genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26303135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   

This is table  63  of  66  ( 7821 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24547044--24547086	19	2.3	19	92	4	70	53	27	18	0	1.45
24548255--24548300	23	1.9	25	86	8	69	47	8	8	34	1.65
24563034--24563092	31	1.9	31	92	0	100	30	38	8	22	1.83
24564812--24564844	14	2.3	15	89	5	50	42	3	3	51	1.32
24564866--24564905	18	2.2	18	90	0	62	52	17	5	25	1.64
24568175--24568235	31	2.0	31	90	0	95	13	16	27	42	1.85
24586531--24586910	198	1.9	196	99	0	742	50	8	14	26	1.70
24587623--24587671	23	2.1	24	81	11	57	36	6	6	51	1.52
24588294--24588342	26	2.0	25	84	8	64	36	4	8	51	1.51
24588420--24588474	23	2.4	23	96	0	101	27	3	25	43	1.71
24591372--24591432	15	4.3	15	72	16	58	47	0	1	50	1.10
24591388--24591443	26	2.2	26	83	6	69	55	0	0	44	0.99
24600687--24600780	41	2.3	41	92	5	154	31	7	13	46	1.71
24645696--24645796	44	2.3	44	87	0	139	45	12	15	25	1.82
24655753--24655789	19	1.9	19	88	0	56	32	24	10	32	1.90
24661889--24661919	16	2.0	16	93	6	55	45	0	0	54	0.99
24665329--24665360	2	16.0	2	93	0	55	46	0	53	0	1.00
24672954--24672992	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
24682358--24682388	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
24685623--24685697	35	2.1	34	81	16	82	37	1	0	61	1.05
24685642--24685695	29	1.9	28	82	14	67	38	1	0	59	1.08
24686324--24686348	11	2.3	11	100	0	50	40	40	0	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24686471--24686498	4	7.0	4	100	0	56	50	0	50	0	1.00
24693321--24693352	17	2.0	17	88	11	50	15	18	9	56	1.66
24711004--24711036	15	2.2	15	94	0	57	78	0	21	0	0.75
24711648--24711686	15	2.6	14	88	11	60	41	33	0	25	1.56
24712515--24712556	14	3.0	14	79	10	50	42	35	0	21	1.53
24714025--24714054	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
24714291--24714335	20	2.2	21	84	4	56	71	0	6	22	1.09
24715238--24715299	17	3.2	20	69	19	60	72	4	3	19	1.17
24719874--24720006	40	3.3	40	73	10	146	49	1	3	44	1.29
24719878--24720000	38	3.2	38	71	15	133	50	1	4	43	1.31
24719861--24720019	79	2.0	78	95	2	291	50	1	3	43	1.31
24725275--24725313	14	2.9	14	85	11	55	28	2	5	64	1.28
24725275--24725313	12	3.0	13	88	7	53	28	2	5	64	1.28
24727623--24727660	17	2.3	17	90	4	60	36	0	0	63	0.95
24727893--24727948	17	3.4	17	76	18	73	48	3	0	48	1.19
24727898--24727950	15	3.4	15	75	10	61	45	3	0	50	1.19
24727889--24727953	32	2.0	32	100	0	130	43	6	0	50	1.27
24727984--24728030	12	4.0	12	79	20	55	25	0	2	72	0.96
24728212--24728259	17	2.9	17	78	6	55	0	31	0	68	0.90
24728220--24728286	6	11.0	6	72	19	50	0	29	1	68	0.98
24728209--24728282	32	2.3	34	83	9	100	0	32	1	66	1.00
24728220--24728286	11	5.5	12	78	15	50	0	29	1	68	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24728224--24728290	27	2.5	28	81	13	79	0	31	1	67	1.00
24728951--24728982	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
24729319--24729384	7	9.6	7	81	14	50	78	0	0	21	0.75
24729319--24729384	25	2.5	26	79	13	73	78	0	0	21	0.75
24729728--24729768	21	2.0	21	85	9	57	63	0	36	0	0.95
24729788--24729842	18	3.1	18	86	5	76	74	0	25	0	0.82
24729779--24729842	24	2.9	22	71	17	60	73	0	25	1	0.92
24729859--24729914	4	14.2	4	77	17	55	75	0	23	1	0.90
24729859--24729921	22	2.9	22	83	2	74	76	0	22	1	0.88
24729879--24729920	6	7.3	6	81	7	52	83	0	16	0	0.65
24729861--24729921	18	3.4	18	81	4	70	77	0	21	1	0.86
24729865--24729921	10	5.4	10	78	12	51	77	0	21	1	0.86
24729895--24729920	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
24730467--24730508	16	2.7	16	85	3	50	47	21	0	30	1.51
24730697--24730770	22	3.3	23	74	14	66	72	4	2	20	1.13
24730702--24730740	20	1.9	20	89	5	60	79	0	2	17	0.84
24732588--24732633	24	1.9	24	95	0	83	45	0	0	54	0.99
24732588--24732641	24	2.2	24	90	0	81	42	1	0	55	1.10
24734447--24734503	23	2.4	23	85	2	69	42	7	10	40	1.66
24744966--24745011	23	2.0	23	95	0	83	36	10	13	39	1.79
24748345--24748386	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
24749247--24749514	28	9.9	28	75	7	194	42	13	8	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24749247--24749483	55	4.4	55	82	5	293	41	13	9	35	1.78
24749284--24749483	107	1.9	108	88	3	305	42	14	9	34	1.78
24756044--24756081	13	3.0	13	92	3	60	28	0	5	65	1.14
24756186--24756256	37	1.9	36	85	2	97	32	9	12	45	1.75
24757515--24757554	19	2.1	19	85	4	53	47	10	5	37	1.59
24767051--24767100	21	2.5	20	83	9	57	40	2	16	42	1.59
24784388--24784461	29	2.6	29	82	4	89	40	5	9	44	1.60
24784452--24784515	26	2.4	26	87	7	85	31	9	7	51	1.62
24802877--24802941	25	2.7	26	79	15	86	52	0	0	47	1.00
24803445--24803512	30	2.3	30	89	5	111	54	4	2	38	1.36
24803445--24803533	30	3.0	29	80	8	90	57	5	3	33	1.39
24833601--24833643	21	2.0	21	81	9	50	48	6	0	44	1.29
24835882--24835996	49	2.3	50	84	3	151	26	22	14	36	1.93
24835803--24836198	79	5.0	80	70	17	252	26	21	13	37	1.91
24836044--24836190	77	1.9	78	90	2	233	28	23	10	38	1.87
24836123--24836235	49	2.3	50	85	3	147	25	23	14	36	1.93
24835798--24836235	241	1.8	241	89	3	693	26	21	14	37	1.92
24836213--24836249	17	2.2	17	90	0	56	24	24	16	35	1.95
24836291--24836367	31	2.5	31	89	0	118	27	20	12	38	1.89
24836162--24836300	68	2.0	68	92	0	233	25	23	14	35	1.93
24836507--24836624	51	2.3	50	77	9	123	25	19	16	38	1.92
24836606--24836840	31	7.7	31	75	15	177	25	21	14	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24836710--24836854	29	5.1	29	76	5	134	24	21	15	38	1.92
24836900--24836934	18	1.9	18	100	0	70	22	22	14	40	1.90
24837209--24837413	82	2.5	80	82	6	268	40	6	12	40	1.69
24842940--24842972	2	16.5	2	93	0	57	0	48	0	51	1.00
24844884--24844929	24	2.0	22	84	12	58	60	0	2	36	1.09
24845482--24845540	9	6.3	10	73	11	54	74	0	0	25	0.82
24858497--24858563	29	2.3	30	84	2	82	67	1	4	26	1.19
24865012--24865142	65	2.0	65	86	2	183	47	3	19	29	1.67
24889325--24889366	18	2.3	18	80	8	50	45	0	2	52	1.13
24889775--24889817	22	2.0	22	81	9	52	48	0	2	48	1.14
24889788--24889825	15	2.5	15	84	16	51	42	0	2	55	1.14
24889855--24889885	15	2.1	15	93	0	53	48	0	6	45	1.28
24890217--24890254	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
24889978--24890497	273	1.9	273	84	5	681	44	6	6	42	1.55
24890467--24890517	17	2.9	17	80	8	50	47	1	5	45	1.38
24892589--24892651	31	1.9	33	90	9	103	20	3	12	63	1.42
24894893--24894938	25	1.9	23	86	8	65	21	6	30	41	1.78
24913746--24913792	19	2.5	18	77	16	51	55	0	0	44	0.99
24914164--24914203	17	2.4	17	91	4	64	17	22	20	40	1.92
24934827--24934878	6	8.5	6	78	19	54	78	1	1	17	0.93
24935962--24936007	23	2.0	24	86	4	67	69	0	6	23	1.11
24947430--24947490	30	2.0	30	100	0	122	45	13	19	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24948110--24948165	2	28.0	2	92	0	94	46	0	3	50	1.19
24948113--24948176	6	10.3	6	91	6	56	43	1	6	48	1.37
24953830--24953925	22	4.4	21	69	17	61	39	1	3	56	1.22
24953826--24953954	66	2.0	66	93	0	222	38	2	3	55	1.31
24954362--24954388	12	2.2	12	100	0	54	70	14	0	14	1.17
24954611--24954638	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24958615--24958669	26	2.1	27	86	3	76	40	16	14	29	1.88
24958739--24959007	50	5.3	49	68	13	159	42	15	19	22	1.89
24958719--24959009	102	2.9	102	83	1	350	42	14	19	22	1.88
24960154--24960225	29	2.5	29	83	0	90	47	9	26	16	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66