	45	78	9	247	29	22	17	30	1.97
25165951--25166299	188	1.9	185	79	7	400	29	22	16	31	1.96
25167147--25167194	6	8.3	6	84	9	64	2	14	0	83	0.74
25167150--25167181	16	2.0	16	93	0	55	3	9	0	87	0.64
25170821--25171331	43	11.8	43	82	5	564	30	23	21	24	1.99
25170821--25171298	174	2.8	172	84	3	604	31	23	20	24	1.98
25171646--25171839	87	2.2	87	83	3	230	12	30	18	39	1.87
25177186--25177290	25	4.2	25	75	11	106	34	3	18	43	1.68
25177197--25177683	9	56.3	9	68	18	250	33	2	18	45	1.64
25177224--25177507	59	4.8	57	82	9	289	33	3	18	44	1.68
25177203--25177569	16	21.1	17	67	17	150	32	3	19	44	1.67
25177367--25177504	34	4.1	32	76	14	109	31	2	19	46	1.62
25177442--25177566	43	3.0	42	79	10	139	30	0	20	48	1.55
25177201--25177671	25	18.9	25	67	19	108	33	2	17	45	1.64
25177540--25177634	39	2.5	39	77	3	104	36	2	15	45	1.59
25177622--25177662	13	2.8	15	85	14	59	34	0	19	46	1.50
25177186--25177699	16	30.4	16	66	20	139	34	2	17	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25177751--25177797	20	2.3	20	82	10	60	55	2	2	40	1.24
25177747--25177799	21	2.5	22	84	9	74	56	1	1	39	1.21
25179620--25179657	11	3.5	11	92	0	67	55	0	21	23	1.44
25180536--25180587	27	1.9	27	88	0	77	50	9	0	40	1.35
25182439--25182506	15	4.9	14	71	16	52	41	35	0	23	1.55
25182442--25182479	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
25182967--25183245	41	6.8	41	76	8	199	38	24	22	15	1.92
25182967--25183245	82	3.4	81	83	3	301	38	24	22	15	1.92
25185756--25185800	15	3.1	14	83	6	54	0	8	11	80	0.92
25189692--25189752	23	2.7	23	71	21	56	31	11	9	47	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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