genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26303135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21213960--21214039	40	2.0	41	87	2	117	18	20	22	38	1.93
21215482--21215537	5	10.8	5	78	14	60	19	1	3	75	1.05
21215481--21215538	11	5.5	11	76	10	50	18	1	3	75	1.03
21215480--21215546	27	2.4	28	74	16	68	20	1	2	74	1.03
21215471--21215590	15	8.2	15	65	17	65	21	5	2	70	1.21
21215686--21215754	16	4.6	14	76	20	52	17	2	2	76	1.03
21215701--21215757	18	3.2	18	76	16	64	17	1	1	78	0.91
21215924--21215957	17	2.0	17	94	0	59	26	0	0	73	0.83
21216907--21217097	71	2.7	71	93	0	310	7	33	27	30	1.85
21218833--21218922	9	8.4	11	75	19	59	27	1	2	68	1.08
21218843--21218922	6	11.9	7	77	19	66	27	0	2	70	1.01
21218855--21218921	3	22.7	3	81	14	77	26	0	2	70	1.02
21218833--21218921	19	4.8	19	81	14	91	28	1	2	68	1.08
21218855--21218896	22	1.9	22	100	0	84	28	0	2	69	1.01
21218835--21218924	25	3.7	25	83	14	93	27	1	2	68	1.08
21219583--21219621	20	2.0	20	89	0	60	17	43	17	20	1.88
21229495--21229545	6	8.5	6	77	16	52	17	0	1	80	0.81
21229495--21229577	25	3.3	24	79	14	80	18	2	2	77	0.99
21229501--21229579	31	2.6	30	82	9	88	17	3	1	77	0.99
21229530--21229569	22	1.9	20	85	10	53	15	5	2	77	1.04
21229502--21229577	8	9.9	8	70	23	56	18	2	1	77	0.95
21229794--21229845	22	2.5	20	85	14	70	26	1	0	71	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21231237--21231282	23	2.0	23	83	4	58	8	8	4	78	1.09
21241084--21241112	12	2.3	13	94	5	51	51	17	0	31	1.45
21242058--21242085	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
21246787--21246886	49	2.0	49	96	0	182	32	28	11	29	1.91
21247174--21247203	5	5.8	5	92	7	51	16	3	0	80	0.85
21247367--21247422	17	3.2	17	79	2	67	17	1	3	76	1.01
21247589--21247623	17	2.0	18	88	5	54	22	0	0	77	0.78
21247595--21247637	20	2.0	22	91	8	72	25	2	0	72	0.97
21248570--21248750	71	2.5	71	87	3	240	9	34	26	28	1.89
21248757--21248795	20	2.0	20	89	0	60	17	43	17	20	1.88
21250232--21250797	291	1.9	290	98	0	1098	31	9	19	38	1.85
21258645--21258723	29	2.7	29	81	13	92	48	0	1	49	1.09
21262417--21262471	27	2.0	27	89	0	83	34	21	16	27	1.95
21262448--21262515	33	2.1	33	83	5	84	35	22	13	29	1.92
21273488--21273519	2	17.0	2	87	12	50	46	0	0	53	1.00
21273478--21273519	9	4.3	9	88	11	57	45	0	2	52	1.13
21290529--21290558	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21304166--21304213	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83
21307777--21307858	41	2.0	41	85	0	110	25	25	18	30	1.98
21307818--21307949	60	2.2	60	83	5	176	31	27	12	28	1.93
21309366--21309395	6	5.0	6	95	0	51	53	0	46	0	1.00
21310065--21310103	19	2.0	19	90	5	60	46	2	5	46	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21317239--21317275	17	2.2	17	100	0	74	21	8	35	35	1.83
21320546--21320640	2	48.0	2	81	15	101	46	3	1	48	1.25
21324662--21324702	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
21332972--21333007	14	2.6	14	86	4	56	69	0	2	27	1.02
21334253--21334699	223	2.0	225	84	4	589	45	4	7	42	1.52
21334678--21334721	23	2.0	23	86	4	63	47	4	0	47	1.22
21336036--21336065	11	2.7	11	89	0	51	90	0	10	0	0.47
21336768--21336830	21	3.3	21	68	32	68	26	11	22	39	1.87
21336760--21336832	36	2.0	36	100	0	146	24	10	24	39	1.87
21360774--21360819	15	3.0	16	87	9	69	69	2	0	28	1.00
21360774--21360819	8	6.0	8	80	10	51	69	2	0	28	1.00
21361152--21361186	13	2.8	12	91	8	52	80	0	0	20	0.72
21366599--21368197	664	2.4	656	83	6	2018	53	13	10	21	1.70
21370210--21370248	19	2.1	19	100	0	78	38	5	10	46	1.60
21370499--21370573	30	2.5	31	76	8	93	29	18	37	14	1.91
21381734--21381782	19	2.6	19	84	9	57	6	10	36	46	1.63
21400340--21400372	13	2.5	13	95	0	57	12	30	24	33	1.91
21410034--21410305	136	2.0	135	98	0	526	33	12	20	32	1.91
21422400--21422470	16	4.3	16	76	13	63	57	1	0	40	1.07
21422371--21422470	35	3.0	31	76	13	101	56	2	0	42	1.11
21422371--21422468	30	2.9	35	70	19	89	56	2	0	41	1.11
21424632--21424671	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21427105--21427133	6	4.8	6	100	0	58	13	68	0	17	1.20
21430000--21430069	29	2.4	28	81	9	86	20	27	8	44	1.80
21436791--21436854	29	2.2	30	83	8	87	18	26	7	46	1.76
21437081--21437105	13	1.9	13	100	0	50	20	32	0	48	1.50
21441510--21441538	14	2.0	15	93	6	51	37	0	6	55	1.27
21442753--21442787	13	2.7	13	87	12	54	37	2	0	60	1.12
21450522--21450573	24	2.2	24	100	0	104	11	25	11	51	1.71
21469407--21469467	18	3.1	20	80	17	74	44	0	0	55	0.99
21469665--21469719	28	1.9	29	88	3	85	70	0	0	29	0.87
21469659--21469730	27	2.7	27	84	2	92	66	0	0	33	0.92
21470050--21470090	2	20.5	2	100	0	82	0	51	0	48	1.00
21472013--21472041	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
21480541--21480568	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
21483082--21483148	33	2.0	33	97	0	125	20	28	20	29	1.98
21495426--21495692	131	2.0	132	97	0	500	42	13	20	23	1.87
21500244--21500400	78	2.0	78	100	0	314	35	15	20	28	1.93
21533858--21533885	5	5.6	5	100	0	56	60	0	21	17	1.36
21536386--21536448	27	2.3	27	100	0	126	23	26	33	15	1.95
21552945--21552975	14	2.2	14	94	0	53	32	3	0	64	1.09
21553160--21553188	12	2.3	13	94	5	51	55	0	0	44	0.99
21554590--21554624	14	2.4	15	90	4	54	74	0	2	22	0.95
21554600--21554638	20	2.0	20	90	10	62	76	2	0	20	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21555421--21555473	22	2.5	21	84	9	63	26	5	0	67	1.12
21555842--21555880	11	3.2	12	89	10	62	64	0	0	35	0.94
21555845--21555879	17	2.0	18	94	5	63	68	0	0	31	0.90
21555842--21555880	6	6.5	6	88	11	62	64	0	0	35	0.94
21565615--21565639	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
21575060--21575085	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
21583550--21583578	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21592103--21592135	7	4.7	7	100	0	66	27	12	30	30	1.92
21622296--21622384	2	44.5	2	80	8	101	46	3	49	0	1.18
21629690--21629724	17	2.0	18	88	5	54	54	0	2	42	1.15
21634593--21634638	3	15.3	3	95	0	83	65	0	34	0	0.93
21634593--21634649	9	6.3	9	91	0	60	59	0	36	3	1.14
21635299--21635340	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
21636474--21636503	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21648307--21648331	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
21653984--21654070	42	2.1	42	95	0	156	48	17	13	20	1.81
21656524--21656619	49	2.0	49	87	0	138	51	12	21	14	1.75
21670189--21670219	8	3.9	8	95	0	53	87	0	0	12	0.55
21688063--21688146	30	2.8	30	85	5	107	47	3	10	38	1.56
21707349--21707399	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
21709843--21709893	25	2.0	25	85	7	68	50	1	1	45	1.24
21709992--21710033	20	2.2	20	86	4	59	52	0	2	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21710688--21710726	2	19.5	2	94	0	69	0	46	0	53	1.00
21726037--21726105	32	2.2	33	79	10	81	62	4	5	27	1.37
21726359--21726403	19	2.3	20	84	3	56	64	8	2	24	1.34
21741102--21741127	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21743192--21743924	253	2.9	252	78	5	735	36	10	12	40	1.78
21744653--21744680	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21750642--21750687	23	2.0	23	91	0	74	36	10	10	41	1.75
21764217--21764247	16	1.9	16	93	0	53	29	19	3	48	1.64
21773308--21773349	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
21791460--21791563	52	2.0	54	88	3	158	28	21	7	42	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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