genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26303135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21804108--21804150	23	1.9	22	85	4	59	60	16	9	13	1.58
21811889--21811969	31	2.6	31	75	5	83	8	13	3	74	1.19
21814040--21814065	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21814146--21814222	19	4.1	20	67	21	58	55	0	0	44	0.99
21814209--21814251	22	2.0	22	90	0	68	74	2	0	23	0.93
21814403--21814448	18	2.6	18	92	0	74	50	21	8	19	1.75
21816343--21816377	16	2.2	16	95	5	63	60	11	11	17	1.59
21820061--21820113	13	4.4	13	72	13	51	58	9	3	28	1.47
21821027--21821200	90	1.9	89	86	5	244	43	15	10	30	1.81
21826531--21826559	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21831511--21831549	21	1.9	21	84	5	53	69	0	0	30	0.89
21833377--21833401	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
21833462--21833501	19	2.1	19	95	0	71	15	22	2	60	1.47
21844739--21844774	17	2.1	17	89	0	54	63	13	8	13	1.50
21848795--21848902	28	3.9	28	90	2	164	25	15	18	40	1.90
21848943--21849013	26	2.7	26	91	0	106	28	21	16	33	1.95
21852091--21852115	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
21855729--21855782	21	2.5	21	72	3	54	29	11	14	44	1.80
21855954--21856096	26	5.7	26	79	8	172	38	26	11	23	1.89
21856001--21856152	21	6.7	22	75	11	78	40	25	12	21	1.88
21855958--21856114	73	2.2	72	90	1	242	39	25	12	22	1.89
21856073--21856165	43	2.2	44	84	3	127	43	21	10	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21856105--21856165	22	2.9	21	73	11	61	40	19	11	27	1.86
21859310--21859340	15	2.1	15	100	0	62	32	6	25	35	1.82
21861015--21861064	23	2.2	24	78	10	59	50	0	4	46	1.20
21861987--21862032	24	1.9	24	82	8	58	73	2	2	21	1.04
21871056--21871098	22	2.0	22	85	0	59	60	2	2	34	1.22
21871895--21871943	16	3.1	15	81	18	64	30	0	0	69	0.89
21871905--21871956	18	2.8	18	78	13	61	30	1	0	67	1.02
21882888--21882917	13	2.3	13	100	0	60	13	0	6	80	0.91
21882913--21882977	9	7.2	9	72	18	55	30	1	0	67	1.00
21882913--21882956	23	1.9	23	85	0	61	29	2	0	68	1.02
21884299--21884330	7	4.4	7	92	7	55	71	0	0	28	0.86
21884299--21884342	15	3.0	15	87	9	56	68	0	0	31	0.90
21884603--21884835	117	2.0	115	97	2	441	55	6	13	24	1.61
21884616--21884893	117	2.4	117	85	5	310	57	5	12	24	1.57
21887697--21887855	42	3.6	43	75	16	164	25	19	11	43	1.85
21893001--21893242	128	1.9	128	90	0	385	14	28	7	48	1.71
21893451--21893537	44	2.0	44	86	0	120	21	12	18	47	1.82
21905593--21905651	2	30.5	2	86	6	86	49	1	0	49	1.11
21905593--21905643	19	2.7	19	96	0	93	50	1	0	47	1.12
21908115--21908269	72	2.1	76	87	8	228	37	10	14	36	1.82
21916794--21917048	127	2.0	127	89	1	386	32	9	22	35	1.87
21934255--21934279	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21939375--21939429	21	2.8	21	78	13	55	0	10	21	67	1.21
21946435--21946461	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
21946410--21946520	58	1.9	57	98	1	213	40	6	31	20	1.78
21946493--21946519	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
21962275--21962300	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21964920--21964980	21	2.8	22	78	9	63	21	6	26	45	1.76
21964918--21964985	22	3.1	22	76	4	75	20	5	27	45	1.74
21964922--21964995	22	3.4	22	75	3	69	21	4	25	48	1.67
21965020--21965088	23	3.0	24	73	12	74	34	27	8	28	1.87
21965026--21965177	79	1.9	76	83	7	189	40	25	10	23	1.87
21965135--21965187	21	2.5	21	78	0	61	37	24	13	24	1.91
21967233--21967281	22	2.2	22	88	0	71	22	10	22	44	1.82
21967333--21967447	26	4.6	26	70	14	98	44	25	7	22	1.79
21967436--21967495	21	2.9	21	70	9	50	45	18	13	23	1.84
21976135--21976169	13	2.5	14	90	9	54	45	0	0	54	0.99
21988079--21988116	20	1.9	19	89	5	58	42	10	0	47	1.38
21989636--21989859	119	1.9	121	86	3	328	60	3	4	31	1.32
21994671--21994711	21	1.9	21	85	5	55	68	14	0	17	1.22
22015239--22015332	46	2.1	43	80	7	109	54	0	2	42	1.12
22019962--22020041	41	2.0	41	90	5	126	42	16	3	37	1.66
22021755--22021787	16	2.1	15	94	5	57	45	6	9	39	1.61
22022491--22022531	19	2.2	19	100	0	82	29	9	14	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22022491--22022534	10	4.5	10	82	5	63	29	9	15	45	1.77
22022938--22022991	20	2.5	22	82	5	67	46	18	11	24	1.81
22039126--22039158	12	2.5	13	85	14	50	57	0	42	0	0.98
22039120--22039158	14	2.8	14	81	14	53	58	0	41	0	0.98
22040255--22040281	14	1.9	14	100	0	54	22	7	33	37	1.82
22040573--22040637	27	2.4	27	80	14	73	40	3	3	53	1.32
22040559--22040649	22	3.9	22	71	18	58	41	2	2	53	1.25
22053130--22053197	1	68.0	1	76	0	55	13	0	0	86	0.56
22053129--22053198	9	8.1	9	80	6	74	15	0	0	84	0.63
22053132--22053198	22	3.0	23	89	6	102	14	0	0	85	0.61
22053129--22053204	26	2.9	25	83	13	91	17	0	0	82	0.66
22053696--22053775	42	1.9	42	94	0	142	31	23	3	41	1.72
22056441--22056491	27	1.9	26	88	11	77	47	9	7	35	1.66
22060558--22060591	14	2.4	14	90	0	50	50	0	2	47	1.16
22063003--22063047	23	2.0	23	90	0	72	13	6	20	60	1.55
22067957--22068001	23	2.0	22	86	4	63	44	2	4	48	1.35
22076625--22076754	47	2.7	46	75	17	115	31	3	0	65	1.08
22076710--22076750	21	2.0	21	85	0	55	26	0	0	73	0.84
22076689--22076747	32	1.9	31	86	6	84	28	1	0	69	0.98
22076621--22076753	15	8.4	16	68	21	84	31	3	0	65	1.08
22077344--22077368	6	4.2	6	100	0	50	16	68	16	0	1.22
22092159--22092201	19	2.3	19	79	0	50	44	0	4	51	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22108689--22108713	13	1.9	13	100	0	50	32	8	24	36	1.84
22113187--22113251	21	3.2	21	76	12	73	32	41	10	15	1.81
22113209--22113242	6	5.7	6	100	0	68	35	35	14	14	1.87
22113205--22113248	12	3.7	12	87	0	52	34	43	11	11	1.77
22113205--22113248	18	2.4	18	84	0	70	34	43	11	11	1.77
22119244--22119278	11	2.9	12	87	12	54	17	25	0	57	1.40
22119244--22119277	12	2.9	11	91	8	50	17	26	0	55	1.42
22136996--22137029	17	2.0	17	94	0	59	26	11	29	32	1.92
22137108--22137154	11	4.5	10	79	15	51	51	2	0	46	1.13
22147062--22147092	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
22147072--22147139	29	2.4	28	78	9	75	48	0	1	50	1.10
22149146--22149227	40	2.0	40	97	0	155	37	19	9	32	1.85
22149289--22149317	15	1.9	15	100	0	58	27	20	17	34	1.95
22149472--22149516	21	2.1	21	87	0	63	75	2	22	0	0.91
22154123--22154286	55	3.0	55	79	1	186	33	6	17	43	1.73
22154175--22154325	81	1.9	81	87	0	221	33	4	15	45	1.67
22154144--22154340	27	7.3	27	78	4	182	33	6	16	43	1.74
22154164--22154340	81	2.2	82	77	8	207	33	6	16	43	1.73
22154969--22155041	22	3.1	22	79	13	67	43	4	2	49	1.36
22155000--22155060	32	1.9	32	83	12	81	44	3	0	52	1.17
22155494--22155536	13	3.3	13	77	9	52	46	0	2	51	1.13
22156491--22156565	36	2.1	37	97	2	143	28	16	26	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22160163--22160199	15	2.5	15	90	0	56	27	0	45	27	1.54
22160149--22160401	63	4.0	63	95	0	443	28	10	35	26	1.89
22160226--22160257	15	2.1	15	94	0	55	31	0	43	25	1.55
22171333--22171372	19	2.1	19	86	13	55	75	0	17	7	1.03
22174724--22174808	43	2.0	43	83	4	109	15	15	14	55	1.70
22182250--22182308	24	2.4	24	82	5	64	40	6	0	52	1.28
22183191--22183241	21	2.4	22	84	12	63	64	0	1	33	1.05
22190800--22190846	23	2.0	24	87	4	69	46	4	0	48	1.21
22190800--22190849	24	2.1	24	85	7	66	46	4	0	50	1.20
22197158--22197184	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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