genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26303135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8421913--8422068	52	3.0	52	87	0	240	31	28	14	25	1.95
8430108--8430422	73	4.3	73	77	2	276	28	23	20	27	1.99
8430604--8430691	35	2.5	36	83	9	110	31	35	11	21	1.89
8430676--8430775	43	2.4	41	90	8	159	27	32	16	24	1.95
8430736--8431048	52	6.0	52	89	0	473	31	31	15	22	1.94
8433330--8433494	54	3.0	55	83	1	197	23	39	16	21	1.92
8433335--8433499	56	3.0	56	84	1	208	22	38	16	22	1.92
8433504--8433564	19	3.2	19	63	9	52	26	36	11	26	1.90
8433501--8433601	38	2.7	38	95	0	175	25	32	12	28	1.93
8433523--8433583	19	3.2	19	63	9	52	29	26	13	31	1.93
8434515--8434574	15	3.8	16	72	22	54	0	31	1	66	1.01
8434680--8434868	34	5.5	34	84	3	245	28	22	5	43	1.76
8434680--8434875	70	2.8	68	86	4	259	28	22	6	42	1.78
8436119--8436166	19	2.6	18	87	9	62	54	0	6	39	1.26
8437086--8437134	17	2.9	17	76	11	55	59	0	40	0	0.98
8437074--8437134	31	2.0	31	93	6	106	60	0	39	0	0.97
8438174--8438203	15	1.9	16	93	6	53	33	13	20	33	1.91
8439483--8440478	171	5.9	169	77	7	808	38	13	14	34	1.85
8439667--8440457	340	2.3	337	80	5	848	38	13	14	33	1.85
8447959--8448108	59	2.5	60	82	3	178	28	18	28	24	1.98
8447959--8448130	60	2.9	59	82	4	186	27	18	29	24	1.98
8449988--8450310	170	1.9	171	84	5	431	40	13	11	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8450693--8450723	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
8450883--8450982	42	2.3	43	80	13	116	52	2	3	43	1.28
8452268--8452300	17	1.9	17	93	0	57	21	33	12	33	1.90
8460593--8460634	21	2.0	21	90	0	66	19	28	19	33	1.96
8460919--8461040	37	3.3	36	90	4	190	23	37	10	27	1.88
8461822--8461865	19	2.3	19	76	0	52	43	9	31	15	1.79
8463953--8464013	27	2.2	27	83	11	79	59	0	3	37	1.14
8464961--8465009	19	2.8	18	82	17	52	53	2	6	38	1.38
8464325--8466507	171	12.9	170	75	8	1598	37	14	14	33	1.86
8464325--8466507	506	4.3	502	78	5	1777	37	14	14	33	1.86
8466107--8466411	157	1.9	159	81	5	368	38	13	12	35	1.83
8468382--8470323	170	11.4	169	77	5	1504	37	14	14	33	1.86
8472591--8472690	43	2.3	43	89	0	155	26	19	35	20	1.96
8477693--8477802	43	2.6	43	91	0	166	22	17	37	22	1.94
8484063--8484088	5	5.2	5	100	0	52	38	19	0	42	1.51
8497712--8500819	171	18.2	168	74	7	1552	37	14	14	34	1.86
8497708--8506519	341	25.7	342	73	8	4584	37	13	14	34	1.86
8501941--8501984	20	2.2	20	84	11	56	54	4	6	34	1.47
8500859--8510399	511	19.0	510	73	10	4134	37	13	14	34	1.86
8500867--8506519	171	33.4	170	75	7	3799	37	13	14	34	1.86
8506641--8507903	171	7.5	168	75	7	753	37	14	15	32	1.88
8507810--8508092	146	1.9	146	82	2	345	35	15	14	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8507947--8510399	170	14.7	169	71	9	1122	38	13	14	34	1.85
8507956--8509178	337	3.6	334	77	6	1071	37	12	14	36	1.83
8507956--8509200	171	7.4	171	76	6	1029	37	12	14	35	1.83
8509199--8510399	172	7.0	169	76	5	992	38	14	14	32	1.86
8517327--8517356	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8517475--8517575	38	2.6	38	85	3	121	23	17	35	22	1.95
8522455--8522481	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8527994--8529538	171	9.0	168	75	7	1222	37	15	14	32	1.87
8528017--8529483	511	2.9	507	78	6	1372	38	14	14	32	1.86
8533285--8533518	42	5.6	42	83	4	285	23	22	30	23	1.99
8539966--8540131	84	2.0	84	85	2	226	22	22	30	24	1.99
8539966--8540131	42	4.0	41	84	4	199	22	22	30	24	1.99
8543121--8543162	20	2.0	21	82	13	52	38	0	28	33	1.58
8557466--8557583	42	2.8	42	77	7	132	23	33	20	22	1.97
8559086--8561280	171	12.8	169	75	7	1296	37	14	13	34	1.86
8559385--8560048	340	2.0	338	80	7	745	39	14	12	32	1.84
8561395--8562219	171	4.8	168	76	6	655	37	14	14	33	1.87
8561338--8562219	341	2.6	338	80	5	941	37	14	14	33	1.86
8562625--8563147	171	3.1	170	81	4	581	38	14	13	33	1.86
8566441--8567074	171	3.7	169	76	5	519	38	14	13	33	1.85
8567090--8567471	171	2.2	171	78	4	385	36	16	13	33	1.88
8573204--8577617	170	26.0	170	77	6	3678	38	13	14	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8573204--8577617	341	13.0	342	77	5	3812	38	13	14	33	1.86
8578857--8578981	43	2.9	43	83	7	139	24	16	36	21	1.94
8579356--8579448	39	2.3	40	87	1	134	21	18	23	36	1.95
8579654--8579700	22	2.1	22	92	0	76	34	23	14	27	1.94
8581783--8581907	43	2.9	43	85	0	160	28	16	25	28	1.97
8582813--8584302	171	8.7	169	73	9	775	37	12	14	35	1.84
8582844--8584184	680	2.0	677	79	6	1487	37	12	15	35	1.85
8582808--8584302	342	4.4	340	75	7	1247	38	12	14	34	1.84
8596752--8598658	171	11.3	169	75	8	1438	36	13	14	34	1.86
8600068--8600193	42	3.0	42	84	1	153	22	22	35	19	1.96
8606307--8606463	54	2.9	54	83	7	210	17	11	40	29	1.85
8613375--8613536	42	3.8	42	86	2	200	25	19	32	22	1.98
8622817--8622843	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8623023--8623093	37	1.9	36	88	2	106	29	33	14	22	1.93
8622918--8623150	104	2.2	104	93	0	396	27	40	12	20	1.88
8629031--8629231	68	3.0	68	81	0	222	36	10	17	34	1.85
8630603--8631372	171	4.6	168	75	11	638	33	15	14	36	1.88
8630603--8631361	333	2.3	332	81	7	844	33	15	14	36	1.87
8639964--8640025	26	2.4	26	97	0	115	22	3	41	32	1.70
8656663--8657128	170	2.7	166	76	8	470	32	15	13	38	1.87
8656546--8657842	171	7.6	167	71	9	662	33	14	14	37	1.86
8657872--8663397	170	32.7	168	72	9	2200	34	14	13	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8658336--8660833	848	3.0	836	76	8	1884	33	14	13	38	1.86
8657986--8663397	678	8.0	676	75	7	3534	34	14	13	37	1.86
8657872--8661597	171	22.0	169	72	10	2183	33	14	14	37	1.86
8661471--8661747	150	1.8	150	83	3	369	36	15	13	33	1.87
8664753--8664838	35	2.3	37	80	11	104	24	13	31	30	1.94
8664765--8664847	35	2.3	36	85	4	105	26	13	30	30	1.94
8670404--8670619	111	2.0	110	95	0	387	30	21	10	37	1.87
8673035--8673073	2	19.5	2	89	0	60	43	0	0	56	0.99
8674573--8675675	170	6.5	170	74	6	814	35	15	13	35	1.87
8675750--8677313	169	9.2	166	75	11	933	34	14	13	37	1.86
8675679--8677313	171	9.6	169	76	7	1392	34	14	13	37	1.86
8677886--8678193	170	1.8	171	80	4	372	36	16	13	33	1.88
8679606--8679650	5	9.2	5	81	13	58	80	0	20	0	0.72
8679609--8679650	14	2.9	14	82	3	57	80	0	19	0	0.70
8680916--8681036	36	3.4	35	80	10	111	30	34	11	23	1.90
8683127--8683172	11	4.3	11	86	5	67	67	6	23	2	1.25
8683183--8683225	21	2.1	21	86	4	61	48	9	25	16	1.75
8683184--8683230	21	2.2	21	84	3	58	53	10	21	14	1.71
8685556--8685583	11	2.5	11	100	0	56	32	0	14	53	1.41
8690201--8690246	11	4.3	11	88	5	76	65	10	23	0	1.24
8690201--8690246	21	2.1	21	92	4	74	65	10	23	0	1.24
8698343--8698385	22	2.0	22	85	0	59	34	20	11	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8698499--8698619	36	3.4	35	79	8	136	29	33	13	23	1.93
8704445--8704511	20	3.3	19	75	17	64	52	7	4	35	1.50
8723767--8723824	25	2.3	25	85	5	73	37	17	22	22	1.93
8724839--8725843	171	5.9	169	77	6	843	34	15	13	37	1.86
8727220--8727248	15	1.9	15	100	0	58	41	13	6	37	1.72
8737376--8737413	7	5.4	7	81	12	51	68	2	28	0	1.03
8739554--8739866	171	1.8	171	80	5	373	35	13	15	35	1.86
8740014--8741175	171	6.8	170	73	8	651	34	14	14	36	1.87
8744504--8744557	21	2.6	21	87	0	63	22	27	18	31	1.97
8748708--8748816	37	2.9	37	88	0	173	22	35	13	28	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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