genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26303135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   66   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14702465--14702552	40	2.2	40	87	2	124	35	25	18	21	1.95
14703828--14703865	19	2.0	20	94	5	69	36	15	26	21	1.93
14708651--14708686	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
14708646--14708684	19	2.1	19	95	0	69	43	2	0	53	1.14
14710277--14710379	38	2.6	40	84	3	129	24	38	15	21	1.92
14722162--14722436	144	1.9	144	84	1	363	43	11	9	35	1.74
14731557--14731595	20	2.0	20	85	10	53	43	20	5	30	1.73
14736845--14736913	35	2.0	35	97	0	129	49	10	8	31	1.67
14741617--14741748	60	2.2	60	93	0	219	33	23	21	21	1.97
14742115--14742224	43	2.6	43	91	0	166	19	34	20	26	1.96
14744468--14744504	17	2.2	17	90	0	56	10	35	21	32	1.88
14820211--14820360	42	3.6	42	78	6	155	27	16	33	23	1.95
14821701--14821810	31	3.5	31	82	7	132	58	1	17	22	1.48
14822530--14822591	26	2.4	26	91	0	97	38	6	16	38	1.74
14822594--14822725	59	2.2	59	84	5	160	28	9	23	38	1.85
14849591--14849635	2	22.5	2	95	0	81	46	0	2	51	1.13
14849680--14849830	42	3.6	42	81	0	176	23	32	19	23	1.98
14856754--14856783	12	2.6	11	90	10	51	86	0	13	0	0.57
14856752--14856788	17	2.1	18	90	5	58	81	0	18	0	0.70
14857187--14857234	21	2.3	21	82	3	53	20	4	12	62	1.46
14860424--14860464	21	2.0	21	90	0	64	17	29	7	46	1.74
14861029--14861114	43	2.0	43	86	4	120	23	17	36	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14870175--14870225	18	2.8	20	80	16	58	3	27	0	68	1.07
14870179--14870248	22	3.2	21	84	8	77	2	28	0	68	1.04
14870209--14870253	14	3.0	14	81	12	54	0	33	2	64	1.06
14883574--14883613	17	2.4	17	87	8	55	10	22	22	45	1.82
14892586--14892688	38	2.6	39	81	6	120	20	15	39	24	1.91
14893104--14893147	21	2.1	21	82	0	52	25	27	18	29	1.98
14897699--14897800	38	2.6	40	84	7	131	20	16	40	22	1.91
14901842--14901874	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
14901811--14901940	65	2.0	64	95	1	233	47	3	8	40	1.49
14901907--14901939	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
14902579--14902755	59	3.0	59	89	2	257	20	14	16	48	1.80
14903764--14903828	26	2.5	27	76	11	66	29	3	1	66	1.16
14903765--14903821	19	3.1	19	76	20	59	28	1	1	68	1.09
14903799--14903828	12	2.4	13	94	5	53	30	3	0	66	1.07
14903956--14904019	15	4.1	16	78	13	62	26	1	1	70	1.05
14903967--14904021	14	3.8	15	76	7	51	25	1	1	70	1.06
14903956--14904000	16	2.8	16	83	9	56	24	2	2	71	1.09
14903981--14904024	17	2.7	16	83	13	54	22	0	2	75	0.92
14903987--14904025	17	2.2	18	90	4	62	23	0	2	74	0.94
14922046--14922110	26	2.5	27	76	11	66	29	3	1	66	1.16
14922047--14922103	19	3.1	19	76	20	59	28	1	1	68	1.09
14922081--14922110	12	2.4	13	94	5	53	30	3	0	66	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14922207--14922321	32	3.6	31	68	21	87	36	7	6	48	1.57
14922181--14922308	64	2.0	63	93	1	220	37	9	7	45	1.64
14922308--14922341	7	4.6	7	86	13	50	17	0	2	79	0.86
14922303--14922336	16	2.1	16	94	0	59	20	0	2	76	0.92
14922308--14922356	23	2.0	23	84	11	62	22	0	2	75	0.90
14935086--14935110	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
14941195--14941264	4	17.8	4	76	15	58	0	30	0	70	0.88
14941194--14941264	22	3.4	22	75	11	60	0	30	0	69	0.89
14941197--14941283	36	2.5	35	80	14	101	0	33	0	66	0.92
14941541--14941565	12	2.1	12	100	0	50	8	8	0	84	0.79
14944393--14944452	30	2.1	30	81	6	70	31	8	21	38	1.83
14953788--14953843	2	28.0	2	88	0	85	48	3	1	46	1.30
14953858--14953894	8	4.6	8	89	0	56	29	0	18	51	1.47
14953894--14953961	8	8.5	8	79	12	68	50	22	0	27	1.49
14953894--14953961	14	4.9	14	83	10	68	50	22	0	27	1.49
14953901--14953957	12	4.9	12	78	8	55	50	21	0	28	1.48
14960951--14960983	17	1.9	17	88	11	50	12	30	24	33	1.91
14968705--14968748	22	2.0	22	86	0	61	27	4	25	43	1.74
14968792--14968817	5	5.2	5	100	0	52	42	0	19	38	1.51
14985488--14985528	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
14985488--14985532	20	2.2	21	84	11	58	55	6	22	15	1.63
14985486--14985533	21	2.3	20	79	10	60	56	6	22	14	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14989584--14989717	42	3.2	42	89	3	189	24	33	16	25	1.96
15000642--15000678	19	1.9	19	94	0	65	32	27	18	21	1.97
15006455--15006548	22	4.3	22	77	5	84	20	14	23	41	1.89
15006450--15006548	43	2.3	44	83	3	128	20	14	24	41	1.89
15006457--15006540	22	3.9	21	79	3	87	20	16	23	39	1.92
15006552--15006626	23	3.3	23	80	10	82	33	30	13	22	1.92
15006612--15006758	21	6.9	21	74	4	98	38	26	14	20	1.92
15006634--15006695	22	2.8	22	80	0	79	41	19	12	25	1.87
15019159--15019204	21	2.0	24	84	12	62	43	8	30	17	1.79
15028487--15028599	42	2.7	42	83	1	136	22	32	20	24	1.98
15032525--15032580	25	2.2	24	75	9	58	16	23	14	46	1.83
15032562--15032615	28	1.9	28	88	0	81	11	24	12	51	1.72
15037511--15037535	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
15038316--15038441	42	3.0	42	81	3	119	26	17	33	22	1.96
15039488--15039517	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
15049407--15049658	35	7.2	35	81	4	269	44	13	5	36	1.69
15049407--15049658	107	2.4	104	80	5	294	44	13	5	36	1.69
15049386--15049651	142	1.9	139	87	3	390	43	14	6	35	1.72
15054217--15054246	15	1.9	16	93	6	53	30	20	23	26	1.98
15055641--15055679	2	18.5	2	89	10	60	48	5	0	46	1.24
15058269--15058309	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
15058269--15058313	20	2.2	21	84	11	58	55	6	22	15	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15058267--15058314	21	2.3	20	79	10	60	56	6	22	14	1.61
15065679--15065704	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15066343--15066396	23	2.3	23	96	0	99	40	14	31	12	1.84
15067096--15067194	49	2.0	48	96	1	180	35	20	10	33	1.86
15069043--15069167	43	2.9	43	85	3	146	24	32	16	27	1.96
15076891--15077012	42	2.9	41	85	3	145	22	35	16	25	1.95
15078267--15078359	47	2.0	47	95	0	168	24	17	29	29	1.97
15091298--15091360	20	3.2	20	90	2	101	30	41	3	25	1.71
15091359--15091477	43	2.8	43	89	2	168	19	37	21	21	1.94
15095473--15095514	14	2.9	15	79	6	52	0	28	0	71	0.86
15098537--15098703	61	2.7	61	83	0	208	25	28	18	28	1.98
15105590--15105753	61	2.7	61	88	1	231	26	30	17	26	1.97
15108517--15108575	31	1.9	31	92	0	100	32	3	18	45	1.66
15111085--15111145	29	2.0	31	84	12	83	31	14	27	26	1.95
15111118--15111182	34	1.9	34	87	6	96	16	13	33	35	1.89
15111116--15111197	34	2.4	34	79	4	94	18	13	34	34	1.90
15112510--15112620	50	2.2	50	81	1	123	37	11	22	27	1.89
15114843--15114948	36	2.9	36	83	5	142	36	15	27	20	1.92
15119132--15119172	3	13.7	3	80	19	50	73	0	0	26	0.84
15119132--15119173	12	3.5	11	84	15	57	73	0	0	26	0.83
15119673--15119763	17	5.9	15	75	12	78	72	1	2	24	1.02
15119673--15119762	8	11.5	8	72	11	71	73	1	2	23	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15119679--15119763	20	4.1	20	73	13	75	71	1	2	24	1.04
15143300--15143404	54	1.9	54	98	0	201	25	41	14	18	1.88
15144256--15144292	19	1.9	19	89	10	58	70	2	21	5	1.20
15145136--15145166	10	3.1	10	100	0	62	58	0	41	0	0.98
15145792--15145910	42	2.8	42	84	2	150	26	19	31	21	1.97
15145843--15145932	42	2.1	42	83	0	108	28	21	28	21	1.98
15146248--15146349	39	2.6	39	93	0	168	22	14	25	37	1.92
15147452--15147490	19	2.2	18	86	13	55	43	0	0	56	0.99
15151407--15151437	12	2.5	13	89	10	55	22	32	0	45	1.53
15152635--15152783	54	2.8	54	92	2	237	26	37	16	20	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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