genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21822658

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14663680--14663794	60	1.9	59	91	1	185	24	31	18	26	1.97
14664430--14664511	3	27.3	3	74	16	64	32	3	0	63	1.12
14664424--14664512	34	2.5	37	80	15	98	33	3	0	62	1.11
14665623--14665660	19	2.0	19	94	0	67	26	0	28	44	1.54
14666869--14666904	17	2.1	18	89	5	56	41	2	0	55	1.14
14677859--14678044	49	3.8	49	80	2	214	32	9	17	41	1.81
14677859--14678044	97	1.9	97	85	0	255	32	9	17	41	1.81
14689746--14689784	19	2.0	20	95	5	71	51	0	2	46	1.14
14689748--14689791	19	2.3	19	84	0	61	61	0	2	36	1.09
14692421--14692473	28	1.9	27	85	11	72	35	20	16	26	1.94
14694970--14695012	22	2.0	22	95	0	77	30	11	18	39	1.86
14697427--14697463	10	3.6	10	85	7	56	51	24	0	24	1.49
14716177--14716249	30	2.5	29	75	4	74	36	17	10	34	1.85
14726250--14726275	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
14731299--14731347	22	2.2	22	85	7	64	61	0	2	36	1.08
14731315--14731373	30	2.0	31	83	6	77	49	0	0	50	1.00
14737984--14738159	70	2.5	71	85	3	230	40	15	19	23	1.91
14739573--14739597	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14739782--14739820	19	2.0	20	85	5	53	35	28	7	28	1.85
14740011--14740056	24	1.9	24	95	0	83	26	28	17	28	1.98
14761828--14761869	20	2.1	20	90	0	66	42	7	33	16	1.75
14772174--14772213	20	2.0	20	95	0	71	27	0	22	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14773771--14773876	54	2.0	54	86	3	151	19	28	15	36	1.92
14774232--14774437	31	6.6	31	90	2	315	22	18	20	37	1.94
14781910--14782418	31	16.4	31	86	0	622	38	20	18	23	1.93
14783073--14783163	46	2.0	46	86	0	128	26	28	16	28	1.97
14784355--14784396	20	2.2	19	84	16	52	30	2	26	40	1.69
14784391--14784509	37	3.2	37	89	4	186	29	10	35	25	1.88
14784577--14784605	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
14785825--14785946	23	5.3	23	70	14	90	18	27	22	30	1.98
14785835--14785946	46	2.4	46	71	14	122	18	29	22	29	1.97
14785777--14785947	23	7.4	23	66	13	82	19	29	21	29	1.98
14785779--14785986	69	3.0	70	89	2	330	20	29	21	28	1.98
14785918--14786135	47	4.6	47	82	3	233	23	31	17	27	1.97
14785918--14786135	94	2.3	94	84	1	258	23	31	17	27	1.97
14785727--14786088	117	3.1	116	72	8	320	23	29	19	28	1.98
14788098--14788138	21	2.0	21	85	0	55	21	4	19	53	1.63
14789016--14789057	16	2.6	16	85	14	59	52	0	0	47	1.00
14789089--14789139	20	2.7	19	85	14	63	52	1	0	45	1.12
14789396--14789446	17	3.1	16	78	13	50	50	1	1	45	1.24
14789881--14789959	29	2.7	30	76	7	90	54	0	5	40	1.22
14801834--14801867	16	2.1	17	88	5	52	47	11	41	0	1.40
14803976--14804086	32	3.4	32	73	16	109	37	27	10	23	1.88
14803976--14804102	67	1.9	67	91	3	211	37	25	10	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14808409--14808534	42	3.0	41	84	4	162	20	21	34	23	1.97
14808998--14809034	19	1.9	19	94	0	65	29	29	21	18	1.97
14815071--14815106	14	2.6	14	86	0	54	58	8	2	30	1.42
14817663--14817773	32	3.4	32	76	11	116	35	27	12	24	1.92
14817680--14817789	35	3.2	33	76	12	116	31	25	13	29	1.94
14817660--14817813	67	2.3	69	87	4	224	35	26	13	24	1.93
14822706--14822775	35	2.0	34	86	2	95	31	27	11	30	1.91
14832565--14832632	2	35.0	2	82	5	77	47	0	7	45	1.31
14832563--14832632	23	2.9	25	91	8	126	47	0	8	44	1.34
14832870--14832912	19	2.3	18	84	4	59	53	2	0	44	1.13
14833259--14833297	16	2.4	16	87	8	53	79	0	0	20	0.73
14833994--14834050	17	3.6	16	79	11	55	77	0	17	5	0.95
14834838--14835535	60	11.6	60	87	2	965	25	16	32	25	1.96
14834838--14835535	181	3.9	181	89	0	1044	25	16	32	25	1.96
14834834--14835525	241	2.9	239	88	3	1030	26	16	31	25	1.97
14837077--14837167	38	2.4	38	90	0	146	26	30	6	36	1.82
14837119--14837207	44	2.0	44	88	0	133	26	32	6	33	1.83
14846303--14846422	42	2.9	41	86	5	150	22	20	34	22	1.97
14846469--14846517	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
14852790--14852837	24	2.0	24	100	0	96	29	25	20	25	1.99
14862479--14862579	35	2.9	35	81	1	139	44	14	5	34	1.70
14863877--14863939	2	31.0	2	87	3	90	47	3	1	47	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14873159--14873199	21	2.0	20	85	4	55	34	2	2	60	1.23
14873796--14873857	22	2.8	22	76	9	63	17	11	33	37	1.86
14874654--14874695	22	1.9	22	85	9	59	28	2	28	40	1.69
14882551--14882691	65	2.1	66	87	5	196	27	13	26	32	1.94
14892188--14892278	23	4.0	23	84	2	121	34	27	12	26	1.92
14895898--14895942	20	2.2	20	84	0	54	40	24	13	22	1.90
14897395--14897428	15	2.3	15	95	5	61	70	5	0	23	1.09
14897386--14897446	25	2.4	25	87	12	90	67	8	0	24	1.18
14900367--14900467	12	8.5	12	80	15	104	71	6	0	20	1.15
14900377--14900423	14	3.4	14	94	5	87	74	6	0	19	1.03
14900377--14900434	13	4.5	13	84	6	73	75	5	0	18	0.98
14900367--14900423	13	4.4	13	91	6	89	70	7	0	22	1.11
14900608--14900726	55	2.1	56	92	1	195	31	44	4	19	1.70
14900735--14900779	7	5.9	8	80	17	51	26	46	2	24	1.64
14900733--14900779	15	3.1	15	84	6	67	27	44	2	25	1.65
14902294--14902331	18	2.1	18	100	0	76	10	5	15	68	1.36
14904632--14904739	31	3.5	31	81	5	119	23	27	19	29	1.98
14904878--14905192	68	4.7	68	81	6	313	33	17	11	36	1.87
14906374--14906411	16	2.3	17	86	4	51	68	7	5	18	1.34
14906989--14907014	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
14909175--14909238	32	2.0	32	100	0	128	40	21	9	28	1.84
14921714--14921759	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14921979--14922018	19	2.0	20	85	4	55	57	2	15	25	1.50
14922167--14922204	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
14924941--14924975	5	7.0	5	93	0	61	42	0	20	37	1.52
14926985--14927013	14	2.0	15	93	6	51	31	13	27	27	1.94
14937302--14937339	19	2.1	19	85	5	51	52	5	0	42	1.24
14937539--14937603	33	2.0	33	87	0	94	38	16	9	35	1.81
14945746--14945840	28	3.2	28	75	16	111	31	17	6	44	1.74
14945762--14945858	30	3.2	30	75	16	119	31	15	7	45	1.73
14945743--14945866	60	2.1	60	100	0	248	29	16	6	47	1.72
14950990--14951057	21	3.2	21	87	0	100	35	20	17	26	1.95
14952031--14952160	63	2.0	64	97	1	244	35	12	14	37	1.84
14962973--14963005	14	2.2	16	89	10	52	69	0	9	21	1.15
14964186--14964210	13	1.9	13	100	0	50	20	8	0	72	1.10
14981086--14981118	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
14981158--14981293	43	3.2	43	86	5	204	25	34	16	23	1.95
14981385--14981419	17	2.1	17	100	0	70	40	22	14	22	1.90
14983336--14983372	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
14983478--14983690	54	3.9	54	89	0	318	21	11	39	27	1.88
14983478--14983690	108	2.0	108	92	0	354	21	11	39	27	1.88
14990237--14990270	3	11.3	3	87	0	50	5	29	0	64	1.17
14993497--14993528	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
14993528--14993574	2	24.0	2	95	4	87	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14997218--14997252	18	1.9	18	94	0	61	34	5	20	40	1.76
14998507--14998597	33	2.8	33	87	0	128	34	18	15	31	1.92
15012002--15012038	7	5.3	7	96	0	56	0	32	29	37	1.58
15012332--15012373	22	2.0	22	90	4	68	64	2	33	0	1.07
15024712--15024740	14	2.0	15	93	6	51	27	3	41	27	1.72
15025239--15025297	30	2.0	29	86	3	82	54	6	3	35	1.44
15025253--15025335	29	2.9	29	78	12	89	55	3	6	34	1.42
15039327--15039386	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
15041562--15041882	47	6.8	47	81	2	369	26	17	33	22	1.96
15041927--15041986	29	2.1	29	96	0	111	21	13	30	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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