genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26303135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          65   66   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8748709--8748829	37	3.3	37	87	2	172	23	33	12	29	1.92
8749328--8749367	20	2.0	20	90	4	64	40	15	22	22	1.91
8757170--8757227	28	2.1	28	81	15	68	24	18	22	34	1.96
8757281--8757318	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
8761468--8761507	5	8.0	5	91	0	62	37	22	0	40	1.54
8761550--8761593	15	2.9	15	80	9	54	50	18	4	27	1.66
8762994--8763018	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
8768260--8770155	170	11.3	169	72	11	1007	35	14	12	37	1.85
8768260--8769498	171	7.4	170	75	10	659	35	14	12	37	1.85
8768998--8769286	152	1.9	152	82	4	359	37	15	12	35	1.84
8774137--8774179	2	21.0	2	85	4	59	48	2	2	46	1.27
8775710--8775744	18	2.0	18	88	5	54	68	0	31	0	0.90
8776813--8777029	61	3.6	61	84	3	276	25	16	30	27	1.96
8776813--8777041	122	1.9	122	85	1	316	25	16	31	27	1.96
8780713--8780743	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
8783041--8783150	43	2.6	43	78	11	118	21	32	20	24	1.98
8785206--8788945	170	22.1	170	73	6	2469	33	14	14	37	1.86
8786357--8787590	513	2.4	509	84	3	1548	34	12	14	39	1.84
8784576--8788765	846	5.0	840	80	7	3199	34	14	14	37	1.86
8785234--8788926	676	5.5	668	73	8	1806	33	14	14	37	1.86
8791437--8791556	35	3.5	35	74	2	125	25	10	28	35	1.90
8798037--8798065	14	2.0	15	93	6	51	44	27	6	20	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8800261--8800319	26	2.3	26	79	5	66	1	28	3	66	1.18
8808945--8808969	13	1.9	13	100	0	50	64	24	0	12	1.27
8814355--8814397	21	2.0	21	81	0	50	30	9	34	25	1.87
8819562--8819620	26	2.3	26	79	5	66	1	28	3	66	1.18
8821058--8821317	141	1.8	141	81	4	328	31	20	13	34	1.91
8821178--8823278	171	12.3	171	75	9	1288	34	13	13	38	1.85
8821178--8823113	340	5.7	339	76	7	1512	34	13	13	38	1.85
8821178--8823158	511	3.9	502	76	7	1412	34	13	13	37	1.85
8821948--8823287	507	2.6	503	77	7	1071	34	13	14	38	1.85
8823808--8823867	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
8826419--8829220	171	16.5	168	75	8	1822	34	14	13	37	1.85
8826405--8831252	511	9.5	509	74	9	3016	34	14	13	37	1.85
8826603--8831634	677	7.5	675	73	10	1995	34	14	13	37	1.86
8826406--8831261	170	28.6	170	71	10	2203	34	14	13	37	1.85
8829219--8829256	18	2.1	18	100	0	76	15	10	10	63	1.52
8829634--8831104	508	2.9	503	78	6	1303	35	14	13	36	1.85
8826419--8829579	171	18.5	169	73	9	1672	34	14	13	37	1.85
8831301--8831660	170	2.1	170	82	2	436	34	15	14	35	1.88
8832406--8832563	67	2.4	67	82	2	174	28	13	25	32	1.93
8833783--8833823	21	1.9	21	85	5	55	58	7	26	7	1.51
8836810--8836849	18	2.2	18	86	8	55	60	12	17	10	1.59
8839623--8839678	2	30.0	2	86	13	84	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8846981--8847112	43	3.1	43	83	0	174	25	17	35	21	1.95
8847104--8847162	23	2.6	23	97	0	109	23	3	42	30	1.71
8849949--8849989	21	1.9	21	85	5	55	48	7	26	17	1.73
8849948--8849995	21	2.2	21	77	3	51	56	6	22	14	1.61
8860025--8860082	29	2.0	29	93	0	98	1	17	0	81	0.78
8860031--8860083	4	14.0	4	88	4	67	1	20	0	77	0.87
8860220--8860311	33	2.7	33	89	6	130	23	27	6	42	1.79
8863945--8864254	171	1.8	167	83	5	408	35	13	13	37	1.85
8864263--8866276	170	11.9	168	75	7	1383	33	14	14	36	1.87
8864263--8866276	171	11.9	167	74	8	1334	33	14	14	36	1.87
8864345--8866263	339	5.6	336	75	7	1348	33	15	14	36	1.87
8866279--8869428	171	18.6	171	74	7	2194	34	14	14	36	1.86
8866295--8869423	342	9.2	342	75	7	2438	34	14	13	36	1.86
8866418--8869428	853	3.5	842	76	8	2228	34	14	13	36	1.86
8870440--8870810	169	2.2	172	80	4	421	35	15	14	34	1.88
8870440--8870886	172	2.6	169	77	7	415	36	15	12	35	1.86
8871085--8872203	171	6.7	169	73	9	756	34	14	13	37	1.86
8872376--8872423	19	2.6	19	83	3	62	58	0	4	37	1.18
8872376--8872421	18	2.5	19	85	3	58	60	0	4	34	1.16
8879197--8879291	36	2.6	34	82	11	102	27	35	9	27	1.88
8879214--8879291	34	2.2	37	86	6	108	32	33	11	23	1.90
8894254--8894329	34	2.2	35	81	13	86	34	30	10	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8905444--8906602	171	6.8	171	81	4	1165	34	13	13	37	1.85
8907916--8908145	77	3.0	77	92	0	370	39	9	13	37	1.78
8909984--8910031	22	2.2	22	84	0	60	27	18	22	31	1.97
8910290--8910423	37	3.4	37	71	18	110	23	41	12	21	1.88
8911318--8911356	20	2.0	20	84	0	51	38	5	33	23	1.77
8911368--8911457	47	1.9	47	93	0	153	34	21	7	36	1.82
8916817--8916925	37	2.9	37	90	0	182	22	39	11	26	1.88
8916818--8916938	37	3.3	37	88	2	181	24	37	9	28	1.87
8917438--8917477	20	2.0	20	85	4	55	40	12	22	25	1.89
8919443--8919719	35	7.9	35	80	5	265	43	13	6	36	1.70
8919464--8919712	107	2.4	105	82	4	308	43	13	6	36	1.69
8927602--8927829	35	6.5	35	82	3	251	42	14	7	35	1.75
8927602--8927815	107	2.0	106	85	4	288	43	15	7	34	1.74
8932429--8932478	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
8932515--8932685	61	2.8	60	91	3	261	24	33	19	22	1.97
8937101--8937271	61	2.8	60	82	1	189	28	30	16	23	1.97
8943861--8943944	42	2.0	42	90	0	132	23	35	22	17	1.95
8947686--8947791	38	2.7	39	85	5	135	20	16	38	23	1.93
8954878--8954941	19	3.4	19	91	0	92	39	6	21	32	1.79
8958474--8958586	35	3.2	35	84	3	147	31	9	32	25	1.88
8966625--8966706	43	1.9	43	84	0	110	25	15	35	23	1.94
8967129--8967214	39	2.2	39	87	0	127	30	18	17	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8972919--8973995	230	4.7	225	75	10	799	36	11	15	36	1.84
8973375--8973995	221	2.8	222	80	7	628	36	12	16	35	1.85
8973189--8976613	484	7.2	455	72	14	1821	38	11	13	36	1.81
8972919--8976613	243	15.5	229	71	13	1808	37	11	13	37	1.81
8974615--8974665	25	2.0	25	92	0	84	19	23	13	43	1.87
8973580--8976613	243	12.6	239	74	10	2253	38	10	13	37	1.80
8976193--8976224	11	2.9	11	95	0	55	75	6	0	18	1.01
8975256--8976613	475	2.8	473	79	6	1306	37	11	13	37	1.80
8974668--8976613	718	2.7	704	80	6	2044	38	10	13	37	1.79
8985699--8985727	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
8989599--8989717	37	3.2	37	89	2	168	26	10	37	25	1.87
8989777--8989803	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
8997067--8997108	20	2.2	19	84	16	52	30	2	26	40	1.69
8997103--8997211	37	2.9	36	84	8	148	29	9	34	26	1.87
9002217--9002319	38	2.6	39	83	3	118	22	20	36	20	1.95
9002357--9002381	10	2.5	10	100	0	50	36	0	12	52	1.39
9002703--9002743	21	2.0	21	90	0	64	39	12	24	24	1.89
9004844--9004868	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
9009869--9009901	5	6.8	5	86	6	50	39	18	3	39	1.66
9021554--9021586	11	3.0	11	95	0	57	66	0	0	33	0.92
9023785--9023830	11	4.3	11	88	5	76	65	10	23	0	1.24
9023785--9023830	21	2.1	21	92	4	74	65	10	23	0	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9030103--9030134	11	2.6	13	90	9	50	34	0	18	46	1.49
9036899--9036937	12	3.0	13	81	11	53	0	30	0	69	0.89
9036873--9036996	60	2.1	60	92	1	205	2	31	8	57	1.43
9036968--9037017	18	2.7	18	84	3	55	2	32	0	66	1.03
9036984--9037045	24	2.6	25	73	21	69	3	32	0	64	1.09
9036985--9037044	23	2.9	22	77	20	58	3	31	0	65	1.09
9057850--9057926	35	2.2	35	83	0	91	18	25	18	37	1.93
9058810--9059278	242	1.9	243	84	1	627	36	9	14	39	1.79
9059666--9059699	16	2.2	16	89	5	52	14	2	14	67	1.34
9062249--9062370	42	2.9	42	79	4	138	27	17	32	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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