genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26303135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8072045--8072710	197	3.4	197	80	9	662	47	6	6	39	1.55
8073216--8073249	15	2.1	17	89	10	54	55	0	2	41	1.15
8073218--8073489	117	2.3	118	84	4	352	48	2	5	42	1.42
8073264--8073444	58	3.1	58	64	19	140	47	3	6	42	1.46
8073387--8073578	87	2.2	88	83	7	230	44	2	7	45	1.45
8073270--8073673	209	2.0	202	84	7	521	45	4	6	43	1.50
8082302--8082347	21	2.2	20	84	7	56	17	21	4	56	1.58
8082307--8082347	21	1.9	22	90	5	66	19	24	4	51	1.66
8086870--8086895	5	5.2	5	100	0	52	38	19	0	42	1.51
8089216--8089261	21	2.2	20	84	7	56	17	21	4	56	1.58
8089221--8089261	21	1.9	22	90	5	66	19	24	4	51	1.66
8093523--8093604	37	2.2	37	95	0	146	24	39	9	26	1.86
8096263--8096419	52	3.0	52	94	0	269	22	15	31	30	1.95
8096376--8096505	36	3.5	37	78	15	110	23	16	33	26	1.96
8096394--8096508	36	3.2	36	82	8	128	25	16	32	26	1.96
8099208--8099286	33	2.3	32	76	18	79	12	32	3	50	1.58
8101222--8101402	55	3.3	55	82	1	238	29	35	14	20	1.92
8101222--8101439	55	4.1	53	78	9	187	28	36	14	20	1.92
8130141--8130171	16	1.9	16	93	0	53	16	6	6	70	1.29
8130343--8130383	21	2.1	19	86	9	55	29	0	9	60	1.28
8132804--8132843	19	2.0	20	95	4	73	30	0	27	42	1.56
8143512--8143937	59	7.3	59	79	7	467	36	18	13	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8143512--8143897	111	3.3	114	79	9	397	36	18	13	31	1.90
8144466--8144516	22	2.3	22	86	0	66	23	13	29	33	1.93
8144727--8144784	21	2.8	21	72	0	62	31	8	24	36	1.85
8144636--8144883	122	2.0	121	86	3	338	34	12	19	33	1.90
8144858--8144907	21	2.4	21	86	6	66	28	10	28	34	1.89
8154684--8154737	21	2.6	21	93	0	90	18	27	22	31	1.97
8155278--8155383	38	2.7	39	86	4	151	23	38	16	21	1.92
8155278--8155399	40	3.1	39	78	7	131	24	37	15	22	1.93
8156076--8156108	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
8159255--8159314	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
8165718--8165763	17	2.6	17	86	6	65	34	8	0	56	1.30
8169455--8169789	168	2.0	167	95	0	598	26	20	16	37	1.93
8173131--8173171	2	20.5	2	89	0	64	46	4	0	48	1.23
8179389--8179418	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
8183573--8183621	20	2.5	19	81	12	55	22	18	2	57	1.51
8183562--8183963	201	2.0	200	96	0	741	21	13	6	57	1.59
8184666--8184700	18	1.9	18	88	11	54	2	31	0	65	1.07
8185050--8185116	28	2.4	28	92	0	107	23	13	25	37	1.92
8188890--8188929	15	2.7	15	84	0	53	87	0	0	12	0.54
8193273--8193302	15	2.0	15	93	0	51	13	3	26	56	1.52
8193478--8193730	26	10.3	26	73	14	157	26	11	23	38	1.89
8193671--8193869	94	2.1	94	87	1	283	22	12	24	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8193765--8193827	26	2.4	26	97	0	117	22	11	26	39	1.87
8193817--8193888	21	3.4	21	90	0	108	25	12	22	40	1.89
8193662--8193920	115	2.2	118	82	5	312	23	10	23	41	1.86
8193906--8193993	23	3.9	23	86	4	117	23	11	28	36	1.90
8194636--8194769	26	5.3	26	78	7	132	26	8	23	41	1.83
8194804--8194874	26	2.8	26	82	2	90	22	8	22	46	1.78
8194710--8194909	94	2.1	94	83	1	249	23	11	23	42	1.86
8194860--8194927	21	3.2	21	91	0	100	25	13	22	39	1.90
8194701--8194959	115	2.2	119	81	6	289	24	10	22	42	1.85
8194939--8195032	23	4.1	23	81	6	111	25	11	26	36	1.90
8195956--8195997	15	2.8	15	92	0	66	33	30	7	28	1.84
8200563--8200653	33	2.5	35	86	10	114	63	2	6	27	1.31
8200915--8201000	43	2.0	43	93	0	145	34	20	10	33	1.87
8201042--8201110	26	2.6	27	75	13	72	17	11	2	68	1.32
8203818--8203845	11	2.5	11	100	0	56	0	0	17	82	0.68
8212283--8212348	28	2.3	29	81	2	80	45	19	6	28	1.74
8214061--8214219	29	5.4	28	75	11	104	37	6	13	42	1.71
8214067--8214219	30	5.2	29	74	15	100	39	7	13	40	1.71
8220088--8220168	34	2.4	34	74	0	90	35	27	11	25	1.90
8240649--8240678	15	2.0	15	93	0	51	13	3	26	56	1.52
8240854--8240925	25	2.9	25	81	8	92	26	12	20	40	1.88
8240854--8241106	26	10.3	25	71	15	124	27	10	22	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8241141--8241211	26	2.8	26	82	2	90	22	8	22	46	1.78
8241047--8241246	94	2.1	94	83	1	249	23	11	23	42	1.86
8241197--8241264	21	3.2	21	91	0	100	25	13	22	39	1.90
8241038--8241296	115	2.2	119	81	6	289	24	10	22	42	1.85
8241276--8241369	23	4.1	23	81	6	111	25	11	26	36	1.90
8242311--8242352	15	2.8	15	92	0	66	33	30	7	28	1.84
8243082--8243119	4	9.5	4	100	0	76	26	0	23	50	1.50
8245792--8245868	40	1.9	41	84	7	104	25	14	19	40	1.89
8246866--8246944	32	2.5	31	81	6	86	64	2	2	30	1.20
8247229--8247357	43	3.0	43	97	0	240	36	19	8	35	1.82
8256182--8256224	21	2.0	22	82	13	54	48	0	6	44	1.29
8256262--8256312	22	2.3	21	80	12	50	52	1	0	45	1.12
8261034--8261114	35	2.3	35	78	4	92	19	16	19	44	1.87
8268360--8268533	59	3.0	58	77	12	160	42	6	12	38	1.69
8268360--8268533	28	6.0	28	75	13	136	42	6	12	38	1.69
8268665--8268697	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
8284867--8284906	15	2.7	15	92	0	62	40	17	2	40	1.63
8289560--8289591	17	1.9	16	93	6	55	21	0	0	78	0.76
8300430--8300485	25	2.2	25	90	0	85	25	23	17	33	1.96
8302533--8302707	54	3.2	54	87	0	251	26	38	14	20	1.91
8320962--8321011	17	2.9	17	72	21	50	40	4	2	54	1.31
8328641--8328696	29	1.9	29	85	0	76	26	3	7	62	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8330380--8330458	4	21.0	4	72	12	53	70	0	1	27	0.95
8330380--8330459	15	5.0	16	76	14	67	71	0	1	27	0.94
8330386--8330426	21	2.0	21	90	9	66	75	0	0	24	0.80
8331708--8331752	21	2.3	19	84	7	54	75	4	0	20	0.97
8332372--8332427	24	2.3	25	81	3	60	67	1	7	23	1.24
8332444--8332488	18	2.6	16	83	16	54	37	24	8	28	1.86
8335228--8335303	3	24.7	3	73	17	50	65	0	5	28	1.14
8335252--8335289	12	3.2	12	92	7	60	68	0	2	28	1.03
8335226--8335312	13	6.6	14	75	10	69	67	1	4	26	1.17
8347275--8347583	39	8.1	38	83	6	385	21	17	20	40	1.91
8347275--8347583	76	4.1	75	86	5	379	21	17	20	40	1.91
8361023--8361102	37	2.1	39	84	9	103	53	3	1	41	1.27
8361023--8361102	38	2.1	38	82	13	94	53	3	1	41	1.27
8362403--8362466	27	2.4	27	84	7	78	39	12	20	28	1.89
8366997--8367134	43	3.2	43	85	4	172	22	33	15	28	1.94
8374218--8374277	19	3.3	18	82	13	70	3	35	0	61	1.12
8374258--8374289	12	2.8	12	86	13	50	0	37	0	62	0.95
8378165--8382523	171	25.6	170	76	6	3165	38	13	14	34	1.85
8378171--8382491	511	8.5	505	76	7	3067	38	13	14	34	1.85
8382262--8382300	20	2.0	20	85	10	53	43	10	5	41	1.61
8384471--8384501	11	2.8	11	95	0	53	64	0	3	32	1.09
8384596--8384629	14	2.3	15	90	5	52	32	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8385764--8386180	55	7.6	55	88	1	588	29	35	13	22	1.92
8385754--8386180	165	2.6	164	92	1	676	29	34	13	22	1.92
8390899--8390931	2	17.0	2	87	6	50	45	3	0	51	1.16
8391714--8391756	20	2.2	20	91	0	68	44	6	27	20	1.77
8405680--8405790	55	2.0	56	91	1	179	33	34	12	19	1.90
8407521--8407710	94	2.0	94	91	0	308	39	10	26	23	1.87
8416106--8416214	43	2.5	43	80	5	123	22	33	18	26	1.97
8419992--8420029	20	1.9	20	88	0	58	68	2	28	0	1.03
8419991--8420068	22	3.7	20	75	20	61	66	1	30	1	1.07
8420655--8420711	2	28.0	2	82	10	71	47	0	5	47	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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