genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26303135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   66   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2343278--2343318	20	2.0	21	86	9	59	17	2	9	70	1.25
2350313--2350353	20	2.0	20	85	0	55	31	4	0	63	1.15
2350690--2350727	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
2353549--2353592	22	2.0	22	82	8	54	6	6	6	79	1.06
2356846--2356881	19	2.0	17	89	10	54	25	0	8	66	1.19
2357219--2357264	22	2.1	22	95	0	83	26	17	41	15	1.88
2369690--2369756	13	5.0	13	76	18	66	44	11	0	43	1.41
2369690--2369779	42	2.2	41	95	2	162	46	10	0	43	1.37
2374722--2374759	17	2.2	17	90	0	58	34	2	13	47	1.56
2375473--2375551	35	2.4	32	72	12	77	29	18	11	40	1.86
2375483--2375586	42	2.8	35	69	18	100	35	16	11	36	1.85
2375510--2375600	42	2.2	42	87	0	128	35	13	9	41	1.77
2387560--2387592	2	16.5	2	93	0	57	48	0	51	0	1.00
2388637--2388977	173	2.0	173	87	2	497	23	14	13	48	1.79
2397075--2397115	14	2.7	15	82	17	50	24	2	7	65	1.30
2411837--2411872	19	1.9	18	88	5	54	25	2	5	66	1.27
2413625--2413658	17	2.0	17	100	0	68	41	17	11	29	1.85
2415089--2415166	26	3.0	25	92	3	129	35	15	21	26	1.93
2415089--2415161	25	3.0	24	86	7	78	35	16	20	27	1.94
2420254--2420340	9	8.3	11	72	20	55	0	34	0	64	0.94
2420247--2420339	7	13.7	7	73	20	65	0	34	0	64	0.94
2420273--2420332	13	4.6	13	75	19	54	0	33	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420247--2420340	20	4.7	20	82	15	113	0	34	0	64	0.93
2432849--2432990	74	1.9	74	95	0	257	40	4	9	45	1.57
2433655--2433733	35	2.4	32	78	12	104	27	20	12	39	1.89
2433665--2433768	42	2.7	37	82	15	140	34	17	12	35	1.87
2433692--2433782	42	2.2	42	93	0	155	34	14	10	40	1.81
2434140--2434193	26	2.0	28	89	7	85	27	25	1	44	1.64
2436704--2436843	75	1.9	74	92	4	237	39	5	9	46	1.58
2437599--2437652	13	4.0	13	77	17	56	37	0	0	62	0.95
2437594--2437656	28	2.3	29	78	15	71	38	0	0	61	0.96
2437594--2437630	13	2.6	14	87	12	58	45	0	0	54	1.00
2468222--2468307	43	2.0	43	97	0	163	17	25	11	45	1.82
2471144--2471172	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2474833--2474953	59	2.1	58	81	4	136	22	23	14	39	1.90
2477022--2477071	18	2.8	19	90	6	70	26	12	20	42	1.86
2477167--2477220	25	2.3	24	81	12	67	40	0	1	57	1.09
2477211--2477255	19	2.4	19	85	3	56	26	0	6	66	1.16
2477317--2477356	9	4.4	9	80	0	53	30	7	17	45	1.76
2477324--2477358	18	1.9	18	94	0	61	31	8	17	42	1.79
2477667--2477774	54	2.0	53	90	1	171	45	11	11	32	1.75
2484259--2484283	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2486987--2487029	19	2.3	18	81	14	52	46	2	0	51	1.13
2487876--2487942	34	2.0	34	87	0	98	28	14	17	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489435--2489724	60	4.9	60	84	2	345	24	31	18	25	1.98
2490390--2490429	13	3.2	12	80	13	53	25	0	0	75	0.81
2490575--2490618	18	2.5	17	82	10	52	2	25	0	72	0.96
2490562--2490608	10	4.7	10	79	15	53	2	29	0	68	1.02
2490553--2490622	23	2.9	24	78	18	74	2	30	0	67	1.05
2491369--2491490	34	3.6	34	77	2	102	35	22	13	28	1.92
2491418--2491580	34	4.8	34	76	0	128	35	25	14	25	1.93
2491503--2491602	34	3.0	34	83	1	112	41	25	12	22	1.88
2494601--2494631	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2500780--2500810	15	2.1	15	93	0	53	51	0	6	41	1.27
2503419--2503532	36	3.1	36	96	2	201	29	12	8	49	1.70
2504158--2504521	186	2.0	187	85	3	502	26	12	27	33	1.92
2506356--2506388	3	11.0	3	93	0	57	0	30	3	66	1.06
2515144--2515174	2	15.5	2	93	0	53	0	0	45	54	0.99
2521865--2521953	33	2.7	33	89	6	144	43	20	1	34	1.59
2524057--2524141	26	3.4	26	71	12	79	23	11	25	38	1.89
2525300--2525706	190	2.1	190	85	2	541	19	12	27	39	1.89
2525675--2525733	22	2.7	21	82	10	64	16	10	25	47	1.78
2525939--2526015	15	5.6	14	74	13	72	74	3	1	20	1.06
2525945--2526002	27	2.1	29	84	12	77	75	5	0	18	0.98
2526066--2526128	33	1.9	33	90	0	99	68	0	1	30	0.99
2533034--2533096	23	2.7	23	85	0	81	30	28	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2533589--2533626	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
2536205--2536264	22	2.7	23	75	17	63	20	10	23	46	1.80
2536572--2536629	23	2.5	23	80	0	62	36	25	13	24	1.92
2536636--2536725	23	3.9	22	68	12	65	30	26	12	31	1.92
2536509--2536680	92	1.9	92	84	4	231	32	26	12	28	1.92
2537123--2537174	26	2.0	26	92	0	86	55	9	13	21	1.66
2540869--2540926	23	2.6	22	81	8	64	39	24	12	24	1.89
2546172--2546283	56	2.0	56	87	0	161	42	7	19	30	1.78
2551846--2551875	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2553604--2553639	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2562000--2562059	17	3.7	17	78	10	72	56	0	0	43	0.99
2562002--2562062	15	3.9	15	75	25	56	54	0	0	45	1.00
2562004--2562080	21	3.6	21	77	16	61	50	1	1	46	1.17
2563946--2563978	16	2.2	16	89	10	52	81	3	0	15	0.80
2576296--2576342	23	2.0	23	87	0	67	19	10	6	63	1.47
2576418--2576456	14	2.6	15	88	8	53	71	5	20	2	1.17
2587482--2587513	16	2.0	16	100	0	64	25	25	12	37	1.91
2590658--2590738	32	2.5	33	78	9	96	50	1	0	48	1.08
2593594--2593624	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2593946--2593982	2	19.0	2	88	5	58	2	45	0	51	1.15
2593938--2593976	17	2.3	17	95	0	69	0	48	0	51	1.00
2593946--2593974	15	1.9	15	100	0	58	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2600481--2600576	24	4.0	24	93	0	165	25	25	36	13	1.92
2600606--2600780	15	11.7	15	75	2	154	41	23	15	20	1.90
2600606--2600780	30	5.8	30	91	2	244	41	23	15	20	1.90
2607382--2607421	16	2.4	18	80	20	59	37	7	0	55	1.29
2607488--2607558	22	3.0	22	75	17	70	50	0	1	47	1.09
2607482--2607556	8	9.4	8	72	20	59	50	0	1	48	1.09
2607884--2607940	27	2.1	27	81	9	64	36	7	0	56	1.27
2608991--2609024	15	2.2	16	89	5	52	79	0	2	17	0.86
2619029--2619093	21	3.1	21	79	0	76	26	27	13	32	1.94
2619029--2619115	42	2.1	42	84	0	111	25	27	12	34	1.92
2619084--2619142	21	2.8	21	84	5	57	25	27	5	42	1.76
2620550--2620584	17	2.1	16	89	5	52	57	0	0	42	0.99
2634167--2634314	72	2.1	72	98	0	287	45	6	2	43	1.44
2634321--2634394	29	2.5	29	82	8	96	39	9	2	48	1.50
2634323--2634404	30	2.8	29	85	5	103	37	9	2	50	1.49
2634323--2634419	30	3.3	30	82	7	92	41	9	2	47	1.47
2634812--2634881	29	2.4	29	80	4	70	50	2	4	42	1.37
2636263--2636422	87	1.8	87	89	2	250	40	15	15	28	1.88
2639314--2639390	16	4.7	16	70	8	57	53	1	0	45	1.08
2639367--2639391	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2639467--2639499	2	17.0	2	87	6	50	51	3	0	45	1.16
2640009--2640283	140	2.0	139	87	3	401	27	17	26	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654307--2654352	21	2.1	23	88	8	69	47	0	6	45	1.28
2657253--2657390	68	2.0	68	85	0	186	32	21	18	26	1.97
2657765--2657802	13	2.9	13	96	0	67	34	15	15	34	1.90
2666742--2666824	40	2.1	40	100	0	166	16	19	15	48	1.82
2671623--2671672	24	2.1	24	100	0	100	58	14	20	8	1.61
2674061--2674133	4	18.2	4	82	0	74	49	9	1	39	1.44
2674061--2674133	6	12.2	6	85	0	74	49	9	1	39	1.44
2674061--2674133	10	7.3	10	82	0	74	49	9	1	39	1.44
2674061--2674133	20	3.7	20	83	0	83	49	9	1	39	1.44
2676424--2676473	23	2.2	23	96	0	91	54	0	10	36	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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