genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21822658

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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This is table  7  of  59  ( 7025 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2331552--2331904	177	2.0	177	90	0	562	38	24	9	27	1.87
2335441--2335556	59	2.0	59	83	6	146	25	28	17	28	1.97
2339073--2339109	4	9.2	4	100	0	74	75	0	24	0	0.80
2345986--2346089	52	2.0	52	98	0	199	38	24	13	24	1.91
2353349--2353402	24	2.3	24	84	12	76	33	0	1	64	1.04
2353487--2353529	24	1.9	21	86	13	59	74	0	0	25	0.82
2353477--2353518	17	2.4	18	80	11	52	73	0	0	26	0.83
2353483--2353520	14	2.6	15	76	23	53	73	0	0	26	0.83
2353940--2353983	17	2.6	17	92	0	70	25	0	2	72	0.96
2355332--2355381	25	2.0	25	84	11	66	62	0	2	36	1.07
2367084--2367124	21	2.0	20	90	4	64	46	0	0	53	1.00
2380875--2380912	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
2386220--2386261	2	22.0	2	80	9	52	52	0	0	47	1.00
2386220--2386263	12	3.4	14	79	20	60	54	0	0	45	0.99
2407931--2408076	40	3.6	40	83	0	184	62	16	0	20	1.37
2408251--2408299	21	2.3	21	82	10	55	46	2	2	48	1.25
2408541--2408587	2	23.5	2	100	0	94	0	0	48	51	1.00
2408598--2408630	16	2.1	17	88	11	52	39	0	6	54	1.25
2408646--2408696	17	2.9	17	80	8	50	47	1	5	45	1.38
2415154--2415178	10	2.5	10	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2415338--2415371	16	2.2	15	89	5	50	67	0	0	32	0.91
2415436--2415473	19	2.1	19	90	5	60	0	15	2	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2426675--2426709	18	1.9	18	88	11	54	65	0	2	31	1.07
2427034--2427091	26	2.2	26	87	0	80	22	8	15	53	1.69
2429956--2429998	21	2.0	22	81	4	52	53	0	0	46	1.00
2451481--2451519	20	2.0	20	85	10	53	12	2	7	76	1.09
2454946--2455029	18	4.7	18	78	8	82	16	22	19	41	1.90
2477202--2477258	26	2.2	26	96	3	107	38	21	10	29	1.87
2478222--2478330	46	2.5	43	82	10	123	27	33	13	24	1.93
2478262--2478354	43	2.2	43	86	0	123	26	31	15	26	1.95
2480520--2480547	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2481982--2482039	30	1.9	30	96	0	107	41	10	36	12	1.76
2482050--2482139	44	2.0	44	97	0	171	48	21	21	8	1.76
2484013--2484074	32	1.9	32	93	6	108	20	17	32	29	1.96
2493444--2493500	19	2.9	19	94	2	96	26	19	33	21	1.97
2493902--2493943	15	2.8	15	75	13	50	66	4	0	28	1.12
2497507--2497550	23	2.0	22	86	8	63	56	31	6	4	1.46
2499641--2499698	21	2.8	21	100	0	116	41	0	31	27	1.56
2500912--2500955	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
2502751--2502896	77	1.9	76	80	1	166	30	6	17	45	1.75
2504032--2504071	21	1.9	21	84	0	53	30	10	17	42	1.82
2508523--2508586	28	2.3	28	80	0	74	29	15	10	43	1.81
2518704--2518808	45	2.3	45	93	1	174	29	24	14	31	1.94
2518993--2519110	58	2.0	59	90	1	184	27	18	14	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2526397--2526430	17	2.0	17	94	0	59	41	32	5	20	1.76
2535955--2536058	45	2.3	46	91	1	165	29	27	14	27	1.95
2536237--2536356	58	2.1	59	93	1	206	27	15	16	40	1.89
2542971--2543004	17	2.0	17	100	0	68	52	0	11	35	1.38
2545011--2545117	45	2.3	46	90	4	162	28	25	14	30	1.95
2545271--2545401	58	2.3	58	80	5	140	32	14	16	35	1.89
2551067--2551140	33	2.2	33	80	0	85	35	16	8	40	1.78
2554152--2554181	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2554697--2554734	12	3.2	12	82	14	51	44	7	28	18	1.78
2564588--2564637	20	2.4	21	83	6	57	18	26	24	32	1.97
2566228--2566273	23	2.0	23	86	0	65	39	13	10	36	1.79
2576257--2576288	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2582857--2583148	162	1.8	162	80	8	362	33	13	26	27	1.93
2585064--2585178	55	2.1	55	96	0	212	13	22	11	52	1.73
2586220--2586255	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2586632--2586798	84	2.0	85	88	3	248	45	13	14	26	1.82
2587922--2587957	18	2.0	18	100	0	72	33	22	22	22	1.97
2600623--2600668	19	2.6	17	86	6	56	69	2	0	28	1.00
2605504--2605566	30	2.1	30	91	5	101	50	6	11	31	1.63
2608986--2609236	125	2.0	124	90	3	405	41	18	11	27	1.86
2615587--2615638	20	2.8	20	85	8	65	0	21	0	78	0.74
2625284--2625310	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2633806--2633863	30	1.9	30	86	6	82	34	10	8	46	1.69
2633817--2633880	30	2.1	30	85	5	85	32	12	9	45	1.74
2633937--2634016	33	2.4	33	85	0	106	41	10	15	33	1.80
2646285--2646437	75	2.0	75	100	0	306	33	17	22	26	1.96
2655627--2655677	17	3.2	16	83	8	59	3	17	0	78	0.90
2655633--2655718	20	4.5	19	76	9	70	4	18	1	75	1.04
2655627--2655702	27	2.9	25	82	9	89	5	19	0	75	1.00
2659617--2659693	37	2.1	35	84	9	109	19	23	12	44	1.85
2659628--2659708	37	2.2	37	100	0	162	17	20	9	51	1.73
2666632--2666676	23	2.0	23	100	0	90	40	8	11	40	1.72
2670132--2670177	23	2.0	23	95	0	83	36	10	13	39	1.79
2685227--2685263	18	2.1	18	89	0	56	8	54	5	32	1.53
2707737--2707774	19	2.0	20	89	5	60	31	0	0	68	0.90
2708563--2708644	22	3.8	22	77	3	94	30	9	15	43	1.79
2708697--2708765	26	2.7	26	88	0	102	43	24	7	24	1.79
2708962--2708995	10	3.4	10	83	0	50	61	5	0	32	1.20
2720827--2720911	25	3.4	25	75	6	91	41	12	11	34	1.80
2720853--2720953	25	4.0	26	75	3	98	36	12	19	30	1.90
2720803--2720940	51	2.7	51	87	4	201	37	14	15	31	1.88
2740621--2740659	3	13.0	3	83	0	51	30	2	5	61	1.31
2741302--2741347	6	7.8	6	79	13	51	84	8	6	0	0.77
2741299--2741351	13	3.8	13	76	13	61	83	9	7	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2741301--2741348	11	4.2	11	82	10	51	85	8	6	0	0.74
2741367--2741546	71	2.5	71	88	2	261	39	13	43	3	1.62
2741474--2741521	23	2.1	23	84	7	62	39	16	37	6	1.74
2742112--2742174	17	3.8	16	81	10	72	80	1	0	17	0.78
2742102--2742171	24	2.9	25	83	14	76	77	1	1	20	0.93
2742127--2742172	7	7.1	7	87	9	55	82	0	0	17	0.67
2742127--2742171	6	7.2	6	83	16	56	82	0	0	17	0.68
2742099--2742201	51	2.0	53	83	14	135	74	3	0	20	1.03
2742133--2742219	33	2.5	34	81	9	95	73	3	1	21	1.05
2747534--2747605	36	2.0	36	100	0	144	38	19	27	13	1.90
2750123--2750174	23	2.3	23	100	0	104	21	15	21	42	1.89
2754079--2754128	23	2.2	23	85	0	64	34	8	26	32	1.85
2754085--2754131	23	2.0	23	91	0	76	27	12	27	31	1.93
2754092--2754146	23	2.4	23	81	0	65	32	10	21	34	1.89
2763392--2763437	20	2.2	22	88	7	69	58	2	2	36	1.22
2789052--2789158	57	1.9	55	88	3	160	29	15	2	51	1.58
2793838--2793905	35	1.9	35	87	0	100	26	33	8	30	1.87
2807630--2807659	15	2.0	15	93	0	51	16	3	0	80	0.85
2807953--2807994	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
2808813--2808856	18	2.4	18	85	10	63	22	2	2	72	1.07
2808816--2808856	19	2.2	19	91	4	66	19	2	2	75	1.03
2810004--2810130	58	2.2	59	81	5	150	33	7	17	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810296--2810341	22	2.0	23	87	4	67	21	10	28	39	1.87
2810328--2810391	23	2.8	23	90	0	101	29	12	25	32	1.92
2810458--2810504	22	2.1	22	84	0	58	51	25	8	14	1.71
2822264--2822291	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2822856--2822908	2	27.0	2	90	3	72	45	0	3	50	1.19
2828144--2828238	35	2.7	36	80	11	108	49	9	3	37	1.51
2848622--2848736	56	2.1	56	84	0	149	29	6	17	46	1.74
2855583--2855607	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2855697--2855743	22	2.1	22	88	0	67	21	23	29	25	1.99
2856229--2856275	17	2.6	18	83	12	60	34	4	19	42	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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