genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21822658

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   

This is table  1  of  59  ( 7025 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12--54	6	7.2	6	92	5	52	53	37	0	9	1.33
7215--7460	7	35.4	7	72	9	164	35	45	4	14	1.65
7558--7603	10	4.5	10	78	5	56	52	13	8	26	1.69
7609--7637	13	2.3	13	94	5	51	55	6	3	34	1.44
7640--8079	10	41.7	10	66	13	87	46	16	5	31	1.70
7642--7687	22	2.1	22	84	11	60	43	17	6	32	1.75
7585--8058	117	4.2	113	75	10	439	47	15	5	31	1.69
7758--7827	32	2.2	33	82	10	90	54	14	4	27	1.58
7924--7974	11	4.7	11	79	13	61	50	9	3	35	1.54
7786--8018	105	2.2	106	82	3	292	45	17	5	31	1.70
7938--7983	22	2.1	22	87	0	65	56	10	2	30	1.46
7918--7983	32	2.1	30	86	5	87	54	10	3	31	1.50
7917--7975	12	5.5	11	73	18	54	55	8	3	32	1.46
7971--8020	21	2.5	20	83	3	64	42	22	4	32	1.72
7976--8025	11	4.7	11	80	11	52	38	22	6	34	1.78
8230--8826	10	57.4	10	66	14	109	49	14	5	30	1.65
8259--8359	11	9.5	10	72	14	60	49	13	3	32	1.61
8282--8359	12	7.2	11	73	15	56	51	12	2	33	1.54
8230--8381	43	3.6	41	77	9	137	49	16	5	28	1.67
8550--8657	21	5.2	20	76	9	83	50	14	4	29	1.63
8525--8638	31	3.6	31	78	7	86	51	13	5	29	1.62
8558--8689	31	4.2	31	81	0	120	50	14	4	31	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8023--8679	299	2.2	298	84	6	767	51	13	5	29	1.64
8546--8810	116	2.3	115	83	4	329	47	14	5	31	1.68
9125--9225	32	3.2	31	84	4	121	50	13	3	31	1.60
9134--9217	11	7.9	11	76	11	59	50	15	3	30	1.61
9157--9249	10	8.9	10	75	6	60	49	15	3	32	1.60
9308--9350	21	2.1	20	82	4	50	39	20	6	32	1.80
9157--9369	108	2.0	109	83	2	277	49	14	4	30	1.64
9594--9622	13	2.3	13	94	5	51	62	6	3	27	1.37
9615--9657	21	2.1	20	86	4	59	41	20	4	32	1.73
9897--9956	11	5.5	11	77	13	54	53	11	3	31	1.53
9897--9956	10	5.6	10	77	16	50	53	11	3	31	1.53
9916--9956	11	3.7	11	87	9	57	51	12	2	34	1.52
10121--10174	20	2.7	19	80	8	54	59	18	1	20	1.47
10466--10617	64	2.4	64	96	2	281	20	9	17	51	1.73
10573--10893	11	30.7	10	67	14	89	29	5	16	47	1.70
10604--10670	31	2.1	32	88	2	100	25	4	17	52	1.64
10630--10854	21	10.6	21	68	11	75	31	4	17	47	1.67
10630--10717	32	2.8	32	77	6	83	31	4	18	45	1.69
10595--10818	106	2.1	106	84	6	287	29	5	16	47	1.69
10603--10768	53	3.1	53	73	3	154	29	5	18	46	1.71
10770--10838	10	6.6	11	76	22	53	31	2	14	50	1.57
10763--10839	32	2.5	31	83	8	93	31	3	12	51	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11010--11072	21	3.0	21	80	0	81	31	11	12	44	1.78
11091--11323	10	22.2	10	66	19	75	32	5	14	48	1.66
11091--11351	53	5.0	51	72	16	162	31	6	14	47	1.69
11211--11362	11	14.6	10	67	13	51	30	5	13	50	1.65
11207--11323	21	5.6	19	73	14	65	32	4	13	49	1.62
11210--11325	11	11.2	9	71	20	52	31	4	13	50	1.62
11118--11351	105	2.2	106	81	5	251	29	6	14	48	1.70
11470--11569	10	9.6	10	68	13	51	29	3	20	48	1.64
11471--11539	21	3.2	21	78	10	68	24	2	20	52	1.60
11493--11539	23	2.1	22	88	4	67	23	2	19	55	1.54
11762--11840	10	7.6	10	70	8	59	20	6	15	58	1.59
11762--11846	11	7.9	11	68	9	50	21	7	16	55	1.65
11753--11850	21	4.6	21	74	6	81	22	7	15	55	1.64
11817--12029	117	1.8	115	83	4	284	32	5	15	47	1.67
12006--12043	13	3.2	12	85	10	51	31	5	5	57	1.43
11973--12043	10	6.7	10	72	12	52	32	4	12	50	1.59
12205--12239	10	3.4	10	84	7	52	20	2	8	68	1.29
12267--12312	22	2.1	23	84	8	60	28	2	8	60	1.38
12287--12335	10	4.6	11	82	12	50	30	0	16	53	1.43
12349--12407	21	2.7	21	84	10	66	27	3	11	57	1.50
12392--12458	21	3.2	20	73	12	55	17	7	14	59	1.58
12658--12727	31	2.3	31	87	5	106	34	5	14	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12775--12845	32	2.3	31	80	2	79	30	7	14	47	1.70
12795--12878	32	2.7	31	78	10	91	29	5	14	50	1.66
13027--13070	21	2.2	20	88	8	63	22	6	22	47	1.75
13026--13071	20	2.2	22	81	14	62	21	6	21	50	1.71
13086--13168	21	4.0	20	75	12	69	34	3	15	45	1.64
13057--13228	11	16.4	10	69	12	87	28	5	18	47	1.71
13204--13269	32	2.0	34	83	16	86	28	4	18	48	1.67
13067--13307	106	2.3	105	81	9	267	28	5	17	48	1.70
13459--13498	21	1.9	21	89	0	62	27	5	20	47	1.70
13458--13790	10	31.7	10	64	17	63	28	6	16	48	1.70
13458--13666	106	2.0	106	82	7	255	27	5	19	47	1.71
13607--13666	31	1.9	31	83	6	77	31	5	20	43	1.73
13658--13705	22	2.2	22	85	7	62	27	4	14	54	1.59
13480--13704	106	2.1	104	78	9	233	27	5	18	48	1.70
13960--14004	21	2.2	20	88	4	63	35	4	24	35	1.76
14039--14086	22	2.2	22	81	7	53	20	6	14	58	1.58
14051--14166	52	2.2	53	89	4	173	25	11	12	50	1.73
14416--14475	31	1.9	31	83	6	77	31	5	20	43	1.73
14423--14805	195	2.0	195	87	3	556	32	6	14	46	1.70
14672--14832	11	15.4	10	66	17	53	31	6	11	50	1.63
14663--14753	21	4.3	21	71	10	69	28	5	14	51	1.64
14902--15116	10	21.5	10	66	14	63	28	5	17	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15104--15149	22	2.1	22	88	8	67	34	2	4	58	1.30
15074--15237	84	2.0	84	82	4	206	36	3	15	44	1.64
15230--15279	21	2.5	20	76	3	55	30	6	14	50	1.66
15627--15675	21	2.4	22	80	13	59	42	4	8	44	1.53
15876--15972	21	4.7	21	75	8	65	35	3	13	48	1.58
15864--16287	10	40.4	10	65	16	110	31	4	16	47	1.66
16217--16372	84	1.8	85	84	4	217	32	6	14	46	1.69
16897--17019	10	11.8	10	69	15	54	32	3	15	48	1.61
16843--17009	85	2.0	84	83	8	214	34	4	15	46	1.65
16918--16965	21	2.3	20	82	3	60	33	4	18	43	1.69
16853--17053	84	2.4	85	80	10	225	33	4	13	48	1.63
17257--17321	21	3.1	21	80	6	78	32	1	16	49	1.56
17260--17554	10	28.0	10	66	15	78	30	5	16	47	1.69
17276--17347	31	2.3	31	82	0	90	29	5	15	50	1.66
17402--17438	11	3.2	12	88	7	51	32	5	5	56	1.45
17595--17643	21	2.3	21	85	0	62	30	0	18	51	1.47
18013--18064	21	2.5	21	80	0	59	28	0	23	48	1.51
18549--18648	31	3.2	32	77	11	98	30	1	12	57	1.42
18571--18820	10	23.8	10	67	13	56	31	4	13	51	1.60
18739--18819	10	7.6	11	72	12	62	29	3	11	55	1.52
18737--18775	12	3.4	12	82	13	55	30	2	7	58	1.39
18740--18798	22	2.8	20	75	15	57	30	3	10	55	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18739--18809	21	3.3	21	78	2	79	29	2	11	56	1.49
18991--19034	23	2.0	22	81	4	52	29	4	13	52	1.60
19116--19214	10	9.5	10	70	10	65	31	5	16	47	1.68
19108--19186	31	2.5	31	82	6	88	31	5	17	45	1.70
18991--19250	115	2.2	115	79	11	275	31	5	15	47	1.69
19149--19187	21	1.9	20	89	5	60	35	2	17	43	1.63
19490--19610	10	11.7	10	80	10	118	31	1	19	47	1.59
19490--19607	31	3.8	30	79	10	114	30	1	19	48	1.59
19385--19535	72	2.1	74	84	2	198	21	4	15	58	1.55
19511--19600	32	2.9	31	77	12	94	34	1	17	46	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59