genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26303135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2015190--2015273	38	2.2	38	93	0	141	30	10	45	13	1.77
2015017--2015361	137	2.5	137	91	0	539	26	14	44	15	1.84
2016372--2016401	15	1.9	16	93	6	53	56	0	3	40	1.16
2016548--2016574	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
2020042--2020088	15	3.1	15	84	12	60	61	2	2	34	1.20
2021976--2022023	25	1.9	25	82	0	60	31	0	0	68	0.90
2021973--2022033	32	1.9	32	83	6	79	34	0	0	65	0.93
2022070--2022181	16	6.9	16	73	18	72	49	2	0	47	1.22
2022071--2022205	8	17.5	8	68	17	56	50	2	0	46	1.19
2022001--2022110	56	2.0	56	83	15	140	41	0	0	57	1.05
2022120--2022208	25	3.6	25	79	11	94	50	1	0	48	1.08
2024372--2024411	17	2.2	20	86	13	59	52	5	0	42	1.23
2036771--2036804	2	17.5	2	87	6	52	52	0	2	44	1.16
2038174--2038240	12	5.2	12	73	16	62	41	0	0	58	0.98
2038170--2038242	26	2.8	27	93	6	132	43	0	0	56	0.99
2042523--2042836	165	1.9	166	90	2	499	24	12	20	42	1.87
2053406--2053574	90	1.9	90	82	7	218	31	10	12	46	1.75
2056899--2056980	29	2.9	29	87	1	103	39	21	19	19	1.93
2060212--2060242	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2066657--2066682	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2068999--2069042	22	2.0	21	91	4	70	52	0	0	47	1.00
2069208--2069241	16	2.2	16	89	5	52	52	11	23	11	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2071750--2071779	4	7.5	4	100	0	60	73	0	26	0	0.84
2075554--2075623	25	2.8	25	87	6	90	50	0	42	7	1.30
2075558--2075636	24	3.2	24	85	5	88	53	1	40	5	1.31
2075583--2075648	24	2.8	24	85	0	69	53	3	39	4	1.37
2077029--2077065	15	2.4	16	86	13	51	72	0	24	2	0.97
2078713--2078776	29	2.2	30	82	2	76	31	9	7	51	1.62
2080707--2080754	20	2.3	21	82	10	62	43	6	4	45	1.48
2084201--2084276	39	2.0	38	82	7	91	60	15	10	13	1.59
2090278--2090314	18	2.1	18	100	0	74	40	16	16	27	1.89
2091569--2091669	50	2.0	50	98	0	193	38	15	5	39	1.72
2095618--2095803	55	3.4	55	77	3	196	12	12	31	43	1.80
2095873--2095954	31	2.6	31	88	3	103	28	18	23	30	1.97
2099080--2099221	31	4.6	31	84	0	194	37	22	19	21	1.94
2099076--2099221	62	2.4	62	97	0	274	38	21	19	20	1.94
2099581--2099690	52	2.1	52	81	6	125	43	3	14	38	1.63
2099653--2099721	30	2.2	32	84	7	88	40	5	10	43	1.62
2099672--2099721	16	3.1	16	74	5	55	40	4	12	44	1.60
2100595--2100641	20	2.4	20	85	3	60	51	0	2	46	1.13
2101412--2101508	34	2.9	34	84	3	115	20	12	30	36	1.90
2101426--2101508	34	2.4	35	88	4	125	16	12	32	38	1.86
2101823--2101874	5	10.8	5	89	6	65	76	1	19	1	0.97
2101897--2101954	25	2.3	25	85	5	73	46	12	24	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104797--2105042	62	4.0	62	82	5	273	39	23	15	21	1.92
2104797--2105036	93	2.6	92	82	5	270	39	23	16	21	1.92
2104699--2105054	31	11.5	31	75	7	233	38	22	16	23	1.93
2105053--2105081	11	2.6	11	100	0	58	37	20	17	24	1.93
2107263--2107627	31	11.8	31	87	0	426	35	21	18	24	1.95
2108145--2108256	53	2.1	53	86	0	152	28	28	17	25	1.98
2108252--2108883	47	13.4	47	79	1	647	22	33	15	27	1.95
2111275--2111327	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
2112563--2112597	16	2.2	16	89	0	52	51	0	0	48	1.00
2116329--2116364	18	2.0	18	88	0	54	50	5	33	11	1.61
2127309--2127449	31	4.5	31	87	1	185	39	18	14	28	1.89
2128057--2128100	23	1.9	23	95	0	79	25	27	18	29	1.98
2128160--2128238	23	3.4	23	71	10	70	20	30	22	26	1.98
2128086--2128592	47	10.9	47	83	2	538	25	30	17	26	1.97
2128160--2128592	141	3.1	140	88	2	598	24	30	18	26	1.98
2128489--2128569	23	3.5	23	68	6	65	24	29	18	27	1.98
2128595--2128638	23	1.9	23	95	0	79	25	36	13	25	1.92
2128596--2128648	23	2.3	23	86	0	70	26	37	9	26	1.87
2152278--2152317	17	2.4	17	86	0	62	17	17	22	42	1.89
2156844--2156921	32	2.4	32	97	0	147	21	23	26	28	1.99
2164291--2164648	179	2.0	179	99	0	707	27	13	25	32	1.94
2171315--2171353	11	3.9	10	83	10	53	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173395--2173434	21	1.9	21	85	10	55	37	10	22	30	1.87
2176273--2176315	21	2.0	21	100	0	86	46	9	18	25	1.79
2179969--2180009	18	2.3	18	86	0	55	41	14	12	31	1.83
2181634--2181678	18	2.6	18	80	16	51	6	26	2	64	1.30
2193263--2193398	71	1.9	71	87	0	200	25	18	33	22	1.97
2193317--2193683	47	7.8	47	83	3	434	27	17	33	22	1.96
2193308--2193442	24	5.7	23	67	10	76	26	17	34	21	1.96
2193388--2193468	23	3.5	22	67	21	58	29	19	33	17	1.95
2193671--2193790	53	2.3	53	85	0	159	25	18	28	27	1.98
2194287--2194621	31	10.8	31	86	2	433	23	16	20	39	1.92
2201822--2201853	12	2.7	12	100	0	64	68	0	0	31	0.90
2204837--2204882	16	3.1	16	84	15	62	71	2	0	26	0.97
2204837--2204882	14	3.1	15	87	12	60	71	2	0	26	0.97
2204838--2204885	21	2.3	20	79	10	51	70	2	0	27	0.98
2208620--2208661	22	1.9	22	85	9	59	64	0	0	35	0.94
2209100--2209346	132	1.9	131	93	1	415	29	15	8	46	1.74
2209232--2210549	499	2.6	498	85	3	1756	34	10	6	48	1.63
2209232--2210568	252	5.3	250	85	3	1634	33	10	6	48	1.63
2212119--2212319	66	3.0	66	67	11	176	46	2	6	44	1.42
2219156--2219181	13	2.0	13	100	0	52	30	7	0	61	1.24
2219222--2219259	11	3.5	11	82	10	51	63	0	0	36	0.95
2227792--2227830	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232032--2232061	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2238928--2239020	34	2.6	35	80	10	100	58	5	7	29	1.48
2239087--2239173	25	3.5	25	92	3	131	42	8	16	33	1.77
2243645--2243706	25	2.5	25	83	0	79	38	8	19	33	1.81
2243802--2243900	39	2.7	38	90	6	150	54	12	6	27	1.60
2243898--2244252	39	9.5	38	80	10	389	28	7	11	52	1.64
2243906--2244252	74	4.7	73	81	10	400	28	7	12	52	1.65
2243906--2244246	113	3.1	110	80	9	354	28	7	12	51	1.66
2244248--2244417	50	3.4	50	86	4	236	30	11	15	41	1.83
2244250--2244435	99	1.9	99	84	2	248	31	11	15	41	1.83
2244374--2244622	87	2.8	86	81	7	270	33	10	13	41	1.79
2244572--2244651	38	2.1	38	88	4	117	35	12	17	35	1.88
2246393--2246438	23	2.0	23	83	8	58	34	8	21	34	1.84
2246933--2246992	30	2.0	29	87	3	84	43	10	15	31	1.79
2252702--2252789	45	2.0	45	93	0	149	45	11	34	9	1.72
2261132--2261157	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2263720--2263947	120	1.9	120	88	0	348	27	18	15	38	1.91
2279462--2279689	89	2.6	89	81	6	257	47	12	14	25	1.79
2283515--2283551	18	2.2	18	90	9	60	54	0	0	45	1.00
2284213--2284250	19	2.1	19	85	14	53	47	10	2	39	1.52
2285852--2285883	17	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
2307085--2307124	8	5.0	8	82	11	55	32	0	65	2	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2308217--2308557	173	2.0	173	89	2	524	23	14	13	48	1.79
2316279--2316315	16	2.4	15	86	8	56	18	2	2	75	1.04
2320726--2320771	20	2.3	20	88	7	67	32	4	17	45	1.68
2320816--2320868	28	1.9	27	88	3	79	30	18	22	28	1.98
2320816--2320874	28	2.1	28	84	6	75	30	20	23	25	1.98
2340035--2340072	18	2.1	18	90	9	60	26	5	0	68	1.11
2340071--2340100	13	2.3	13	100	0	60	33	6	6	53	1.53
2340421--2340458	20	1.9	20	84	10	51	15	10	7	65	1.45
2340895--2340998	44	2.4	44	93	1	174	20	40	23	16	1.91
2341004--2341254	129	2.0	127	91	1	412	9	33	31	25	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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