genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26303135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7669353--7669414	19	3.1	19	72	20	54	74	1	22	1	1.00
7669350--7669418	33	2.2	33	82	10	81	72	1	24	1	1.01
7669504--7669577	10	7.0	10	72	17	60	74	0	25	0	0.82
7669501--7669576	23	3.3	23	85	7	100	75	0	25	0	0.81
7669501--7669563	19	3.6	18	77	18	78	76	0	23	0	0.79
7669720--7669760	11	3.8	11	78	18	50	65	0	29	4	1.13
7669726--7669767	21	2.0	22	90	4	68	64	0	30	4	1.14
7670353--7670499	60	2.4	61	85	7	201	27	17	31	22	1.97
7672028--7672262	129	1.8	128	100	0	461	27	21	8	42	1.82
7673692--7673730	17	2.4	16	83	8	51	48	0	0	51	1.00
7686872--7686956	42	2.0	42	100	0	170	47	7	11	34	1.67
7688411--7688514	43	2.4	43	83	3	120	41	16	17	25	1.89
7688748--7688843	45	2.1	45	90	0	147	46	9	16	27	1.77
7688959--7689168	43	4.9	43	75	1	161	37	16	16	30	1.91
7688986--7689168	86	2.1	86	81	4	208	38	15	16	30	1.89
7692199--7692292	43	2.2	43	84	0	116	37	18	15	28	1.92
7696733--7696768	14	2.6	14	81	0	54	30	2	8	58	1.42
7696977--7697006	15	2.0	15	93	0	51	36	0	16	46	1.47
7708582--7708606	12	2.1	12	100	0	50	28	0	16	56	1.41
7710192--7710246	21	2.6	21	91	0	74	20	29	20	30	1.97
7710199--7710248	21	2.4	21	96	0	91	22	28	24	26	1.99
7718169--7718222	2	26.5	2	96	3	99	50	0	1	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7735238--7735281	23	2.0	22	81	4	52	38	2	6	52	1.41
7735395--7735469	10	7.4	10	74	18	57	50	1	2	45	1.24
7735350--7735443	45	2.1	45	88	4	136	46	5	2	45	1.37
7735418--7735463	18	2.4	19	89	7	67	50	0	2	47	1.13
7735418--7735471	18	2.9	18	81	15	65	50	0	1	48	1.11
7742411--7742448	20	1.9	20	94	0	67	44	18	7	28	1.78
7743840--7743951	30	3.6	30	73	14	77	35	15	14	34	1.87
7746621--7746645	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
7751093--7751370	135	2.1	135	95	0	504	25	20	16	37	1.93
7764383--7764430	21	2.3	21	96	0	87	27	25	10	37	1.88
7765974--7766010	2	19.0	2	88	5	58	48	0	2	48	1.15
7765986--7766034	16	3.1	16	81	0	53	32	0	14	53	1.41
7766000--7766034	18	1.9	18	88	0	52	25	0	20	54	1.45
7772261--7772297	19	2.0	19	89	5	58	32	5	27	35	1.79
7775797--7775842	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
7776252--7776289	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
7778947--7778985	11	3.5	11	92	0	60	33	0	15	51	1.44
7779017--7779049	5	6.6	5	92	0	57	42	0	18	39	1.50
7781636--7781694	28	2.1	28	84	6	75	30	20	23	25	1.98
7784181--7784224	22	2.0	22	86	0	61	36	6	13	43	1.71
7793992--7794026	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
7800068--7800166	50	2.0	49	90	2	153	38	16	9	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7800407--7800436	8	3.8	8	95	0	51	60	0	26	13	1.34
7801877--7801906	11	2.7	11	89	0	51	56	0	0	43	0.99
7802310--7802351	19	2.2	19	91	0	66	19	33	7	40	1.78
7803622--7803694	35	2.1	35	81	0	83	27	13	30	28	1.94
7811050--7811165	38	3.1	38	78	9	128	30	12	21	35	1.91
7811359--7811457	37	2.7	37	81	9	96	32	13	19	35	1.90
7811428--7811499	37	1.9	37	86	5	101	30	15	22	31	1.94
7819084--7819299	54	4.0	53	78	8	238	35	21	12	30	1.90
7819084--7819299	108	2.0	108	83	5	276	35	21	12	30	1.90
7825009--7825042	17	2.0	17	88	11	52	41	5	5	47	1.52
7834230--7834282	19	2.9	19	70	30	53	49	1	1	47	1.23
7835436--7835483	24	2.0	24	100	0	96	25	16	8	50	1.73
7835926--7835966	21	2.0	21	90	4	66	19	24	9	46	1.80
7836194--7836243	26	1.9	26	92	8	84	44	16	4	36	1.66
7841848--7841893	20	2.3	20	92	0	74	28	6	21	43	1.77
7843121--7843145	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
7846268--7846318	21	2.4	21	100	0	102	45	15	7	31	1.75
7847164--7847350	74	2.5	73	78	11	193	44	12	33	9	1.74
7855817--7855858	19	2.2	19	95	0	75	16	33	9	40	1.81
7860076--7860139	36	1.9	32	82	17	78	15	17	43	23	1.87
7860163--7860270	35	3.1	35	91	0	171	25	10	34	29	1.89
7861307--7861360	22	2.5	22	100	0	108	25	24	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7864040--7864086	21	2.2	20	82	14	51	72	4	10	12	1.25
7876293--7876325	17	1.9	17	88	11	50	12	3	18	66	1.36
7876289--7876353	31	2.1	31	82	0	76	18	1	12	67	1.30
7877054--7877159	32	3.2	32	75	15	108	34	24	13	27	1.92
7877067--7877165	35	3.0	33	78	11	121	33	25	14	27	1.94
7877021--7877199	67	2.7	67	82	6	220	35	24	13	26	1.93
7877067--7877166	32	3.0	32	80	10	121	34	25	14	27	1.94
7877614--7877808	73	2.7	73	81	7	227	20	16	22	40	1.92
7881930--7881976	24	1.9	25	83	12	62	44	4	10	40	1.59
7882442--7882472	15	2.1	14	94	5	53	67	0	0	32	0.91
7884819--7884877	26	2.3	26	79	5	66	66	3	28	1	1.18
7892676--7892734	26	2.3	26	79	5	66	66	3	28	1	1.18
7901841--7901902	21	3.0	21	87	0	97	22	14	22	40	1.90
7920102--7920128	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
7920886--7920917	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
7932158--7932363	103	2.0	102	95	0	367	29	15	20	33	1.93
7939929--7939957	15	2.0	15	93	6	51	48	0	3	48	1.18
7941353--7941564	108	2.0	107	99	0	406	33	11	18	36	1.87
7955481--7955682	108	1.9	108	91	0	332	44	3	15	36	1.64
7956103--7956177	31	2.4	31	84	8	100	26	29	16	28	1.96
7958541--7958578	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
7958798--7958833	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7959802--7959844	20	2.2	20	83	8	52	34	6	6	51	1.56
7962367--7962398	16	2.0	16	100	0	64	56	6	6	31	1.49
7968091--7968130	19	2.0	20	95	4	73	30	0	27	42	1.56
7969223--7969247	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7974146--7974196	9	5.4	9	77	9	57	60	0	0	39	0.97
7984302--7984357	28	1.9	29	85	7	78	25	17	21	35	1.95
8026606--8026630	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
8027856--8027893	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
8029485--8029521	16	2.4	16	82	8	51	8	32	13	45	1.73
8034061--8034486	42	10.0	42	86	4	582	20	21	34	23	1.97
8034061--8034486	176	2.5	172	86	6	609	20	21	34	23	1.97
8034068--8034486	218	1.9	218	90	0	669	20	21	34	24	1.97
8034721--8034782	26	2.4	26	94	0	106	24	3	40	32	1.71
8035828--8035859	17	1.9	16	93	6	55	37	28	18	15	1.92
8038312--8038737	42	10.1	42	89	0	573	21	21	33	23	1.97
8038718--8038790	30	2.4	30	90	0	110	21	24	24	28	1.99
8038797--8038858	26	2.4	26	97	0	115	22	3	41	32	1.70
8040204--8040295	35	2.6	35	89	3	141	17	8	33	40	1.80
8043134--8043170	19	1.9	19	100	0	74	43	29	0	27	1.55
8045208--8045258	15	3.4	15	84	10	61	49	17	3	29	1.65
8046692--8046736	18	2.3	21	85	11	60	51	2	2	44	1.26
8050192--8050242	15	3.4	15	84	10	61	49	17	3	29	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8052790--8052826	19	1.9	19	100	0	74	43	29	0	27	1.55
8053190--8053228	5	7.6	5	91	2	60	76	0	23	0	0.78
8053185--8053228	15	2.8	15	89	6	61	72	0	27	0	0.85
8062041--8062117	35	2.2	35	83	4	93	20	10	32	36	1.87
8062132--8062225	35	2.7	35	82	8	104	31	9	29	28	1.89
8062149--8062238	34	2.6	35	80	1	110	27	11	27	33	1.91
8071598--8071685	35	2.5	35	73	0	95	30	18	22	28	1.97
8071962--8072198	80	2.9	81	81	8	298	45	4	7	43	1.52
8071962--8072199	86	2.8	84	85	6	306	45	4	7	42	1.52
8072444--8072596	82	1.9	82	91	0	252	47	7	5	39	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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