genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21822658

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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This is table  22  of  59  ( 7025 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7964720--7964771	22	2.4	22	80	9	61	76	0	23	0	0.78
7964727--7964764	18	2.1	18	95	0	67	81	0	18	0	0.69
7966576--7966727	43	3.7	42	78	10	145	26	33	15	24	1.95
7966608--7966739	43	3.1	43	78	10	148	25	31	16	25	1.96
7976889--7977051	43	3.8	43	83	3	170	24	31	17	26	1.97
7978785--7978888	39	2.7	39	88	4	142	23	13	37	25	1.91
7980302--7980459	54	2.9	55	90	3	250	22	43	13	20	1.87
7989246--7989348	54	1.9	54	95	0	188	27	40	12	19	1.87
7996829--7996909	25	3.1	25	64	19	65	23	40	13	22	1.89
7996829--7996979	54	2.8	54	90	0	230	27	38	11	23	1.88
8005101--8005184	44	1.9	44	92	0	141	33	2	11	52	1.51
8009750--8009804	23	2.5	22	91	5	76	38	9	12	40	1.75
8021573--8021749	89	2.0	88	98	0	336	38	11	18	30	1.86
8024880--8024940	32	1.9	32	93	0	104	55	16	6	21	1.63
8030550--8030606	20	2.9	20	80	10	73	47	1	5	45	1.35
8035041--8035073	11	3.1	11	82	8	50	69	0	0	30	0.88
8077211--8077287	30	2.5	31	82	2	93	18	38	15	27	1.91
8078457--8078486	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
8081941--8082054	58	2.0	58	96	0	210	41	21	7	30	1.79
8087047--8087137	35	2.5	36	85	7	114	34	23	12	30	1.91
8088454--8088505	20	2.6	20	79	11	61	25	0	13	61	1.32
8089613--8089659	16	2.9	16	84	12	60	27	4	6	61	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8090589--8090702	37	3.1	36	67	18	92	35	15	21	27	1.94
8090582--8090738	73	2.2	73	90	2	244	37	15	19	27	1.92
8090889--8090988	36	2.8	35	78	11	114	31	17	30	22	1.96
8104576--8104611	19	1.9	18	88	5	54	33	0	25	41	1.55
8104866--8104898	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
8108538--8108578	21	2.1	19	86	9	55	60	12	0	26	1.31
8114647--8114687	21	2.0	21	90	0	64	68	2	0	29	1.03
8125478--8125518	21	2.1	19	86	9	55	60	14	0	24	1.34
8129358--8129436	29	2.6	31	82	9	92	16	5	24	54	1.62
8130480--8130512	15	2.2	15	89	10	50	24	18	27	30	1.98
8134122--8134163	22	2.0	22	81	13	52	42	14	14	28	1.84
8135097--8135126	11	2.7	11	94	0	51	70	10	20	0	1.16
8134674--8135166	248	2.0	246	97	0	916	45	15	17	22	1.85
8142638--8142731	43	2.2	42	82	3	107	21	34	19	25	1.96
8142655--8142810	42	3.7	42	80	5	152	21	33	21	23	1.97
8142833--8142872	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8145379--8145460	35	2.3	35	85	4	103	26	34	13	25	1.93
8158310--8158382	28	2.6	28	93	0	119	32	20	16	30	1.95
8176332--8176379	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
8176532--8176630	19	5.1	19	69	9	74	22	17	39	21	1.92
8176532--8176630	40	2.5	40	82	6	123	22	17	39	21	1.92
8196566--8196607	17	2.3	18	84	8	50	71	4	0	23	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8199706--8199829	42	3.0	41	86	4	176	23	20	32	23	1.98
8200064--8200125	26	2.4	26	91	0	97	25	3	38	32	1.72
8202010--8202039	6	5.0	6	95	0	51	3	0	30	66	1.07
8223776--8223812	19	1.9	19	94	0	65	43	27	0	29	1.55
8229192--8229227	16	2.2	17	95	5	65	36	5	0	58	1.22
8231215--8231264	23	2.2	23	89	3	75	54	8	26	12	1.64
8231716--8231924	80	2.6	81	79	6	210	30	26	28	15	1.96
8231669--8231925	107	2.4	107	80	7	270	29	26	28	15	1.96
8231647--8231967	27	12.0	27	71	5	195	29	25	28	16	1.96
8231775--8231967	81	2.4	80	79	2	226	29	26	28	15	1.96
8232849--8233061	52	4.1	52	84	1	259	22	24	16	36	1.94
8233054--8233340	95	3.0	95	89	1	423	27	20	14	37	1.91
8238552--8238971	26	15.9	27	70	9	211	29	25	29	15	1.96
8238552--8238972	80	5.3	79	74	6	305	29	25	28	15	1.96
8238552--8238801	53	4.8	53	78	5	240	27	25	31	15	1.96
8238552--8238975	27	16.0	27	71	4	220	29	25	28	15	1.96
8242172--8242243	29	2.4	29	78	17	76	61	1	1	36	1.14
8242231--8242275	19	2.4	18	81	3	54	46	2	4	46	1.35
8243442--8243546	45	2.3	45	81	3	122	23	24	22	28	1.99
8243467--8243569	45	2.3	45	79	3	109	26	27	20	26	1.99
8244221--8244312	2	45.5	2	82	6	96	48	3	3	43	1.35
8251099--8251170	30	2.3	32	81	9	87	37	13	19	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8261568--8261689	43	2.8	43	86	0	154	26	18	36	19	1.94
8261686--8261745	23	2.6	23	94	0	102	21	3	43	31	1.69
8268459--8268534	30	2.5	30	83	8	84	36	18	13	31	1.89
8268474--8268531	30	1.9	30	89	0	89	39	15	13	31	1.86
8268576--8268673	37	2.5	41	80	11	109	27	13	22	36	1.91
8272054--8272140	6	14.7	6	77	15	56	33	3	13	49	1.59
8272054--8272134	16	5.0	16	77	8	83	33	2	14	49	1.57
8272120--8272164	20	2.4	18	88	7	63	24	2	20	53	1.57
8272108--8272183	24	3.2	24	80	0	80	23	1	23	51	1.56
8272120--8272168	18	2.5	20	90	6	75	22	2	22	53	1.57
8275324--8275367	11	4.3	11	81	18	51	0	22	9	68	1.18
8276617--8276670	19	2.8	20	80	2	56	33	14	12	38	1.85
8279219--8279451	121	1.9	120	97	0	430	29	27	12	30	1.92
8286837--8286867	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8287803--8287892	28	3.4	27	75	10	87	60	3	1	35	1.21
8301840--8301916	26	3.2	26	65	24	76	50	2	3	41	1.34
8301854--8301895	20	2.2	19	83	12	50	50	0	4	42	1.23
8301832--8301930	47	2.1	47	96	0	189	52	2	4	40	1.32
8301833--8301958	47	2.7	47	87	7	141	55	1	3	38	1.28
8311695--8311965	139	2.0	136	82	6	332	25	10	8	55	1.63
8323545--8323670	42	3.0	42	83	4	155	19	23	34	22	1.97
8327609--8327916	49	6.6	47	86	8	382	57	10	25	7	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8327609--8327916	98	3.3	94	87	6	428	57	10	25	7	1.58
8328974--8329008	2	17.5	2	88	11	54	48	0	2	48	1.16
8340119--8340450	68	4.9	68	79	6	311	36	11	18	32	1.87
8351309--8351406	48	2.0	48	98	0	187	36	7	24	31	1.83
8352266--8352306	19	2.2	19	90	0	64	21	24	21	31	1.98
8352666--8352717	2	26.5	2	88	3	79	50	3	0	46	1.20
8357884--8357937	23	2.3	23	77	3	63	29	35	5	29	1.80
8357946--8358055	43	2.6	43	91	0	166	21	36	18	23	1.95
8358817--8358842	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
8359381--8359414	14	2.4	14	95	0	59	20	20	14	44	1.87
8361287--8361378	44	2.1	44	89	0	139	29	22	20	27	1.99
8367621--8367659	17	2.3	17	86	0	51	17	33	12	35	1.88
8372938--8373039	43	2.4	43	81	0	123	26	18	35	19	1.95
8372931--8373053	43	2.9	43	74	4	115	25	17	36	21	1.94
8373062--8373108	23	2.0	23	95	0	85	21	2	44	31	1.64
8373047--8373108	23	2.5	24	84	10	81	20	3	43	32	1.68
8377412--8377478	4	17.2	4	71	17	52	0	31	0	68	0.90
8377412--8377486	20	3.7	20	92	3	114	0	32	0	68	0.90
8377412--8377486	15	5.4	15	73	26	60	0	32	0	68	0.90
8377412--8377488	13	5.5	15	76	21	71	0	33	0	66	0.92
8384340--8384364	9	2.8	9	100	0	50	36	12	0	52	1.39
8385846--8385888	8	5.5	8	88	2	61	25	0	46	27	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8386894--8386961	21	3.2	21	87	8	102	25	19	22	33	1.97
8393269--8393341	35	2.1	35	89	0	110	26	10	32	30	1.90
8405920--8406027	35	3.1	35	86	2	146	27	11	32	28	1.91
8407575--8407668	29	3.2	28	77	3	89	35	3	1	60	1.20
8415456--8415481	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
8417029--8417089	30	2.0	31	84	9	81	55	13	9	21	1.66
8424568--8424613	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
8428517--8428556	19	2.0	20	90	4	64	50	0	12	37	1.41
8431335--8431365	14	2.2	14	94	0	53	0	29	0	70	0.87
8440034--8440070	19	1.9	19	88	0	56	27	18	24	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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