genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26303135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23957766--23957811	15	2.9	16	84	12	60	39	2	2	56	1.24
23957906--23957934	9	3.0	10	90	10	51	48	0	0	51	1.00
23964075--23964109	3	11.7	3	93	0	61	31	2	0	65	1.07
23978907--23978955	2	24.5	2	95	0	89	48	0	2	48	1.12
23987525--23987554	16	1.9	16	93	6	53	30	0	6	63	1.20
23988520--23988550	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
23989488--23989527	10	3.8	10	81	12	53	57	0	40	2	1.12
23998434--23998484	26	2.0	26	96	0	93	45	13	37	3	1.63
23998452--23998612	80	2.0	80	95	0	286	36	18	21	24	1.95
24003900--24003939	21	1.9	21	84	0	53	17	22	45	15	1.85
24011985--24012055	35	2.0	35	97	0	133	8	53	2	35	1.46
24012301--24012353	5	11.2	5	86	10	60	20	0	0	79	0.74
24012291--24012354	18	3.6	18	85	10	78	23	0	0	76	0.79
24012292--24012353	23	2.7	23	79	2	70	20	0	0	79	0.74
24015390--24015437	25	1.9	25	87	8	71	43	2	0	54	1.12
24020645--24020700	6	8.8	6	81	11	67	46	0	50	3	1.19
24020645--24020701	15	3.9	14	81	9	60	45	0	50	3	1.18
24020663--24020709	15	3.1	15	82	11	60	42	0	48	8	1.33
24024723--24024831	35	3.1	35	81	0	137	44	7	12	34	1.71
24024720--24024864	70	2.1	70	84	0	182	47	7	11	33	1.67
24025146--24025195	26	1.9	26	87	0	73	20	12	8	60	1.57
24028525--24028551	13	2.1	13	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24039311--24039351	18	2.2	19	91	8	75	19	14	9	56	1.66
24043521--24043624	46	2.3	46	98	0	199	40	13	21	25	1.89
24047643--24047669	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24057590--24057648	24	2.5	23	86	8	82	76	0	5	18	0.97
24058975--24059038	32	2.0	31	85	11	85	60	1	0	37	1.06
24059784--24059857	33	2.2	33	79	15	82	21	8	9	60	1.53
24065778--24065826	24	2.1	22	85	7	62	55	0	0	44	0.99
24065807--24065875	29	2.5	26	76	13	66	53	2	2	40	1.31
24065773--24065843	31	2.4	29	80	4	79	50	1	0	47	1.09
24068822--24068944	33	3.7	33	72	23	89	70	0	3	24	1.07
24068884--24068940	7	7.7	7	78	9	60	78	1	1	17	0.91
24073405--24073448	10	4.4	10	76	0	52	43	0	2	54	1.12
24073413--24073450	19	2.0	20	89	5	60	42	0	2	55	1.14
24077030--24077193	80	2.0	80	98	0	319	26	18	14	40	1.88
24086219--24086340	57	2.1	57	87	3	174	17	16	37	28	1.91
24102394--24102521	65	2.0	65	100	0	256	34	12	9	43	1.75
24112616--24112750	68	2.0	68	95	0	243	34	6	29	28	1.83
24114229--24114258	15	1.9	16	93	6	53	73	10	16	0	1.09
24117067--24117101	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
24118333--24118498	85	2.0	85	93	0	287	25	15	22	36	1.93
24119994--24120049	22	2.5	22	76	0	76	26	5	16	51	1.65
24121787--24121811	8	3.1	8	100	0	50	0	36	12	52	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24138281--24138312	16	2.0	16	100	0	64	31	43	6	18	1.75
24139132--24139413	94	3.0	92	85	7	365	34	19	9	36	1.84
24139731--24139839	56	2.0	55	91	5	177	27	7	16	48	1.72
24139966--24140000	17	2.1	17	94	0	61	45	0	14	40	1.45
24142186--24142313	1	128.0	1	100	0	256	0	0	0	100	0.00
24148065--24148099	18	1.9	18	88	0	52	48	0	2	48	1.16
24149692--24149769	29	2.6	30	73	13	72	56	2	3	37	1.31
24158526--24158573	25	1.9	25	91	8	80	37	33	14	14	1.87
24158525--24158579	25	2.2	25	84	9	78	38	30	12	18	1.88
24158483--24158694	83	2.6	83	89	0	325	36	20	17	25	1.94
24158608--24158662	25	2.2	25	78	9	60	41	30	9	18	1.81
24169234--24169290	29	2.0	30	82	6	73	45	3	0	50	1.18
24169269--24169305	19	1.9	19	89	10	58	29	0	0	70	0.88
24169950--24170004	22	2.5	22	87	0	83	27	12	16	43	1.84
24170064--24170132	25	2.8	25	86	4	95	37	28	8	24	1.85
24170018--24170145	23	5.4	24	78	8	93	36	27	9	26	1.87
24170035--24170197	26	6.6	25	73	10	95	37	22	11	28	1.88
24170186--24170301	21	5.5	21	91	0	169	35	27	17	19	1.94
24170207--24170332	21	6.0	21	85	6	94	38	26	14	19	1.90
24181717--24181785	35	2.0	33	88	5	102	55	23	8	13	1.65
24186086--24186120	7	4.7	7	92	7	52	11	0	2	85	0.69
24186602--24186646	23	1.9	24	90	4	74	66	0	2	31	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24188063--24188106	21	2.0	22	86	4	63	31	0	0	68	0.90
24197285--24197324	21	1.9	21	84	0	53	10	20	55	15	1.68
24208706--24208744	2	20.0	2	89	5	62	46	0	2	51	1.14
24209952--24210010	22	2.8	20	85	12	73	76	3	1	18	1.02
24209943--24209998	28	2.0	28	86	13	80	75	3	3	17	1.10
24215161--24215202	19	2.2	20	87	8	61	33	7	4	54	1.49
24218133--24218186	16	3.4	16	77	7	56	68	0	0	31	0.90
24218149--24218209	33	1.9	31	83	12	79	68	0	3	27	1.05
24225174--24225227	25	2.2	25	86	0	72	48	5	9	37	1.59
24225582--24225623	21	2.0	22	85	4	59	50	21	0	28	1.49
24234683--24234986	111	2.8	107	79	6	306	31	20	20	26	1.98
24234644--24235013	54	6.8	54	76	5	282	31	20	20	27	1.97
24245494--24245530	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
24265652--24265791	68	2.1	68	95	0	253	20	22	11	45	1.83
24267902--24267930	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
24271575--24271635	24	2.6	24	76	2	70	27	6	6	59	1.48
24271689--24271717	14	2.0	15	93	6	51	20	0	0	79	0.74
24274935--24274960	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
24277498--24277553	3	20.0	3	82	14	75	33	30	0	35	1.58
24277498--24277553	14	4.2	14	85	14	75	33	30	0	35	1.58
24277506--24277553	17	2.8	17	96	0	87	33	29	0	37	1.58
24278564--24278669	50	2.1	50	91	0	167	41	21	12	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24281322--24281423	28	3.8	26	72	19	84	30	2	1	64	1.19
24281957--24282027	25	2.9	25	75	10	74	59	0	0	40	0.98
24281974--24282027	24	2.2	24	87	9	74	62	0	0	37	0.95
24283306--24283348	22	2.0	22	85	0	59	58	13	16	11	1.64
24296413--24296506	46	2.0	46	100	0	188	47	18	10	23	1.79
24321041--24321454	69	6.0	69	90	2	625	29	24	21	24	1.99
24322074--24322109	18	2.0	18	100	0	72	11	16	44	27	1.82
24322248--24322284	18	2.1	18	89	0	56	72	10	0	16	1.10
24322706--24322886	64	2.8	64	83	1	220	45	4	7	42	1.53
24326087--24326189	48	2.1	48	80	7	111	32	23	18	26	1.97
24335098--24335122	10	2.5	10	100	0	50	92	8	0	0	0.40
24335939--24336000	23	2.8	22	78	9	72	58	1	0	40	1.08
24335940--24336011	23	3.2	21	71	19	56	55	1	2	40	1.23
24348784--24348847	32	2.0	32	93	0	110	23	29	15	31	1.95
24355380--24355413	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
24356817--24356845	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
24361951--24361976	4	6.5	4	100	0	52	23	0	76	0	0.78
24365510--24365541	14	2.3	14	100	0	64	12	0	21	65	1.25
24365804--24365856	26	2.0	26	82	7	63	43	5	3	47	1.45
24377077--24377118	22	1.9	22	85	0	57	50	21	11	16	1.77
24384264--24384312	22	2.3	20	76	13	53	61	8	2	28	1.36
24403438--24403483	23	2.0	23	95	0	83	39	13	10	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24415711--24416089	126	3.0	124	90	3	580	30	20	20	28	1.98
24446794--24446819	5	5.2	5	100	0	52	0	42	0	57	0.98
24485762--24485795	12	2.8	12	83	16	52	61	29	8	0	1.26
24514103--24514142	18	2.2	18	86	0	53	42	35	20	2	1.65
24516930--24516976	2	23.5	2	91	0	76	48	0	2	48	1.13
24529291--24529320	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
24530485--24530531	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
24533512--24533562	20	2.4	21	75	21	52	58	0	3	37	1.16
24537650--24537691	3	14.0	3	90	9	68	0	69	0	30	0.89
24541203--24541253	25	2.0	25	88	0	75	39	25	11	23	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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