genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26303135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
539398--541966	503	5.2	495	83	7	2892	47	7	12	32	1.69
573168--573236	29	2.3	30	82	2	77	75	4	18	1	1.05
575698--575807	33	3.3	33	93	0	193	9	45	7	38	1.64
577547--577587	21	1.9	22	90	5	66	48	4	0	46	1.23
579350--579374	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
587260--587294	18	1.9	18	94	0	61	34	20	0	45	1.51
587521--587596	39	1.9	39	84	5	100	39	17	17	26	1.91
588280--588340	18	3.2	18	65	13	50	19	4	8	67	1.36
588279--588354	39	2.0	38	92	7	129	23	5	7	63	1.42
588558--588642	42	2.0	42	97	0	161	41	17	9	31	1.82
588563--588661	42	2.4	42	88	6	139	41	19	7	32	1.78
591860--591956	48	2.0	49	82	11	119	41	19	5	34	1.74
592447--592493	22	2.1	22	84	7	60	42	12	2	42	1.55
592616--592653	20	1.9	20	94	0	67	47	5	7	39	1.55
593207--593267	29	2.1	29	84	0	77	39	19	11	29	1.87
593334--593417	34	2.3	36	88	8	118	45	11	11	30	1.77
597571--597604	17	1.9	18	88	5	52	52	2	0	44	1.16
597627--597693	33	2.0	33	94	0	116	44	22	1	31	1.62
604284--604326	22	1.9	23	85	4	61	53	2	0	44	1.13
604291--604383	7	12.6	8	69	21	53	50	1	0	48	1.07
604304--604405	52	2.0	50	81	16	120	47	0	0	51	1.07
604303--604423	25	4.7	26	76	15	94	47	0	0	51	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
604475--604568	8	11.4	8	69	9	55	44	2	2	51	1.25
606037--606129	48	1.9	48	86	0	132	21	17	25	35	1.95
619209--619278	35	2.0	35	97	0	131	35	17	21	25	1.95
620921--620950	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
624875--624930	26	2.2	26	90	0	85	53	14	17	14	1.73
644636--644666	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
645176--645204	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
647545--647577	15	2.3	15	89	5	50	72	3	0	24	0.98
648599--648635	2	19.0	2	88	5	58	51	2	0	45	1.15
657464--657528	30	2.2	30	91	0	103	16	20	49	13	1.80
670843--670893	24	2.1	24	85	7	68	50	3	41	3	1.39
671029--671057	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
679167--679213	23	2.0	23	91	0	76	25	10	19	44	1.82
701151--701208	27	2.1	28	93	3	100	27	10	6	55	1.59
711968--712007	12	3.2	12	80	13	53	50	10	15	25	1.74
722392--722416	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
728314--728373	29	1.9	30	83	12	77	53	1	18	26	1.54
730486--730516	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
744098--744187	44	2.0	43	85	8	119	34	6	23	35	1.81
745444--745481	15	2.5	15	84	16	51	42	0	2	55	1.14
745499--745557	16	3.6	16	84	8	75	49	0	3	47	1.18
745756--745803	15	3.2	15	80	11	62	47	0	6	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746212--746262	17	2.9	17	80	8	50	47	1	5	45	1.38
745436--746411	357	2.8	341	80	11	1058	45	5	7	42	1.54
764365--764454	44	2.0	43	85	12	121	36	6	21	35	1.80
774153--774201	22	2.2	22	86	13	66	67	2	10	20	1.30
787535--787818	93	3.1	93	87	7	382	24	16	19	40	1.91
787535--787818	31	9.2	31	84	3	322	24	16	19	40	1.91
789464--789785	156	2.1	156	86	1	439	33	18	19	27	1.96
790115--790327	62	3.4	62	82	5	245	19	19	19	41	1.91
790115--790352	31	7.6	31	73	5	176	21	19	19	40	1.92
791824--791871	13	3.6	13	78	13	53	27	14	2	56	1.50
792467--792743	31	9.0	31	79	0	286	20	16	21	41	1.90
796211--796291	31	2.6	31	86	3	101	33	23	18	24	1.97
796275--796356	23	3.6	23	84	0	101	24	32	18	24	1.97
796313--796364	23	2.4	21	84	9	61	25	34	15	25	1.95
796393--796510	55	2.1	55	85	0	155	41	35	12	10	1.77
799399--799455	13	3.9	14	76	19	55	73	5	1	19	1.11
799991--800018	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
800925--800960	12	2.8	13	91	8	65	69	0	0	30	0.89
801166--801211	15	3.2	14	85	11	58	78	0	2	19	0.86
808168--808202	17	2.0	18	94	5	63	37	5	17	40	1.73
812881--812950	15	4.2	15	72	16	50	48	2	1	47	1.25
825396--825442	22	2.1	22	100	0	94	21	12	36	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825478--825567	44	2.0	43	87	8	128	35	6	22	35	1.80
826822--826859	15	2.5	15	84	16	51	42	0	2	55	1.14
826814--827811	343	2.9	341	83	8	1157	44	6	7	41	1.57
827581--827631	17	2.9	17	80	8	50	47	1	5	45	1.38
827637--828953	661	2.0	660	92	3	2206	39	10	11	38	1.76
840268--840345	39	2.0	39	97	0	147	38	8	17	34	1.82
846025--846106	28	2.8	29	83	3	94	34	3	2	59	1.28
846025--846106	30	2.8	30	82	10	91	34	3	2	59	1.28
846088--846152	29	2.2	31	83	10	82	38	10	0	50	1.37
851670--851812	48	3.0	48	83	4	189	41	17	28	11	1.85
862034--862067	10	3.6	10	92	7	54	50	5	44	0	1.26
869072--869130	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
874305--874332	8	3.5	8	100	0	56	64	10	0	25	1.26
885233--885329	2	49.5	2	93	4	171	49	0	0	49	1.00
888935--888969	17	2.1	17	88	0	52	48	5	42	2	1.41
890165--890222	4	14.2	4	78	10	55	67	0	29	3	1.07
900885--901280	59	6.7	59	81	6	417	30	12	18	37	1.88
900885--901280	119	3.3	118	83	4	453	30	12	18	37	1.88
900885--901247	178	2.0	178	85	3	480	30	12	19	37	1.89
904851--904903	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
904948--904993	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
909480--909512	16	2.0	17	88	5	50	21	6	0	72	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914536--914694	79	2.0	79	97	0	300	37	13	17	31	1.88
921511--921548	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
923685--923718	14	2.3	15	90	5	52	76	0	23	0	0.79
923683--923730	18	2.8	18	81	12	57	70	0	29	0	0.87
923805--923852	25	1.9	25	83	8	62	66	0	33	0	0.92
923879--923917	12	2.9	14	81	18	55	74	0	25	0	0.82
929605--929642	18	2.1	18	90	0	58	84	0	15	0	0.63
932719--932764	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
934254--934314	22	2.7	22	82	2	77	29	29	9	31	1.89
934277--934616	102	3.4	102	85	5	440	30	18	13	37	1.90
934379--935095	225	3.2	223	86	3	974	30	18	13	37	1.89
934484--934718	123	1.9	123	87	3	348	31	17	14	37	1.90
934605--934817	102	2.1	102	85	4	288	31	17	12	38	1.87
934723--934972	123	2.0	124	86	3	353	30	19	12	37	1.89
934845--935073	102	2.3	102	86	2	309	31	19	13	36	1.90
935036--935112	22	3.5	22	78	1	75	32	25	7	33	1.85
934930--935240	145	2.1	147	85	5	436	32	21	11	34	1.89
935115--935335	123	1.8	122	87	1	334	33	20	12	33	1.90
935201--935392	101	1.9	100	83	3	251	31	20	15	32	1.93
935301--935341	21	1.9	22	90	5	66	31	29	9	29	1.89
935536--935588	16	3.3	16	85	15	58	75	0	1	22	0.90
935536--935596	11	5.2	11	76	21	61	77	0	1	21	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
948447--948548	31	3.3	31	86	4	118	35	18	21	24	1.96
950047--950110	24	2.6	24	85	7	76	57	3	6	32	1.39
950245--950277	14	2.4	14	85	5	50	66	0	0	33	0.92
950525--950570	23	1.9	25	82	8	60	45	4	10	39	1.59
953722--953775	23	2.5	22	82	11	58	20	3	0	75	0.95
956989--957014	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
967097--967134	17	2.2	18	85	4	51	73	2	2	21	1.07
967415--967479	17	3.8	16	78	15	60	75	3	1	20	1.02
967415--967479	8	7.6	8	75	17	60	75	3	1	20	1.02
967562--967597	19	1.9	19	88	5	56	61	0	19	19	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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